New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3221462 = | 42 (0.680) | 3 (0.050) | 3/250 | NT | 7.5% | coding (1232/1653 nt) | PP_2823 | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
? | NC_002947 | 3221508 = | 35 (0.600) | coding (1186/1653 nt) | PP_2823 | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
GCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCTGTTGCCCAGGTCGCCGATGCTCAAGGACAGGCTGTCGATGTT > NC_002947/3221364‑3221652 | gctcagctcggtgcaggccatggaacaactggaagcagaaacccagcacgtcggctcggtgctgacggtgatccgcagcatcgccgaacagaccaaccTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTg > 4:93212‑M1/99‑149 (MQ=255) cAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTCGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTg < 5:239593/148‑1 (MQ=255) aGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGt < 3:96517/149‑1 (MQ=255) gatgatGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCgg > 2:278416/1‑149 (MQ=255) atgTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGa < 7:337992/148‑1 (MQ=255) tCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGAtgct > 8:34956/1‑149 (MQ=255) tCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGAtgct > 2:7838/1‑149 (MQ=255) ttGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGAtgctgc > 7:77976/1‑149 (MQ=255) gCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCAcc > 1:344169/1‑147 (MQ=255) gTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGcc > 7:30409/1‑149 (MQ=255) ttGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGCGCCGACGTGCTGGGTTTCTGc > 7:5265/1‑149 (MQ=255) gcACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTcc < 6:210397/149‑1 (MQ=255) cACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCa < 2:344169/149‑1 (MQ=255) aCCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCCGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAg > 5:266987/1‑149 (MQ=255) aCCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTcctg > 8:288188/1‑147 (MQ=255) aCCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAg < 3:3246/149‑1 (MQ=255) gCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCg < 6:362323/95‑1 (MQ=255) gCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCg > 5:362323/1‑95 (MQ=255) ccACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTACCAGTTGTTCCATGGcc < 1:278416/149‑1 (MQ=255) cACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCt < 3:257737/127‑1 (MQ=255) cACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCt > 5:251012/1‑149 (MQ=255) aCGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTg > 6:139692/1‑149 (MQ=255) ggCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCa > 5:64688/1‑149 (MQ=255) gCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCAc < 1:7838/149‑1 (MQ=255) cAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCAcc > 2:188779/1‑149 (MQ=255) ccGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGATGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGa < 8:185671/149‑1 (MQ=255) caacctgctcgccctgaacgccgccatcgaagcggcacgggctggcgagcaGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGc > 4:93212‑M2/52‑149 (MQ=255) cccTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTcc > 1:367437/1‑118 (MQ=255) cccTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTcc < 2:367437/118‑1 (MQ=255) cTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACg < 6:143497/149‑1 (MQ=255) gctcgccctgaacgccgccatcgaagcggcacgggctggcgagcaGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCTg > 7:61130‑M2/46‑149 (MQ=255) ctcgccctgaacgccgccatcgaagcggcacgggctggcgagcaGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCTGt > 3:270963‑M2/45‑149 (MQ=255) CTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCTGt < 3:9779‑M1/149‑1 (MQ=255) GCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTc > 4:89151‑M1/1‑117 (MQ=255) GCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTc < 3:89151‑M1/117‑1 (MQ=255) GCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCTGTTg > 6:251012‑M1/1‑148 (MQ=255) GCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCTGTTGc < 5:179777‑M1/149‑1 (MQ=255) GCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTACTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCTGtt > 2:162784‑M1/1‑147 (MQ=255) CCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCTGTTGcc < 3:99432‑M1/149‑1 (MQ=255) aaGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGAAGTGCTGGGTTTCTGCTTACAGTTGTTCCATTGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCTGTTGcc > 8:149353/2‑148 (MQ=255) gCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCAc < 3:373354/116‑1 (MQ=255) gCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCAc > 4:373354/1‑116 (MQ=255) gCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCTGTTGCCCAGGTCGCCGAt < 8:77976/149‑1 (MQ=255) cTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCTGTTGCCCAGGTCGCCGATg > 8:321087/1‑149 (MQ=255) cGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGAc < 3:200817/73‑1 (MQ=255) cGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGAc > 4:200817/1‑73 (MQ=255) gATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCTGTTGCCCAGGTCGCCGATGCTc > 3:242119/1‑148 (MQ=255) agcaGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCTGTTGCCCAGGTCGCCGATGCTCAAGGACAGGCTGTCGATGtt < 6:64688‑M2/145‑1 (MQ=255) agcaGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCTGTTGCCCAGGTCGCCGATGCTCAAGGACAGGCTGTCGATGtt < 6:266987‑M2/145‑1 (MQ=255) | GCAGGCGCTGGATGATGTCTTGGATCTGCGCGGTGGAAGCGGTCGTTTTCTGGGCCAGGTTGCGCACCTCATCGGCGACCACGGCAAAGCCCCGCCCTTGCTCGCCAGCCCGTGCCGCTTCGATGGCGGCGTTCAGGGCGAGCAGGTTGGTCTGTTCGGCGATGCTGCGGATCACCGTCAGCACCGAGCCGACGTGCTGGGTTTCTGCTTCCAGTTGTTCCATGGCCTGCACCGAGCTGAGCACGCTGTTGCCCAGGTCGCCGATGCTCAAGGACAGGCTGTCGATGTT > NC_002947/3221364‑3221652 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |