New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2673825 = | 40 (0.950) | 4 (0.100) | 3/244 | NT | 9.2% | intergenic (‑15/+7) | PP_5519/PP_2342 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | NC_002947 | 2673861 = | 41 (1.030) | coding (166/195 nt) | PP_2342 | hypothetical protein |
ATTGCGCGTATCTTAACCTGTTTTGTAAACGCGCCCTCACGGATTCCGCGATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAGATTCGATTCGTCTGCTCGTCCCGCCTCTCCTGGGTGCGGAGAA > NC_002947/2673677‑2673972 | cttttgacgatcaggaaatgtaccactgcagcattattctccgcacccaggagaggcgggacgagcagacgaatcgaatctgtacccgcagctatcaccgccaaggtctcgttcttcatggcacgcaagtccagcctgcagctgtacct < 4:88647‑M1/1‑1 (MQ=255) acgatcaggaaatgtaccactgcagcattattctccgcacccaggagaggcgggacgagcagacgaatcgaatctgtacccgcagctatcaccgccaaggtctcgttcttcatggcacgcaagtccagcctgcagctgtaccTGGCCgg < 4:188124‑M1/7‑1 (MQ=255) gatcaggaaatgtaccactgcagcattattctccgcacccaggagaggcgggacgagcagacgaatcgaatctgtacccgcagctatcaccgccaaggtctcgttcttcatggcacgcaagtccagcctgcagctgtaccTGGCCgg < 6:129091‑M1/7‑1 (MQ=255) ttAACCTGTTTTGTAAACGCGCCCTCACGGATTCCGCGATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGc > 1:192333/1‑149 (MQ=255) acgtGTTTTGTAAACGCGCCCTCACTGATTCCGCGATAGGCTGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCtt < 3:240616/146‑1 (MQ=255) ttttGTAAACGCGCCCTCACGGATTCCGCGATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGc < 1:123632/148‑1 (MQ=255) gcgcCCTCACGGATTCCGCGATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGt > 3:228982/1‑141 (MQ=255) gcgcCCTCACGGATTCCGCGATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGt < 4:228982/141‑1 (MQ=255) cTCACGGATTCCGCGATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGc > 5:76906/1‑147 (MQ=255) ttctccgcacccaggagaggcgggacgagcagacgaatcgaatctgtacccgcagctatcaccgccaaggtctcgttcttcatggcacgcaagtccagcctgcagctgtaccTGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAg < 8:242009‑M1/37‑1 (MQ=255) ttctccgcacccaggagaggcgggacgagcagacgaatcgaatctgtacccgcagctatcaccgccaaggtctcgttcttcatggcacgcaagtccagcctgcagctgtaccTGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAg > 3:63887‑M1/113‑149 (MQ=255) ttctccgcacccaggagaggcgggacgagcagacgaatcgaatctgtacccgcagctatcaccgccaaggtctcgttcttcatggcacgcaagtccagcctgcagctgtaccTGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAg > 7:242009‑M1/113‑149 (MQ=255) cgcacccaggagaggcgggacgagcagacgaatcgaatctgtacccgcagctatcaccgccaaggtctcgttcttcatggcacgcaagtccagcctgcagctgtaccTGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGt > 3:88647‑M1/108‑146 (MQ=255) ttCCGCGATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGc < 2:192333/149‑1 (MQ=255) cgcgATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCgg < 2:24011/135‑1 (MQ=255) cgcgATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCgg > 1:24011/1‑135 (MQ=255) cgcgATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTg > 7:123453/1‑148 (MQ=255) cgcgATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTg > 3:91085/1‑148 (MQ=255) gcgATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTg > 5:41588/1‑147 (MQ=255) tCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATg > 1:26472/1‑146 (MQ=255) cTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAg < 7:124141/119‑1 (MQ=255) cTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAg > 8:124141/1‑119 (MQ=255) aCATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGc > 2:251010/1‑80 (MQ=255) aTGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTgg > 7:27236/1‑142 (MQ=255) aTGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTgg < 8:27236/142‑1 (MQ=255) gTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGa > 3:4944/1‑146 (MQ=255) tCGAGGCGCAGGACGCGGGCGAGGTGTGCTGCATGTCGCATGCGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAg < 6:145369/148‑1 (MQ=255) tCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGc > 1:179880/1‑149 (MQ=255) gcAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCggg > 8:62033/1‑148 (MQ=255) cAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTa > 3:144891/1‑149 (MQ=255) ggAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCTGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACa < 6:76906/149‑1 (MQ=255) gAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTg < 7:190207/127‑1 (MQ=255) gAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTg > 8:190207/1‑127 (MQ=255) aaGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTa > 3:188124/1‑145 (MQ=255) gCGGTCGAGGTGTTATGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCAGGTACAgatt < 5:139183/149‑1 (MQ=255) gTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAgattcga > 8:15948/1‑149 (MQ=255) gtgtTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAGATTCGATTCGt < 8:123453/148‑1 (MQ=255) tCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAGATTCGATTCGTCTGc < 7:62033/148‑1 (MQ=255) gCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAgattcgattc < 7:181856/139‑1 (MQ=255) gCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAgattcgattc > 8:181856/1‑139 (MQ=255) cATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGa < 4:218861/114‑1 (MQ=255) cATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAGATTCGATTCGTCTGCTCGt < 6:41588/148‑1 (MQ=255) aTGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAGATTCGATTCGTCTGCTCGTCCCGCctct > 4:198864/1‑149 (MQ=255) gggCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAGATTCGATTCGTCTGCTCGTCCCGCCtctc < 4:4944/148‑1 (MQ=255) cTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAGATTCGATTCGTCTGCTCGTCCCGCCTCTCCTgg < 4:91085/149‑1 (MQ=255) tctTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAGATTCGATTCGTCTGCTCGTCCCGCCTCTCCTgg < 5:86013/145‑1 (MQ=255) tctTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAGATTCGATTCGTCTGCTCGTCCCGCCTCTCCTgg > 6:86013/1‑145 (MQ=255) ttATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCgg > 7:54881/1‑104 (MQ=255) ttATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCgg < 8:54881/104‑1 (MQ=255) atatGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGAc > 3:228615/1‑82 (MQ=255) atatGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGAc < 4:228615/82‑1 (MQ=255) atatGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAGATTCGATTCGTCTGCTCGTCCCGCCTCTCCTGGGTGCgg < 2:179880/147‑1 (MQ=255) atatGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAGATTCGATTCGTCTGCTCGTCCCGCCTCTCCTGGGTGCGga < 3:198864/148‑1 (MQ=255) TGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAGATTCGATTCGTCTGCTCGTCACGCCTCTCCTGGGTGCGGAGaa < 3:6918‑M1/148‑1 (MQ=255) | ATTGCGCGTATCTTAACCTGTTTTGTAAACGCGCCCTCACGGATTCCGCGATAGGCGGTGTCCCGGTCTATCCTCGTCAAGTGCAGCAACATGTCGAGGCGCAGGAAGCGGTCGAGGTGTTCTGCATGTCGCATGGGCTTCTCTTATATGGCCGGTCAGGCCTTGAGCGGTTCACTGCCGGCCAGGTACAGCTGCAGGCTGGACTTGCGTGCCATGAAGAACGAGACCTTGGCGGTGATAGCTGCGGGTACAGATTCGATTCGTCTGCTCGTCCCGCCTCTCCTGGGTGCGGAGAA > NC_002947/2673677‑2673972 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |