New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4950413 = | 43 (0.710) | 4 (0.070) | 4/248 | NT | 9.4% | coding (438/498 nt) | fliL | flagellar protein FliL |
? | NC_002947 | 4950455 = | 37 (0.650) | coding (396/498 nt) | fliL | flagellar protein FliL |
TGGGACAGCAGGTCCTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATACGAAATTGGTGAACAGCAACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGGTTGTTGCGGATCACCGGCATGTGCACCTTGAGGGCATCCAGGTCGGCCTGGTTACGCGCCTGTAGGGTGATACTCAGCT > NC_002947/4950318‑4950600 | tGGGACAGCAGGTCCTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATACGAAATTGGTGAACAGCAACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGccc > 7:288114/1‑149 (MQ=255) ggACAGCAGGTCCTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATACGAAATTGGTGAACAGCAACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTa > 3:83866/1‑149 (MQ=255) aCAGCAGGTCCTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATACGAAATTGGTGAACAGCAACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTAcc > 1:138165/1‑149 (MQ=255) agcagGTCCTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATACGAAATTGGTGAACAGCAACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCgg > 2:194833/1‑149 (MQ=255) gcagGTCCTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATACGAAATTGGTGAACAGCAACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCggg < 4:78534/149‑1 (MQ=255) cagGTCCTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATACGAAATTGGTGAACAGCAACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCg > 6:230559/1‑146 (MQ=255) cagGTCCTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATACGAAATTGGTGAACAGCAACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCg < 5:230559/146‑1 (MQ=255) atgccggtgatccgcaacaacctggtgatgatgttctccgggcaagggttcgacaccctcgccagcagcccggtagggcaggagatgCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCgcagca < 5:876‑M1/44‑1 (MQ=255) atgccggtgatccgcaacaacctggtgatgatgttctccgggcaagggttcgacaccctcgccagcagcccggtagggcaggagatgCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCgcagca > 6:876‑M1/88‑131 (MQ=255) cTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATACGAAATTGGTGAACAGCAACTGGTCGATGCCCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACAACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGTGCTGCTgg > 7:142325/1‑149 (MQ=255) cGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATACGAAATTGGTGAACAGCAACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAgg < 3:273835/149‑1 (MQ=255) ccATTGCGGACTCCTACTGCAATACGAAATTGGTGAACAGCAACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGgtg > 7:23188/1‑149 (MQ=255) cATTGCGGACTCCTACTGCAATACGAAATTGGTGAACAGCAACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGgtgt > 3:141671/1‑149 (MQ=255) cATTGCGGACTCCTACTGCAATACGAAATTGGTGAACAGCAACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGgtgt > 2:36733/1‑149 (MQ=255) tGCGGACTCCTACTGCAATACGAAATTGGTGAACAGCAACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCg > 6:859/1‑148 (MQ=255) cGGACACCTACTGCAATACGAAATTGGTGAACAGCAACTGGTCGATGACAGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGCCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAAc > 8:33417/1‑149 (MQ=255) ggACTCCTACTGCAATACGAAATTGGTGAACAGCAACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAAcc < 3:301092/149‑1 (MQ=255) tCCTACTGCAATACGAAATTGGTGAACAGCAACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGc > 5:245020/1‑131 (MQ=255) tCCTACTGCAATACGAAATTGGTGAACAGCAACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGc < 6:245020/131‑1 (MQ=255) tCCTACTGCAATACGAAATTGGTGAACAGCAACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTg > 6:125121/1‑149 (MQ=255) cTACTGCAATACGAAATTGGTGAACAGCAACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGc < 8:288114/148‑1 (MQ=255) cTGCAATACGAAATTGGTGAACTGCAACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCgg < 7:91268/149‑1 (MQ=255) cTGCAATACGAAATTGGTGAACAGCAACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGccc < 7:297442/147‑1 (MQ=255) tACGAAATTGGTGAACAGCAACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAAca > 7:246574/1‑149 (MQ=255) tACGAAATTGGTGAACAGCAACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAAca < 5:859/149‑1 (MQ=255) cGAAATTGGTGACCAGCAACTGGGCGACGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAAcatc < 5:111574/149‑1 (MQ=255) cGAAATTGGTGAACATCAACTGGGCGCTGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAAcat < 8:142325/148‑1 (MQ=255) aTTGGTGAACAGCAACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACAtcatca < 1:22857/149‑1 (MQ=255) tGAACAGCAACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAgg < 2:215219/149‑1 (MQ=255) cAGCAACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGgttg > 8:227996/1‑148 (MQ=255) cAGCAACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGgttg < 7:227996/148‑1 (MQ=255) gCAACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGGttgttg < 8:246574/149‑1 (MQ=255) tcgatCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGGGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGGTTGTTGCGGa < 4:33821/145‑1 (MQ=255) aTGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGTGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGGTTGTTGCGGATCACCgg < 4:141671/149‑1 (MQ=255) cGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGGTTGTTGCGGATCACCGGCAtgt < 1:36733/149‑1 (MQ=255) ttccttcTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGGTTGTTGCGGATCACCGGCATGTGCACCTTGAggg > 6:320311/1‑149 (MQ=255) tgctgcgccagaaggccaccgcggtggtccaggaagtggcgcagCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGGTTGTTGCGGATCACCGGCAt > 6:876‑M2/45‑131 (MQ=255) tgctgcgccagaaggccaccgcggtggtccaggaagtggcgcagCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGGTTGTTGCGGATCACCGGCAt < 5:876‑M2/87‑1 (MQ=255) CTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTTCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGTGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACGAGGTTGTTGCGGATCACCGGCATTTGCACCTTGAGGGCATc > 7:33417‑M1/1‑147 (MQ=255) tgcgccagaaggccaccgcggtggtccaggtagtggcgcagAATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATGATCACCAGGTTGTTGCGGATCACCGGCATGTGCACCTTGAg < 6:213454‑M2/99‑1 (MQ=255) tgcgccagaaggccaccgcggtgctccaggaagtggcgcagCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCTAACACTTGCCCGGAGAACATCATCCCCAGGTTGTTCCGGATCACCCGAAAGAGCACCTTTAg > 5:213454‑M2/42‑140 (MQ=255) CGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGGTTGTTGCGGATCACCGGCATGTGCACCTTGAGGGCATCCAGGt < 8:355377‑M1/149‑1 (MQ=255) GCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGGTTGTTGCGGATCACCGGCATGTGCACCTTGAGGGCATCCAGGTc < 2:157660‑M1/149‑1 (MQ=255) CCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGGTTGTTGCGGATCACCGGCATGTGCACCTTGAGGGCATCCAGGTCg < 5:248213‑M1/149‑1 (MQ=255) ACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGGTTGTTGCGGATCACCGGCATGTGCACCTTGAGGGCATCCAGGTCGGc > 8:23188‑M1/1‑149 (MQ=255) ttCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGGTTGTTGCGGATCACCGGCATGTGCACCTTGAGGGCATCCAGGTCGGCCt > 4:112254/1‑149 (MQ=255) tGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGGTTGTTGCGGATCACCGGCATGTGCACCTTGAGGGCATCCAGGTCGGCCTGGTTACGCGCCTGTAgg < 2:138165/149‑1 (MQ=255) gCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGGTTGTTGCGGATCACCGGCATGTGCACCTTGAGGGCATCCAGGTCGGCCTGGTTACGCGCCTGTAGGGt < 5:320311/149‑1 (MQ=255) ccTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGGTTGTTGCGGATCACCGGCATGTGCACCTTGAGGGCATCCAGGTCGGCCTGGTTACGCGCCTGTAGGGt > 5:336894/1‑148 (MQ=255) ttCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGGTTGTTGCGGATCACCGGCATGTGCACCTTGAGGGCATCCAGGTCGGCCTGGTTACGCGCCTGTAGGGTGa > 4:197826/1‑148 (MQ=255) tggcgcagCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGGTTGTTGCGGATCACCGGCATGTGCACCTTGAGGGCATCCAGGTCGGCCTGGTTACGCGCCTGTAGGGTGATACt > 8:112008‑M2/9‑149 (MQ=255) gcgcagCATCTCCTGCCCTACCAGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGGTTGTTGCGGATCACCGGCATGTGCACCTTGAGGGCATCCAGGTCGGCCTGGTTACGCGCCTGTAGGGTGATACTCa > 2:116421‑M2/7‑149 (MQ=255) cagCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGGTTGTTGCGGATCACCGGCATGTGCACCTTGAGGGCATCCAGGTCGGCCTGGTTACGCGCCTGTAGGGTGATACTCAGCt > 7:69413‑M2/4‑149 (MQ=255) cagCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGGTTGTTGCGGATCACCGGCATGTGCACCTTGAGGGCATCCAGGTCGGCCTGGTTACGCGCCTGTAGGGTGATACTCAGCt < 4:83866‑M2/146‑1 (MQ=255) | TGGGACAGCAGGTCCTGTACGGCCATTGCGGACTCCTACTGCAATACGAAATTGGTGAACAGCAACTGGTCGATGACCGGCTTGCCGACTTCCTTCTGCGCCACTTCCTGGACCACCGCGGTGGCCTTCTGGCGCAGCATCTCCTGCCCTACCGGGCTGCTGGCGAGGGTGTCGAACCCTTGCCCGGAGAACATCATCACCAGGTTGTTGCGGATCACCGGCATGTGCACCTTGAGGGCATCCAGGTCGGCCTGGTTACGCGCCTGTAGGGTGATACTCAGCT > NC_002947/4950318‑4950600 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |