New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3214219 = | 44 (0.690) | 3 (0.050) | 3/254 | NT | 6.2% | coding (134/3129 nt) | mexD | multidrug RND transporter MexD |
? | NC_002947 | 3214270 = | 48 (0.790) | coding (185/3129 nt) | mexD | multidrug RND transporter MexD |
TGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCCATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCT > NC_002947/3214071‑3214365 | aaacggttctgcacgtcgacctgcgccatgtccgggtcggtgcctggctcgaaggtcaccatcacttcggccacgccgttggagttgttggtggactcgtagtacagcaggcccttggcgccgttgagcgactgttcgatgatgctggt < 3:81664‑M1/1‑1 (MQ=255) aaacggttctgcacgtcgacctgcgccatgtccgggtcggtgcctggctcgaaggtcaccatcacttcggccacgccgttggagttgttggtggactcgtagtacagcaggcccttggcgccgttgagcgactgttcgatgatgctggt < 1:276085‑M1/1‑1 (MQ=255) aaacggttctgcacgtcgacctgcgccatgtccgggtcggtgcctggctcgaaggtcaccatcacttcggccacgccgttggagttgttggtggactcgtagtacagcaggcccttggcgccgttgagcgactgttcgatgatgctggt < 4:35704‑M1/1‑1 (MQ=255) ggAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCCATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCATTAACCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGc < 4:165578/149‑1 (MQ=255) agaTGTCCAGGTTCTTCATCCATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTAc > 6:234509/1‑149 (MQ=255) tCCAGGTTCTTCATCCATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCgg > 6:152966/1‑149 (MQ=255) ccAGGTTCTTCATCCATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGgc < 5:230217/149‑1 (MQ=255) cAGGTTCTTCATCCATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGgc < 5:234509/148‑1 (MQ=255) cttcATCCATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGGGGCCCAGTACCCCAACTTGGCGCCAACGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCg < 6:152118/148‑1 (MQ=255) atccatcGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGcc > 4:208143/1‑147 (MQ=255) catcGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAgg < 3:208143/148‑1 (MQ=255) atcGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGACGGTTTGCTGGTGATTAGCTCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCATCGTGGCGCCCCCGCAGATCTCCATCACCGACTCCTACCCCGGCGCGTCGGCCAAGGt > 8:145909/1‑148 (MQ=255) gCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCAtg > 2:132291/1‑149 (MQ=255) ccGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCAtggt > 7:106579/1‑149 (MQ=255) cGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTTCCCCAACGTGGCGCAACCGCAGATCTCCATAAAAGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCAtgctg > 7:158218/1‑149 (MQ=255) cGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCATATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCAtggtg < 1:92277/149‑1 (MQ=255) cGAACTTCGCCTGGGTCGGGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTTGCCCAGTAACCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTACATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCAtggtg < 6:238556/149‑1 (MQ=255) aaCTTCGCCTGGGGCGGGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGGTCATTTTCAGAACGTGGCGACACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGa < 6:378980/149‑1 (MQ=255) gaaggtcaccatcacttcggccacgccgttggagttgttggtggactcgtagtacagcaggcccttggcgccgttgagcgactgttcgatgatgctggTCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGt > 8:22797‑M1/99‑147 (MQ=255) cTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGa < 7:121743/149‑1 (MQ=255) ttgttCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTAGCCCGTGGCCCAGTACCCAAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCg > 1:206676/1‑148 (MQ=255) ttCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGaa > 8:266564/1‑147 (MQ=255) cATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCAACGAACAGt > 1:362131/1‑149 (MQ=255) tttCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCAAGTACACCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCg > 5:209510/1‑149 (MQ=255) gCCGGATTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAAc < 8:148655/147‑1 (MQ=255) cTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAggg > 8:72208/1‑149 (MQ=255) cTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAgg < 2:362131/148‑1 (MQ=255) tGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGc > 3:301544/1‑149 (MQ=255) tGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCctg < 6:209510/149‑1 (MQ=255) cATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGTTCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCa < 7:331684/105‑1 (MQ=255) cATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCa > 8:331684/1‑105 (MQ=255) aTCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGtact < 2:369985/149‑1 (MQ=255) cTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGtactac < 8:106579/148‑1 (MQ=255) ttGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGtactac > 6:117795/1‑147 (MQ=255) ttGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGtactac > 2:102068/1‑147 (MQ=255) tacagcaggcccttggcgccgttgagcgactgttcgatgatgctggTCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGa < 5:71439‑M1/51‑1 (MQ=255) tacagcaggcccttggcgccgttgagcgactgttcgatgatgctggTCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGa > 6:71439‑M1/47‑97 (MQ=255) gCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAg < 5:152966/148‑1 (MQ=255) cGTGGGCGAGTACGCCAACGTGGCGCCACCGGAGATCTCCATCACGGCCTCCTACCCCGGCGGTTGGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCATGGGCCTGCTGTACTACGAGTcca < 3:304476/149‑1 (MQ=255) cGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTcca < 5:117795/149‑1 (MQ=255) cGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTcca < 7:266564/149‑1 (MQ=255) cccAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACcaac < 7:72208/149‑1 (MQ=255) ccccAACGTGGCGCGACCGCAGATCTCCATCACAGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGCAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAATGGCCTGCTGTACTACGAGTCAACCAACAACTcc > 7:335129/1‑148 (MQ=255) cccAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCCCCAACAACTCCaa > 2:276085/1‑149 (MQ=255) cccAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCaa > 2:281786/1‑149 (MQ=255) cAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCTTCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACg > 2:1314/1‑149 (MQ=255) aaCGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACgg > 5:95474/1‑149 (MQ=255) cGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTcc < 3:354972/119‑1 (MQ=255) cGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTcc > 4:354972/1‑119 (MQ=255) cAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAAGGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGAt < 2:206676/149‑1 (MQ=255) ctcCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGa > 1:274229/1‑149 (MQ=255) tcCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGAc > 7:371826/1‑149 (MQ=255) ccATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGAcc > 5:333904/1‑149 (MQ=255) cATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCt > 1:43991/1‑149 (MQ=255) cATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCt > 6:270116/1‑149 (MQ=255) cATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCt > 1:178314/1‑149 (MQ=255) cATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCt > 3:35704/1‑149 (MQ=255) | TGCGAGGGAAGTGAGATGTCCAGGTTCTTCATCCATCGCCCGAACTTCGCCTGGGTCGTGGCGTTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCT > NC_002947/3214071‑3214365 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |