New junction evidence | |||||||||||
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? | NC_002947 | = 283862 | 70 (1.190) | coding (1313/2004 nt) | betT‑II | choline/carnitine/betaine transporter |
CACGGCATGACCGCACTGGGTCAGTCGGCGTTGGACAACCCATCGATGAGCCTGTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAA‑GGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCA‑‑‑‑CCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGACTGCACTGATCACCAGTGCGCTGTTGTTCGCTGGCAGCATCGATTCGCTGAA > NC_002947/283693‑283982 | cACGGCATGACCGCACTGGGGCAGTCGGCGTTGGACAACCCATCGATGAGCCTGTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAA‑GGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCA‑‑‑‑CCTCGGCCGACTCggg < 7:311053/149‑1 (MQ=255) cATGACCGCACTGGGTCAGTCGGCGTTGGACAACCCATCGATGAGCCAGTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAA‑GGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCA‑‑‑‑CCTCGGCCGACTCGGG‑CACCg > 6:242259/1‑149 (MQ=255) ataaCCGCACTGGGTCAGTCGGCGTTGGACAACCCATCGATGAGCCTGTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAA‑GGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCA‑‑‑‑CCTCGGCCGACTCGGG‑CACCgt > 8:142566/4‑149 (MQ=255) tGACCGCACTGGGTCATTCGGCGTTGGACAACCCTTCGATGAGCCTGTACCTGCTGCTGGTAACCTTCCCCTTGAGGAA‑GGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCA‑‑‑‑CCTCGGCCGACTCGGG‑CACCgtg < 7:54973/149‑1 (MQ=255) gACCGCACTGGGTCAGTCGGCGTTGGACAACCCATCGATGAGCCTGTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAA‑GGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCA‑‑‑‑CCTCGGCCGACTCGGG‑CACCgtgg > 1:160364/1‑149 (MQ=255) aCCGCACTGGGTCAGTCGGCGTTGGACAACCCATCGATGAGCCTGTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAA‑GGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCA‑‑‑‑CCTCGGCCGACTCGGG‑CACCgtggt > 4:222412/1‑149 (MQ=255) cagCACTGGGTCAGTCGGCGTTGGACAACCCATCGATGAGACTGTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAA‑GGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCA‑‑‑‑CCTCGGCCGACTCGGG‑CACCgtggt > 2:64119/3‑148 (MQ=255) cGCACTGGGTCAGTCGGCGTTGGACAACCCATCGATGAGCCTGTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAA‑GGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCA‑‑‑‑CCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGc > 5:61077/1‑149 (MQ=255) ggTCAGTCGGCGTTGGACAACCCATCGATGAGCCTGTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAA‑GGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCA‑‑‑‑CCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGa < 2:160364/148‑1 (MQ=255) tCGGCGTTGGACAACCCATCGATGAGCCTGTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAA‑GGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCA‑‑‑‑CCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTgtc > 4:359561‑M2/1‑146 (MQ=255) ggCGTTGGACAACCCATCGATGAGCCTGTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAA‑GGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCA‑‑‑‑CCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTgtcgg > 6:243951‑M2/1‑144 (MQ=255) gTTGGACAACCCATCGATGAGCCTGTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAAGGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCACCCTTGGCCGACaaggtcgacagcaccacggtgcccgagtc > 1:106631‑M1/1‑120 (MQ=255) gACAACCCATCGATGAGCCTGTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAA‑GGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCA‑‑‑‑CCTCGGCCGACaaggtcgacagcaccacggtgcccgagtcggccgagg < 3:333548‑M1/148‑38 (MQ=255) 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ttcGTCA‑‑‑‑CCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTgtcggccaagggtggtgacgaagaccacgaagctgatgaacaccgtggtggcgatcactgccttgctccaggggtaggtttccagcagcaggtacaggctcatc < 2:106631‑M2/148‑105 (MQ=255) ttcGTCA‑‑‑‑CCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTgtcggccaagggtggtgacgaagaacacgaagctgatgcacaccgtggtggcgatcactgccttgctccaggggtaggtttccagcagcaggtacaggcgcatc < 6:155112‑M2/148‑105 (MQ=255) gTCA‑‑‑‑CCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCTACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGACTGCACTGATCACCAGTGCGCTGTTGTTCGCTGGCAGCAt > 6:178734/1‑149 (MQ=255) tCA‑‑‑‑CCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGACTGCACTGATCACCAGTGCGCTGTTGTTCGCTGGCAGCATc > 5:218299/1‑149 (MQ=255) a‑‑‑‑CCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCTACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGACTGCACTGATCACCAGTGCGCTGTTGTTCGCTGGCAGCATCg < 5:178734/148‑1 (MQ=255) a‑‑‑‑CCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGACTGCACTGATCACCAGTGCGCTGTTGTTCGCTGGCAGCATCGa > 3:99444/1‑149 (MQ=255) a‑‑‑‑CCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGACTGCACTGATCACCAGTGCGCTGTTGTTCGCTGGCAGCATCGa > 2:290372/1‑149 (MQ=255) ccTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTgtcggccgaggtgacgaagaacacgaagctgatgaacaccgtggtggcgatcactgccttgctccaggggtaggtttccagcagcaggtacaggctcatcgatgggttgtc < 3:333548‑M2/148‑112 (MQ=255) ccTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGACTGCACTGATCACCAGTGCGCTGTTGTTCGCTGGCAGCATCGAt > 2:63852/1‑149 (MQ=255) tCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGACTGCACTGATCACCAGTGCGCTGTTGTTCGCTGGCAGCATCGATTc > 6:291004/1‑149 (MQ=255) ggCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGGCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGACTGCACTGATCACCAGTGCGCTGTTGTTCGCTGGCAGCATCGATTCg < 1:175576/148‑1 (MQ=255) ccGACaaggtcgacagcaccacggtgcccgagtcggccgaggtgacgaagaacacgaagctgatgaacaccgtggtggcgatcactgccttgctccaggggtaggtttccagcagcaggtacaggctcatcgatgggttgtccaacgcc > 6:243951‑M1/1‑5 (MQ=255) gACaaggtcgacagcaccacggtgcccgagtcggccgaggtgacgaagaacacgaagctgatgaacaccgtggtggcgatcactgccttgctccaggggtaggtttccagcagcaggtacaggctcatcgatgggttgtccaacgccga > 4:359561‑M1/1‑3 (MQ=255) gACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTgtcggccaagggtggtgacgaagaacacgaagctgatgaacaccgtggtggcgatcactgcccttgctccaggggtaggtttccagcagcaggtacaggctcatcgatgggttgtccaac > 1:106631‑M2/1‑29 (MQ=255) | CACGGCATGACCGCACTGGGTCAGTCGGCGTTGGACAACCCATCGATGAGCCTGTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAA‑GGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCA‑‑‑‑CCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGACTGCACTGATCACCAGTGCGCTGTTGTTCGCTGGCAGCATCGATTCGCTGAA > NC_002947/283693‑283982 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |