New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2744589 | 44 (0.730) | 3 (0.050) | 3/252 | NT | 6.3% | coding (128/696 nt) | PP_2399 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 2744625 | 47 (0.820) | coding (164/696 nt) | PP_2399 | hypothetical protein |
CAGTATGCCTTGGCCCGTCACCTGCGCGACCCACAGCGCCATGCCCCGCCGCCCGGCGTCGAGGCCCGGCGCCTGAAGGTTTACCGTGAGTTGTTCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGACGCCGTTGTTTACCGAAATTGCCGAGACGTTCGTCGACTACTTGCAACATGTGGCGCTGGACACCCCTTGGCAGC > NC_002947/2744486‑2744771 | cagTATGCCTTGGCCCGTCACCTGCGCGACCCACAGCGCCATGCCCCGCCGCCCGGCGTCGAGGCCCGGCGCCTGAAGGTTTACCGTGAGTTGTTCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGc < 2:371527/149‑1 (MQ=255) tATGCCTTGGCCCGTCACCTGCGCGACCCACAGCGCCATGCCCCGCCGCCCGGCGTCGAGGCCCGGCGCCTGAAGGTTTAACGTGAGTTGTTCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGtt > 4:52997/1‑149 (MQ=255) tGCCTTGGCCCGTCACCTGCGCGACCCACAGCGCCATGCCCCGCCGCCCGGCGTCGAGGCCCGGCGCCTGAAGGTTTACCGTGAGTTGTTCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTgg < 3:264705/149‑1 (MQ=255) tGCCTTGGCCCGTCACCTGCGCGACCCACAGCGCCATGCCCCGCCGCCCGGCGTCGAGGCCCGGCGCCTGAAGGTTTACCGTGAGTTGCTCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTgg < 4:142458/149‑1 (MQ=255) ccTTGGCCCGTCACCTGCGCGACCCCCAGCGCCATGCCCCGCCGCCCGGCGGCGAGGCCCGGCGCCTGAAGGTTTACCGTGAGTTGTTCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGc < 7:347753/149‑1 (MQ=255) ccTTGGCCCGTCACCTGCGCGACCCACAGCGCCATGCCCCGCCGCCCGGCGTCGAGGCCCGGCGCCTGAAGGTTTACCGTGAGTTGTTCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGc < 4:168900/149‑1 (MQ=255) ccTTGGCCCGTCACCTGCGCGACCCACAGCGCCATGCCCCGCCGCCCGGCGTCGAGGCCCGGCGCCTGAAGGTTTACCGTGAGTTGTTCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGc < 3:248796/149‑1 (MQ=255) ttGGCCCGTCACCTGCGCGACCCACAGCGCCATGCCCCGCCGCCCGGCGTCGAGGCCCGGCGCCTGAAGGTTTACCGTGAGTTGTTCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGc > 1:24432/1‑147 (MQ=255) ttGGCCCGTCACCTGCGCGACCCACAGCGCCATGCCCCGCCGCCCGGCGTCGAGGCCCGGCGCCTGAAGGTTTACCGTGAGTTGTTCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGc > 5:33416/1‑147 (MQ=255) ggCCCGTCACCTGCGCGACCCACAGCGCCATGCCCCGCCGCCCGGCGTCGAGGCCCGGCGCCTGAAGGTTTACCGTGAGTTGTTCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGag > 6:282396/1‑148 (MQ=255) aCCTGCGCGACCCACAGCGCCATGCCCCGCCGCCCGGCGTCGAGGCCCGGCGCCTGAAGGTTTACCGTGAGTTGTTCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTg < 7:350130/148‑1 (MQ=255) ccATGCCCCGCCGCCCGGCGTCGAGGCCCGGCGCCTGAAGGTTTACCGTGAGTTGTTCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCCGGCGTTGGGCGAGCAGCGCAGGCATGCCCGAGTACGTGAtt > 2:299480/1‑149 (MQ=255) ccccGCCGCCCGGCGTCGAGGCCCGGCGCCTGAAGGTTTACCGTGAGTTGTTCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTAc < 6:33416/149‑1 (MQ=255) cgccgcCCGGCGTCGAGGCCCGGCGCCTGAAGGTTTACCGTGAGTTGTTCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGcc < 4:201949/149‑1 (MQ=255) gCCCGGCGCCTGAAGGTTTACCGTGAGTTGTTCTTTGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGAc > 1:181205/1‑149 (MQ=255) gCCCGGCGCCTGAAGGTTTACCGTGAGTTGTTCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGagca > 3:50490/1‑98 (MQ=255) gCCCGGCGCCTGAAGGTTTACCGTGAGTTGTTCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGagca < 4:50490/98‑1 (MQ=255) ccGGCGCCTGAAGGTTTACCGTGAGTTGTTCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGACGc > 2:362069/1‑149 (MQ=255) gcgcCTGAAGGTTTACCGTGAGTTGTTCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGACGCCgt > 4:274878/1‑149 (MQ=255) cgcCTGAAGGTTTACCGTGAGTTGTTCTATCGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCGTCCCGGTCATGCGCCAGGCGTCGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCACTTACCGTTGCCAGACGCCgtt < 6:195481/149‑1 (MQ=255) ccTGAAGGTTTACCGTGAGTTGTTCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGACGCCgttgt < 2:24432/149‑1 (MQ=255) gAAGGTTTACCGTGAGTTGTTCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGACGCCGTTGttt > 2:268626/1‑148 (MQ=255) gAAGGTTTACCGTGAGTTGTTCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGACGCCGTTGttt < 1:268626/148‑1 (MQ=255) aaGGTTTACCGTGAGTTGTTCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGACGCCGTTGttt < 6:89330/147‑1 (MQ=255) gTTTACCGTGAGTTGTTCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGACGCCGTTGTTTACCg > 7:101181/1‑148 (MQ=255) cGTGAGTTGTTCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGt > 1:379363/1‑114 (MQ=255) cGTGAGTTGTTCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGt < 2:379363/114‑1 (MQ=255) gTGAGTTGTTCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGACGCCGTTGTTTACCGAAATTGcc < 8:273280/149‑1 (MQ=255) tGAGTTGTTCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGACGCCGTTGTTTACCGAAATTGcc > 5:333197/1‑148 (MQ=255) tGAGTTGTTCTAAGGCGCCATCGAAGCCTTGATGGCTGGCAGCTTCACGGTCATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTAACCGTTGCCAGACGCCGTTGATTAACGAAATTGcc > 6:139270/1‑148 (MQ=255) ttCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGACGCCGTTGTTTACCGAAATTGCCGAGACGt < 3:274878/148‑1 (MQ=255) tCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGACGCCGTTGTTTACCGAAATTGCCGAGACGtt < 5:282396/148‑1 (MQ=255) tATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATgcgccatagaacaactcacggtaaaccttcaggcgccgggcctcgacgccgggcggcggggcatggcgctgtgggtcgc > 4:290017‑M2/1‑44 (MQ=255) tATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATgcgccatagaacaactcacggtaaaccttcaggcgccgggcctcgacgccgggcggcggggcatggcgctgtgggtcgc < 3:290017‑M2/123‑80 (MQ=255) tATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGACGCCGTTGTTTACCGAAATTGCCGAGACg < 8:112333/144‑1 (MQ=255) tATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGACGCCGTTGTTTACCGAAATTGCCGAGACg > 7:112333/1‑144 (MQ=255) tATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGACGCCGTTGTTTACCGAAATTGCCGAGACGTtcgt > 5:199500/1‑149 (MQ=255) tGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGACGCCGTTGTTTACCGAAATTGCCGAGACGTtcg < 2:181205/146‑1 (MQ=255) gcgcCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATgcgccatagaacaactcacggtaaaccttcaggcgccgggcctcgacgccgggcggcggggcatgtcgctgtgggacgcgcaggtgacgggacaaggcatactgctgcg < 5:213191‑M2/149‑110 (MQ=255) gcgcCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGACGCCGTTGTTTACCGAAATTGCCGAGACGTTCGTCGac < 3:52997/149‑1 (MQ=255) gcgcCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGACGCCGTTGTTTACCGAAATTGCCGAGACGTTCGTCGac > 6:160335/1‑149 (MQ=255) ccATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGACGCCGTTGTTTACCGAAATTGCCGAGACGTTCGTCGactac < 1:52340/149‑1 (MQ=255) aaGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGACGCCGTTGTTTACCGAAATTGCCGAGACGTTCGTCGACTACTTGCaa < 8:101181/149‑1 (MQ=255) cTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGACGCCGTTGTTTACCGAAATTGCCGAGACGTTCGTCGACTACTTGCAACAtg < 1:362069/149‑1 (MQ=255) ttGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGACGCCGTTGTTTACCGAAATTGCCGAGACGTTCGTCGACTACTTGCAACAtgt > 6:239979/1‑149 (MQ=255) ttGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTAAGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGACGCCGTTGTTTACCGAAATTGCCGAGACGTTCGTCGACTACTTGCAACAtgt > 6:241639/1‑149 (MQ=255) cctggctggCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGAGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCAAGTTACCGTTGCCAGACGCAGTTGTTTACCGAAATTGCCGAGACGTTCGTCGACTACTTGCAACATGTgg > 7:242681/2‑149 (MQ=255) ctggctggCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGACGCCGTTGTTTACCGAAATTGCCGAGACGTTCGTCGACTACTTGCAACATGTgg < 7:205598/148‑1 (MQ=255) gctggcAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGACGCCGTTGTTTACCGAAATTGCCGAGACGTTCGTCGACTACTTGCAACATGTGGCGCt > 8:21084/1‑149 (MQ=255) ccGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGACGCCGTTGTTTACCGAAATTGCCGAGACGTTCGTCTACTACTTGCAACATGTGGCGCTGGACACCCCTTg > 4:33143/1‑149 (MQ=255) ccGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGACGCCGTTGTTTACCGAAATTGCCGAGACGTTCGTCGACTACTTGCAACATGTGGCGCTGGACACCCCTTg > 4:110437/1‑149 (MQ=255) aTGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGACGCCGTTGTTTACCGAAATTGCCGAGACGTTCGTCGACTACTTGCAACATGTGGCGCTGGACACCCCTTGGCagc < 3:154866/148‑1 (MQ=255) | CAGTATGCCTTGGCCCGTCACCTGCGCGACCCACAGCGCCATGCCCCGCCGCCCGGCGTCGAGGCCCGGCGCCTGAAGGTTTACCGTGAGTTGTTCTATGGCGCCATCGAAGGCTTGCTGGCTGGCAGCTTCCCGGTGATGCGCCAGGCGTTGGGCGAGCAGCGCTGGCATGCCCGAGTACGTGATTTCTACGCCAGTTACCGTTGCCAGACGCCGTTGTTTACCGAAATTGCCGAGACGTTCGTCGACTACTTGCAACATGTGGCGCTGGACACCCCTTGGCAGC > NC_002947/2744486‑2744771 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |