New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2729599 = | 47 (0.780) | 3 (0.050) | 3/248 | NT | 6.4% | coding (46/1044 nt) | PP_2392 | MFS transporter |
? | NC_002947 | 2729650 = | 43 (0.760) | coding (97/1044 nt) | PP_2392 | MFS transporter |
CTGGCGCAGCGGCCAGGTTTCCAGCTTGCCGTTGCTGGGGAAGCGATAATGCAGGCAGGTATGCGCCGGCGGGTCTGCTCGACCAGATCGCCGATGGCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTGCTGGCGATCA‑TCGGCTTCGTGCTGTTCAACGGGCTGACGGCCTTGTCGAACTCCAACACGC > NC_002947/2729456‑2729734 | cTGGCGCAGCGGCCAGGTTTCCAGCTTGCCGTTGCTGGGGAAGCGATAATGCAGGCAGGTATGCGCCGGCGGGTCTGCTCGACCAGATCGCCGATGGCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTg > 5:351426/1‑149 (MQ=255) cTGGCGCAGCGGCCAGGTTTCCAGCTTGCCGTTGCTGGGGAAGCGATAATGCAGGCAGGTATCCGCCGGCGGGTCTGCTCGACCAGATCGCCGATGGCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTg > 6:286205/1‑149 (MQ=255) tcaggccccatgccaggccggccgcagcccccgtgaaaaagcgcagcaccagggtcagcgtgttggagttcgacaaggccgtcagcccgttgaacagcacgaagccgatgatcgccagcaacagcgcccggcgccgataccaGCCTTgg > 3:32818‑M1/143‑149 (MQ=255) gcgcAGCGGCCAGGTTTCCAGCTTGCCGTTGCTGGGGAAGCGATAATGCAGGCAGGTATGCGCCGGCGGGTCTGCTCGACCAGATCGCCGATGGCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTggg < 5:188330/148‑1 (MQ=255) ttCCAGCTTGCCGTTGCTGGGGAAGCGATAATGCAGGCAGGTATGCGCCGGCGGGTCTGCTCGACCAGATCGCCGATGGCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGc > 8:95927/1‑148 (MQ=255) cggccgcagcccccgtgaaaaagcgcagcaccagggtcagcgtgttggagttcgacaaggccgtcagcccgttgaacagcacgaagccgatgatcgccagcaacagcgcccggcgccgataccaGCCtt > 2:177071‑M1/125‑129 (MQ=255) cggccgcagcccccgtgaaaaagcgcagcaccagggtcagcgtgttggagttcgacaaggccgtcagcccgttgaacagcacgaagccgatgatcgccagcaacagcgcccggcgccgataccaGCCtt < 1:177071‑M1/5‑1 (MQ=255) cAGCTTGCCGTTGCTGGGGAAGCGATAATGCAGGCAGGTATGCGCCGGCGGGTCTGCTCGACCAGATCGCCGATGGCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATc < 3:222084/149‑1 (MQ=255) cAGCTTGCCGTTGCTGGGGAAGCGATAATGCAGGCAGGTATGCGCCGGCGGGTCTGCTCGACCAGATCGCCGATGGCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATc < 4:102935/149‑1 (MQ=255) gCCGTTGCTGGGGAAGCGATAATGCAGGCAGGTATGCGCCGGCGGGTCTGCTCGACCAGATCGCCGATGGCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTg > 7:262627/1‑149 (MQ=255) gTTGCTGGGGAAGCGATAATGCAGGCAGGTATGCGCCGGCGGGTCTGCTCGACCAGATCGCCGATGGCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTg < 8:34621/149‑1 (MQ=255) gggAAGCGATAATGCAGGCAGGTATGCGCCGGCGGGTCTGCTCGACCAGATCGCCGATGGCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGa > 6:363155/1‑149 (MQ=255) cGATCATGCCGGGTGGTCTGCGCCGGCGGGGCTGCGCGACCCGCTCGCCGATGGCACGCACATCCGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAg < 2:336460/149‑1 (MQ=255) gATAATGCAGGCAGGTATGCGCCGGCGGGTCTGCTCGACCAGATCGCCGATGGCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAgg < 8:191201/149‑1 (MQ=255) gcaccagggtcagcgtgttggagttcgacaaggccgtcagcccgttgaacagcacgaagccgatgatcgccagcaacagcgcccggcgccgataccaGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCt > 4:318732‑M1/98‑149 (MQ=255) aTGCAGGCAGGTATGCGCCGGCGGGTCTGCTCGACCAGATCGCCGATGGCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTg < 4:204966/148‑1 (MQ=255) aTGCGCCGGCGGGTCTGCTCGACCAGATCGCCGATGGCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCCCGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCAGGTATCGGCGCCgg > 7:109333/1‑149 (MQ=255) tGCGCCGGCGGGTCTGCTCGACCAGATCGCCGATGGCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGTCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCTCCATCCCGTTGGTGACGTTCACCCAAGTCTGGTATCGGCGCCggg > 8:298283/1‑149 (MQ=255) ggagttcgacaaggccgtcagcccgttgaacagcactaagccgatgatcgccagcaacagcgcccggcgccgataccaGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGc < 6:359329‑M1/51‑1 (MQ=255) ggagttcgacaaggccgtcagcccgttgaacagcactaagccgatgatcgccagcaacagcgcccggcgccgataccaGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGc > 5:359329‑M1/79‑129 (MQ=255) gcggGTATGCTCGACCAGATCGCCGATGGCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGtt < 7:298283/149‑1 (MQ=255) cggGTCTGCTCGACCAGATCGCCGATGGCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTg < 7:95927/149‑1 (MQ=255) cggGTCTGCTCGACAAGATCGCCGATGGCATGCACTTCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGCCCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTg < 5:365417/149‑1 (MQ=255) gggTCTGCTCGACCAGATCGCCGATGGCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTGc > 8:49248/1‑149 (MQ=255) gggTCTGCTCGACCAGATCGCCGATGGCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTGc > 1:153634/1‑149 (MQ=255) tGCTCGACCAGATCGCCGATGGCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTGCTGGc > 7:29879/1‑148 (MQ=255) gCTCGACCAGATCGCCGATGGCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTGCTGGCGa > 4:153268/1‑149 (MQ=255) cTCGACCAGATCGCCGATGGCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTGCTGGc < 3:162445/146‑1 (MQ=255) cTCGACCAGATCGCCGATGGCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTGCTGGCGat > 8:239563/1‑149 (MQ=255) cTCGACCAGATCGCCGATGGCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTGCTGGCGat > 3:157234/1‑149 (MQ=255) cTCGACCAGATCGCCGATGGCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTGCTGGCGa > 6:252846/1‑148 (MQ=255) gACCAGATCGCCGATGGCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGAc < 2:250429/101‑1 (MQ=255) aCCAGATCGCCGATGGCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTGCTGGCGatca‑tc < 5:220258/149‑1 (MQ=255) gATCGCCGATGGCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCCTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTGCTGGCCATCA‑TCGGCt > 8:64622/1‑149 (MQ=255) ccGATGGCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTGCTGGCGATCA‑TCGGCTTCGTg < 6:42687/149‑1 (MQ=255) gCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTGCTGGCGATCA‑TCGGCTTCGTGCTGtt < 2:153634/148‑1 (MQ=255) gCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTGCTGGCGATCA‑TCGGCTTCGTGCTGTTc < 7:239563/149‑1 (MQ=255) tGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTGCTGGCGATCA‑TCGGCTTCGTGCTGTTCAAc < 8:244132/149‑1 (MQ=255) cacaTCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCTCCGGGCGCTGTTGCTGGCGATCA‑TCGGCTTCGTGCTGTTCAACg < 5:363155/148‑1 (MQ=255) cacaTCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTGCTGGCGATCA‑TCGGCTTCGTGCTGTTCAACgg < 3:153268/149‑1 (MQ=255) cacaTCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTGCTGGCGATCA‑TCGGCTTCGTGCTGTTCAACg < 7:49248/148‑1 (MQ=255) acaTCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTGCTGGCGATCA‑TCGGCTTCGTGCTGTTCAACggg < 5:286205/149‑1 (MQ=255) cccAGCCATGGCCTGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTGCTGGCGATCA‑TCGGCTTCGTGCTGTTCAACGGGCt > 1:134617/3‑149 (MQ=255) aTCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTGCTGGCGATCA‑TCGGCTTCGTGCTGTTCAACGGGCt > 8:35820/1‑149 (MQ=255) aTCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTGCTGGCGATCA‑TCGGCTTCGTGCTGTTCAACGGGCt > 2:1505/1‑149 (MQ=255) tCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTGCTGGCGATCA‑TCGGCTTCGTGCTGTTCAACGGGCt > 4:96751/1‑148 (MQ=255) cAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTGCTGGCGATCA‑TCGGCTTCGTGCTGTTCAACGGGCTGACGGc < 8:262627/149‑1 (MQ=255) aGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGTGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTGCTGGCGATCA‑TCGGCTTCGTGCTGTTCAACGGGCTGACGGcc < 8:109333/149‑1 (MQ=255) ggCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTGCTGGCGATCA‑TCGGCTTCGTGCTGTTCAACGGGCTGACGGCCTTGTCGAACTcc < 3:265961/149‑1 (MQ=255) ggCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTGCTGGCGATCA‑TCGGCTTCGTGCTGTTCAACGGGCTGACGGCCTTGTCGAACTc > 1:25004/1‑148 (MQ=255) gCAATTGGGCACGGCGTTATCCTTGGGCGCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTTCCCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGGGCTGGTGGTGGGGATCATTCGGCTTCGTGCTGTTCAACGGGCTGACGGCCTTGTCGAACTcc < 1:72099/149‑1 (MQ=255) aaTGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTGCTGGCGATCA‑TCGGCTTCGTGCTGTTCAACGGGCTGACGGCCTTGTCGAACTCCAac < 3:96751/149‑1 (MQ=255) ggTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTGCTGGCGATCA‑TCGGCTTCGTGCTGTTCAACGGGCTGACGGCCTTGTCGAACTCCAACACGc < 2:134617/149‑1 (MQ=255) | CTGGCGCAGCGGCCAGGTTTCCAGCTTGCCGTTGCTGGGGAAGCGATAATGCAGGCAGGTATGCGCCGGCGGGTCTGCTCGACCAGATCGCCGATGGCATGCACATCAGCCAGGCCATGGCTGGGCAATGGGTCACGGCGTATGCCTTGGGCTCGTTACTGACCGCCATCCCGTTGGTGACGTTGACCCAAGGCTGGTATCGGCGCCGGGCGCTGTTGCTGGCGATCA‑TCGGCTTCGTGCTGTTCAACGGGCTGACGGCCTTGTCGAACTCCAACACGC > NC_002947/2729456‑2729734 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |