New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1092602 = | 50 (1.180) | 3 (0.080) | 3/244 | NT | 6.4% | coding (225/273 nt) | ptsH | phosphocarrier protein HPr |
? | NC_002947 | 1092684 = | 40 (1.000) | coding (143/273 nt) | ptsH | phosphocarrier protein HPr |
GCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAGCGGCCGGCCACACCGACGAACTTGGCTGCCGCCCGGGCA‑TGCAGACCCAGCTTGTTGATGATGGTGATTTCGCGGGCGGGCATCTG > NC_002947/1092537‑1092829 | ggccgcttcccctgccaggtacgggtgggtcgcgccccggacaagctggtggatggcaagagcatCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCatgat > 3:245068‑M1/66‑149 (MQ=255) gcgcAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGAACAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCatgat > 1:74454/1‑149 (MQ=255) gcttcccctgccaggtacgggtgggtcgcgccccggacaagctggtggatggcaagagcatCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGctc > 8:154125‑M1/62‑149 (MQ=255) ggTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATGGCGGTGATGATGctgg < 3:225814/149‑3 (MQ=255) gCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATccac < 2:117438/149‑1 (MQ=255) aTTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTg < 1:134512/137‑1 (MQ=255) aTTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTg > 2:134512/1‑137 (MQ=255) ttCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCg > 5:246134/1‑149 (MQ=255) gTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCgggg < 7:221205/149‑1 (MQ=255) gTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCgggg > 4:230043/1‑149 (MQ=255) tCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCTGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGc < 6:47829/127‑1 (MQ=255) tCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGc > 5:47829/1‑127 (MQ=255) aaaGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGgcgc > 7:72998/1‑149 (MQ=255) aGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGa > 8:188961/1‑149 (MQ=255) ttgttgATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGacccac < 6:18259/149‑1 (MQ=255) gATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCAACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCA‑‑GTa > 6:257339/1‑149 (MQ=255) aGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCt < 7:188961/148‑1 (MQ=255) aCCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCa > 3:197025/1‑146 (MQ=255) aCCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCa < 4:197025/146‑1 (MQ=255) ccAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAggg > 4:216137/1‑148 (MQ=255) aGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGaa < 8:72998/149‑1 (MQ=255) gcgcGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAg > 2:89689/1‑149 (MQ=255) gcgcGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAg > 1:254114/1‑149 (MQ=255) gagcatcatggcggtgatgatgctggccgcaggcaaaggcacccaggtgcacctgcataccgagggcgagcaggacagcgacgccatgATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAGc > 8:154125‑M2/89‑149 (MQ=255) atcatggcggtgatgatgctggccgcaggcaaaggcacccaggtgcacctgcataccgagggcgagcaggacagcgacgccatgATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAGcggcc > 3:245068‑M2/85‑149 (MQ=255) ccATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAGcggccg > 3:155939/1‑149 (MQ=255) ATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAGcggccggc > 4:155939‑M1/1‑149 (MQ=255) tGGCTTCGCTTTCCGGCTCGACCTCTGTATGCAGGTGCACATGTGTGCATTTGACTGCGGCCAGCATCATCACAGCAATGATTCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGTGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTgg < 6:191209/131‑1 (MQ=255) TGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTgg < 5:194719‑M1/131‑1 (MQ=255) TGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTgg > 6:194719‑M1/1‑131 (MQ=255) cGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAGCGGCCGGCCACAcc > 3:79998/1‑148 (MQ=255) gCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAGCGGCCGGCCACACcga < 3:216137/149‑1 (MQ=255) gCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAGCGGCCGGCCACACcga < 2:74454/149‑1 (MQ=255) cTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAGCGGCCGGCca > 3:178705/1‑142 (MQ=255) cTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAGCGGCCGGCca < 4:178705/142‑1 (MQ=255) tgctggccgcaggcaaaggcacccaggtgcacctgcataccgagggcgagcaggacagcgacgccatgATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAGCGGCCGGCCACACCGACGAAc < 7:154125‑M2/81‑1 (MQ=255) ccTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAGCGGCCGGCCACACcga > 6:275483/1‑144 (MQ=255) ccTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAGCGGCCGGCCACACcga < 5:275483/144‑1 (MQ=255) cTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAGCGGCCGGCCACACCGACGAACt > 3:187878/1‑149 (MQ=255) gCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAGCGGCCGGCCACACCGACGAACTTGGCTg < 8:3515/149‑1 (MQ=255) gCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAGCGGCCGGCCACACCGACGAACTTGGCTg > 6:147508/1‑149 (MQ=255) tCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAGCGGCCGGCCACACCGACGAACTTGGCTgccgc > 7:238447/1‑149 (MQ=255) ggTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAGCGGCCGGCCACACCGACGAACTTGGCTGCCGCCCggg < 3:30241/144‑1 (MQ=255) ggTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAGCGGCCGGCCACACCGACGAACTTGGCTGCCGCCCggg > 4:30241/1‑144 (MQ=255) gTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCTTCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACGTGTAAGGGGAAGCGGCCGGCCAGACCGACGAACTTGGCTGCCGCCCGGGCA‑TGCAGACCCTGCtt < 5:189630/149‑1 (MQ=255) cTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAGCGGCCGGCCACACCGACGAACTTGGCTGCCGCCCGGGCA‑TGCAGACCCAGCttgttg < 4:79998/149‑1 (MQ=255) tttGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCACGGGAAGCGCCCGGCCACACCGACGAACTTGGCTGCCGCCCGGGCA‑TTCATACCCAGCtagatg > 8:86351/1‑143 (MQ=255) ggCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAGCGGCCGGCCACACCGACGAACTTGGCTGCCGCCCGGGCA‑TGCAGACCCAGCTTGTTGATGATGGTGa < 8:238447/149‑1 (MQ=255) tcatcaCCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAGCGGCCGGCCACACCGACGAACTTGGCTGCCGCCCGGGCA‑TGCAGACCCAGCTTGTTGATGATGGTGATTTCgcgg < 5:147508/149‑1 (MQ=255) tcatcaCCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAGCGGCCGGCCACACCGACGAACTTGGCTGCCGCCCGGGCA‑TGCAGACCCAGCTTGTTGATGATGGTGATTTCgcgg < 4:187878/149‑1 (MQ=255) atcaCCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAGCGGCCGGCCACACCGACGAACTTGCCTGCCGCCCGGGCA‑TGCAGACGCAGCTTGTTGATGATGGTGATTTCgccggc > 4:54107/1‑149 (MQ=255) tcaCCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCCGAGTACTTGGCGGGGAATCCGGCGGGCCCCACGGCCG‑ACTTTGCATCCCGCCGGGCATTGCGGCCCCGGGTTGTTGTTGTTGGGGAtttgggggc > 1:73916/1‑143 (MQ=255) tcaCCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGTGGAAGCGGCCGGCCACACCGACGAACTTGGCTGCCGCCCGGGCA‑TGCAGACCCAGCTTGTTGATGATGGTGATTTCgcgggcg > 1:67667/1‑149 (MQ=255) aCCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAGCGGCCGGCCACACCGACGAACTTGGCTGCCGCCCg < 5:134622/104‑1 (MQ=255) ccggcatgATGCTCTTGCCATGCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGAGCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAGCGGCCGGCCACACCGACGAACTTGGCTGCCGCCCGGGCA‑GGCAGACCCAGCTTGTTGATGATGGTGATTTCGCgggcgggc < 7:86351‑M2/141‑1 (MQ=255) catgATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAGCGGCCGGCCACACCGACGAACTTGGCTGCCGCCCGGGCA‑TGCAGACCCAGCTTGTTGATGATGGTGATTTCGCGGGCGGGCATCt > 1:21338‑M2/5‑149 (MQ=255) atgATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GAACCTGGCAGGGGAAGCGGCCGGCCACACCGACGAACTTGGCTCCAGCCCGGGCA‑TGCAGCCCCAGCTAGTTGATGATGGTGATTTCGCCGGCGGGCAGCTg > 5:110237‑M2/4‑149 (MQ=255) | GCGCAGGTTTGCGAGGCCTATTCGCCTTCGTCAAAGAAATTGTTGATCAGCTCGACCAGCGCGTCCATGGCGTCGCTGTCCTGCTCGCCCTCGGTATGCAGGTGCACCTGGGTGCCTTTGCCTGCGGCCAGCATCATCACCGCCATGATGCTCTTGCCATCCACCAGCTTGTCCGGGGCGCGACCCACCC‑‑GTACCTGGCAGGGGAAGCGGCCGGCCACACCGACGAACTTGGCTGCCGCCCGGGCA‑TGCAGACCCAGCTTGTTGATGATGGTGATTTCGCGGGCGGGCATCTG > NC_002947/1092537‑1092829 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |