| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 167936 = | 69 (1.150) | 5 (0.090) | 5/254 | NT | 6.4% | coding (308/918 nt) | gcdR | gcdH transcriptional regulator |
| ? | NC_002947 | 167990 = | 80 (1.380) | coding (254/918 nt) | gcdR | gcdH transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
TGGCCGGGTGCGGTTGGTGAGGTTGACTGTGACCTCCGGGTGGCGCTGCTGGAAGTCCTTGAGCCGTGGTAGCAGCCATTGAGTGCCAAACGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTGGGCCGCCACCTGGCGACTGTAGGACAGGCCGGCTTCGGTCAGCCTTACGCCGCGGCGCGAGCGACGGAACAGTTCCACATTAAGGAACGCTTCCAGGCCACCGATCTGCCGACAGACGG > NC_002947/167845‑168137 | tGGCCGGGTGCGGTTGGTGAGGTTGACTGTGACCTCCGGGTGGCGCTGCTGGAAGTCCTTGAGCCGTGGTAGCAGCCATTGAGTGCCAAACGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAgg > 3:63393/1‑149 (MQ=255)gctcgcgccgcggcgtaaggctgaccgaagccggcctgtcctacagtcgccaggtggcggcccaactggacgctgtggagcgcgataccttGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAg > 3:70398‑M1/92‑148 (MQ=255) gCCGGGTGCGGTTGGTGAGGTTGACTGTGACCTCCGGGTGGCGCTGCTGGAAGTCCTTGAGCCGTGGTAGCAGCCATTGAGTGCCAAACGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTa < 5:340454/149‑1 (MQ=255) gCCGGGTGCGGTTGGTGAGGTTGACTGTGACCTCCGGGTGGCGCTGCTGGAAGTCCTTGAGCCGTGGTAGCAGCCATTGAGTGCCAAACGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTa > 2:251026/1‑149 (MQ=255) gCCGGGTGCGGTTGGTGAGGTTGACTGTGACCTCCGGGTGGCGCTGCTGGAAGTCCTTGAGCCGTGGTAGCAGCCATTGAGTGCCAAACGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTa > 2:245848/1‑149 (MQ=255) cGGGTGCGGTTGGTGAGGTTGACTGTGACCTCCGGGTGGCGCTGCTGGAAGTCCTTGAGCCGTGGTAGCAGCCATTGAGTGCCAAACGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTATc < 4:306289/149‑1 (MQ=255) cGGGTGCGGTTGGTGAGGTTGACTGTGACCTCCGGGTGGCGCTGCTGGAAGTCCTTGAGCCGTGGTAGCAGCCATTGAGTGCCAAACGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTATc > 4:122829/1‑149 (MQ=255) gTGCGGTTGGTGAGGTTGACTGTGACCTCCGGGTGGCGCTGCTGGAAGTCCTTGAGCCGTGGTAGCAGCCATTGAGTGCCAAACGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTATcgcg > 6:38520/1‑149 (MQ=255) cGGTTGGTGAGGTTGACTGTGACCTCCGGGTGGCGCTGCTGGAAGTCCTTGAGCCGTGGTAGCAGCCATTGAGTGCCAAACGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTATCGCGCTc < 8:323392/149‑1 (MQ=255) ttGGTGAGGTTGACTGTGACCTCCGGGTGGCGCTGCTGGAAGTCCTTGAGCCGTGGTAGCAGCCATTGAGTGCCAAACGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTATcg > 7:265951/1‑141 (MQ=255) ttGGTGAGGTTGACTGTGACCTCCGGGTGGCGCTGCTGGAAGTCCTTGAGCCGTGGTAGCAGCCATTGAGTGCCAAACGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTATcg < 8:265951/141‑1 (MQ=255) ttGGTGAGGTTGACTGTGACCTCCGGGTGGCGCTGCTGGAAGTCCTTGAGCCGTGGTAGCAGCCATTGAGTGCCAAACGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTATCGCGCTCca > 1:107166/1‑148 (MQ=255) ggTGAGGTTGACTGTGACCTCCGGGTGGCGCTGCTGGAAGTCCTTGAGCCGTGGTAGCAGCCATTGAGTGCCAAACGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTATCGCGCTCcaca < 2:341952/148‑1 (MQ=255) tGAGGTTGACTGTGACCTCCGGGTGGCGCTGCTGGAAGTCCTTGAGCCGTGGTAGCAGCCATTGAGTGCCAAACGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTATCGCGCTCCACAGCg > 2:335765/1‑149 (MQ=255) gTTGACTGTGACCTCCGGGTGGCGCTGCTGGAAGTCCTTGAGCCGTGGTAGCAGCCATTGAGTGCCAAACGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTc > 4:73365/1‑147 (MQ=255) cTGTGACCTCCGGGTGGCGCTGCTGGAAGTCCTTGAGCCGTGGTAGCAGCCATTGAGTGCCAAACGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTgg < 3:132990/149‑1 (MQ=255) gtgACCTCCGGGTGGCGCTGCTGGAAGTCCTTGAGCCGTGGTAGCAGCCATTGAGTGCCAAACGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTATCGCGCTc < 6:46503/131‑1 (MQ=255) gtgACCTCCGGGTGGCGCTGCTGGAAGTCCTTGAGCCGTGGTAGCAGCCATTGAGTGCCAAACGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTATCGCGCTc > 5:46503/1‑131 (MQ=255) gtgACCTCCGGGTGGCGCTGCTGGAAGTCCTTGAGCCGTGGTAGCAGCCATTGAGTGCCAAACGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTATCGCGCCCCACAGCGTCCAGTTGGgc > 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ctgctgGAAGTCCTTGAGCCGTGGGAGCAGCCATTGAGTGCCAAACGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTGGGCCGCCACCTGGCGACTGt < 1:245848/149‑1 (MQ=255) gAAGTCCTTGAGCCGTGGTAGCAGCCATTGAGTGCCAAACGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTGGgcc > 5:300801/1‑127 (MQ=255) gAAGTCCTTGAGCCGTGGTAGCAGCCATTGAGTGCCAAACGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTGGgcc < 6:300801/127‑1 (MQ=255) gtggcggcccaactggacgctgtggagcgcgataccttGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACaa > 6:345935‑M1/39‑94 (MQ=255) gtggcggcccaactggacgctgtggagcgcgataccttGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACaa < 5:345935‑M1/56‑1 (MQ=255) gTCCTTGAGCCGTGGTAGCAGCCATTGAGTGCCAAACGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTGGGCCGCCACCTGGCGACTGTAGGACAGGc < 3:122829/149‑1 (MQ=255) tCCTTGAGCCGTGGTAGCAGCCATTGAGTGCCAAACGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTGGGCCGCCACCTGGCGACTGTAGGACAGGc < 1:333457/148‑1 (MQ=255) tCCTTGAGCCGTGGTAGCAGCCATTGAGTGCCAAACGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTGGGCCGCCACCTGGCGACTGTAGGACAGGc > 2:333457/1‑148 (MQ=255) cTTGAGCCGTGGTAGCAGCCATTGAGTGCCAAACGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTGGGCCGCCACCTGGCGACTGTAGGACAGGCCgg > 8:158722/1‑149 (MQ=255) gAGCCGTGGTAGCAGCCATTGAGTGCCAAACGTCGGAACTACCGCCAGCTCGAATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTGGGCCGCCACCTGGCGACTGTAGGACAGGCCGGCt > 1:287812/1‑149 (MQ=255) gCCGTGGTAGCAGCCATTGAGTGCCAAACGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTGGGCCGCCACCTGGCGACTGTAGGACAGGCCGGCTTCg > 4:171414/1‑149 (MQ=255) 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gcCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTGGGCCGCCACCTGGCGACTGTAGGACAGGCCGGCTTCGGTCAGCCTTACGCCGCGGCGCGAGCGACGGAACAGTTCCACATTAAGGAACGCTTCCAg > 8:249319/1‑147 (MQ=255) gcCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTGGGCCGCCACCTGGCGACTGTAGGACAGGCCGGCTTCGGTCAGCCTTACGCCGCGGCGCGAGCGACGGAACAGTTCCACATTAAGGAACGCTTCCAGGc > 8:17882/1‑149 (MQ=255) ccTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTGGGCCGCCACCTGGCGACTGTAGGACAGGCCGGCTACGGTCAGCCTTACGCCGCGGCGCGAGCGACGGAACAGTTCCACATTAAGGAACGCTTCCAGGcc > 7:254220/1‑149 (MQ=255) gCTGGCGCATTACCGACAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTGGGCCGCCACCTGGCGACTGTAGGACAGGCCGGCTTCGGTCAGCCTTACGCCGCGGCGCGAGCGACGGAACAGTTCCACATTAAGGAACGCTTCCAGGCCAcc > 1:95903/1‑148 (MQ=255) cTGGCGCATTACCGACAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTGGGCCGCCACCTGGCGACTGTAGGACAGGCCGGCTTCGGTCATCCTTACGCCGCTGCGCGAGCGCCGGAACAGTTCCACATTAAGGAACGCTTCCAGGCCCCCGa > 7:198311/1‑149 (MQ=255) gcgcATTACCGACAAGGTATCGCGCTCCACATCGTCCAGTTGGGCCGCCACCTGGCGACTGTAGGACAGGCCGGCTTCGGTCAGCCTTACGCCGCGGCGCGAGCGACGGAACAGTTCCACATTAAGGAACGCTTCCAGGCCACCGAt < 8:340756/147‑1 (MQ=255) cgcATTACCGACAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTGGGCCGCCACCTGGCGACTGTAGGACAGGCCGGGTTCGGTCAGCCTTACGCCGCGGCGCGAGCGACGGAACAGTTCCACATTAAGGAACGCTTCCAGGCCACCGATCTg < 8:136041/149‑1 (MQ=255) gcATTACCGACAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTGGGCCGCCACCTGGCGACTGTAGGACAGGCCGGCTTCGGTCAGCCTTACGCCGCGGCGCGAGCGACGGAACAGTTCCACATTAAGGAACGCTTCCAGGCCACCGATCTGc > 5:240889/1‑149 (MQ=255) gcATTACCGACAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTGGGCCGCCACCTGGCGACTCTAGGACAGGCCGGCTTCGGTCAGCCTTACGCCGCGGCGCGAGCGACGGAACAGTTCCACATTAAGGAACGCTTCCAGGCCACCGATCTGc < 5:38520/149‑1 (MQ=255) aTTACCGACAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTGGGCCGCCACCTGGCGACTGTAGGACAGGCCGGCTTCGGTCAGCCTTACGCCGCGGCGCGAGCGACGGAACAGTTCCACATTAAGGAACGCTTCCAGGCCACCGATCTGcc > 3:318394/1‑148 (MQ=255) ttACCGACAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTGGGCCGCCACCTGGCGACTGTAGGACAGGCCGGCTTCGGTCAGCCTTACGCCGCGGCGCGAGCGACGGAACAGTTCCACATTAAGGAACGCTTCCAGGCCACCGATCTGCCGa < 7:158722/149‑1 (MQ=255) aCCGACAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTGGGCCGCCACCTGGCGACTGTAGGACAGGCCGGCTTCGGTCAGCCTTACGCCGCGGCGCGAGCGACGGAACAGTTCCACATTAAGCAACGCTTCCAGGCCACCGATCTGCCGa > 5:384289/1‑147 (MQ=255) ccgacAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTGGGCCGCCACCTGGCGACTGTAGGACAGGCCGGCTTCGGTCAGCCTTACGCCGCGGCGCGAGCGACGGAACAGTTCCACATTAAGGAACGCTTCTAGGCCACCGATCTGCCGa > 5:110437‑M2/6‑146 (MQ=255) ccgacAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTGGGCCGCCACCTGGCGACTGTAGGACAGGCCGGCTTCGGTCAGCCTTACGCCGCGGCGCGAGCGACGGAACAGTTCCACATTAAGGAACGCTTCCAGGCCACCGATCTGCCGACAg < 2:287812‑M2/144‑1 (MQ=255) ccgacAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTGGGCCGCCACCTGGCGACTGTAGGACAGGCCGGCTTCGGTCAGCCTTACGCCGCGGCGCGAGCGACGGAACAGTTCCACATTAAGGAACGCTTCCAGGCCACCGATCTGCCGACAg < 4:349053‑M2/144‑1 (MQ=255) cgacAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTGGGCCGCCACCTGGCGACTGTAGGACAGGCCGGCTTCGGTCAGCCTTACGCCGCGGCGCGAGCGACGGAACAGTTCCACATTAAGGAACGCTTCCAGGCCACCGATCTGCCGACAGa > 4:101349‑M2/5‑149 (MQ=255) cgacAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTGGGCCGCCACCTGGCGACTGTAGGACAGGCCGGCTTCGGTCAGCCTTACGCCGCGGCGCGAGCGACGGAACAGTTCCACATTAAGGAACGCTTCCAGGCCACCGATCTGCCGACAGa > 5:199656‑M2/5‑149 (MQ=255) cgacAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTGGGCCGCCACCTGGCGACTGTAGGACAGGCCGGCTTCGGTCAGCCTTACGCCGCGGCGCGAGCGACGGAACAGTTCCACATTAAGGAACGCTTCCAGGCCACCGATCTGCCGACAGa > 1:237782‑M2/5‑149 (MQ=255) acAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTGGGCCGCCACCTGGCGACTGTAGGACAGGCCGGCTTCGGTCAGCCTTACGCCGCGGCGCGAGCGACGGAACAGTTCCACATTAAGGAACGCTTCCAGGCCACCGATCTGCCGACAGACg > 7:87691‑M2/3‑149 (MQ=255) aaGGTATCGCGCTACACAGCGTCCAGTTGGGCCGCCACCTGGCGACTGTAGGACAGGCCGGCTTCGGTCAGCCTTACGCCGAGGCGCGAGCGACGGAACAGTTCCACATTAAGGAACGCTTCCAGGCCACCGATCTGCCGACAGACgg > 8:165027/1‑148 (MQ=255) | TGGCCGGGTGCGGTTGGTGAGGTTGACTGTGACCTCCGGGTGGCGCTGCTGGAAGTCCTTGAGCCGTGGTAGCAGCCATTGAGTGCCAAACGTCGGAACTACCGCCAGCTCG‑ATCACATTGGCGCCTTGCTGGCGCATTACCGACAAGGTATCGCGCTCCACAGCGTCCAGTTGGGCCGCCACCTGGCGACTGTAGGACAGGCCGGCTTCGGTCAGCCTTACGCCGCGGCGCGAGCGACGGAACAGTTCCACATTAAGGAACGCTTCCAGGCCACCGATCTGCCGACAGACGG > NC_002947/167845‑168137 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |