New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4950413 = | 43 (0.710) | 4 (0.070) | 4/248 | NT | 9.4% | coding (438/498 nt) | fliL | flagellar protein FliL |
? | NC_002947 | 4950455 = | 37 (0.650) | coding (396/498 nt) | fliL | flagellar protein FliL |
TCTGCACCAGCCCGTCGTCGACGCCATGCAACAGGGCATCGATTTCATCCTGGGACAGCAGGTCCTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGGTTGTTGCGGATCACCGGCATGTGCACCTTGAGGGCATC > NC_002947/4950268‑4950559 | tCTGCACCAGCCTGTCGTCGACGCCATGCAACAGGGCATCGATTTCATCCTGGGACAGCAGGTCCTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTgc < 5:207693/149‑1 (MQ=255) tCTGCACCAGCCCGTCGTCGACGCCATGCAACAGGGCATCGATTTCATCCTGGGACAGCAGGTCCTGTACTGCCATTGCGGACTCCTACTGAAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTgc < 5:260834/149‑1 (MQ=255) tGCACCAGCCCGTCGTCGACGCCATGCAACAGGGCATCGATTTCATCCTGGGACAGCAGGTCCTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCt > 1:120891/1‑145 (MQ=255) tGCACCAGCCCGTCGTCGACGCCATGCAACAGGGCATCGATTTCATCCTGGGACAGCAGGTCCTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCt < 2:120891/145‑1 (MQ=255) agctgagtatcaccctacaggcgcgtaaccaggccgacctggatgccctcaaggtgcacatgccggtgatccgcaacaacctggtgatgatgttctccgggcaagggttcgacaccctcgccagcagcccggtagggcaggagatgctg > 7:69413‑M1/147‑149 (MQ=255) agctgagtatcaccctacaggcgcgtaaccaggccgacctggatgccctcaaggtgcacatgccggtgatccgcaacaacctggtgatgatgttctccgggcaagggttcgacaccctcgccagcagcccggtagggcaggagatgctg < 4:83866‑M1/3‑1 (MQ=255) tgagtatcaccctacaggcgcgtaaccaggccgacctggatgccctcaaggtgcacatgccggtgatccgcaacaacctggtgatgatgttctccgggcaagggttcgacaccctcgccagcagcctggtagggcaggagatgCTgcgc > 2:116421‑M1/144‑149 (MQ=255) agtatcaccctacaggcgcgtaaccaggccgacctggatgccctcaaggtgcacatgccggtgatccgcaacaacctggtgatgatgttctccgggcaagggttcgacaccctcgccagcagcccggtagggcaggagatgCTGCGCCa > 8:112008‑M1/142‑149 (MQ=255) cgtcgtCGACGCCATGCAACAGCGCATCGATTTCATCCTGGGACAGCAGGTCCTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACTGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTgg < 5:372577/149‑1 (MQ=255) gCCATGCAACAGGGCATCGATTTCATCCTGGGACAGCAGGTCCTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCgg > 2:22857/1‑149 (MQ=255) cATGCAACAGGGCATCGATTTCATCCTGGGACAGCAGGTCCTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTg < 4:136328/149‑1 (MQ=255) aGGGCATCGATTTCATCCTGGGACAGCAGGTCCTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATA‑CCA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTg > 1:215219/1‑149 (MQ=255) cATCGATTTCATCCTGGGACAGCAGGTCCTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGgcg > 3:78534/1‑148 (MQ=255) aTCTATTTAATCCTTGTACTGCATGTCCTGTACGGCCATTGCGTACTCCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACACC‑AACTGCTCGATGACCGGCTTGCCGACTTACTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCgca < 3:249570/149‑1 (MQ=255) aTTTCATCCTGGGACAGCTGGTCCTTTACGGATTTTGCGCTCTCCTACTTAAATATCCACATTTGTTGACCCCCTAACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCgca < 1:119091/148‑1 (MQ=255) ctcaaggtgcacatgccggtgatccgcaacaacctggtgatcatgttctccgggcaagggttcgacaccctcgccagcagcccggtagggcaggagattCTGCGCCACTACCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCgca < 6:213454‑M1/41‑1 (MQ=255) ctaaaggtgctctttcgggtgatccggaacaacctggggatgatgttctccgggcaagtgttagacaccctcgccagcagcccggtagggcaggagatgCTGCGCCACTTCCTGGAGCACCGCGGTGGCCTTCTGGCgca > 5:213454‑M1/100‑140 (MQ=255) tGGGACAGCAGGTCCTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGccc > 7:288114/1‑149 (MQ=255) ggACAGCAGGTCCTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGgcgc > 3:62232/1‑133 (MQ=255) ggACAGCAGGTCCTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGgcgc < 4:62232/133‑1 (MQ=255) ggACAGCAGGTCCTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTa > 3:83866/1‑149 (MQ=255) aCAGCAGGTCCTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTAcc > 1:138165/1‑149 (MQ=255) agcagGTCCTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCgg > 2:194833/1‑149 (MQ=255) gcagGTCCTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCggg < 4:78534/149‑1 (MQ=255) cagGTCCTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCg > 6:230559/1‑146 (MQ=255) cagGTCCTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCg < 5:230559/146‑1 (MQ=255) atgccggtgatccgcaacaacctggtgatgatgttctccgggcaagggttcgacaccctcgccagcagcccggtagggcaggagatgCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCgcagca > 6:876‑M1/88‑131 (MQ=255) atgccggtgatccgcaacaacctggtgatgatgttctccgggcaagggttcgacaccctcgccagcagcccggtagggcaggagatgCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCgcagca < 5:876‑M1/44‑1 (MQ=255) cTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGCCCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACAACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGTGCTGCTgg > 7:142325/1‑149 (MQ=255) cGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAgg < 3:273835/149‑1 (MQ=255) ccATTGCGGACTCCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGgtg > 7:23188/1‑149 (MQ=255) cATTGCGGACTCCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGgtgt > 2:36733/1‑149 (MQ=255) cATTGCGGACTCCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGgtgt > 3:141671/1‑149 (MQ=255) tGCGGACTCCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCg > 6:859/1‑148 (MQ=255) cGGACACCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACAGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGCCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAAc > 8:33417/1‑149 (MQ=255) ggACTCCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAAcc < 3:301092/149‑1 (MQ=255) tCCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGc < 6:245020/131‑1 (MQ=255) tCCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGc > 5:245020/1‑131 (MQ=255) tCCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTg > 6:125121/1‑149 (MQ=255) cTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGc < 8:288114/148‑1 (MQ=255) cTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACTGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCgg < 7:91268/149‑1 (MQ=255) cTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGccc < 7:297442/147‑1 (MQ=255) tA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAAca < 5:859/149‑1 (MQ=255) tA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAAca > 7:246574/1‑149 (MQ=255) cGA‑AATTGGTGACCAGC‑AACTGGGCGACGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAAcatc < 5:111574/149‑1 (MQ=255) cGA‑AATTGGTGAACATC‑AACTGGGCGCTGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAAcat < 8:142325/148‑1 (MQ=255) aTTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACAtcatca < 1:22857/149‑1 (MQ=255) tGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAgg < 2:215219/149‑1 (MQ=255) cAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGgttg < 7:227996/148‑1 (MQ=255) cAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGgttg > 8:227996/1‑148 (MQ=255) gC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGGttgttg < 8:246574/149‑1 (MQ=255) tcgatCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGGGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGGTTGTTGCGGa < 4:33821/145‑1 (MQ=255) aTGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGTGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGGTTGTTGCGGATCACCgg < 4:141671/149‑1 (MQ=255) cGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGGTTGTTGCGGATCACCGGCAtgt < 1:36733/149‑1 (MQ=255) ttccttcTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGGTTGTTGCGGATCACCGGCATGTGCACCTTGAggg > 6:320311/1‑149 (MQ=255) CTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTTCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGTGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACGAGGTTGTTGCGGATCACCGGCATTTGCACCTTGAGGGCATc > 7:33417‑M1/1‑147 (MQ=255) | TCTGCACCAGCCCGTCGTCGACGCCATGCAACAGGGCATCGATTTCATCCTGGGACAGCAGGTCCTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATA‑CGA‑AATTGGTGAACAGC‑AACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGGTTGTTGCGGATCACCGGCATGTGCACCTTGAGGGCATC > NC_002947/4950268‑4950559 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |