New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 6019248 = | 64 (1.010) | 3 (0.060) | 3/220 | NT | 5.6% | intergenic (‑49/+96) | dadX/dadA‑II | alanine racemase/D‑amino acid:quinone oxidoreductase |
? | NC_002947 | 6019324 = | 48 (0.910) | intergenic (‑125/+20) | dadX/dadA‑II | alanine racemase/D‑amino acid:quinone oxidoreductase |
CTTGATCACGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGC‑ACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGC‑AA‑GCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGG > NC_002947/6019101‑6019392 | gcctgctggccgacctgattgcgcgcaagaagccgcagatcagtgccgaaggcctggatatctcccgttatggcaatagccgggaagtggccaagcacgggcaaagcgcgccggctcaccagcagtaacagcctgtgccggcccatttg < 7:159517‑M1/1‑1 (MQ=255) gcctgctggccgacctgattgcgcgcaagaagccgcagatcagtgccgaaggcctggatatctcccgttatggcaatagccgggaagtggccaagcacgggcaaagcgcgccggctcaccagcagtaacagcctgtgccggcccatttg < 5:66086‑M1/1‑1 (MQ=255) cTTGATCACGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTcgc > 5:311738/1‑149 (MQ=255) caggcggccgacctgattgcgcgcaagaagccgcagatcagtgccgaaggcctggatatctcccgttatggcaatagccgggaagtggccaagcacgggcaaagcgcgccggctcaccagcagtaacagcctgtgccggcccatttGCg < 6:338940‑M1/3‑1 (MQ=255) ggcggccgacctgattgcgcgcaagaagccgcagatcagtgccgaaggcctggatatctcccgttatggcaatagccgggaagtggccaagcacgggcaaagcgcgccggctcaccagcagtaacagcctgtgccggcccatttGCggg > 5:338940‑M1/145‑149 (MQ=255) tCACGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACCGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGCGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGCTGGTTCGGGTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTCGCGGGCt > 5:197026/1‑149 (MQ=255) cACGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTCGCGGGCtt > 8:13370/1‑149 (MQ=255) aCGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTCGCGGGCtt < 8:32474/148‑1 (MQ=255) aCGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGC‑GGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTcgcg < 3:234013/142‑1 (MQ=255) aCGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGC‑GGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTcgcg > 4:234013/1‑142 (MQ=255) gccgacctgattgcgcgcaagtagccgcagatcagtgccgaaggcctggatatctcccgttatggcaatagccgggaagtggccaaggaggggcaatgcgcgccggctcagcagcagtaacagcctgtgccggcccatttGCGGGCtt > 3:291673‑M1/141‑148 (MQ=255) gccgacctgattgcgcgcaagaagccgcagatcagtgccgaaggcctggatatctcccgttatggcaatagccgggaagtggccaagcacgggcaaagcgcgccggctcaccagcagtaacagcctgtgccggcccatttGCGGGCTTg < 2:383106‑M1/9‑1 (MQ=255) cgacctgattgcgcgcaagaagccgcagatcagtgccgaaggcctggatatctcccgttatggcaatagccgggaagtggccaagcacgggcaaagcgcgccggctcaccagcagtaacagcctgtgccggcccatttGCGGGCTTGcc > 3:348994‑M1/139‑149 (MQ=255) gacctgattgcgcgcaagaagccgcagatcagtgccgaaggcctggatatctcccgttatggcaatagccgggaagtggccaagcacgggcaaagcgcgccggctcaccagcagtaacagcctgtgccggcccatttGCGGGCTTGccc < 6:162337‑M1/12‑1 (MQ=255) ggCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTCGCGGGCAAGCCCGcgaa < 5:169179/149‑4 (MQ=255) gattgcgcgcaagaagccgcagatcagtgccgaaggcctggatatctcccgttatggcaatagccgggaagtggccaagcacgggcaaagcgcgccggctcaccagcagtaacagcctgtgccggcccatttGCGGGCTTGCACCCTcc < 8:158713‑M1/17‑1 (MQ=255) gCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTcc > 2:242323/1‑148 (MQ=255) gCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTcc > 7:118619/1‑148 (MQ=255) 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cgcgcaagaagccgcagatcagtgccgaaggcctggatatctcccgttatggcaatagccgggaagtggccaagcacgggcaaagcgcgccggctcaccagcagtaacagcctgtgccggcccatttGCGGGCTTGCCCGCTCCcaca > 6:380340‑M1/128‑148 (MQ=255) aCCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTACGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCg > 6:141437/1‑149 (MQ=255) ccGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAggaacac > 1:345713/1‑144 (MQ=255) cGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGC‑ACAGCTTTc > 8:330516/1‑148 (MQ=255) gggCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGC‑ACAGCTTTCa > 2:328916/1‑148 (MQ=255) ggCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGC‑ACAGCTTTCaaa < 5:232783/149‑1 (MQ=255) gCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGC‑ACAGCTTTCaa > 8:300768/1‑147 (MQ=255) aGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGC‑ACCGCTTTTGAAAGct < 5:330342/149‑2 (MQ=255) gACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGTGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGC‑ACAGCTTTCAAAAGCgg < 4:19742/149‑1 (MQ=255) cGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGC‑ACAGCTTTCAAAAGCggtg < 3:372233/149‑1 (MQ=255) cGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGC‑ACAGCTTTCAAAAGCggtg < 3:179843/149‑1 (MQ=255) cGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGC‑ACAGCTTTCAAAAGCggtg < 1:242323/149‑1 (MQ=255) cGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGC‑ACAGCTTTCAAAAGCggt < 3:85799/148‑1 (MQ=255) ggTTGTTGTGGCTCAGGGCCTGGATGTCGATCAGGGCTCGGGCGTGTCGCATAGCGTCTGCCTTATGGGGGTTCGGGTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGC‑ACAGCTTTCAAAAGCggtg < 1:139029/148‑1 (MQ=38) ggTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGC‑ACAGCTTTCAAAAGCggtgg > 1:339804/1‑149 (MQ=255) 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tggtTCGGGTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGC‑ACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGC‑AA‑GCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGgcgc < 5:84231/149‑1 (MQ=255) ggtTGGGGTTTAAATGGGTGTGTGTTTTTTTCGCGGCCTGCCCGGCACCCCCCGG‑CGTGCAACTGATTAAAAACGGGGTGGT‑TTCCTGTGGGTTGGGGCAAA‑GCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGgcgc < 6:50213/149‑1 (MQ=255) gtTCGGGTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTCGCGGGCTTTCCCCCGACCACAGGGCGTGG‑CCAGCGTTGAAAAGCGGGGGTGTTTCGGTTGGGGCGGGC‑AACCCCCGAAAATGGGCGGGC‑CAGGGGGTTAAAGCTGGTGGGCCGgcgcgc > 6:66086/1‑149 (MQ=255) ttCGGGTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGC‑ACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGC‑AA‑GCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCt < 6:360994/149‑1 (MQ=255) ttCGGGTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGGCGTGC‑ACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGC‑AA‑GCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCt < 5:13745/149‑1 (MQ=255) ttCGGGGTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGC‑ACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGC‑AA‑GCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCt < 1:248469/149‑1 (MQ=255) gggTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGC‑ACAGCTTTCAAAAGCGGTGGCGTTCCTGTGGGAGCGGGC‑AA‑GCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCttt < 8:118619/148‑1 (MQ=255) gATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGC‑ACAGCGTTCAAAAGCGGTGGTGTTGCTGTGGGAGCGGGC‑AA‑GCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTTCTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACtta > 3:202872/1‑148 (MQ=255) ttattCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGC‑CCAGCTTTGAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGC‑AA‑GCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGCGCCGGCGCGCTTTGCACGGGCTTGGCCACTTccc > 7:340323/1‑149 (MQ=38) ttattCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGC‑ACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGC‑AA‑GCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTccc > 7:360148/1‑149 (MQ=255) tCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGC‑ACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGC‑AA‑GCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCgg < 3:332036/147‑1 (MQ=255) tCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGC‑ACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGC‑AA‑GCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTACCgg > 4:332036/1‑147 (MQ=255) | CTTGATCACGGCGAGGGCTTTGGCACCCGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTG‑GTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGC‑ACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGC‑AA‑GCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGG > NC_002947/6019101‑6019392 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |