New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2271198 = | 43 (0.690) | 4 (0.070) | 4/234 | NT | 11.0% | intergenic (+19/‑201) | PP_2002/PP_t31 | oxidoreductase/tRNA‑Val |
? | NC_002947 | 2271280 = | 27 (0.500) | intergenic (+101/‑119) | PP_2002/PP_t31 | oxidoreductase/tRNA‑Val |
GGGCAGGGTAGGGACCGTGGAAGATGTCGCGGCCATGGTTGCCTGGTTGCTGTCACGCCAGGCGGCATTTGTCACCGGCCAGGAGTTTGTGGTCGATGGCGGCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAATCACATCACGTTGCCTTTTTGAAAAAAATTCAATGGGGCTATTGACTTAGCTTCGCCAC > NC_002947/2271050‑2271346 | gggCAGGGTAGGGACCGTGGAAGATGTCGCGGCCATGGTTGCCTGGTTGCTGTCACGCCAGGCGGCATTTGTCACCGGCCAGGAGTTTGTGGTCGATGGCGGCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTgcg > 8:320899/1‑149 (MQ=255) atgctctcccggctgagctaatcaccctcgcgatgttgcttgttgcgtttgcttcgctgaggccgcgaaatttacgcaggtggcgaagctaagtcaatagccccattgaatttttttcaaaaaggcaacgtgatgtgattgcctgtGcc < 7:275262‑M1/3‑1 (MQ=255) aGGGTAGGGACCGTGGAAGATGTCGCGGCCATGGTTGCCTGGTTGCTGTCACGCCAGGCGGCATTTGTCACCGGCCAGGAGTTTGTGGTCGATGGCGGCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCgg > 8:304167/1‑149 (MQ=255) tctcccggctgagctaatcaccctcgcgatgttgcttgttgcgtttgcttcgctgaggccgcgaaatttacgcaggtggcgaagctaagtcaatagccccattgaatttttttcaaaaaggcaacgtgatgtgattgcctgtGCCGGcc < 5:237259‑M1/7‑1 (MQ=255) cccggctgagctaatcaccctcgcgatgttgcttgttgcgtttgcttcgctgaggccgcgaaatttacgcaggtggcgaagctaagtcaatagccccattgaatttttttcaaaaaggcaacgtgatgtgattgcctgtGCCGGCctct < 2:279988‑M1/10‑1 (MQ=255) agctaatcaccctcgcgatgttgcttgttgcgtttgcttcgctgaggccgcgaaatttacgcaggtggcgaagctaagtcaatagccccattgaatttttttcaaaaaggcaacgtgatgtgattgcctgtGCCGGCCTCTTCGCgg > 3:364572‑M1/132‑147 (MQ=255) aaGATGTCGCGGCCATGGTTGCCTGGTTGCTGTCACGCCAGGCGGCATTTGTCACCGGCCAGGAGTTTGTGGTCGATGGCGGCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTaaa > 2:303136/1‑149 (MQ=255) aatcaccctcgcgatgttgcttgttgcgtttgcttcgctgaggccgcgaaatttacgcaggtggcgaagctaagtcaatagccccattgaatttttttcaaaaaggcaacgtgatgtgattgcctgtGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAAc < 6:188078‑M1/22‑1 (MQ=255) aTGTCGCGGCCATGGGTGCCTGGTTGCTGTCACGCCAGGCGGCATTTGTCACCGGCCAGGAGTTTGTGGTCGATGGCGGCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAAccc < 4:110990/149‑1 (MQ=255) ggCCATGGTTGCCTGGTTGCTGTCACGCCAGGCGGCATTTGTCACCGGCCAGGAGTTTGTGGTCGATGGCGGCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAGCTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTa > 1:47664/1‑149 (MQ=255) aTGGTTGCCTGGTTGCTGTCACGCCAGGCGGCATTTGTCACCGGCCAGGAGTTTGTGGTCGATGGCGGCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAAc < 7:110369/149‑1 (MQ=255) aTGGTTGCCTGGTTGCTGTCACGCCAGGCGGCATTTGTCACCGGCCAGGAGTTTGTGGTCGATGGCGGCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAAc < 3:250178/149‑1 (MQ=255) ccTGGTTGCTGTCACGCCAGGCGGCATTTGTCACCGGCCAGGAGTTTGTGGTCGATGGCGGCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAAt < 7:320899/149‑1 (MQ=255) ccTGGTTGCTGTCACGCCAGGCGGCATTTGTCACCGGCCAGGAGTTTGTGGTCGATGGCGGCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAAt < 4:305060/149‑1 (MQ=255) gTTGCCGGCACGCCAGGCGGCATTTGTCACCCGCCAGGAGTTTGAGGTCGATGGCGGCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTcc < 8:358259/149‑1 (MQ=255) gCTGTCACGCCAGGCGGCATTTGTCACCGGCCAGGAGTTTGTGGTCGATGGCGTCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGa < 5:379720/148‑1 (MQ=255) gCTGTCACGCCAGGCGGCATTTGTCACCGGCCAGGAGTTTGTGGTCGATGGCGGCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGa < 6:239290/148‑1 (MQ=255) gCTGTCACGCCAGGCGGCATTTGTCACCGGCCAGGAGTTTGTGGTCGATGGCGGCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGa < 8:66921/148‑1 (MQ=255) gCTGTCACGCCAGGCGGCATTTGTCACCGGCCAGGAGTTTGTGGTCGATGGCGGCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGa < 4:109425/148‑1 (MQ=255) tCACGCCAGGCGGCATTTGTCACCGGCCAGGAGTTTGTGGTCGATGGCGGCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGACTGt < 5:362851/148‑1 (MQ=255) tCACGCCAGGCGGCATTTGTCACCGGCCAGGAGTTTGTGGTCGATGGCGGCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGACTGTa < 3:254289/149‑1 (MQ=255) aGGCGGCATTTGTCACCGGCCAGGAGTTTGTGGTCGATGGCGGCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCTCCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGACTGTAGGAGCgg < 4:195522/149‑1 (MQ=255) aGGCGGCATTTGTCACCGGCCAGGAGTTTGTGGTCGATGGCGGCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGATCCTACAACGGTTAATGTCCGACTGTAGGAGCgg < 4:333665/149‑1 (MQ=255) cgaaatttacgcaggtggcgaagctaagtcaatagccccattgaatttttttcaaaaaggcaacgtgatgtgattgcctgtGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGACTGTAGGAGCGGGTTTAccc > 5:188078‑M1/82‑149 (MQ=255) cGGCCAGGAGTTTGTGGTCGATGGCGGCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGACTGTAg > 7:235978/1‑127 (MQ=255) cGGCCAGGAGTTTGTGGTCGATGGCGGCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGACTGTAg < 8:235978/127‑1 (MQ=255) cGGCCAGGAGTTTGTGGTCGATGGCGGCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAagag < 2:197892/149‑1 (MQ=255) ccAGGAGTTTGTGGTCGATGGCGGCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGACTGTAGGAGCGGGTTTACCcgcg < 4:215548/141‑1 (MQ=255) ccAGGAGTTTGTGGTCGATGGCGGCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGACTGTAGGAGCGGGTTTACCcgcg > 3:215548/1‑141 (MQ=255) cAGGAGTTTGTGGTCGATGGCGGCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAACCCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCTAAGAGGCCg < 6:47425/149‑1 (MQ=255) cAGGAGTTTGTGGTCGATGGCGGCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCg < 4:116213/149‑1 (MQ=255) aGGAGTTTGTGGTCGATGGCGGCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTACTACAACGGTTAATGTCCGACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCgg > 6:282077/1‑149 (MQ=255) tttGTGGTCGATGGCGGCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAAACCGCGCCTACAACGGGTAATGTGCGACTGGAGGAGCGGGGTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAg > 6:346041/1‑149 (MQ=39) gaagctaagtcaatagccccattgaatttttttcaaaaaggcaacgtgatgtgattgcctgtGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGACTGTAGGAGCgg < 5:5363‑M1/60‑1 (MQ=255) gaagctaagtcaatagccccattgaatttttttcaaaaaggcaacgtgatgtgattgcctgtGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGACTGTAGGAGCgg > 6:5363‑M1/63‑122 (MQ=255) tgtgGTCGATGGCGGCATGACCCGAAAGATGATATATCCCTGAGCACCTTGTTTAAGCTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATTTCCGACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAgg < 2:47664/148‑1 (MQ=38) gATGGCGGCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAatcaca < 5:346041/149‑1 (MQ=255) gATGGCGGCAGGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCTatcaca < 7:247330/149‑1 (MQ=255) gcggcATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGACTGTAGGAGTGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAatcacatcac > 4:100627/1‑149 (MQ=255) cATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAATCACATCACGTTg < 1:303136/149‑1 (MQ=255) tGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTc > 8:95595/1‑72 (MQ=255) tGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTc < 7:95595/72‑1 (MQ=255) ccGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCGCCTACAAAGGTTTATGTCCGACTGTTGGAGCGGGTTTTACCGCGAAGAGGGCGGCACAGGCAATCACATAACGTTGCCgttg > 5:24211/1‑148 (MQ=255) gatgatCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCATAGCCGCTAAACCCCCGCCGACAAAGGGTTATTTGGGGCGGTTGGAGCGGGGTTTACCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCCATCACAAAACGGTGGCtttttttaa > 6:237259/1‑144 (MQ=255) atCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGACTGTAGGAGTGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAATCACATCACGTTGCCTTTTTGaaaaaaa < 3:100627/148‑1 (MQ=255) ataCCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGACTg < 7:94582/77‑1 (MQ=255) ataCCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGACTg > 8:94582/1‑77 (MQ=255) taCCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCGTACAACTGTTAATGTCCGACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAATCACATCACGTTGCCTTTTTGAAAAAAAtt < 7:304167/145‑1 (MQ=255) taCCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTAAAACGGTTAATGTCCGACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAATCACATCACGTTGCCTTTTTGAAAAAAATTCa < 1:88939/147‑1 (MQ=255) tttAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAATCACATCACGTTGCCTTTTTGAAAAAAATTCAATGGGGCTATTGACt > 2:276827/1‑147 (MQ=255) ttAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAATCACATCACGTTGCCTTTTTGAAAAAAATTCAATGGGGCTATTGACTTAg > 8:275262/1‑149 (MQ=255) aaCTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAgg < 7:112161/93‑1 (MQ=255) aaCTGCGCCGCCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGACTGTCGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAATCACATCACGTTGCCTTTCTGAAAAAAATTCAATGGGGCTATTGACTTAGCt < 6:24211/148‑1 (MQ=255) aCTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGc < 8:78537/83‑1 (MQ=255) aCTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGc > 7:78537/1‑83 (MQ=255) GCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAATCACATCACGTTGCCTTTTTGAAAAAAATTCAATGGGGCTATTGACTTAGCTTCGCCAc > 1:276827‑M1/1‑149 (MQ=255) GCCGCCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAAGGTATATTGCCCTACTGGAGGAGCGGTTTTACCCGCGAAGTGGCCGGCACAGGCAATCACATCACGTTGCCTTTTTGAAAAAAATTCAATGGGGCTATTGACTTAGCTTCGCCAc > 5:214893‑M1/1‑149 (MQ=255) | GGGCAGGGTAGGGACCGTGGAAGATGTCGCGGCCATGGTTGCCTGGTTGCTGTCACGCCAGGCGGCATTTGTCACCGGCCAGGAGTTTGTGGTCGATGGCGGCATGACCCGCAAGATGATCTATACCTGAGCACCTTGTTTAAACTGCGCCGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACAACGGTTAATGTCCGACTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAATCACATCACGTTGCCTTTTTGAAAAAAATTCAATGGGGCTATTGACTTAGCTTCGCCAC > NC_002947/2271050‑2271346 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |