New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4945457 | 41 (0.650) | 3 (0.050) | 3/248 | NT | 6.7% | coding (1124/1143 nt) | flhB | flagellin export apparatus substrate specificity protein |
? | NC_002947 | = 4945546 | 46 (0.780) | coding (1035/1143 nt) | flhB | flagellin export apparatus substrate specificity protein |
TCACAGGCAACGCAAACCTATCGCCGAACAGATCAACTGTCGCGGCGCAGGTCCGGCGGGATCGGCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGAGTAATAGATCGCCCGCGCCAGCGCCGGCGATTCGAGGATCTGGATG‑TTGTGCTCCACGCCAATTTCACGAATCTTCAACGCCATGAAATCGC > NC_002947/4945406‑4945694 | tcACAGGCAACGCAAACCTATCGCCGAACAGATCAACTGTCGCGGCGCAGGTCCGGCGGGATCGGCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCacctgcgc < 6:324013‑M2/149‑9 (MQ=255) tcACAGGCAACGCAAACCTATCGCCGAACAGATCAACTGTCGCGGCGCAGGTCCGGCGGGATCGGCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCacctgcgc < 2:311278‑M2/149‑9 (MQ=255) cacaGGCAACGCAAACCTATCGCCGAACAGATCAACTGTCGCGGCGCAGGTCCGGCGGGATCGGCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCacctgcgc < 2:284656‑M2/148‑9 (MQ=255) acaGGCAACGCAAACCTATCGCCGAACAGATCAACTGTCGCGGCGCAGGTCCGGCGGGATCGGCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCacctgcgc > 5:324013‑M2/1‑139 (MQ=255) acaGGCAACGCAAACCAATCGCCGAACAGATCAACTGTCGCGGCGCAGGTCCGGCGGGATCGGCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCacctgc > 6:250141‑M2/1‑139 (MQ=255) aGGCAACGCAAACCTATCGCCGAACAGATCAACTGTCGCGGCGCAGGTCCGGCGGGATCGGCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCAcc > 1:216704/1‑149 (MQ=255) aaaCCTATCGCCGAACAGATCAACTGTCGCGGCGCAGGTCCGGCGGGATCGGCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTa > 5:114259/1‑148 (MQ=255) cTATCGCCGAACAGATCAACTGTCGCGGCGCAGGTCCGGCGGGATCGGCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGcc < 1:311278/149‑1 (MQ=255) cGAACAGATCAACTGTCGCGGCGCAGGTCCGGCGGGATCGGCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCgg < 3:122558/149‑1 (MQ=255) gAACAGATCCACTGTCGCGGCGCAGGTCCGGCGGGATCGGCAGCTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCggg < 4:104452/149‑1 (MQ=255) gAACAGATCAACTGTCGCGGCGCAGGTCCGGCGGGATCGGCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCgg > 2:273786/1‑148 (MQ=255) aaCAGATCAACTGTCGCGGCGCAGGTCCGGCGGGATCGGCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGa < 7:96848/149‑1 (MQ=255) aTCAACTGTCGCGGCGCAGGTCCGGCGGGATCGGCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTcc > 6:50529/1‑149 (MQ=255) tCAACTGTCGCGGCGCAGGTCCGGCGGGATCGGCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCt < 8:316024/149‑1 (MQ=255) tCAACTGTCGCGGCGCAGGTCCGGCGGGATCGGCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCt > 3:376574/1‑149 (MQ=255) tCGCGGCGCAGGTCCGGCGGGATCGGCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCCCCGCCAGTTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCGCAAg > 8:340039/1‑149 (MQ=255) ggcgCAGGTCCGGCGGGATCGGCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCacctgcgccgcgacagttgatatgttcggcgataggtttgcgttgcctgt < 1:361089‑M2/148‑51 (MQ=255) gcgcAGGTCCGGCGGGATCGGCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAAGACATACGCCAGCacctgcgccgcgacagttgatctgttcggcgataggtttgcgttgcctgtg > 7:249005‑M2/1‑97 (MQ=255) gcgcAGGTCCGGCGGGATCGGCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCacctgcgccgcgacagttgatctgttcggcgataggtttgcgttgcctgtg < 8:249005‑M2/148‑52 (MQ=255) gcgcAGGTCCGGCGGGATCGGCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCgg > 3:18227/1‑149 (MQ=255) cgcAGGTCCGGCGGGATCGGCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGt > 6:93897/1‑149 (MQ=255) cgcAGGTCCGGCGCGATCGGCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGCTATTGGCGAATCTGGAACAAATAACCCAGCACCTGCGCCACCGCCACGTA‑CAACCCAGCCGGGATCTCCTGATAAAGttaca > 8:260599/1‑145 (MQ=255) gcAGGTCCGTCGGGATCGGCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTg < 6:114259/149‑1 (MQ=255) aGGTCCGGCGGGATCGGCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGa < 4:18227/149‑1 (MQ=255) ggcggGATCGGCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTAGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGAGTAATa < 4:221986/149‑1 (MQ=255) ggcggGATCGGCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGAGGTATTGGCGATTCTGTAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGAGTAATa < 2:313591/149‑1 (MQ=255) aTCGGCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTACCAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGAGTAATAGATCg < 1:284656/149‑1 (MQ=255) ggCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGAGTAATAGATCGCCcg > 4:239194/1‑149 (MQ=255) gCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAg < 6:198605/100‑1 (MQ=255) gCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAg > 5:198605/1‑100 (MQ=255) cAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGAGTAATAGATCGCCcgcg > 1:172006/1‑149 (MQ=255) aGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGt < 3:214943/128‑1 (MQ=255) aGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGAGTAATAGATCGCCCgcgc < 6:108536/149‑1 (MQ=255) aGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGACGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGt > 4:214943/1‑128 (MQ=255) gtcgtcCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGa > 5:69130/1‑129 (MQ=255) gtcgtcCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGa < 6:69130/129‑1 (MQ=255) gtcgtcCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGAGTAATAGATCGCCCGCGCCa < 4:376574/149‑1 (MQ=255) cTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGAGTAATAGATCGCCCGCGCCAGCGCCg > 8:90944/1‑149 (MQ=255) ttCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTg < 4:161327/107‑1 (MQ=255) ttCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTg > 3:161327/1‑107 (MQ=255) tGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGAGTAATAGATCGCCCTCGACATCCACGGCGAtt > 1:220199/1‑149 (MQ=255) gCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGAGTAATAGATCGCCCGCGCCAGCGCCGGCGATTc > 7:261625/1‑148 (MQ=255) cttgcccttgccGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGAGTAATAGATCGCCCGCGCCAGCGCCGGCGATTCGAGGATCTGGa < 2:216704/149‑1 (MQ=255) cttgcccttgccGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGAGTAATAGATCGCCCGCGCCAGCGCCGGCGATTCGAGGATCTGGa > 7:22288/1‑149 (MQ=255) cccttgccGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGAGTAATAGATCGCCCGCGCCAGCGCCGGCGATTCGAGGATCTGGAtg‑tt < 7:340039/149‑1 (MQ=255) ccttgccGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGAGTAATAGATCGCCCGCGCCAGCGCCGGCGATTCGAGGATCTGGAtg‑ttg < 7:90944/149‑1 (MQ=255) ccttgccGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGAGTAATAGATCGCCCGCGCCAGCGCCGGCGATTCGAGGATCTGGAtg‑ttg > 5:80987/1‑149 (MQ=255) cgcgGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGAGTAATAGATCGCCCGCGCCAGCGCCGGCGATTCGAGGATCTGGATG‑TTGTGCTCCACg < 7:260599/149‑1 (MQ=255) cgcgGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGAGTAATAGATCGCCCGCGCCAGCGCCGGCGATTCGAGGATCTGGATG‑TTGTGCTCCACg < 5:93897/149‑1 (MQ=255) ggCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGAGTAATAGATCGCCCGCGCCAGCGCCGGCGATTCGAGGATCTGGATG‑TTGTGCTCCACGCCAATTTCa > 3:1208/1‑149 (MQ=255) tCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGAGTAATAGATCGCCCGCGCCAGCGCCGGCGATTCGAGGATCTGGATG‑TTGTGCTCCACGCCAATTTCACGAATc > 6:66756/1‑149 (MQ=255) ggAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGAGTAATAGATCGCCCGCGCCAGCGCCGGCGATTCGAGGATCTGGATG‑TTGTGCTCCACGCCAATTTCACGAATCtt > 1:290961/1‑148 (MQ=255) ggAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAAGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGAGTAATAGATCGCCCGCGCCAGAGCCGGCGATTCGAGGATCTGGATG‑TTGTGCTCCACGCCAATTTCACGAATCtt > 1:247401/1‑148 (MQ=255) aTACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGAGTAATAGATCGCCCGCGCCAGCGCCGGCGATTCGAGGATCTGGATG‑TTGTGCTCCACGCCAATTTCACGAATCTTCAACGCCa > 2:80840/1‑149 (MQ=255) cGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGAGTAATAGATCGCCCGCGCCAGCGCCGGCGATTCGAGGATCTGGATG‑TTGTGCTCCACGCCAATTTCACGAATCTTCAACGCCATg > 8:64666/1‑148 (MQ=255) ccAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGAGTAATAGATCGCCCGCGCCAGCGCCGGCGATTCGAGGATCTGGATG‑TTGTGCTCCACGCCAATTTCACGAATCTTCAACGCCATGaaa < 4:1208/149‑1 (MQ=255) aGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTTCTCAAGTTCGGTGGAGTAATAGATCGCCCGCGCCAGCGCCGGCGATTCGATGATCTGGATGCTTGTGCTCCACGCCAATTTCACGAATCTTCAACGCCATGAAAt < 1:273786/149‑1 (MQ=255) aGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGAGTAATAGATCGCCCGCGCCAGCGCCGGCGATTCGAGGATCTGGATG‑TTGTGCTCCACGCCAATTTCACGAATCTTCAACGCCATGAAATc < 8:22288/149‑1 (MQ=255) cACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGAGTAATAGATCGCCCGCGCCAGCGCCGGCGATTCGAGGATCTGGATG‑TTGTGCTCCACGCCAATTTCACGAATCTTCAACGCCATGAAATCGc < 4:160654/149‑1 (MQ=255) | TCACAGGCAACGCAAACCTATCGCCGAACAGATCAACTGTCGCGGCGCAGGTCCGGCGGGATCGGCAGGTCGTCCTTCAGTGGCTCTGGGCGCTTGCCCTTGCCGGCGCGGTATTGGCGAATCTGGAACACATACGCCAGCACCTGCGCCACCGCCAGGTA‑CAGCCCCGCCGGGATCTCCTGCTCAAGTTCGGTGGAGTAATAGATCGCCCGCGCCAGCGCCGGCGATTCGAGGATCTGGATG‑TTGTGCTCCACGCCAATTTCACGAATCTTCAACGCCATGAAATCGC > NC_002947/4945406‑4945694 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |