New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3214219 = | 44 (0.690) | 3 (0.050) | 3/254 | NT | 6.2% | coding (134/3129 nt) | mexD | multidrug RND transporter MexD |
? | NC_002947 | 3214270 = | 48 (0.790) | coding (185/3129 nt) | mexD | multidrug RND transporter MexD |
TTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGCCAGGCACCGACCCGGACATGGCGCAGGTCGACGTGCAGAACCGTTT > NC_002947/3214134‑3214417 | ttgttCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTAGCCCGTGGCCCAGTACCCAAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCg > 1:206676/1‑148 (MQ=255) ttCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGaa > 8:266564/1‑147 (MQ=255) cATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCAACGAACAGt > 1:362131/1‑149 (MQ=255) tttCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCAAGTACACCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCg > 5:209510/1‑149 (MQ=255) gCCGGATTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAAc < 8:148655/147‑1 (MQ=255) cTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAggg > 8:72208/1‑149 (MQ=255) cTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAgg < 2:362131/148‑1 (MQ=255) tGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGc > 3:301544/1‑149 (MQ=255) tGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCctg < 6:209510/149‑1 (MQ=255) cATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGTTCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCa < 7:331684/105‑1 (MQ=255) cATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCa > 8:331684/1‑105 (MQ=255) aTCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGtact < 2:369985/149‑1 (MQ=255) cTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGtactac < 8:106579/148‑1 (MQ=255) ttGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGtactac > 6:117795/1‑147 (MQ=255) ttGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGtactac > 2:102068/1‑147 (MQ=255) gCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑Ag < 5:152966/148‑1 (MQ=255) cGTGGGCGAGTACGCCAACGTGGCGCCACCGGAGATCTCCATCACGGCCTCCTACCCCGGCGGTTGGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCATGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTcca < 3:304476/149‑1 (MQ=255) cGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTcca < 5:117795/149‑1 (MQ=255) cGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTcca < 7:266564/149‑1 (MQ=255) cccAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACcaac < 7:72208/149‑1 (MQ=255) ccccAACGTGGCGCGACCGCAGATCTCCATCACAGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGCAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAATGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCAACCAACAACTcc > 7:335129/1‑148 (MQ=255) cccAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCCCCAACAACTCCaa > 2:276085/1‑149 (MQ=255) cccAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCaa > 2:281786/1‑149 (MQ=255) cAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCTTCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACg > 2:1314/1‑149 (MQ=255) aaCGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACgg > 5:95474/1‑149 (MQ=255) cGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTcc < 3:354972/119‑1 (MQ=255) cGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTcc > 4:354972/1‑119 (MQ=255) cAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAAGGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGAt < 2:206676/149‑1 (MQ=255) ctcCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGa > 1:274229/1‑149 (MQ=255) tcCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGAc > 7:371826/1‑149 (MQ=255) ccATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGAcc > 5:333904/1‑149 (MQ=255) cATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCt > 3:35704/1‑149 (MQ=255) cATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCt > 1:178314/1‑149 (MQ=255) cATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCt > 6:270116/1‑149 (MQ=255) cATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCt > 1:43991/1‑149 (MQ=255) tcaccgactccaccatgaccttggccgaagcgccggggtaggaggcggtgaCCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGta > 6:71439‑M2/52‑97 (MQ=255) tcaccgactccaccatgaccttggccgaagcgccggggtaggaggcggtgaCCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGta < 5:71439‑M2/46‑1 (MQ=255) accgactccaccatgaccttggccgaagcgccggggtaggaggcggtgaCCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTc > 8:22797‑M2/50‑147 (MQ=255) ACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGa > 6:25726‑M1/1‑149 (MQ=255) CCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAg < 7:177164‑M1/149‑1 (MQ=255) cctcctACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGc > 1:176024/1‑66 (MQ=255) cctcctACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGc < 2:176024/66‑1 (MQ=255) ctcctACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGCCAg < 1:281786/149‑1 (MQ=255) ctACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACGCAGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGCCAg < 1:102068/147‑1 (MQ=255) cccGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGa < 3:123295/137‑1 (MQ=255) cccGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGa > 4:123295/1‑137 (MQ=255) ttCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGCCAGGCACCGACCCGGACa > 1:394816/1‑149 (MQ=255) ttCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGCCAGGCACCGACCCGGACa > 8:319397/1‑149 (MQ=255) ttCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGCCAGGCACCGACCCGGACa > 4:353193/1‑149 (MQ=255) ggCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGCCAGGCACCGACCCGGACATgg > 8:309842/1‑149 (MQ=255) cAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGCCAGGCACCGACCCGGACATGgcgc < 5:270116/149‑1 (MQ=255) cAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGCCAGGCACCGACCCGGACATGgcg > 4:81664/1‑148 (MQ=255) aaGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGCCAGGCACCGACCCGGACATGGCGCa < 7:319397/149‑1 (MQ=255) aaGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGACCCAGGCACCGACCCGGACATGgcg > 1:26242/1‑147 (MQ=255) aGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGCCAGGCACCGACCCGGACATGGCGCAg < 6:95474/149‑1 (MQ=255) ggAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGCCAGGCACCGACCCGGACATGGCGCAGGTCGACGTGc < 8:177164/149‑1 (MQ=255) gACCAGCCTCATCGATCTTGCGCTCAACCGCGCCTTGGTCCTGCTGTACTACG‑AGCGCACCAACAACTCCCACGGCGTGGCCGTTGTGATGTTGACCTTCGATCCAGGCACCGACCCCGACATGGCGCAGGTCGACGTGCAGAACCGtt < 8:335129/149‑1 (MQ=255) aCCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGCCAGGCACCGACCCGGACATGGCGCAGGTCGACGTGCAGAACCGttt < 3:81664‑M2/148‑1 (MQ=255) aCCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGCCAGGCACCGACCCGGACATGGCGCAGGTCGACGTGCAGAACCGttt < 1:276085‑M2/148‑1 (MQ=255) aCCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGCCAGGCACCGACCCGGACATGGCGCAGGTCGACGTGCAGAACCGttt < 4:35704‑M2/148‑1 (MQ=255) ccAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGCCAGGCACCGACCCGGACATGGCGCAGGTCGACGTGCAGAACCGttt > 8:230759/1‑148 (MQ=255) ccAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGCCAGGCACCGACCCGGACATGGCGCAGGTCGACGTGCAGAACCGttt > 8:236878/1‑148 (MQ=255) | TTGTTCATTTCACTGGCCGGTTTGCTGGTGATTCCATCCTTGCCCGTGGCCCAGTACCCCAACGTGGCGCCACCGCAGATCTCCATCACCGCCTCCTACCCCGGCGCTTCGGCCAAGGTCATGGTGGAGTCGGTGACCAGCATCATCGAACAGTCGCTCAACGGCGCCAAGGGCCTGCTGTACTACG‑AGTCCACCAACAACTCCAACGGCGTGGCCGAAGTGATGGTGACCTTCGAGCCAGGCACCGACCCGGACATGGCGCAGGTCGACGTGCAGAACCGTTT > NC_002947/3214134‑3214417 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |