| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1844137 | 0 (0.000) | 52 (0.720) | 44/270 | 0.6 | 62.6% | coding (657/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
| ? | NC_002947 | 2177702 = | 62 (0.860) | intergenic (+103/‑63) | PP_5485/PP_1931 | GNAT family acetyltransferase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
TGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑GGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGA > NC_002947/1843991‑1844282 | caaaagacctcaagaacgactcacaacgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTc < 1:381261‑M1/4‑1 (MQ=255) ctcaagaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGc > 4:215777‑M1/137‑147 (MQ=255) tGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgt < 3:380118‑M1/147‑11 (MQ=255) aagaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCgttg < 2:185920‑M1/15‑2 (MQ=255) aagaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGtt < 5:122257‑M1/14‑1 (MQ=255) aagaacgactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGt > 2:304584‑M1/134‑146 (MQ=255) tCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaa > 4:341653‑M1/1‑132 (MQ=255) tCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactg < 7:194131‑M1/139‑8 (MQ=255) tCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactg > 8:194131‑M1/1‑132 (MQ=255) gactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGttct < 6:232333‑M1/16‑1 (MQ=255) gactcacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaacaacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttagcgtgttttcacacagactgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGa < 3:124664‑M1/20‑1 (MQ=255) ttCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccg > 6:19139‑M1/1‑126 (MQ=255) cacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGttctt > 6:427654‑M1/124‑140 (MQ=255) cacatcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGttctt < 5:427654‑M1/17‑1 (MQ=255) tCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgc < 3:341653‑M1/147‑23 (MQ=255) catcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGttcttc < 6:260265‑M1/18‑1 (MQ=255) catcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGttcttc > 5:260265‑M1/122‑139 (MQ=255) tcgccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCg > 3:316391‑M1/120‑147 (MQ=255) gccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaacgacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttctcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTc > 1:104010‑M1/118‑147 (MQ=255) ccacatgcgccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCt > 2:414442‑M1/117‑148 (MQ=255) cACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTGGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtct < 2:211260‑M1/148‑31 (MQ=255) aCGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtct < 3:193129‑M1/147‑31 (MQ=255) tCTTCGGTTGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGG‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTAATGGCTGCCCATGGTCcagacggtgtgaaaactcaagcgggtgtctaac > 4:176921‑M1/1‑114 (MQ=255) gccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCt > 4:318983‑M1/109‑146 (MQ=255) cGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttc > 3:154263‑M1/1‑110 (MQ=255) ggTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaa < 7:291799‑M1/124‑16 (MQ=255) cccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGAt < 3:65259‑M1/41‑1 (MQ=255) tGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctgg < 5:19139‑M1/147‑41 (MQ=255) cggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTCAGCGGATTGACcgc < 4:309584‑M1/48‑1 (MQ=255) tCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaactcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtga > 1:348668‑M1/1‑99 (MQ=255) aTGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgacc < 3:216682‑M1/147‑52 (MQ=255) tgtgTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaac > 6:173225‑M1/1‑92 (MQ=255) tgtgTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaac < 5:173225‑M1/125‑34 (MQ=255) gtgtTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtg > 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< 6:313305‑M1/146‑126 (MQ=255) gttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑GGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGa > 6:254759‑M1/17‑147 (MQ=255) cTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgac < 2:268810‑M1/148‑130 (MQ=255) tttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑GGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGAt > 6:111333‑M1/15‑146 (MQ=255) tCATGGCTGACAATGGTCcagactgtgtgaaaacgaccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgac > 8:40575‑M1/1‑18 (MQ=255) ttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑GGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCa > 1:419788‑M1/14‑147 (MQ=255) cATGGCTGCCCAGGGTCccgactgtggcaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgacta < 1:182619‑M1/148‑132 (MQ=255) tGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggtagtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggaagactacg > 1:57423‑M1/1‑15 (MQ=255) cacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑GGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCcag > 4:220549‑M1/12‑131 (MQ=255) cacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑GGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAg < 5:405537‑M1/135‑1 (MQ=255) cacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑GGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCaa > 3:319248‑M1/10‑147 (MQ=255) cagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑GGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAg < 8:133539‑M1/141‑1 (MQ=255) ccATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactacgtcac < 6:84672‑M1/145‑138 (MQ=255) ctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGAGGGAGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCt < 1:132276‑M1/145‑1 (MQ=255) tCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaaggtgaggctcgaacgcaggttacattgctgccggagtgcctggacgactacgtcaccgatgaaaa > 8:80075‑M1/1‑2 (MQ=255) CGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑GGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGa < 6:113690‑M1/146‑1 (MQ=255) | TGGATTTCGATGGTTTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGT‑GGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGG‑GGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAGCGCCAACAGGCCGCTGAGTGCCAGGCAGGCGAGGATCAGCAACAGGCTGGTGA > NC_002947/1843991‑1844282 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |