New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4561859 | 46 (0.720) | 3 (0.050) | 3/260 | NT | 5.9% | coding (2002/2316 nt) | vgrG‑III | type VI secretion system protein |
? | NC_002947 | = 4561916 | 50 (0.810) | coding (1945/2316 nt) | vgrG‑III | type VI secretion system protein |
GCGTACCGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGATCGACACATCCTCATCGGCGTCGACCCGCAGTTGCCCGCCGACCTGCACGCGCTTGTCCAGCGCGACC > NC_002947/4561772‑4562064 | gCGTACCGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGc > 3:323714/1‑149 (MQ=255) gTACCGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCGCAGCtt > 4:349669/1‑149 (MQ=255) ccGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGa > 7:299716/1‑148 (MQ=255) ccGTCGGCAAGCACCACGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGCTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGAt < 8:25519/149‑1 (MQ=255) cGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGAt > 3:14233/1‑148 (MQ=255) gTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATa > 8:347023/1‑148 (MQ=255) cGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAg > 4:245713/1‑149 (MQ=255) gCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGc > 7:81291/1‑149 (MQ=255) cATGCACAAGGCGAAACTCGATTTAGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGAGGCAAACGAATTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGcc > 4:294325/1‑149 (MQ=255) aCCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCccgcc > 7:285407/1‑149 (MQ=255) aGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCa < 6:185283/149‑1 (MQ=255) aGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCa < 4:116997/149‑1 (MQ=255) ggCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAg > 2:144299/1‑149 (MQ=255) gCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGc > 1:156460/1‑149 (MQ=255) gAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCt > 2:162273/1‑148 (MQ=255) aaCTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAg > 5:116090/1‑149 (MQ=255) aCTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAgg < 7:275390/149‑1 (MQ=255) aCTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAgg < 3:245713/149‑1 (MQ=255) aCTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAgg < 2:70523/149‑1 (MQ=255) gATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCa < 1:105001/149‑1 (MQ=255) gTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGAc < 2:355292/148‑1 (MQ=255) tCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGt > 3:151700/1‑149 (MQ=255) cTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGAAGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTc < 1:320917/149‑1 (MQ=255) tCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGAt < 6:40323/110‑1 (MQ=255) tCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGAt > 5:40323/1‑110 (MQ=255) ggTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACATTCGGCTGTc < 6:116090/149‑1 (MQ=255) gCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATg > 5:364537/1‑148 (MQ=255) gCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACt < 8:299716/149‑1 (MQ=255) cAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTg < 1:144299/149‑1 (MQ=255) aGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTgg < 3:294325/149‑1 (MQ=255) gcCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGAt > 1:249817/1‑149 (MQ=255) ccTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGATc < 8:81291/149‑1 (MQ=255) ttGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGATCGa > 4:67215/1‑149 (MQ=255) gACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGATCGac < 5:224821/148‑1 (MQ=255) tGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTcaggtcaaggcgcctgcacgttacggagtaccgcctgcacctgagcaggacgaaatcgagtttcgcctggtgcatgccgacggtacgcc < 2:303948‑M2/148‑90 (MQ=255) gATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTcaggtcaaggcgcctgcacgttacggagtaccgcctgcacctgagcaggacgaaatcgagtttcgcctggtgtatgccgacggtacgccgatt < 3:357820‑M2/147‑94 (MQ=255) aTGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTcaggtcaaggcgcctgcacgttacggagtaccgcctgcacctgagcaggacgaaatcgagtttcgcctggtgcatgccgacggtacgccgattgcg > 1:303948‑M2/1‑53 (MQ=255) aTGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGATCGACACATCCTCATc < 1:162273/149‑1 (MQ=255) tgtAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGTGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGtgatga < 5:88580/120‑1 (MQ=255) tgtAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGtgatga > 6:88580/1‑120 (MQ=255) gtAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGATCGACACATCCTCATCGGCGTc > 5:23856/1‑148 (MQ=255) agcagTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGATCGACACATCCTCATCGGCGTCGACCCg > 4:302651/1‑149 (MQ=255) agcagTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGACATCGCTAAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGAGACGTTCGTCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGATCGACCCATCCTCATCGGCGTATAccc > 7:178878/1‑148 (MQ=255) agcagTGGTTCGGGGAAACCGATTTCGATGAGGCCATCGCTAAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGAAGATCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGACGTGATGACTGGTGATCGACACAACATCATCTGCGTCGAccct > 4:262954/1‑148 (MQ=255) gCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGATCGACACATCCTCATCGGCGTCGACCCGCAGTTGCCCGCCGa < 4:14233/149‑1 (MQ=255) cAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGATCGACACATCCTCATCGGCGTCGACCCGCAGTTGCCCGCCGAc < 4:151700/149‑1 (MQ=255) cAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGATCGACACATCCTCATCGGCGTCGACCCGCAGTTGCCCGCCGAc < 2:249817/149‑1 (MQ=255) aaCCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGATCGac < 8:6713/110‑1 (MQ=255) aaCCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGATCGac > 7:6713/1‑110 (MQ=255) cGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGATCGACACATCCTCATCGGCGTCGACCCGCAGTTGCCCGCCGACCTGCAcgcg < 3:302651/148‑1 (MQ=255) cGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGATCGACACATCCTCATCGGCGTCGACCCGCAGTTGCCCGCCGACCTGCACgcgc > 3:287647/1‑149 (MQ=255) tGCGGCAATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCATGGTCATCGACGTTAGGCTGTCGATATGAACATGGCCGTGATTACTGTTTATCGACACATCCTCATAGGAGTCGACCCGCAGTTGCCCGCCGACCTGCACGCGCtt < 8:178878/148‑1 (MQ=255) gCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGATCGACACATCCTCATCGGCGTCGACCCGCAGTTGCCCGCCGACCTGCACGCGCTTGt > 4:242895/1‑149 (MQ=255) gCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGATCGACACATCCTCATCGGCGTCGACCCGCAGTTGCCCGCCGACCTGCACGCGCTTGTCCa < 4:287647/149‑1 (MQ=255) cATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGATCGACACATCCTCATCGGCGTCGACCCGCAGTTGCCCGCCGACCTGCACGCGCTTGTCCAgc < 7:347023/149‑1 (MQ=255) aTCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGATCGACACATCCTCATCGGCGTCGACCCGCAGTTGCCCGCCGACCTGCACGCGCTTGTCCAgcg < 5:231115/149‑1 (MQ=255) gCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGATCGACTCATCCTCATCGGCGTCGACCCGCAGTTGCCCGCCGACCTGCACGCGCTTGTCCAGCGCGa < 4:323714/149‑1 (MQ=255) gCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGATCGACACATCCTCATCGGCGTCGACCCGCAGTTGCCCGCCGACCTGCACGCGCTTGTCCAGCGCGa < 6:23856/149‑1 (MQ=255) gCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGATCGACACATCCTCATCGGCGTCGACCCGCAGTTGACCGCCGACCTGCACGCGCTAGTCAAGCGCGa > 4:329784/1‑149 (MQ=255) tCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGATCGACACATCCTCATCGGCGTCGACCCGCAGTTGCCCGCCGACCTGCACGCGCTTGTCCAGCGCGAcc > 1:20112/1‑149 (MQ=255) | GCGTACCGTCGGCATGCACCAGGCGAAACTCGATTTCGTCCTGCTCAGGTGCAGGCGGTACTCCGTAACGTGCAGGCGCCTTGACCTGGGCGATGGCGTGTAACAGCAGTGGTTCGGGGCAACCGATTTCGATGCGGCCATCGCTCAGCTTGATAAAGGCCCCGCCGCAGCTCAGGGTCAGCGACGTTCGGCTGTCGATATGCACATGGCCGTGATGACTGGTGATCGACACATCCTCATCGGCGTCGACCCGCAGTTGCCCGCCGACCTGCACGCGCTTGTCCAGCGCGACC > NC_002947/4561772‑4562064 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |