New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2668377 = | 48 (0.760) | 3 (0.050) | 3/256 | NT | 5.4% | coding (229/1485 nt) | prpD | 2‑methylcitrate dehydratase |
? | NC_002947 | 2668425 = | 59 (0.970) | coding (277/1485 nt) | prpD | 2‑methylcitrate dehydratase |
GTCGATTCCCGCGAGGCCCTGGACACCGCGCGCAACTGCCTGATGGACACCCTCGGTTGCGGCCTTCTCGCCTTGCGCTTCCCTGAGTGCACCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAACGACACCTGGCTGGCCGCCGAATGGGCTCATCCCTCGGACAACCTTGGCGGCATCCTGGCAGTGGCTGA > NC_002947/2668233‑2668525 | gcagtggcttttcacccgcggcaacccgtttctgtgacaggtggtcagccactgccaggatgccgccaaggttgtccgagggatgagcccattcggcggccagccaggtgtcgttgtagtccagccagcgcaccgtgcagccaatGTcc < 4:207010‑M1/4‑1 (MQ=255) aTTCCCGCGAGGCCCTGGACACCGCGCGCAACTGCCTGATGGACACCCTCGGTTGCGGCCTTCTCGCCTTGCGCTTCCCTGAGTGCACCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCgg > 6:115195/1‑148 (MQ=255) cgcgAGGCCCTGGACACCGCGCGCAACTGCCTGATGGACACCCTCGGTTGCGGCCTTCTCGCCTTGCGCTTCCCTGAGTGCACCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCAcctc > 2:334811/1‑149 (MQ=255) cgAGGCCCTGGACACCGCGCGCAACTGCCTGATGGACACCCTCGGTTGCGGCCTTCTCGCCTTGCGCTTCCCTGAGTGCACCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCAcctcct < 1:164823/149‑1 (MQ=255) cccTGGACACCGCGCGCAACTGCCTGATGGACACCCTCGGTTGCGGCCTTCTCGCCTTGCGCTTCCCTGAGTGCACCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGc < 3:69207/149‑1 (MQ=255) ccTGGACACCGCGCGCAACTGCCTGATGGACACCCTCGGTTGCGGCCTTCTCGCCTTGCGCTTCCCTGAGTGCACCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTc < 1:192884/130‑1 (MQ=255) ccTGGACACCGCGCGCAACTGCCTGATGGACACCCTCGGTTGCGGCCTTCTCGCCTTGCGCTTCCCTGAGTGCACCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTc > 2:192884/1‑130 (MQ=255) cTGGACACCGCGCGCAACTGCCTGATGGACACCCTCGGTTGCGGCCTTCTCGCCTTGCGCTTCCCTGAGTGCACCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCt > 3:327558/1‑149 (MQ=255) acCGCGCGCAACTGCCTGATGGACACCCTCGGTTGCGGCCTTCTCGCCTTGCGCTTCCCTGAGTGCACCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGAccc > 3:91552/1‑149 (MQ=255) gcAACTGCCTGATGGACACACTCGGTTGCGGCCTTCTCGCCTTGCGCTTCCCTGAGTGCACCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAg < 3:22129/149‑1 (MQ=255) aaCTGCCTGATGGACACCCTCGGTTGCGGCCTTCTCGCCTTGCGCTTCCCTGAGTGCACCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGc > 1:94950/1‑149 (MQ=255) aaCTGCCTGATGGACACCCTCGGTTGCGGCCTTCTCGCCTTGCGCTTCCCTGAGTGCACCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGc > 8:64182/1‑149 (MQ=255) ccTGATGGACACCCTCGGTTGCGGCCTTCTCGCCTTGCGCTTCCCTGAGTGCACCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTTGACCGGGTCGAGGcgata < 5:115195/148‑5 (MQ=255) ccTGATGGACACCCTCGGTTGCGGCCTTCTCGCCTTGCGCTTCCCTGAGTGCACCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGc < 1:368978/147‑1 (MQ=255) aggtggtcagccactgccaggatgccgccaaggttgtccgagggatgagcccattcggcggccagccaggtgtcgttgtagtccagccagcgcaccgtgcagccaatGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGcc > 6:119465‑M1/108‑149 (MQ=255) gtcagccactgccaggatgccgccaaggttgtccgagggatgagcccattcggcggccagccaggtgtcgttgtagtccagccagcgcaccgtgcagccaatGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTggg > 5:254992‑M1/103‑148 (MQ=255) ggACACCCTCGGTTGCGGCCTTCTCGCCTTGCGCTTCCCTGAGTGCACCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACa > 5:344600/1‑149 (MQ=255) agccactgccaggatgacgccaaggttgtccgaggtatgagcccattcggcggccagccaggtgtcgttgtagtccagccagcgcaccgtgcagccaatGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACAt > 6:395064‑M1/100‑149 (MQ=255) ccTCGGTTGCGGCCTTCTCGCCTTGCGCTTCCCTGAGTGCACCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCt > 4:142096/1‑149 (MQ=255) tCGGTTGCGGCCTTCTCGCCTTGCGCTTCCCTGAGTGCACCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCAGGGACATTGGCTg > 5:52198/1‑148 (MQ=255) gCGGCCTTCTCGCCTTGCGCTTCCCTGAGTGCACCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGt < 4:327558/148‑1 (MQ=255) ccTTCTCGCCTTGCGCTTCCCTGAGTGCACCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCgct > 7:135548/1‑149 (MQ=255) ttCTCGCCTTGCGCTTCCCTGAGTGCACCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCgctgg > 4:164843/1‑149 (MQ=255) ctcGCCTTCCGCTTCCCTGAGTGCACCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCgctgg < 8:135548/147‑1 (MQ=255) ttGCGCTTCCCTGAGTGCACCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGTCCCGGTCAAGTCTGACTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGATTGACTa > 6:300539/1‑149 (MQ=255) ttGCGCTTCCCTGAGTGCACCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTa > 4:389647/1‑149 (MQ=255) gcTTCCCTGAGTGCACCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAAc < 4:91552/149‑1 (MQ=255) cTTCCCTGAGTGCACCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAAc > 8:210513/1‑148 (MQ=255) cTTCCCTGAGTGCACCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAACg > 5:138669/1‑149 (MQ=255) cTTCCCTGAGTGCACCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAACg > 7:84530/1‑149 (MQ=255) aGTGCACCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAACGACACct < 3:142096/147‑1 (MQ=255) aCCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAACGACAcc < 1:264900/141‑1 (MQ=255) aCCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAACGACAcc > 2:264900/1‑141 (MQ=255) cAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAACGACACCTGGCTGgccg > 4:147219/1‑149 (MQ=255) cTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGa < 1:50510/119‑1 (MQ=255) cTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGa > 2:50510/1‑119 (MQ=255) cTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAACGACACCTGGCTGGCCGCCGAATg > 3:137712/1‑149 (MQ=255) ggCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAACGACACCTGGCTGGCCGCCGAATggg < 1:1985/148‑1 (MQ=255) gCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAACGACACCTGGCTGGCCGCCGAATGGGc < 6:344600/148‑1 (MQ=255) cccAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGCCTACAACGACACCTGGCTGGCCGCCGAATGGGCTCAt > 5:221369/1‑149 (MQ=255) cccAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGAACCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAACGACACCTGGATGGCCGCCGATTGGGATCAt > 3:158648/1‑149 (MQ=255) aGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCGTCGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAACGACACCTGGCTGGCCGCCGAATGGGCTCATc > 1:251330/1‑148 (MQ=255) ggTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTCCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAACGACACCTGGCTGGCCGCCGAATGGGCTCATCCCt > 1:220912/1‑149 (MQ=255) ggAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAACGACACCTGGCTGGCCGCCGAATGGGCTCATCCCTCg > 5:162859/1‑148 (MQ=255) gAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAACGACACCTGGCTGGCCGCCGAATGGGCTCATCCCTCGGa > 7:281439/1‑149 (MQ=255) gAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAACGACACCTGGCTGGCCGCCGAATGGGCTCATCCCTCGGa > 3:114586/1‑149 (MQ=255) aCGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAACGACACCTGGCTGGCCGCCGAATGGGCTCATCCCTCGGACAACCt > 5:47341/1‑149 (MQ=255) gCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAACGACACCTGGCTGGCCGCCGAATGGGCTCATCCCTCGGACAACCTTg > 8:246694/1‑149 (MQ=255) gTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAACGACACCTGGCTGGCCGCCGAATGGGCTCATCCCTCGGACAACCTTggc < 8:84530/147‑1 (MQ=255) gTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAACGACACCTGGCTGGCCGCCGAATGGGCTCATCCCTCGGACAACCTTggc < 3:389647/147‑1 (MQ=255) tCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAACGACACCTGGCTGGCCGCCGAATGGGCTCATCCCTCGGACAACCTTggcgg > 3:54431/1‑148 (MQ=255) ccGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAACGACACCTGGCTGGCCGCCGAATGGGCTCATCCCTCGGACAACCTTGGCGGCa < 7:64182/148‑1 (MQ=255) gAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAACGACACCTGGCTGGCCGCCGAATGGGCTCATCCCTCGGACAACCTTGGCGGCATcc > 3:207010/1‑149 (MQ=255) tGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAACGACACCTGGCTGGCCGCCGAATGGGCTCATCCCTCGGACAACCTTGGCGGCATCCTgg < 3:147219/149‑1 (MQ=255) cTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAACGACACCTGGCTGGCCGCCGAATGGGCTCATCCCTCGGACAACCTTGGCGGCATCCTGGCAGt < 2:220912/148‑1 (MQ=255) g‑cgTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAACGACACCTGGCTGGCCGCCGAATGGGCTCATCCCTCGGACAACCTTGGCGGCATCCTGGCAGTGGCt < 4:137712/149‑1 (MQ=255) g‑cgTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAACGACACCTGGCTGGCCGCCGAATGGGCTCATCCCTCGGACAACCTTGGCGGCATCCTGGCAGTGGCt > 3:59185/1‑149 (MQ=255) GTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAACGACACCTGGCTGGCCGCCGAATGGGCTCATCCCTCGGACAACCTTGGCGGCATCCTGGCAGTGGCTGa < 1:339259‑M1/149‑1 (MQ=255) | GTCGATTCCCGCGAGGCCCTGGACACCGCGCGCAACTGCCTGATGGACACCCTCGGTTGCGGCCTTCTCGCCTTGCGCTTCCCTGAGTGCACCAAGCTCCTTGGCCCCCAGGTGGAAGGCACGCTGGTCCCGAATGGTGCTCG‑CGTCCCCGGCACCTCCTATCGCCTCGACCCGGTCAAGGCTGCCTGGGACATTGGCTGCACGGTGCGCTGGCTGGACTACAACGACACCTGGCTGGCCGCCGAATGGGCTCATCCCTCGGACAACCTTGGCGGCATCCTGGCAGTGGCTGA > NC_002947/2668233‑2668525 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |