New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 283836 | 72 (1.160) | 6 (0.100) | 5/252 | NT | 8.0% | coding (1287/2004 nt) | betT‑II | choline/carnitine/betaine transporter |
? | NC_002947 | = 283862 | 70 (1.190) | coding (1313/2004 nt) | betT‑II | choline/carnitine/betaine transporter |
TCGGCGTTGGACAACCCATCGATGAGCCTGTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAAGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGACTGCACTGATCACCAGTGCGCTGTTGTTCGCTGGCAGCATCGATTCGCTGAAGTCGGCAGTGGTGCTGACGTCGCTGCC > NC_002947/283717‑284009 | tCGGCGTTGGACAACCCATCGATGAGCCTGTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAAGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTgtc > 4:359561‑M2/1‑146 (MQ=255) ggCGTTGGACAACCCATCGATGAGCCTGTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAAGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTgtcgg > 6:243951‑M2/1‑144 (MQ=255) gACAACCCATCGATGAGCCTGTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAAGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTGCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAgg < 5:298516/148‑1 (MQ=255) cAACCCATCGATGAGCCTGTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAAGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGggtg < 6:61077/149‑1 (MQ=255) cccATCGATGAGCCTGTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAAGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGGCCACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGggtggt < 1:64119/149‑1 (MQ=255) cccATCGATGAGCCTGTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAAGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGggtggt > 4:132241/1‑148 (MQ=255) ccATCGATGAGCCTGTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAAGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCCTGGTGCTGTCGACCTTGGCGGCCAAGGGTGCTGa > 3:214649/1‑149 (MQ=255) gATGAGCCTGTACCTGCTGCTGGACACCTACCCCTGGAGCAAGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCt < 8:324086/148‑1 (MQ=255) aTGAGCCTGTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAAGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCtga < 1:336948/149‑1 (MQ=255) gAGCCTGTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAAGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCtgat > 8:280695/1‑148 (MQ=255) aGCCTGTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAAGGCAGGGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGC‑CACCGTGGTGCTGGCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGGGACGCtgatga < 1:59292/149‑1 (MQ=255) cTGTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAAGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGa < 7:142566/149‑1 (MQ=255) tGTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAAGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGAt > 4:96586/1‑149 (MQ=255) gTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAAGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAGGGGTGGTGACGCTGATGAAGATg > 8:346328/1‑149 (MQ=255) gTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAAGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGACAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATg > 7:275803/1‑149 (MQ=255) tgctgctgGAAACCTACCCCTGGAGCAAGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGAt > 7:247863/1‑143 (MQ=255) tgctgctgGAAACCTACCCCTGGAGCAAGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGAt < 8:247863/143‑1 (MQ=255) ctgGAAACCTACCCCTGGAGCAAGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTg > 4:168172/1‑149 (MQ=255) 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6:167727/1‑149 (MQ=255) aaCCTACCCCTGGAGCAAGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGc < 3:222412/149‑1 (MQ=255) cTACCCCTGGAGCAAGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGc < 8:206038/134‑1 (MQ=255) cTACCCCTGGAGCAAGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGc > 7:206038/1‑134 (MQ=255) ccccTGGAGCAAGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTAt < 3:268835/147‑1 (MQ=255) ccccTGGAGCAAGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATc < 1:159565/148‑1 (MQ=255) cccTGGAGCAAGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCtgat > 6:82532/1‑120 (MQ=255) cccTGGAGCAAGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCtgat < 5:82532/120‑1 (MQ=255) cTGGAGCAAGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCtttt < 3:228100/149‑1 (MQ=255) cTGGAGCAAGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCtttt > 5:325775/1‑149 (MQ=255) gtgctaGGCAGTGCTGGCCACCAGGGGGTGCATCTGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGCCTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGTGTGGTGTCGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTg < 4:214649/142‑1 (MQ=255) gAGCAAGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTggg > 5:62688/1‑149 (MQ=255) ggCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGa > 4:73650/1‑149 (MQ=255) cAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGTGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATg < 1:300346/149‑1 (MQ=255) aGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGcc > 4:14249/1‑117 (MQ=255) aGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGcc < 3:14249/117‑1 (MQ=255) aGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGa < 5:167727/149‑1 (MQ=255) aGTGAGCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGGTCTTCGGCACCTCGGCCGCCTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGa < 5:242259/149‑1 (MQ=255) gTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGAc < 3:96586/149‑1 (MQ=255) gTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGAc < 7:280695/149‑1 (MQ=255) gTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGAc < 3:191854/149‑1 (MQ=255) ccaccaCGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGACTGCACt > 8:199769/1‑148 (MQ=255) cacGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGATGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGACTGCACTGATCa > 3:318299/1‑149 (MQ=255) 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3:106731‑M2/1‑48 (MQ=255) ttcttcGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGACTGCACTGATCACCAGTGCGCTGTTGTTCGCTg < 6:325775/148‑1 (MQ=255) ttcGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGCCCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGACTGCACTGATCACCAGTGCGCTGTTGTTCGCTGgcag > 7:100260/1‑149 (MQ=255) ttcGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTgtcggccaagggtggtgacgaagaccacgaagctgatgaacaccgtggtggcgatcactgccttgctccaggggtaggtttccagcagcaggtacaggctcatc < 2:106631‑M2/148‑105 (MQ=255) ttcGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTgtcggccaagggtggtgacgaagaacacgaagctgatgcacaccgtggtggcgatcactgccttgctccaggggtaggtttccagcagcaggtacaggcgcatc < 6:155112‑M2/148‑105 (MQ=255) gTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCTACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGACTGCACTGATCACCAGTGCGCTGTTGTTCGCTGGCAGCAt > 6:178734/1‑149 (MQ=255) 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ccTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGACTGCACTGATCACCAGTGCGCTGTTGTTCGCTGGCAGCATCGAt > 2:63852/1‑149 (MQ=255) tCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGACTGCACTGATCACCAGTGCGCTGTTGTTCGCTGGCAGCATCGATTc > 6:291004/1‑149 (MQ=255) ggCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGGCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGACTGCACTGATCACCAGTGCGCTGTTGTTCGCTGGCAGCATCGATTCg < 1:175576/148‑1 (MQ=255) gACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTgtcggccaagggtggtgacgaagaacacgaagctgatgaacaccgtggtggcgatcactgcccttgctccaggggtaggtttccagcagcaggtacaggctcatcgatgggttgtccaac > 1:106631‑M2/1‑29 (MQ=255) ggg‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGACTGCACTGATCACCAGTGCGCTGTTGTTCGCTGGCAGCATCGATTCGCTGAAGTCgg > 3:119337/1‑149 (MQ=255) 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tgCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTAACTTTTGGGGGGCGATGACTGCACTGATCACCACTGCGCTGTTGTTCGCTGGCAGCATCGATTCGCTGAAGTCGGCAGTGGTGCt > 7:107430/1‑148 (MQ=255) aCCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGACTGCACTGATCACCAGTGCGCTGTTGTTCGCTGGCAGCATCGATTCGCTGAAGTCGGCAGTGGTGCTGACGTCGCt > 4:12447/1‑149 (MQ=255) ccTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGACTGCACTGATCACCAGTGCGCTGTTGTTCGCTGGCAGCATCGATTCGCTGAAGTCGGCAGTGGTGCTGACGTCGCTg < 3:132241/149‑1 (MQ=255) ttGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGACTGCACTGATCACCAGTGCGCTGTTGTTCGCTGGCAGCATCGATTCGCTGAAGTCGGCAGTGGTGCTGACGTCGCTg > 8:21724/1‑147 (MQ=255) ttGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGACTGCACTGATCACCAGTGCGCTGTTGTTCGCTGGCAGCATCGATTCGCTGAAGTCGGCAGTGGTGCTGACGTCGCTGcc > 2:197808/1‑149 (MQ=255) | TCGGCGTTGGACAACCCATCGATGAGCCTGTACCTGCTGCTGGAAACCTACCCCTGGAGCAAGGCAGTGATCGCCACCACGGTGTTCATCAGCTTCGTGTTCTTCGTCACCTCGGCCGACTCGGG‑CACCGTGGTGCTGTCGACCTTGTCGGCCAAGGGTGGTGACGCTGATGAAGATGGGCCGAACTGGCTGCGTATCTTTTGGGGGGCGATGACTGCACTGATCACCAGTGCGCTGTTGTTCGCTGGCAGCATCGATTCGCTGAAGTCGGCAGTGGTGCTGACGTCGCTGCC > NC_002947/283717‑284009 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |