New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1844137 | 0 (0.000) | 52 (0.720) | 44/270 | 0.6 | 62.6% | coding (657/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
? | NC_002947 | 2177702 = | 62 (0.860) | intergenic (+103/‑63) | PP_5485/PP_1931 | GNAT family acetyltransferase/hypothetical protein |
TTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/1843988‑1844137 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGATGAAAA > NC_002947/2177702‑2177847 TTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATG < 8:173468/147‑1 TGGATTTCGATGGTTTCCAGGTGCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGT < 4:412089/146‑1 TGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGT < 3:380118/147‑1 TCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAAC > 7:86979/1‑148 TCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAA > 4:341653/1‑147 TCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTG > 8:194131/1‑139 TCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTG < 7:194131/139‑1 TTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCG > 6:19139/1‑147 TCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGC < 3:341653/147‑1 CACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTGGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCT < 2:211260/148‑1 ACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCT < 3:193129/147‑1 TCTTCGGTTGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGG‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTAATGGCTGCCCATGGTCCAGACGGTGTGAAAACTCAAGCGGGTGTCTAAC > 4:176921/1‑147 CGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTC > 3:154263/1‑147 GGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAA < 7:291799/124‑1 GGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAA > 8:291799/1‑124 TGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGG < 5:19139/147‑1 TCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACTCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGA > 1:348668/1‑148 ATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACC < 3:216682/147‑1 TGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAAC > 6:173225/1‑125 TGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAAC < 5:173225/125‑1 GTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTG < 3:105658/145‑1 GTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTG > 4:105658/1‑145 GCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAA > 6:160081/1‑147 TCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCAT > 1:94625/1‑147 TCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTG < 1:166175/88‑1 TCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTG > 2:166175/1‑88 TTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGA < 4:154263/146‑1 ggGGGCATTCTGGAGTGTTTCGGCCATGGGGTTGATGCCGT‑TGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCGATGGGCCAGACTGTGGGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGGCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGA < 2:348668/146‑1 ATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCAT > 6:360530/1‑147 CAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGT > 2:391028/1‑148 CAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGT > 1:268810/1‑148 CAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGG > 5:313305/1‑147 AGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGA < 4:331821/143‑1 AGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGA > 3:331821/1‑143 GGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGG > 6:79235/1‑145 CGGCCATGCGGTTGATTCAGT‑GGGACAGTTCTTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGGCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTC < 7:265782/147‑1 GGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTC > 4:324679/1‑146 GCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGA < 3:324679/147‑1 CATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACG < 8:86979/148‑1 GGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGAGCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAG < 5:360530/146‑1 ATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTAC < 5:79235/146‑1 T‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGC < 1:391028/148‑1 GCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCG < 5:160081/147‑1 AGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTTTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCGTCTGGTAGTAGTGACAGTGGGGACAATCATGCAGCGAGTCATCGAAGGTGACGCTCGAACGCCGGTTACATTGCTGCCGGAG > 6:46893/1‑147 CAGCTCATGGCTGCCGTTGGTGCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATGGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGA < 7:172850/147‑1 AGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGAC > 8:398267/1‑147 AGCTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGA < 6:313305/146‑1 CTCATGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGAC < 2:268810/148‑1 TCATGGCTGACAATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGACCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGAC > 8:40575/1‑147 CATGGCTGCCCAGGGTCCCGACTGTGGCAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTA < 1:182619/148‑1 TGGCTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTAGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGAAGACTACG > 1:57423/1‑148 CTGCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTC > 4:282538/1‑147 GCCCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCAC > 5:84672/1‑147 CCATGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCAC < 6:84672/145‑1 TCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGATGAAAA > 8:80075/1‑148 TTCTGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/1843988‑1844137 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGATGAAAA > NC_002947/2177702‑2177847 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |