New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1092602 = | 50 (1.180) | 3 (0.080) | 3/244 | NT | 6.4% | coding (225/273 nt) | ptsH | phosphocarrier protein HPr |
? | NC_002947 | 1092684 = | 40 (1.000) | coding (143/273 nt) | ptsH | phosphocarrier protein HPr |
ATCGTCTGGCCAGCCTTGGGCTGTGTACAGGCTTCTGTCTGATGATGGTGATGGATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCCGTACCTGGCAGGGGAAGCGGCCG > NC_002947/1092456‑1092749 | cagctgcccgccggcgaaatcaccatcatcaactagctggggctgcatgcccgggctggagccaagttcgtcggtgtggccggccgcttcccctgccaggttcgggtgggtcgcgccccggacaagctggtggatggcaagagcatcat > 5:110237‑M1/147‑149 (MQ=255) agatgcccgcccgcgaaatcaccatcatcaacaagctgggtctgcatgcccgggcggcagccaagttcgtcggtgtggccggccgcttcccctgccaggtacgggtgggtcgcgccccggacaagctggtggatggcaagagcatCATg > 1:21338‑M1/146‑149 (MQ=255) gcccgcccgcgaaatcaccatcatcaacaagctgggtctgcctgcccgggcggcagccaagttcgtcggtgtggccggccgcttcccctgccaggtacgggtggctcgcgccccggacaagctggtgcatggcaagagcatcatgccgg < 7:86351‑M1/8‑5 (MQ=255) tGGCCAGCCTTGGGCTGTGTACAGGCTTCTGTCTGATGATGGTGATGGATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTc > 2:261291/1‑149 (MQ=255) gCCATCCTTGGGCTGTGTACAGGCTTCTGTCTGATGATGGTGATGGATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCg < 7:56388/148‑1 (MQ=255) gCCTTGGGCTGTGTACAGGCTTCTGTCTGATGATGGTGATGCATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTc < 5:234226/149‑1 (MQ=255) gggCTGTGTACAGGCTTCTGTCTGATGATGGTGATGGATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGc < 5:80129/148‑1 (MQ=255) cTGTGTACAGGCTTCTGTCTGATGATGGTGATGGATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGc > 1:117438/1‑149 (MQ=255) tACAGGCTTCTGTCTGATGATGGTGATGGATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCg > 2:232433/1‑131 (MQ=255) tACAGGCTTCTGTCTGATGATGGTGATGGATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCg < 1:232433/131‑1 (MQ=255) aGGCTTCTGTCTGATGATGGTGATGGATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTa > 8:176549/1‑149 (MQ=255) ggCTTCTGTCTGATGATGGTGATGGATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTAt < 1:261291/149‑1 (MQ=255) gCTTCTGTCTGATGATGGTGATGGATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATg > 7:97214/1‑149 (MQ=255) cTTCTGTCTGATGATGGTGATGGATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGc < 5:242690/149‑1 (MQ=255) ttCTGTCTGATGATGGTGATGGATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATg > 2:191129/1‑147 (MQ=255) ctgtctgATGATGGTGATGGATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTcc > 4:45873/1‑128 (MQ=255) ctgtctgATGATGGTGATGGATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTcc < 3:45873/128‑1 (MQ=255) tctgATGATGGTGATGGATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGt < 8:97214/147‑1 (MQ=255) gtgatggATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGCGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGt < 1:191129/148‑1 (MQ=255) tgatggATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGcc > 5:18259/1‑149 (MQ=255) tggATACCGCGATGGCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTCTTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCttt < 7:118427/149‑1 (MQ=255) aTACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCttt > 3:242497/1‑146 (MQ=255) aTACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCttt < 4:242497/146‑1 (MQ=255) tACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTACGTCAAAGAAATTGAAGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATC‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCt > 6:174270/1‑149 (MQ=255) gcgATGTCCTGACCTGTTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTTGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGc < 7:166327/143‑1 (MQ=255) gttcgtcggtgtggccggccgcttcccctgccaggtacgggtgggtcgcgccccggacaagctggtggatggcaagagcatCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGca < 7:154125‑M1/68‑1 (MQ=255) ccTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGcat > 7:3515/1‑149 (MQ=255) cTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGcatc < 7:176549/149‑1 (MQ=255) gTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGTGTGCCTTTGCCAGCGGCCCGCATCATAACCGc > 6:189630/1‑149 (MQ=255) ggccgcttcccctgccaggtacgggtgggtcgcgccccggacaagctggtggatggcaagagcatCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCatgat > 3:245068‑M1/66‑149 (MQ=255) gcgcAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATg < 4:245448/98‑1 (MQ=255) gcgcAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATg > 3:245448/1‑98 (MQ=255) gcgcAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGAACAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCatgat > 1:74454/1‑149 (MQ=255) gcttcccctgccaggtacgggtgggtcgcgccccggacaagctggtggatggcaagagcatCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGctc > 8:154125‑M1/62‑149 (MQ=255) ggTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATGGCGGTGATGATGctgg < 3:225814/149‑3 (MQ=255) gCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATccac < 2:117438/149‑1 (MQ=255) aTTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTg < 1:134512/137‑1 (MQ=255) aTTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTg > 2:134512/1‑137 (MQ=255) ttCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCg > 5:246134/1‑149 (MQ=255) gTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCAc < 2:234783/78‑1 (MQ=255) gTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCAc > 1:234783/1‑78 (MQ=255) gTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCgggg < 7:221205/149‑1 (MQ=255) gTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCgggg > 4:230043/1‑149 (MQ=255) tCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCTGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGc < 6:47829/127‑1 (MQ=255) tCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGc > 5:47829/1‑127 (MQ=255) aaaGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGgcgc > 7:72998/1‑149 (MQ=255) aGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGa > 8:188961/1‑149 (MQ=255) ttgttgATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGacccac < 6:18259/149‑1 (MQ=255) gATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCAACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCAGTa > 6:257339/1‑149 (MQ=255) aGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCCGTACCt < 7:188961/148‑1 (MQ=255) aCCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCCGTACCTGGCa > 3:197025/1‑146 (MQ=255) aCCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCCGTACCTGGCa < 4:197025/146‑1 (MQ=255) ccAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCCGTACCTGGCAggg > 4:216137/1‑148 (MQ=255) aGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCCGTACCTGGCAGGGGaa < 8:72998/149‑1 (MQ=255) gcgcGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCCGTACCTGGCAGGGGAAg > 1:254114/1‑149 (MQ=255) gcgcGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCCGTACCTGGCAGGGGAAg > 2:89689/1‑149 (MQ=255) ccATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCCGTACCTGGCAGGGGAAGcggccg > 3:155939/1‑149 (MQ=255) | ATCGTCTGGCCAGCCTTGGGCTGTGTACAGGCTTCTGTCTGATGATGGTGATGGATACCGCGATGTCCTGACCTGGTGCAAGCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATG‑GCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCCGTACCTGGCAGGGGAAGCGGCCG > NC_002947/1092456‑1092749 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |