New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3221462 = | 42 (0.680) | 3 (0.050) | 3/250 | NT | 7.5% | coding (1232/1653 nt) | PP_2823 | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
? | NC_002947 | 3221508 = | 35 (0.600) | coding (1186/1653 nt) | PP_2823 | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
CTTTTCGCCGTTCAGGTTCATCGCGTGCAAGACACTGCTGGCGCTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACG > NC_002947/3221314‑3221608 | cTTTTCGCCGTTCAGGTTCATCGCGTGCAAGACACTGCTGGCGCTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCCCGGCAAAGCCCCGCCCtt > 8:337992/1‑149 (MQ=255) cTTTTCGCCGTTCAGGTTCATCGCGTGCAAGACACTGCTGGCGCTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCtt < 4:34252/149‑1 (MQ=255) aacatcgacagcctgtccttgagcatcggcgacctgggcaacagcgtgctcagctcggtgcaggccatggaacaactggaagcagaaacccagcacgtcggctcggtgctgacggtgatccgcagcatcgccgaacagaccaaccTGCt < 6:64688‑M1/4‑1 (MQ=255) aacatcgacagcctgtccttgagcatcggcgacctgggcaacagcgtgctcagctcggtgcaggccatggaacaactggaagcagaaacccagcacgtcggctcggtgctgacggtgatccgcagcatcgccgaacagaccaaccTGCt < 6:266987‑M1/4‑1 (MQ=255) cGCCGTTCAGGTTCATCGCGTGCAAGACACTGCTGGCGCTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTc < 2:99533/148‑1 (MQ=255) gCCGTTCAGGTTCATCGCGTGCAAGACACTGCTGGCGCTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTAGCTCGc > 2:166615/1‑149 (MQ=255) gCCGTTCAGGTTCATCGCGTGCAAGACACTGCTGGCGCTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGACAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACAACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGc > 8:194900/1‑149 (MQ=255) ttCATCGCGTGCAAGACACTGCTGGCGCTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGc < 4:143287/149‑1 (MQ=255) tCATCGCGTGCAAGACACTGCTGGCGCTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGcc > 1:162784/1‑149 (MQ=255) cAAGACACTGCTGGCGCTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATg < 7:283542/148‑1 (MQ=255) aaGACACTGCTGGCGCTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATggc > 5:143497/1‑149 (MQ=255) aaGACACTGCTGGCGCTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATggc < 7:194900/149‑1 (MQ=255) cacTGCTGGCGCTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGgcggcg < 1:166615/149‑1 (MQ=255) acTGCTGGCGCTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTAGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGt > 7:185671/1‑149 (MQ=255) ctgctgGCGCTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGtt > 4:96517/1‑149 (MQ=255) gcTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGt < 2:83156/140‑1 (MQ=255) gcTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGt > 1:83156/1‑140 (MQ=255) gcTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGc > 4:3246/1‑147 (MQ=255) gcTGTTTTGCAGGCGCGGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGGCGTTGTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGa < 5:322960/149‑1 (MQ=255) cTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAg < 2:270378/149‑1 (MQ=255) acagcgtgctcagctcggtgcaggccatggaacaactggaagcagaaacccagcacgtcggctcggtgctgacggtgatccgcagcatcgccgaacagaccaaccTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAg > 3:270963‑M1/106‑149 (MQ=255) cagcgtgctcagctcggtgcaggccatggaacaactggaagcagaaacccagcacgtcggctcggtgctgacggtgatccgcagcatcgccgaacagaccaaccTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGc > 7:61130‑M1/105‑149 (MQ=255) gctcagctcggtgcaggccatggaacaactggaagcagaaacccagcacgtcggctcggtgctgacggtgatccgcagcatcgccgaacagaccaaccTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTg > 4:93212‑M1/99‑149 (MQ=255) cAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTCGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTg < 5:239593/148‑1 (MQ=255) aGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGt < 3:96517/149‑1 (MQ=255) gatgatGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCgg > 2:278416/1‑149 (MQ=255) atgTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGa < 7:337992/148‑1 (MQ=255) tCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGAtgct > 8:34956/1‑149 (MQ=255) tCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGAtgct > 2:7838/1‑149 (MQ=255) ttGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGAtgctgc > 7:77976/1‑149 (MQ=255) gTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTg < 5:334716/82‑1 (MQ=255) gTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTg > 6:334716/1‑82 (MQ=255) gCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCAcc > 1:344169/1‑147 (MQ=255) gTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGcc > 7:30409/1‑149 (MQ=255) ttGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGCGCCGACGTGCTGGGTTTCTGc > 7:5265/1‑149 (MQ=255) gcACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTcc < 6:210397/149‑1 (MQ=255) cACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCa < 2:344169/149‑1 (MQ=255) aCCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCCGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAg > 5:266987/1‑149 (MQ=255) aCCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTcctg > 8:288188/1‑147 (MQ=255) aCCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAg < 3:3246/149‑1 (MQ=255) gCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCg < 6:362323/95‑1 (MQ=255) gCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCg > 5:362323/1‑95 (MQ=255) ccACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTACCAGTTGTTCCATGGcc < 1:278416/149‑1 (MQ=255) cACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCt < 3:257737/127‑1 (MQ=255) cACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCt > 5:251012/1‑149 (MQ=255) aCGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTg > 6:139692/1‑149 (MQ=255) ggCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCa > 5:64688/1‑149 (MQ=255) gCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCAc < 1:7838/149‑1 (MQ=255) cAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCAcc > 2:188779/1‑149 (MQ=255) ccGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGATGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGa < 8:185671/149‑1 (MQ=255) cccTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTcc < 2:367437/118‑1 (MQ=255) cccTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTcc > 1:367437/1‑118 (MQ=255) cTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACg < 6:143497/149‑1 (MQ=255) | CTTTTCGCCGTTCAGGTTCATCGCGTGCAAGACACTGCTGGCGCTGTTTTGCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACG > NC_002947/3221314‑3221608 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |