New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 337297 = | 45 (1.070) | 3 (0.070) | 3/252 | NT | 6.1% | coding (454/1206 nt) | PP_0279 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | 337369 = | 48 (1.160) | coding (382/1206 nt) | PP_0279 | hypothetical protein |
CAGGCATGCAGGGCAACCACGCTTTTATCGTCAGCCAGGTGGCGCGCGCTGTCGCTGGCCATCACATCCTGGTGCACATGCTGCGCCGGCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTGGCGGGGCTGCTCGCGGAAGGCCAGGTGGCTGGCGAAGGCTTCGATCTGCTGCCATTTGCGGCCGGGGACGGC > NC_002947/337149‑337444 | caGGCATGCAGGGCAACCACGCTTTTATCGTCAGCCAGGTGGCGCGCGCTGTCGCTGGCCATCACATCCTGGTGCACATGCTGCGCCGGCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCcag > 4:85249/1‑149 (MQ=255) gCATGCAGGGCAACCACGCTTTTATCGTCAGCCAGGTGGCGCGCGCTGTCGCTGGCCATCACATCCTGGTGCACATGCTGCGCCGGCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCcagg > 7:111597/1‑147 (MQ=255) cAGGGCAACCACGCTTTTATCGTCAGCCAGGTGGCGCGCGCTGTCGCTGGCCATCACATCCTGGTGCACATGCTGCGCCGGCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGcaggt > 7:175641/1‑147 (MQ=255) aGGGCAACCACGCTTTTATCGTCAGCCAGGTGGCGCGCGCTGTCGCTGGCCATCACATCCTGGTGCACATGCTGCGCCGGCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGcaggtcag < 6:62753/149‑1 (MQ=255) aGGGCAACCACGCTTTTATCGTCAGCCAGGTGGCGCGCGCTGTCGCTGGCCATCACATCCTGGTGCACATGCTGCGCCGGCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGcaggtcag > 5:139711/1‑149 (MQ=255) aGGGCAACCACGCTTTTATCGTCAGCCAGGTGGCGCGCGCTGTCGCTGGCCATCACATCCTGGTGCACATGCTGCGCCGGCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGcaggtcag > 5:62753/1‑149 (MQ=255) ggCAACCACGCTTTTATCGTCAGCCAGGTGGCGCGCGCTGTCGCTGGCCATCACATCCTGGTGCACATGCTGCGCCGGCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGcaggtcaggt < 6:187499/149‑1 (MQ=255) aCCACGCTTTTATCGTGAGCCAGGTGGCGCGCGCTGTCGCTTGCCATCACATCCTGGTGCACATGCTGCGGCGGCAAGTGGTTGTGCGTGCTGAGGACCTGGCCGGCGGCTACCAGTTCGTCATGGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTg < 7:243476/149‑1 (MQ=255) aCGCTTTTATCGTCAGCCAGGTGGCGCGCGCTGTCGCTGGCCATCACATCCTGGTGCACATGCTGCGCCGGCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGcc > 5:83436/1‑149 (MQ=255) aTCGTCAGCCAGGTGGCGCGCGCTGTCGCTGGCCATCACATCCTGGTGCACATGCTGCGCCGGCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCcaggcag > 8:56073/1‑127 (MQ=255) aTCGTCAGCCAGGTGGCGCGCGCTGTCGCTGGCCATCACATCCTGGTGCACATGCTGCGCCGGCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCcaggcag < 7:56073/127‑1 (MQ=255) tCAGCCAGGTGGCGCGCGCTGTCGCTGGCCATCACATCCTGGTGCACATGCTGCGCCGGCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGcagcag > 3:50851/1‑149 (MQ=255) ccAGGTGGCGCGCGCTGTCGCTGGCCATCACATCCTGGTGCACATGCTGCGCCGGCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAggcgg < 6:83436/149‑1 (MQ=255) cAGGTGGCGCGCGCTGTCGCTGGCCATCACATCCTGGTGCACATGCTGCGCCGGCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAggcggc < 6:259475/149‑1 (MQ=255) gCCATCACATCCTGGTGCACATGCTGCGCCGGCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAg < 4:50851/148‑1 (MQ=255) tgacaTCCTCGTGCATATGCTGCGCCGGTTAGTGCTGGGGCGCGCTCAGGACCTGGCCGGGGGCGTCCAGTTCGGGATCGAATTCCAGGCACGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCTGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAacac < 8:96403/147‑1 (MQ=255) tCACATCCTGGTGCACATGCTGCGCCGGCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTg > 3:147852/1‑112 (MQ=255) tCACATCCTGGTGCACATGCTGCGCCGGCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTg < 4:147852/112‑1 (MQ=255) cacaTCCTGGTGCACATGCTGCGCCGGCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAacac > 2:268629/1‑148 (MQ=255) acaTCCTGGTGCACATGCTGCGCCGGCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAacac > 6:263176/1‑147 (MQ=255) caTCCTGGTGCACATGCTGCGCCGGCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAg < 4:155330/149‑1 (MQ=255) tCCTGGTGCACATGCTGCGCCGGCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTc < 1:268629/149‑1 (MQ=255) ggTGCACATGCTGCGCCGGCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAg < 1:133893/135‑1 (MQ=255) ggTGCACATGCTGCGCCGGCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAg > 2:133893/1‑135 (MQ=255) gtccccggccgcaaatggcagcagatcgaagccttcgccagccacctggccttccgcgagcagccccgccactGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTg > 3:31368‑M1/74‑149 (MQ=255) aTGCTGCGCCGGCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTGGc > 6:192452/1‑149 (MQ=255) tgctgcGCCGGCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTGGCg > 5:37973/1‑149 (MQ=255) cgcCGGCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTGGCgggg < 5:192452/147‑1 (MQ=255) cgcCGGCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTGGCgggg < 6:139711/147‑1 (MQ=255) gCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTgcagc > 8:196679/1‑89 (MQ=255) gCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTgcagc < 7:196679/89‑1 (MQ=255) gCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTGGCGGGGCTGCTcg > 8:201058/1‑149 (MQ=255) cAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCTGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTGGCGGGGCTGCTcgc < 8:175641/149‑1 (MQ=255) cAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTGGCGGGGCTGCTcgc < 8:111597/149‑1 (MQ=255) tggtggtgCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTGGCGGGGCTGCTCGCGGaa < 3:85249/149‑1 (MQ=255) tgcTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTGGCGGGGCTGCTCGCGGAAGGCCAGGtgg > 6:203359/1‑149 (MQ=255) tCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTg < 4:47445/88‑1 (MQ=255) tCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTg > 3:47445/1‑88 (MQ=255) tCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTGGCGGGGCTGCTCGCGGAAGGCCAGGtggctg > 2:69944/1‑149 (MQ=255) aGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCGAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTGGCGGGGCTGCTCGCGGAAGGCCAGGtggctgg < 8:175899/148‑1 (MQ=255) aGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTGGCGGGGCTGCTCGCGGAAGGCCAGGtggctggc > 4:201304/1‑149 (MQ=255) aGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTGGCGGGGCTGCTCGCGGAAGGCCAGGtggctgg > 7:175899/1‑148 (MQ=255) ccTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTGGCGGGGCTGCTCGCGGAAGGCCAGGTGGCTGGCGAAg < 5:203359/149‑1 (MQ=255) ccGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTGGCGGGGCTGCTCGCGGAAGGCCAGGTGGCTGGCGAAGGCTTc < 5:263176/149‑1 (MQ=255) gcgACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTGGCGGGGCTGCTCGCGGAAGGCCAGGTGGCTGGCGAAGGCTTCGATctg > 5:97318/1‑149 (MQ=255) cttccgcgagcagccccgccactGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTccagc < 5:171918‑M1/71‑1 (MQ=255) cttccgcgagcagccccgccactGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTccagc > 6:171918‑M1/24‑94 (MQ=255) ttCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTGGCGGGGCTGCTCGCGGAAGGCCAGGTGGCTGGCGAAGGCTTCGATCTGCTGCCAtt > 2:208089/1‑149 (MQ=255) cGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTGGCGGGGCTGCTCGCGGAAGGCCAGGTGGCTGGCGAAGGCTTCGATCTGCTGCCAttt < 1:69944/148‑1 (MQ=255) aTCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTGGCGGGGCTGCTCGCGGAAGGCCAGGTGGCTGGCGAAGGCTTCGATCTGCTGCCATTTGCGGc < 3:2278/149‑1 (MQ=255) aTCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTGGCGGGGCTGCTCGCGGAAGGCCAGGTGGCTGGCGAAGGCTTCGATCTGCTGCCATTTGCGGc > 4:2278/1‑149 (MQ=255) cGTATTACAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCAAGCCAGTGGCGGGGCTGCTCGCGGAAGGCCAGGTGGCTGGCGAAGGCTTCGATCTGCTGCCATTTGCGGCCg > 2:73879/1‑149 (MQ=255) ttCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTGGCGGGGCTGCTCGCGGAAGGCCAGGTGGCTGGCGAAGGCTTCGATCTGCTGCCATTTGCGGCCGGGGa > 2:164573/1‑149 (MQ=255) ttCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTGGCGGGGCTGCTCGCGGAAGGCCAGGTGGCTGGCGAAGGCTTCGATCTGCTGCCATTTGCGGCCGGGGa > 1:90594/1‑149 (MQ=255) tCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTGGCGGGGCTGCTCGCGGAAGGCCAGGTGGCTGGCGAAGGCTTCGATCTGCTGCCATTTGCGGCCGGGGAc > 2:138158/1‑149 (MQ=255) caggcaggTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTGGCGGGGCTGCTCGCGGAAGGCCAGGTGGCTGGCGAAGGCTTCGATCTGCTGCCATTTGCGGCCggg > 3:38898/1‑144 (MQ=255) caggcaggTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTGGCGGGGCTGCTCGCGGAAGGCCAGGTGGCTGGCGAAGGCTTCGATCTGCTGCCATTTGCGGCCggg < 4:38898/144‑1 (MQ=255) aggcaggTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTGGCGGGGCTGCTCGCGGAAGGCCAGGTGGCTGGCGAAGGCTTCGATCTGCTGCCATTTGCGGCCGGGGACGGc > 7:2830/1‑149 (MQ=255) aggcaggTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTGGCGGGGCTGCTCGCGGAAGGCCAGGTGGCTGGCGAAGGCTTCGATCTGCTGCCATTTGCGGCCGGGGACGGc > 7:6574/1‑149 (MQ=255) | CAGGCATGCAGGGCAACCACGCTTTTATCGTCAGCCAGGTGGCGCGCGCTGTCGCTGGCCATCACATCCTGGTGCACATGCTGCGCCGGCAAGTGGTGGTGCGTGCTCAGGACCTGGCCGGCGGCGACCAGTTCGGCATCGTATTCCAGGCAGGTCAGGTGTTGGCCGGGTTGCAGCAGGCGGCGGCCCAGGTGGCCTTTGCCAGAACACCAGTCCAGCCAGTGGCGGGGCTGCTCGCGGAAGGCCAGGTGGCTGGCGAAGGCTTCGATCTGCTGCCATTTGCGGCCGGGGACGGC > NC_002947/337149‑337444 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |