New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2879294 = | 36 (0.850) | 3 (0.080) | 3/244 | NT | 8.7% | coding (771/900 nt) | PP_2534 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 2879343 = | 29 (0.730) | coding (722/900 nt) | PP_2534 | LysR family transcriptional regulator |
GCGACACGAGGCCGCCCCTACTGGCCACCAGATAGCTGCTCCACCAGAAAATCCACAAACACCCGCACCCGTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCACCTTCAGTGAGAATGTATG > NC_002947/2879148‑2879437 | cgcttcaacttccgccgcgcgatgcctgactggccgtttcaccgcgacgggcatacattctcactgaaggtgaaagggaatatcgaatgcagcagtggtgaggcgctggcgcagctggccaggctgggcgccggcgtggcgcgtatc > 1:83223‑M1/147‑147 (MQ=255) cgACACGAGGCCGCCCCTACTTGCCACCAGATAGCTGCTCCACCAGAAAATCCACAAACACCCGCACCCGTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGc < 5:262228/149‑1 (MQ=255) cttcaacttccgccgcgcgatgcctgactggccgtttcaccgcgacgggcatacattctcactgaaggtgaaagggaatatcgaatgcagcagtggtgaggcgctggcgcagctggccaggctgggcgccggcgtggcgcgtatCGGCa > 7:32727‑M1/145‑149 (MQ=255) ttcaacttccgccgcgcgatgcctgactggccgtttcaccgcgacgggcatacattctcactgaaggtgaaagggaatatcgaatgcagcagtggtgaggcgctggcgcagctggccaggctgggcgccggcgtggcgcgtatCGGCAc < 8:118058‑M1/6‑1 (MQ=255) gAGGCCGCCCCTACTGGCCACCAGATAGCTGCTCCACCAGAAAATCCACAAACACCCGCACCCGTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGt > 8:92202/1‑149 (MQ=255) ccccTACTGGCCACCAGATAGCTGCTCCACCAGAAAATCCACAAACACCCGCACCCGTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCCTGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGt > 1:14277/1‑149 (MQ=255) ccTACTGGCCACCAGATAGCTGCTCCACCAGAAAATCCACAAACACCCGCACCCGTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTg < 1:152605/149‑1 (MQ=255) ccTACTGGCCACCAGATAGCTGCTCCACCAGAAAATCCACAAACACCCGCACCCGTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTg < 3:205019/149‑1 (MQ=255) gCCACCAGATAGCTGCTCCACCAGAAAATCCACAAACACCCGCACCCGTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAg < 7:92202/147‑1 (MQ=255) caccaGATAGCTGCTCCACCAGAAAATCCACAAACACCCGCACCCGTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAg > 8:179732/1‑145 (MQ=255) caccaGATAGCTGCTCCACCAGAAAATCCACAAACACCCGCACCCGTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAg < 7:179732/145‑1 (MQ=255) caGATAGCTGCTCCACCAGAAAATCCACAAACACCCGCACCCGTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCg > 4:89171/1‑149 (MQ=255) caccaGAAAATCCACAAACACCCGCACCCGTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTaaa < 6:54624/147‑1 (MQ=255) accaGAAAATCCACAAACACCCGCACCCGTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACg < 6:59345/141‑1 (MQ=255) accaGAAAATCCACAAACACCCGCACCCGTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACg > 5:59345/1‑141 (MQ=255) ggcatacattctcactgaaggtgaaagggaatatcgaatgcagcagtggtgaggcgctggcgcagctggccaggctgggcgccggcgtggcgcgtatCGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATa > 1:116773‑M1/98‑149 (MQ=255) acaAACACCCGCACCCGTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACgcgc < 4:6204/149‑1 (MQ=255) acaAACACCCGCACCCGTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACgcgc > 3:6204/1‑149 (MQ=255) aaaCACCCGCACCCGTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAAc < 6:99607/91‑1 (MQ=255) aaaCACCCGCACCCGTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAAc > 5:99607/1‑91 (MQ=255) acccgcacccgTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCTTGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGcc < 2:14277/149‑1 (MQ=255) cccgcacccgTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCg < 3:264910/149‑1 (MQ=255) ccgTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGc > 8:190120/1‑125 (MQ=255) ccgTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGc < 7:190120/125‑1 (MQ=255) ccgTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGcc > 3:111836/1‑147 (MQ=255) ccgTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGcc > 1:232135/1‑147 (MQ=255) aaagggaatatcgaatgcagcagtggtgaggcgctggcgcagctggccaggctgggcgccggcgtggcgcgtatCGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGa < 7:191930‑M1/50‑1 (MQ=255) aaagggaatatcgaatgcagcagtggtgaggcgctggcgcagctggccaggctgggcgccggcgtggcgcgtatCGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGa > 8:191930‑M1/75‑124 (MQ=255) gCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCa > 5:145166/1‑141 (MQ=255) gCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCa < 6:145166/141‑1 (MQ=255) gccgACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAgcg > 4:231543/1‑149 (MQ=255) ccGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTcacca < 4:234906/146‑1 (MQ=255) ccGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTcacca > 3:234906/1‑146 (MQ=255) cGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCActgc > 4:58526/1‑149 (MQ=255) gCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCActgct < 2:232135/149‑1 (MQ=255) cATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCActgctg < 3:89171/149‑1 (MQ=255) cACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCCCTGCTGCATTCGATATTCCCttt > 8:200838/1‑148 (MQ=255) ccGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCAcc > 3:817/1‑149 (MQ=255) gggTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCACCtt > 1:64164/1‑149 (MQ=255) gTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCACCTTCAGt < 3:231543/148‑1 (MQ=255) tAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCa < 3:263561/139‑1 (MQ=255) tAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCa > 4:263561/1‑139 (MQ=255) tAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGGTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCACCTTCAGTg < 7:118693/148‑1 (MQ=255) aGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCACCTTCAGTgag > 3:101898/1‑148 (MQ=255) ccTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCACCTTCAGTGAGAAt > 6:180494/1‑149 (MQ=255) aGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCACCTTCAGTGAGAATGTATg > 1:138142/1‑149 (MQ=255) | GCGACACGAGGCCGCCCCTACTGGCCACCAGATAGCTGCTCCACCAGAAAATCCACAAACACCCGCACCCGTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCACCTTCAGTGAGAATGTATG > NC_002947/2879148‑2879437 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |