New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5291126 = | 46 (0.760) | 4 (0.070) | 4/256 | NT | 8.2% | coding (724/882 nt) | PP_4664 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 5291174 = | 45 (0.770) | coding (772/882 nt) | PP_4664 | LysR family transcriptional regulator |
TATGTCGGCCTGGGGGCCGGCAGTGCACTGGGGTTGTACCTGGAAGAGCAAGCGCTGCACGAGGGGCAGCGCATGCAGGTTCGGGTGCGTGCGGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGTGGCACTGCAGGAGCCATGGGCCAACCGCCGGTTGCTGGTGTGCGCACGGGATTTTGCGGCATTGCCGGGCTATGCCGCAGAACTGGTAGCCACCTT > NC_002947/5290979‑5291274 | ggcggtttgcctcgacagtggtgtgcgcccttgcgcgtcagccggtaaaggtggctaccagttctgcggcatagcccggcaatgccgcaaaatcccgtgcgcacaccagcaaccggcggttggcccatggctcctgcagtgccacccag < 4:136362‑M1/1‑1 (MQ=255) gCCTGGGGGCCGGCAGTGCACTGGGGTTGTACCTGGAAGAGCAAGCGCTGCACGAGGGGCAGCGCATGCAGGTTCGGGTGCGTGCGGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTg > 2:111791/1‑149 (MQ=255) gacagtggtgtgcgcccttgcgcgtcagccggtaaaggtggctaccagttctgcggcatagcccggcaatgccgcaaaatcccgtgcgcacaccagcaaccggcggttggcccatggctcctgcagtgccacccaGt < 8:295769‑M1/2‑1 (MQ=255) gacagtggtgtgcgcccttgcgcgtcagccggtaaaggtggctaccagttctgcggcatagcccggcaatgccgcaaaatcccgtgcgcacaccagcaaccggcggttggcccatggctcctgcagtgccacccaGt > 7:295769‑M1/136‑137 (MQ=255) ccGGCAGTGCACTGGGGTTGTACCTGGAAGAGCAAGCGCTGCACGAGGGGCAGCGCATGCAGGTTCGGGTGCGTGCGGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTa > 5:240460/1‑149 (MQ=255) ccGGCAGTGCACTGGGGTTGTACCTGGAAGAGCAAGCGCTGCACGAGGGGCAGCGCATGCAGGTTCGGGTGCGGGCGGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTa < 3:222838/149‑1 (MQ=255) ggCAGTGCACTGGGGTTGTACCTGGAAGAGCAAGCGCTGCACGAGGGGCAGCGCATGCAGGTTCGGGTGCGTGCGGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTCGTGCCACTGGCAGCAGTa > 7:216270/1‑147 (MQ=255) gCAGTGCACTGGGGTTGTACCTGGAAGAGCAAGCGCTGCACGAGGGGCAGCGCATGCAGGTTCGGGTGCGTGCGGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAg > 5:275955/1‑149 (MQ=255) cAGTGCACTGGGGTTGTACCTGGAAGAGCAAGCGCTGCACGAGGGGCAGCGCATGCAGGTTCGGGTGCGTGCGGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAgc > 3:45588/1‑149 (MQ=255) cACTGGGGTTGTACCTGGAAGAGCAAGCGCTGCACGAGGGGCAGCGCATGCAGGTTCGGGTGCGTGCGGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTg < 6:95751/148‑1 (MQ=255) gTACCTGGAAGAGCAAGCGCTGCACGAGGGGCAGCGCATGCAGGTTCGGGTGCGTGCGGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCAtgc > 1:351114/1‑149 (MQ=255) gTACCTGGAAGAGCAAGCGCTGCACGAGGGGCAGCGCATGCAGGTTCGGGTGCGTGCGGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCAtg < 4:204346/148‑1 (MQ=255) cTGGAAGAGCAAGCGCTGCACGAGGGGCAGCGCATGCAGGTTCGGGTGCGTGCGGAGGGGTTTGATGGGGGGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAATTCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCAtgctgc < 1:273589/149‑1 (MQ=255) gacgagCAAGCGCTGCACGAGGGGCAGCGCATGCAGGTTCGGGGGCGTGCGTAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGtt < 3:370968/146‑1 (MQ=255) gAAGAGCAAGCGCTGCACGAGGGGCAGCGCATGCAGGTTCGGGTGCGTGCGGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGtt < 6:275955/149‑1 (MQ=255) agCAAGCGCTGCACGAGGGGCAGCGCATGCAGGTTCGGGTGCGTGCGGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCAc > 7:81849/1‑149 (MQ=255) agCAAGCGCTGCACGAGGGGCAGCGCATGCAGGTTCGGGTGCGTGCGGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCAc < 8:272233/149‑1 (MQ=255) gCAAGCGCTGCACGAGGGGCAGCGCATGCAGGTTCGGGTGCGTGCGGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACt > 7:26415/1‑149 (MQ=255) cAAGCGCTGCACGAGGGGCAGCGCATGCAGGTTCGGGTGCGTGCGGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTg > 5:218423/1‑149 (MQ=255) ggtggctaccagttctgcggcatagcccggcaatgccgcaaaatcccgtgcgcacaccagcaaccggcggttggcccatggctcctgcagtgccacccaGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTg > 4:103889‑M1/100‑149 (MQ=255) aaGCGCTGCACGAGGGGCAGCGCATGCAGGTTCGGGTGCGTGCGGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCAt < 2:55592/133‑1 (MQ=255) aaGCGCTGCACGAGGGGCAGCGCATGCAGGTTCGGGTGCGTGCGGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCAt > 1:55592/1‑133 (MQ=255) aGCGCTGCACGAGGGGCAGCGCATGCAGGTTCGGGTGCGTGCGGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCTCTggg > 8:298386/1‑149 (MQ=255) tggctaccagttctgcggcatagcccggcaatgccgcaaaatcccgtgcgcacaccagcaaccggcggttggcccatggctcctgcagtgccacccaGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTggg > 5:123520‑M1/98‑149 (MQ=255) gcgcTGCACGAGGGGCAGCGCATGCAGGTTCGGGTGCGTGCGGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGTCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGt < 5:284462/149‑1 (MQ=255) gcTGCACGAGGGGCAGCGCATGCAGGTTCGGGTGCGTGCGGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGTgg > 4:128824/1‑149 (MQ=255) taccagttctgcggcatagcccggcaatgccgcaaaatcccgtgcgcacaccagcaaccggcggttggcccatggctcctgcagtgccacccaGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGt < 8:197523‑M1/53‑1 (MQ=255) taccagttctgcggcatagcccggcaatgccgcaaaatcccgtgcgcacaccagcaaccggcggttggcccatggctcctgcagtgccacccaGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGt > 7:197523‑M1/94‑146 (MQ=255) gCACGAGGGGCAGCGCATGCAGGTTCGGGTGCGTGCGGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGTGGCAc < 8:291270/149‑1 (MQ=255) gAGGGGCAGCGCATGCAGGTTCGGGTGCGTGCGGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGTGGCACTGCa < 4:45588/149‑1 (MQ=255) gggCAGCGCATGCAGGTGCGGGTGCGTGCGGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGTGGCACTGCAGGa < 4:111011/149‑1 (MQ=255) gcATGCAGGTTCGGGTGCGTGCGGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGTGGCACTGCAGGAGCCATgg > 7:193802/1‑149 (MQ=255) gcATGCAGGTTCGGGTGCGTGCGGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGTGACACTGCAGGAGCCATgg > 5:367817/1‑149 (MQ=255) cATGCAGGTTGGGGTGGGTGCGTTTGGGTTTTAGGGGGTGATCGTCTTGTTGGCGGGGGGTGCCGGTT‑TGGGGTTGGTGCCTCTGGGAGCAGTACAGCGCTGGAAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGTTGTCACTGCAGGAGCCATggg < 8:216270/149‑1 (MQ=255) aGGTTCGGGTGCGTGCGGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGTGGCACTGCAGGAGCCATGGGCCAAc > 4:47408/1‑149 (MQ=255) gTTCGGGTGCGTGCGGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGTGGCACTGCAGGAGCCATGGGCCAAccg > 4:32702/1‑149 (MQ=255) gtgcgtgcGGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGTGGCACTGCAGGAGCCATGGGCCAACCGCCGGtt > 6:299302/1‑149 (MQ=255) gtgcgGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGTGGCACTGCAGGAGCCATGGGCCAACCGCCGGTTGCTg < 8:26415/149‑1 (MQ=255) ggggTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGTGGCACTGc < 7:117402/112‑1 (MQ=255) gggTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAT‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGATGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCAGTGGGTGGCAATGc > 8:117402/1‑112 (MQ=255) ggTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGTGGCACTGCAGGAGCCATGGGCCAACCGCCGGTTGCTGGTGTGCGCa > 6:279998/1‑149 (MQ=255) gTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGTAA‑TCGGGGGGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGTGGCACTGCAGGAGCCATGGGCCAACCGCCGGTTGCTGGTGTGCGCAc < 3:353731/149‑1 (MQ=255) tGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGTGGCACTGCAGGAGCCATGGGCCAACCGCCGGTTGCTGGTGTGCGCACGGGAtt > 6:204047/1‑149 (MQ=255) tGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGTGGCACTGCAGGAGCCATGGGCCAACCGCCGGTTGCTGGTGTGCGCACGGGAtt > 4:172724/1‑149 (MQ=255) gTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGTGGCACTGCAGGAGCCATGGGCCAACCGCCGGTTGCTGGTGTGCGCACGGGATTTTGc > 2:364643/1‑149 (MQ=255) gCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGTGGCACTGCAGGAGCCATGGGCCAACCGCCGGTTGCTGGTGTGCGCACGGGATTTTGCGGCATTg > 3:136362/1‑149 (MQ=255) gggcgggGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGTGGCACTGCAGGAGCCATGGGCCAACCGCCGGTTGCTGGTGTGCGCACGGGATTTTGCGGCATTGCCGGGCTATg < 5:279998/149‑1 (MQ=255) gCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGTGGCACTGCAGGAGCCATGGGCCAACCGCCGGTTGCTGGTGTGCGCACGGGATTTTGCGGCATTGCCGGGCTATGCCGCAg > 7:28697/1‑148 (MQ=255) cGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGTGGCACTGCAGGAGCCATGGGCCAACCGCCGGTTGCTGGTGTGCGCACGGGATTTTGCGGCATTGCCGGGCTATGCCGCAGAAc < 3:128824/149‑1 (MQ=255) ggAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACGGGGTGACACTGCAGGAGCCATGGGCCAACCGCCGGTTGCTGGTGTGCGCACGGGATTTTGCGGCATAGCCCGGCAATGCCGCaaaatc < 6:367817/149‑3 (MQ=255) a‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGTGGCACTGCAGGAGCCATGGGCCAACCGCCGGTTGCTGGTGTGCGCACGGGATTTTGCGGCATTGCCGGGCTATGCCGCAGAACTGGt < 6:240460/149‑1 (MQ=255) tCGGGGTGGTGCCACTGTCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCTCTGGGTGGCACTGCAGGAGCCATGGGCCAACCGCCGGTTGCTGGTGTGCGCACGGGATTTTGCGGCATTGCCGGGCTATGCCGCAGAACTGGTa < 7:298386/149‑1 (MQ=255) tCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGTGGCACTGCAGGAGCCATGGGCCAACCGCCGGTTGCTGGTGTGCGCACGGGATTTTGCGGCATTGCCGGGCTATGCCGCAGAACTGGTa < 6:218423/149‑1 (MQ=255) gggTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGTGGCACTGCAGGAGCCATGGGCCAACCGCCGGTTGCTGGTGTGCGCACGGGATTTTGCGGCATTGCCGGGCTATGCCGCAGAACTGGTAGc > 8:353409/1‑148 (MQ=255) tggtgCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGTGGCACTGCAGGAGCCATGGGCCAACCGCCGGTTGCTGGTGTGCGCACGGGATTTTGCGGCATTGCCGGGCTATGCCGCAGAACTGGTAGCCAcc < 3:172724/149‑1 (MQ=255) GTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGTGGCACTGCAGGAGCCATGGGCCAACCGCCGGTTGCTGGTGTGCGCACGGGATTTTGCGGCATTGCCGGGCTATGCCGCAGAACTGGTAGCCACCtt < 4:223381‑M1/149‑1 (MQ=255) | TATGTCGGCCTGGGGGCCGGCAGTGCACTGGGGTTGTACCTGGAAGAGCAAGCGCTGCACGAGGGGCAGCGCATGCAGGTTCGGGTGCGTGCGGAGGGGTTTGATGGGGTGATCCGCATGGTCGCGGGCGGGGCCGGAA‑TCGGGGTGGTGCCACTGGCAGCAGTACAGCGCTGGCAAGGCATGCTGCCGTTGCACTGGGTGGCACTGCAGGAGCCATGGGCCAACCGCCGGTTGCTGGTGTGCGCACGGGATTTTGCGGCATTGCCGGGCTATGCCGCAGAACTGGTAGCCACCTT > NC_002947/5290979‑5291274 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |