New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3543866 = | 49 (0.790) | 3 (0.050) | 3/254 | NT | 5.6% | coding (1569/2607 nt) | PP_3130 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | 3543902 = | 55 (0.930) | coding (1533/2607 nt) | PP_3130 | hypothetical protein |
CAGCGGTTTGCCGACGACCTGGGCGGCAGCAATCCAGTCGATCATGCCGTCGCTGGTCAGCGGGTTCTTCTCCAGTTGGCCTGTGTCGCCGTAGCTGTGGGCGTCGATGACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTCGGCATTGAAGCGTTGTTCCAGCTCGTTGAGCAACAGCTTCGACGGCCCATGCTCCCAGGCACGCCAGGTCAGG > NC_002947/3543722‑3544013 | gcctttgccaaacagtttgacctacccgccgacctgacctggcgtgcctgggagcatgggccgtcgaagctgttgctcaacgagctggaacaacgcttcaatgccgacatgatcgcccacttgcgcagcgtgggcgtgaaagtcCCCAt < 5:254345‑M1/5‑1 (MQ=255) cgacgaCCTGGGCGGCAGCAATCCAGTCGATCATGCCGTCGCTGGTCAGCGGGTTCTTCTCCAGTTGGCCTGTGTCGCCGTAGCTGTGGGCGTCGATGACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAg > 1:329728/1‑149 (MQ=255) gacCTGGGCGGCAGCAATCCAGTCGATCATGCCGTCGCTGGTCAGCGGGTTCTTCTCCAGTTGGCCTGTGTCGCCGTAGCTGTGGGCGTCGATGACATCGCTAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGc < 7:236288/149‑1 (MQ=255) gacCTGGGCGGCAGCAATCCAGTCGATCATGCCGTCGCTGGTCAGCGGGTTCTTCTCCAGTTGGCCTGTGTCGCCGTAGCTGTGGGCGTCGATGACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGc > 3:128618/1‑149 (MQ=255) ccTGGGCGGCAGCAATCCAGTCGATCATGCCGTCGCTGGTCAGCGGGTTCTTCTCCAGTTGGCCTGTGTCGCCGTAGCTGTGGGCGTCGATGACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCtg > 8:10562/1‑149 (MQ=255) aTCCAGTCGATCATGCCGTCGCTGGTCAGCGGGTTCTTCTCCAGTTGGCCTGTGTCGCCGTAGCTGTGGGCGTCGATGACATCGCCAACCCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATggg > 7:99763/1‑149 (MQ=255) tCCAGTCGATCATGCCGTCGCTGGTCAGCGGGTTCTTCTCCAGTTGGCCTGTGTCGCCGTAGCTGTGGGCGTCGATGACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATgggg < 5:373716/149‑1 (MQ=255) tCCAGTCGATCATGCCGTCGCTGGTCAGCGGGTTCTTCTCCAGTTGGCCTGTGTCGCCGTAGCTGTGGGCGTCGATGACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATggg > 4:1512/1‑148 (MQ=255) tCCAGTCGATCATGCCGTCGCTGGTCAGCGGGTTCTTCTCCAGTTGGCCTGTGTCGCCGTAGCTGTGGGCGTCGATGACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATggg > 3:239921/1‑148 (MQ=255) ctgtgctggcgtgcctgggagcttgggccgtcgaagctgttgcgcatcgtgctggaacaacgcttgaatgccgacatgatcgcccacttgcgcagcgtgggcgtgaaagtcCCCATTACCGGCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGa > 8:75412‑M1/112‑149 (MQ=255) cAGTCGATCATGCCGTCGCTGGTCAGCGGGTTCTTCTCCAGTTGGCCTGTGTCGCCGTAGCTGTGGGCGTCGATGACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGa < 6:357857/148‑1 (MQ=255) gATCATGCCGTCGCTGGTCAGCGGGTTCTTCTCCAGTTGGCCTGTGTCGCCGTAGCTGTGGGCGTCGATGACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTc > 7:152414/1‑148 (MQ=255) gATCATGCCGTCGCTGGTCAGCGGGTTCTTCTCCAGTTGGCCTGTGTCGCCGTAGCTGTGGGCGTCGATGACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTc < 8:152414/148‑1 (MQ=255) ccGTCGCTGGTCAGCGGGTTCTTCTCCAGTTGGCCTGTGTCGCCGTAGCTGTGGGCGTCGATGACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCa < 3:1512/148‑1 (MQ=255) ccGTCGCTGGTCAGCGGGTTCTTCTCCAGTTGGCCTGTGTCGCCGTAGCTGTGGGCGTCGATGACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCAc > 6:80834/1‑149 (MQ=255) gCTGGTCAGCGGGTTCTTCTCCAGTTGGCCTGTGTCGCCGTAGCTGTGGGCGTCGATGACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTgc > 2:284708/1‑149 (MQ=255) cTGGTCAGCGGGTTCTTCTCCAGTTGGCCTGTGTCGCCGTAGATGTGGGCGTCGATGACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACAGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTgc > 3:326860/1‑148 (MQ=255) gTCAGCGGGTTCTTCTCCAGTTGGCCTGTGTCGCCGTAGCTGTGGGCGTCGATGACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCAACGCTgcgc > 8:335408/1‑147 (MQ=255) tCAGCGGGTTCTTCTCCAGTTGGCCTGTGTCGCCGTAGCTGTGGGCGTCGATGACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAg > 2:136536/1‑149 (MQ=255) cttctCCAGTTGGCCTGTGTCGCCGTAGCTGTGGGCGTCGATGACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATc < 2:329728/148‑1 (MQ=255) cttctCCAGTTGGCCTGTGTCGCCGTAGCTGTGGGCGTCGATGACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATc < 7:193969/148‑1 (MQ=255) ctcCAGTTGGCCTGTGTCGCCGTAGCTGTGGGCGTCGATGACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGc < 2:132624/105‑1 (MQ=255) ctcCAGTTGGCCTGTGTCGCCGTAGCTGTGGGCGTCGATGACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGc > 1:132624/1‑105 (MQ=255) tcCAGTTGGCCTGTGTCGCCGTAGCTGTGGGCGTCGATGACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTc > 6:254345/1‑149 (MQ=255) ccAGTTGGCCTGTGTCGCCGTAGCTGTGGGCGTCGATGACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTCg > 2:389855/1‑149 (MQ=255) ccgTTGGCCTGTGTCGCCGTAGCTGTGGGCGTCGATGACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTc < 4:226682/145‑1 (MQ=255) ccTGTGTCGCCGTAGCTGTGGGCGTCGATGACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTCGGCATTGaa < 7:10562/149‑1 (MQ=255) cTGTGTCGCCGTAGCTGTGGGCGTCGATGACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTCGGCATTGAAg > 7:294712/1‑149 (MQ=255) cTGTGTCGCCGTAGCTGTGGGCGTCGATGACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTCGGCATTGAAg > 7:336493/1‑149 (MQ=255) acaacgcttcaatgccgacatgatcgcccacttgcgcagcgtgggcgtgaaagtcCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACttt > 3:269572‑M1/56‑97 (MQ=255) acaacgcttcaatgccgacatgatcgcccacttgcgcagcgtgggcgtgaaagtcCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACttt < 4:269572‑M1/42‑1 (MQ=255) tgGGCGTCGATGACATCGCCTACGGTCAATGCCGGCAGTGCTCTAAGCCCATTACCGCCGCAGGTTCTGGTGGTAGCATTGGGTACTTTCACGCCGACGCTGCGCAAGTGGGCGTTCATGTCGGCATTGAAGCGTTGTTCCAGCTCttt < 8:99763/149‑1 (MQ=255) tgGGCGTCGATGACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTCGGCATTGAAGCGTTGTTCCAGCTCGtt > 6:169733/1‑149 (MQ=255) gATGACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTCGGCATTGAAGCGATCTTCCAGCTCGTTGAGCAACa > 2:111131/1‑149 (MQ=255) gACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTCGGCATTGAAGCGTTGTTCCAGCTCGTTGAGCAACAGCt > 4:245195/1‑149 (MQ=255) aCATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTCGGCATTGAAGCGTTGTTCCAGCTCGTTGAGCAACAGCtt > 1:247115/1‑149 (MQ=255) aTCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTCGGCATTGAAGCGTTGTTCCa > 7:180688/1‑128 (MQ=255) aTCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTCGGCATTGAAGCGTTGTTCCa < 8:180688/128‑1 (MQ=255) tCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTCGGCATTGAAGCGTTGTTCCAGCTCGTTGAGCAACAGCTTCGa < 1:136536/149‑1 (MQ=255) gCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATTATGTCGGCATTGAAGCGTTGTTCCAGCTCGTTGAGCAACAGCTTCGACg < 1:284708/149‑1 (MQ=255) gCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTCGGCATTGAAGCGTTGTTCCAGCTCGTTGAGCAACAGCTTCGACg > 5:237900/1‑149 (MQ=255) gCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTCGGCATTGAAGCGTTGTTCCAGCTCGTTGAGCAACAGCTTCGACg < 8:294712/149‑1 (MQ=255) aaCGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTCGGCATTGAAGCGTTGTTCCAGCTCGTTGAGCAACAGCTTCGACGGcc > 1:163204/1‑149 (MQ=255) aaCGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTCGGCATTGAAGCGTTGTTCCAGCTCGTTGAGCAACAGCTTCGACGGcc < 8:336493/149‑1 (MQ=255) aaCGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGAAGTGTGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTCGGCATTGAAGCGTTGTTCCAGCTCGTTGAGCAACATCTTCGACGGcc < 6:108587/149‑1 (MQ=255) cTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTCGGCATTGAAGCGTTGTTCCAGCTCGTTGAGCAACAGCTTCGACGGCCCAt > 1:249723/1‑148 (MQ=255) cAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACttt < 7:313124/63‑1 (MQ=255) cAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACttt > 8:313124/1‑63 (MQ=255) aaTGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTCGGCATTGAAGCGTTGTTCCAGCTCGTTGAGCAACAGCTTCGACGGCCCATGCTc > 1:95213/1‑149 (MQ=255) aTGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTCGGCAATGAAGCGTTGTTCCAGCTCGTTAAGCAACAGCTTCGACGGCCCATGCTcc > 1:323499/1‑149 (MQ=255) ccGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTCGGCATTGAAGCGTTGTTCCAGCTCGTTGAGCAACAGCTTCGACGGCCCATGCTCCCAg > 6:285800/1‑149 (MQ=255) ccGGCAGTGCGATCAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTCGGCATTTAAGCGTTGTTCCAGCTCTTTGAGCAACTGCTTCGACGGCCCATGCTCCCa < 8:340276/148‑1 (MQ=255) gcTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTCGGCATTGAAGCGTTGTTCCAGCTCGTTGAGCAACAGCTTCGACGGCCCATGCTCCCAGGCACGCcagg < 1:389855/149‑1 (MQ=255) aGCCCATTACCGCCCCATGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTCGGCATTGAAGCGTTGTTCCAGCTCGTTGAGCAACAGCTTCGACGGCCCATGCTCCCAGGCACGCcaggtca < 2:249723/148‑1 (MQ=255) aGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTCGGCATTGAAGCGTTGTTCCAGCTCGTTGAGCAACAGCTTCGACGGCCCATGCTCCCAGGCACGCcaggtc < 3:245195/147‑1 (MQ=255) gCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTCGGCATTGAAGCGTTGTTCCAGCTCGTTGAGCAACAGCTTCGACGGCCCATGCTCCCAGGCACGCcaggtcagg > 4:39455/1‑149 (MQ=255) gCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTCGGCATTGAAGCGTTGTTCCAGCTCGTTGAGCAACAGCTTCGACGGCCCATGCTCCCAGGCACGCcaggtcagg > 7:255809/1‑149 (MQ=255) | CAGCGGTTTGCCGACGACCTGGGCGGCAGCAATCCAGTCGATCATGCCGTCGCTGGTCAGCGGGTTCTTCTCCAGTTGGCCTGTGTCGCCGTAGCTGTGGGCGTCGATGACATCGCCAACGCTCAATGCCGGCAGTGCGCTAAGCCCATTACCGCCCCAGGTGCTGGTGGTAGCAATGGGGACTTTCACGCCCACGCTGCGCAAGTGGGCGATCATGTCGGCATTGAAGCGTTGTTCCAGCTCGTTGAGCAACAGCTTCGACGGCCCATGCTCCCAGGCACGCCAGGTCAGG > NC_002947/3543722‑3544013 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |