New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1588596 = | 35 (0.830) | 3 (0.080) | 3/242 | NT | 8.5% | coding (503/876 nt) | PP_1393 | transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 1588641 = | 32 (0.810) | coding (458/876 nt) | PP_1393 | transcriptional regulator |
ATGCTGTTTGGGTCCATGCGTGGCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGAACAGCTTGCGCACCTGCAGCCCGTGGTTCGGTGCATCGCCGTAGACCACTG‑CCGCATCGAAGCCCTCGCGCCGCAAATCCACCCCGTGCTGCACGGTCGTGGT > NC_002947/1588448‑1588729 | aTGCTGTTTGGGTCCATGCGTGGCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACg < 1:387/149‑1 (MQ=255) gctgctgccgcgtctgatggagtggcaggcactgcgcccggacgtaccggtggagctgaccacgaccgtgcagcacggggtggatttgcggcgcgagggcttcgatgcggcagtggtctacggcgatgcaccgaaccacgggctgcagg < 4:174150‑M1/2‑1 (MQ=255) cTGTTTGGGTCCATGCGTGGCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCATGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGt < 2:32756/148‑1 (MQ=255) tGTTTGGGTCCATGCGTGGCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTgc > 1:105874/1‑149 (MQ=255) gTTTGGGTCCATGCGTGGCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTgcg > 2:82134/1‑149 (MQ=255) ccATGCGTGGCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTgc > 7:152782/1‑140 (MQ=255) ccATGCGTGGCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTgc < 8:152782/140‑1 (MQ=255) gCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAgctg > 2:4455/1‑149 (MQ=255) cAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCCCACAGGGGTCAgctgct > 5:22877/1‑149 (MQ=255) cAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAgctgc > 5:114871/1‑148 (MQ=255) gCGGCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGTGCACACAGGGGTCAGCTGCTCa < 6:191859/149‑1 (MQ=255) gTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATc < 7:78643/149‑1 (MQ=255) gTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATc > 8:78643/1‑149 (MQ=255) ttCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGaa > 6:135426/1‑148 (MQ=255) ttCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGAAc < 7:42359/149‑1 (MQ=255) tCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGACTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGaa > 4:136381/1‑147 (MQ=255) ccgccTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGAACAGCTTg > 4:20285/1‑149 (MQ=255) ggacgtaccggtggagctgaccacgaccgtgcagcacggggtggatttgcggcgcgagggcttcgatgcggcagtggtctacggcgatgcaccgaaccacgggctgcaGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGAACAGCTTgcg < 8:87466‑M1/41‑1 (MQ=255) cgtaccggtggagctgaccacgaccgtgcagcacggggtggatttgcggcgcgagggcttcgatgcggcagtggtctacggcgatgcaccgaaccacgggctgcaGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGAACAGCTTGCGCAc > 7:87466‑M1/106‑149 (MQ=255) cAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCGCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACATGGGTCAGCTGCTCATCGAACAGCTTGCGCAcc < 2:101578/148‑1 (MQ=255) cAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGAACAGCTTGCGCACCt > 2:191738/1‑149 (MQ=255) cAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGAACAGCTTGCGCACCt < 5:182823/149‑1 (MQ=255) cggtggagctgaccacgaccgtgcagcacggggtggatttgcggcgcgagggcttcgatgcggcagtggtctacggcgatgcaccgaaccacgggctgcaGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGAACAGCTTGCGCACCTGCa > 8:204483‑M1/101‑149 (MQ=255) caACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAgg < 1:127687/111‑1 (MQ=255) caACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAgg > 2:127687/1‑111 (MQ=255) aaCCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGAACAGCTTGCGCACCTGCAGccc < 5:135426/149‑1 (MQ=255) aGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGAACAGCTTGCGCACCTGCAGCCCGTGGTTc < 8:3245/149‑1 (MQ=255) gtgtTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGAACAGCTTGCGCACCTGCAGCCCGTGGTTCGGt < 8:238121/148‑1 (MQ=255) tCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGAACAGCTTGCGCACCTGCAGCCCGTGGTTCGGTGCATCGcc < 1:82134/149‑1 (MQ=255) gATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGAACAGCTTGCGCACCTGCAGCCCGTGGTTCGGTGCATCGCCGTAGACCACt < 3:20285/149‑1 (MQ=255) cTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGAACAGCTTGCGCACCTGCAGCCCGTGGTTCGGTGCATCGCCGTAGACCACTG‑CCGCATCGAAGCCCTc > 4:59047/1‑149 (MQ=255) gCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGAACAGCTTGCGCACCTGCAGCCCGTGGTTCGGTGCATCGCCGTAGACCACTG‑CCGCATCGAAGCCCTcgcg > 2:197831/1‑149 (MQ=255) gCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGAACAGCTTGCGCACCTGCAGCCCGTGGTTCGGTGCATCGCCGTAGACCACTG‑CCGCATCGAAGCCCTcgcg < 1:197831/149‑1 (MQ=255) ccAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGAACAGCTTGCGCACCTGCAGCCCGTGGTTCGGTGCATCGCCGTAGACCACTG‑CCGCATCGAAGCCCTCgcgc > 2:260687/1‑149 (MQ=255) ttCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGAACAGCTTGCGCACCTGCAGCCCGTGGTTCGGTGCATCGCCGTAGACCACTG‑CCGCATCGAAGCCCTCGCGCCGCAAAt > 7:14881/1‑149 (MQ=255) ccACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGAACAGCTTGCGCACCTGCAGCCCGTGGTTCGGTGCATCGCCGTAGACCACTG‑CCGCATCGAAGCCCTCGCGCCGCaaa < 1:260687/146‑1 (MQ=255) gctgcAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGAACAGCTTGCGCACCTGCAGCCCGTGGTTCGGTGCATCGCCGTAGACCACTG‑CCGCATCGAAGCCCTCGCGCCGCAAATCCACCCCg > 1:171194/1‑149 (MQ=255) ccGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGAACAGCTTGCGCACCTGCAGCCCGTGGTTCGGTGCATCGCCGTAGACCACTG‑CCGCATCGAAGCCCTCGCGCCGCAAATCCACCCCGTGCTGCACGGTc < 3:59047/149‑1 (MQ=255) cGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGAACAGCTTGCGCACCTGCAGCCCGTGGTTCGGTGCATCGCCGTAGACCACTGCCCGCATCGAAGCCCTCGCGCCGCAAATCCACCCCGTGCTGCACGGTc < 1:191738/149‑1 (MQ=255) gCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGAACAGCTTGCGCACCTGCAGCCCGTGGTTCGGTGCATCGCCGTAGACCACTG‑CCGCATCGAAGCCCTCGCGCCGCAAATCCACCCCGTGCTGCACGGTCGTg > 1:252754/1‑149 (MQ=255) cccTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGAACAGCTTGCGCACCTGCAGCCCGTGGTTCGGTGCATCGCCGTAGACCACTG‑CCGCATCGAAGCCCTCGCGCCGCAAATCCACCCCGTGCTGCACGGTCGTgg < 8:14881/149‑1 (MQ=255) cccTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGAACAGCTTGCGCACCTGCAGCCCGTGGTTCGGTGCATCGCCGTAGACCACTG‑CCGCATCGAAGCCCTCGCGCCGCAAATCCACCCCGTGCTGCACGGTCGTgc > 6:73441/1‑148 (MQ=255) ttCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGAACAGCTTGCGCACCTGCAGCCCGTGGTTCGGTGCATCGCCGTAGACCACTG‑CCGCATCGAAGCCCTCGCGCCGCAAATCCACCCCGTGCTGCACGGTCGTGGt > 7:60409/1‑147 (MQ=255) ttCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGAACAGCTTGCGCACCTGCAGCCCGTGGTTCGGTGCATCGCCGTAGACCACTG‑CCGCATCGAAGCCCTCGCGCCGCAAATCCACCCCGTGCTGCACGGTCGTGGt > 1:76175/1‑147 (MQ=255) | ATGCTGTTTGGGTCCATGCGTGGCCAGCGTCATTCCAGCCGCCTGCAACCACAACCGCCAGTCGTGTTCATCCCGCGAGGGATGCAGCAGCATGTGCCTGGCCAGGTCTTCCACCTGCTGCAACGGCACCGGCCCTTCACGCAGTGACGGTGCGCACACAGGGGTCAGCTGCTCATCGAACAGCTTGCGCACCTGCAGCCCGTGGTTCGGTGCATCGCCGTAGACCACTG‑CCGCATCGAAGCCCTCGCGCCGCAAATCCACCCCGTGCTGCACGGTCGTGGT > NC_002947/1588448‑1588729 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |