New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3613444 = | 41 (0.680) | 3 (0.050) | 3/256 | NT | 7.5% | coding (240/3396 nt) | mcoA | Mn(II) copper oxidase A |
? | NC_002947 | 3613484 = | 34 (0.580) | coding (200/3396 nt) | mcoA | Mn(II) copper oxidase A |
CGAATTCTTCGAACAGTAACAGTTGCTGGGTGAATGGTTGCGCACCGAACAACGGGCTGGGTTTGCCGTTGGTAGGATACTTGTCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATGGTGTTCAGCTCAAGCAAGGCAGACGTCGGGTCGTCCGGCTGGTCGGTGTAGGCCGACGGGTCGGTTGGCGGGGGCATGCTGTTGTCGTCGAGGGGAGAGGC > NC_002947/3613296‑3613587 | cGAATTCTTCGAACAGTAACAGTTGCTGGGTGAATGGTTGCGCACCGAACAACGGGCTGGGTTTGCCGTTGGTAGGATACTTGTCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACg < 5:158990/149‑1 (MQ=255) tcactgcactgatgatcagcctcgggttgatcacggccatggcctctcccctcgacgacaacagcatgcccccgccaaccgacccgtcggcctacaccgaccagccggacgacccgacgtctgccttgcttgagctgaacaccatg > 5:18880‑M1/146‑146 (MQ=255) aTTCTTCGAACAGTAACAGTTGCTGGGTGAATGGTTGCGCACCGAACAACGGGCTGGGTTTGCCGTTGGTAGGATACTTGTCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCa > 4:112733/1‑149 (MQ=255) ttcGAACAGTAACAGTTGCTGGGTGAATGGTTGCGCACCGAACAACGGGCTGGGTTTGCCGTTGGTAGGATACTTGTCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCgg > 6:168576/1‑149 (MQ=255) cGAACAGTAATCGTTGCTGGGTGATTGGTTGCTCACCGAACTACGGGCGGGGTTTGCCGTTGGTAGGATACTTGTCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGGCATACACGCCATCg < 4:234912/146‑1 (MQ=255) gAACAGTAACAGTTGCTGGGTGAATGGTTGCGCACCGAACAACGGGCTGGGTTTGCCGTTGGTAGGATACTTGTCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTc > 6:125007/1‑148 (MQ=255) acagtTGCTGGGTGAATGGTTGCGCACCGAACAACGGGCTGGGTTTGCCGTTGGTAGGATACTTGTCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGc > 6:239920/1‑149 (MQ=255) acagtTGCTGGGTGAATGGTTGCGCACCGAACAACGGGCTGGGTTTGCCGTTGGTAGGATACTTGTCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGc < 1:20106/149‑1 (MQ=255) cagtTGCTGGGTGAATGGGTGCGCACCGAACAACGGGCTGGGTTTGCCGTTGGTAGGTTACTTGTCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGc < 4:77969/148‑1 (MQ=255) agtTGCTGGGTGAATGGTTGCGCACCGAACAACGGGCTGGGTTTGCCGTTGGTAGGATACTTGTCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGa < 1:358880/149‑1 (MQ=255) ttGCTGTGTGAATGGTTGCGCACCGAACAACGGGCTGGGTTTGCCGTTGGTAGGATACTTGTCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGc < 7:159050/149‑1 (MQ=255) gTGAATGGTTGCGCACCGAACAACGGGCTGGGTTTGCCGTTGGTAGGATACTTGTCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTc < 1:371768/129‑1 (MQ=255) gTGAATGGTTGCGCACCGAACAACGGGCTGGGTTTGCCGTTGGTAGGATACTTGTCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTc > 2:371768/1‑129 (MQ=255) aaTGGTTGCGCACCGAACAACGGGCTGGGTTTGCCGTTGGTAGGATACTTGTCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTgg < 6:228108/148‑1 (MQ=255) tGGTTGCGCACCGAACAACGGGCTGGGTTTGCCGTTGGTAGGATACTTGTCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCct > 7:245990/1‑149 (MQ=255) ggccatggcctctcccctcgacgacaacagcatgcccccgccaaccgacccgtcggcctacaccgaccagccggacgacccgacgtctgccttgcttgagctgaacaccatGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTg > 3:89095‑M1/112‑149 (MQ=255) gccatggcctctcccctcgacgacaacagcatgcccccgccaaccgacccgtcggcctacaccgaccagccggacgacccgacgtctgccttgcttgagctgaacaccatGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTgg > 1:223859‑M1/111‑149 (MQ=255) gcgcACCGAACAACGGGCTGGGTTTGCCGTTGGTAGGATACTTGTCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGc > 5:93469/1‑149 (MQ=255) cgcACCGAACAACGGGCTGGGTTTGCCGTTGGTAGGATACTTGTCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGc < 7:22507/148‑1 (MQ=255) catggcctctcccctcgacgacaacagcatgcccccgccaaccgacccgtcggcctacaccgaccagccggacgacccgacgtctgccttgcttgagctgaacaccatGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCa > 3:65965‑M1/109‑149 (MQ=255) cACCGAACAACGGGCTGGGTTTGCCGTTGGTAGGATACTTGTCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATg < 8:245990/149‑1 (MQ=255) aCCGAACAACGGGCTGGGTTTGCCGTTGGTAGGATACTTGTCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATgg > 2:305669/1‑149 (MQ=255) aCCGAACAACGGGCTGGGTTTGCCGTTGGTAGGATACTTGTCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATg > 1:129397/1‑148 (MQ=255) aCCGAACAACGGGCTGGGTTTGCCGTTGGTAGGATACTTGTCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATg < 2:129397/148‑1 (MQ=255) caacGGGCTGGGTTTGCCGTTGGTAGGATACTTGTCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATGGTGtt > 6:218526/1‑147 (MQ=255) caacGGGCTGGGTTTGCCGTTGGTAGGATACTTGTCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATGGTGTTCa < 6:142872/149‑1 (MQ=255) aacGGGCTGGGTTTGCCGTTGGTAGGATACTTGTCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATGGTGTTCAg < 2:22890/149‑1 (MQ=255) gCTGGGTTTGCCGTTGGTAGGATACTTGTCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATGGTGTTCAGCTcaa < 4:158405/149‑1 (MQ=255) gCCGTTGGTAGGATACTTGTCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATGGTGTTCAGCTCAAGCAAgg > 5:77021/1‑146 (MQ=255) gTAGGATACTTGTCCGACGTTTGCAGGTCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTTCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATGGTGTTCAGCTCAAGCAAGGCAGACGTCgg < 3:49296/149‑1 (MQ=255) tAGGATACTTGTCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATGGTGTTCAGCTCAAGCAAGGCAGACGTCggg < 5:239920/149‑1 (MQ=255) ttGTCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGAGCGGACTCAGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATGGTGTTCAGGTCAAGCAAGCCAGACCTCGCGTCGTCCgg > 5:332206/1‑149 (MQ=255) tCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATGGTGTTCAGCTCAAGCAAGGCAGACGTCGGGTCGTCCGGCTg > 4:339467/1‑149 (MQ=255) aCGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATGGTGTTCAGCTCAAGCAAGGCAGACGTCGGGTCGTCCGGCTGGTCg < 1:305669/149‑1 (MQ=255) gTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATGGTGTTCAGCTCAAGCAAGGCAGACGTCGGGTCGTCCGGCTGGTCGgt < 5:125007/149‑1 (MQ=255) cagggcaggTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATGGTGTTCAGCTCAAGCAAGGCAGACGTCGGGTCGTCCGGCTGGTCGGTGTAg < 4:220188/148‑1 (MQ=255) ggcaggTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATGGTGTTCAGCTCAAGCAAGGCAGACGTCGGGTCGTCGGGCTGGTCGGTGTAGGCCg > 2:161443/1‑149 (MQ=255) agctCGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGGGGTCGCCATACACTCCATCGGTCATCTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATGGTGTTCAGCTCAAGCAAGGCAGACGTCGGGTCGTCCGGCTGGTCGGTGTAGGCCGACGGGTCGGt < 6:332206/149‑1 (MQ=255) agcaCGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATGGTGTTCAGCTCAAGCAAGGCAGACGTCGGGTCGTCCGGCTGGTCGGTGTAGGCCGACGGGTCGGt > 6:13676/1‑149 (MQ=255) gcaCGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATGGTGTTCAGCTCAAGCAAGGCAGACGTCGGGTCGTCCGGCTGGTCGGTGTAGGCCGACGGGTCGGtt < 5:168576/149‑1 (MQ=255) caCGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATGGTGTTCAGCTCAAGCAAGGCAGACGTCGGGTCGTCCGGCTGGTCGGTGTAGGCCGACGGGTCGGTTg > 8:334740/1‑149 (MQ=255) gCGGTCTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCGGGCATGGTGTTCAGCTCAAGCAAGGCAGACGTCGGGTCGTCCGGCTGGTCGGTGTAGGCCGACGGGTCGGTTGGCGGGGGCATGc > 4:239447/1‑149 (MQ=255) aCTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATGGTGTTCAGCTCAAGCAAGGCAGACGTCGGGTCGTCCGGCTGGTCGGTGTAGGCCGACGGGTCGGTTGGCGGGGGCATGCtgtt < 5:218526/149‑1 (MQ=255) ggTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATGGTGTTCAGCTCAAGCAAGGCAGACGTCGGGTCGTCCGGCTGGTCGGTGTAGGCCGACGGGTCGGTTGGCGGGGGCATGCTGTTGTCGTCGAgg < 7:157697/149‑1 (MQ=255) ggTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATGGTGTTCAGCTCAAGCAAGGCAGACGTCGGGTCGTCCGGCTGGTCGGTGTAGGCCGACGGGTCGGTTGGCGGGGGCATGCTGTTGTCGTCGAgg > 1:161079/1‑149 (MQ=255) gTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATGGTGTTCAGCTCAAGCAAGGCAGACGTCGGGTCGTCCGGCTGGTCGGTGTAGGCCGACGGGTCGGTTGGCGGGGGCATGCTGTTGTCGTCGAggg < 5:13676/149‑1 (MQ=255) ccATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATGGTGTTCAGCTCAAGCAAGGCAGACGTCGGGTCGTCCGGCTGGTCGGTGTAGGCCGACGGGTCGGTTGGCGGGGGCATGCTGTTGTCGTCGAGGGga > 3:111709/1‑147 (MQ=255) acacGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATGGTGTTCAGCTCAAGCAAGGCAGACGTCGGGTCGTCCGGCTGGTCGGTGTAGGCCGACGGGTCGGTTGGCGGGGGCATGCTGTTGTCGTCGAGGGGAGAGGc > 7:353970/1‑148 (MQ=255) GCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATGGTGTTCAGCTCAAGCAAGGCAGACGTCGGGTCGTCCGGCTGGTCGGTGTAGGCCGACGGGTCGGTTGGCGGGGGCAt > 6:267535‑M1/1‑120 (MQ=255) GCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATGGTGTTCAGCTCAAGCAAGGCAGACGTCGGGTCGTCCGGCTGGTCGGTGTAGGCCGACGGGTCGGTTGGCGGGGGCAt < 5:267535‑M1/120‑1 (MQ=255) | CGAATTCTTCGAACAGTAACAGTTGCTGGGTGAATGGTTGCGCACCGAACAACGGGCTGGGTTTGCCGTTGGTAGGATACTTGTCCGACGTTTGCAGGGCAGGTGGCAGCACGTTGTCGGTGCGGACTGTGTTGCGGTCGCCATACACGCCATCGGTCAACTCCAGCGAGCCTTCGTTGGCCTCTGGCATGGTGTTCAGCTCAAGCAAGGCAGACGTCGGGTCGTCCGGCTGGTCGGTGTAGGCCGACGGGTCGGTTGGCGGGGGCATGCTGTTGTCGTCGAGGGGAGAGGC > NC_002947/3613296‑3613587 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |