New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4561859 | 46 (0.720) | 3 (0.050) | 3/260 | NT | 5.9% | coding (2002/2316 nt) | vgrG‑III | type VI secretion system protein |
? | NC_002947 | = 4561916 | 50 (0.810) | coding (1945/2316 nt) | vgrG‑III | type VI secretion system protein |
CCACGCCCTGGCGCTGGGTGCCATCGGACAACGTTGC‑CACGTAGGCCGTGCCCGCAATCGGCGTACCGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGATCGACACAT > NC_002947/4561712‑4562005 | ccACGCCCTGGCGCTGGGTGCCATCGGACAACGTTGCGCACGTAGGCCGTGCCCGCAATCGGCGTACCGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTG > 1:70523‑M1/1‑149 (MQ=255) cACGCCCTGGCGCTGGGTGCCATCGGACAACGTTGC‑GACGTAGGCCGTGCCCGCAATCGGCGTACCGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTggg > 7:25519/1‑149 (MQ=255) cACGCCCTGGCGCTGGGTGCCATCGGACAACGTTGC‑CACGTAGGCCGTGCCCGCAATCGGCGTACCGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTggg < 3:185524/149‑1 (MQ=255) cACGCCCTGGCGCTGGGTGCCATCGGACAACGTTGC‑CACGTAGGCCGTGCCAGCAATCGGCGTACCGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTggg > 4:390238/1‑149 (MQ=255) aCGCCCTGGCGCTGGGTGCCATCGGACAACGTTGC‑CACGTAGGCCGTGCCCGCAATCGGCGTACCGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGc < 4:141889/149‑1 (MQ=255) gCCCTGGCGCTGGGTGCCATCGGACAACGTTGC‑CACGTAGGCCGTGCCCGCAATCGGCGTACCGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGa < 1:370881/149‑1 (MQ=255) ccTGGCGCTGGGTGCCATCGGACAACGTTGC‑CACGTAGGCCGTGCCCGCAATCGGCGTACCGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATg > 8:275390/1‑149 (MQ=255) gcgcTGGGTGCCATCGGACAACGTTGC‑CACGTAGGCCGTGCCCGCAATCGGCGTACCGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGc < 3:390238/147‑1 (MQ=255) gCCATCGGACAACGTTGC‑CACGTAGGCCGTGCCCGCAATCGGCGTACCGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAAcag > 1:355292/1‑147 (MQ=255) ccATCGGACAACGTTGC‑CACGTAGGCCGTGCCCGCAATCGGCGTACCGTCCGCATGCACCAGCCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCTGGTGCAGGCTGTACTCCGTAACGTTCAGGCGCCTTGACCTGGGCGTTGGCGTGTAAcagcag < 8:60340/149‑1 (MQ=255) tCGGACAACGTTGC‑CACGTAGGCCGTGCCCGCAATCGGCGTACCGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTAGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTgg > 3:116997/1‑149 (MQ=255) gACAACGTTGC‑CACGTAGGCCGTGCCCGCAATCGGCGTACCGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTc > 6:334698/1‑149 (MQ=255) tGC‑CACGTAGGCCGTGCCCGCAATCGGCGTACCGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAAc > 1:169213/1‑149 (MQ=255) ggCCGTGCCCGCAATCGGCGTACCGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGa < 5:393943/149‑1 (MQ=255) ccGCAATCGGCGTACCGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCa < 4:344790/149‑1 (MQ=255) cGCAATCGGCGTACCGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGagcgatggccgcatcgaaatcggttgccccgaaccactgctgttacacgccat > 1:303948‑M1/1‑96 (MQ=255) cGCAATCGGCGTACCGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCAt > 6:224821/1‑149 (MQ=255) cGCAATCGGCGTACCGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCAt < 2:169213/149‑1 (MQ=255) gCAATCGGCGTACCGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATc > 2:105001/1‑149 (MQ=255) aaTCGGCGTACCGTCGGCATACACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGagcgatggccgcatcgaaatcggttgccccgaaccactgctgttacacgccatc < 3:357820‑M1/147‑55 (MQ=255) ggCGTACCGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGagcgatggccgcatcgaaatcggttgccccgaaccactgctgttacacgccatcgccca < 2:303948‑M1/148‑60 (MQ=255) gCGTACCGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGc > 3:323714/1‑149 (MQ=255) gTACCGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCGCAGCtt > 4:349669/1‑149 (MQ=255) ccGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGa > 7:299716/1‑148 (MQ=255) ccGTCGGCAAGCACCACGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGCTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGAt < 8:25519/149‑1 (MQ=255) cGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGAt > 3:14233/1‑148 (MQ=255) gTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATa > 8:347023/1‑148 (MQ=255) cGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAg > 4:245713/1‑149 (MQ=255) gCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGc > 7:81291/1‑149 (MQ=255) cATGCACAAGGCGAAACTCGATTTAGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGAGGCAAACGAATTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGcc > 4:294325/1‑149 (MQ=255) aCCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCccgcc > 7:285407/1‑149 (MQ=255) aGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCa < 4:116997/149‑1 (MQ=255) aGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCa < 6:185283/149‑1 (MQ=255) ggCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAg > 2:144299/1‑149 (MQ=255) gCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGc > 1:156460/1‑149 (MQ=255) gAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCt > 2:162273/1‑148 (MQ=255) aaCTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAg > 5:116090/1‑149 (MQ=255) aCTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAgg < 3:245713/149‑1 (MQ=255) aCTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAgg < 2:70523/149‑1 (MQ=255) aCTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAgg < 7:275390/149‑1 (MQ=255) gATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCa < 1:105001/149‑1 (MQ=255) gTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGAc < 2:355292/148‑1 (MQ=255) tCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGt > 3:151700/1‑149 (MQ=255) cTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGAAGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTc < 1:320917/149‑1 (MQ=255) tCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGAt > 5:40323/1‑110 (MQ=255) tCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGAt < 6:40323/110‑1 (MQ=255) ggTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACATTCGGCTGTc < 6:116090/149‑1 (MQ=255) gCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATg > 5:364537/1‑148 (MQ=255) gCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACt < 8:299716/149‑1 (MQ=255) cAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTg < 1:144299/149‑1 (MQ=255) aGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTgg < 3:294325/149‑1 (MQ=255) gcCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGAt > 1:249817/1‑149 (MQ=255) ccTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGATc < 8:81291/149‑1 (MQ=255) ttGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGATCGa > 4:67215/1‑149 (MQ=255) gACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGATCGac < 5:224821/148‑1 (MQ=255) tGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTcaggtcaaggcgcctgcacgttacggagtaccgcctgcacctgagcaggacgaaatcgagtttcgcctggtgcatgccgacggtacgcc < 2:303948‑M2/148‑90 (MQ=255) | CCACGCCCTGGCGCTGGGTGCCATCGGACAACGTTGC‑CACGTAGGCCGTGCCCGCAATCGGCGTACCGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGATCGACACAT > NC_002947/4561712‑4562005 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |