New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2879294 = | 36 (0.850) | 3 (0.080) | 3/244 | NT | 8.7% | coding (771/900 nt) | PP_2534 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 2879343 = | 29 (0.730) | coding (722/900 nt) | PP_2534 | LysR family transcriptional regulator |
AATCCACAAACACCCGCACCCGTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCACCTTCAGTGAGAATGTATGCCCGTCGCGGTGAAACGGCCAGTCAGGCATCGCGCGGCGGAAGTTGAAGCG > NC_002947/2879197‑2879488 | ggcatacattctcactgaaggtgaaagggaatatcgaatgcagcagtggtgaggcgctggcgcagctggccaggctgggcgccggcgtggcgcgtatCGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATa > 1:116773‑M1/98‑149 (MQ=255) acaAACACCCGCACCCGTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACgcgc > 3:6204/1‑149 (MQ=255) acaAACACCCGCACCCGTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACgcgc < 4:6204/149‑1 (MQ=255) acccgcacccgTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCTTGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGcc < 2:14277/149‑1 (MQ=255) cccgcacccgTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCg < 3:264910/149‑1 (MQ=255) ccgTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGcc > 1:232135/1‑147 (MQ=255) ccgTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGcc > 3:111836/1‑147 (MQ=255) aaagggaatatcgaatgcagcagtggtgaggcgctggcgcagctggccaggctgggcgccggcgtggcgcgtatCGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGa < 7:191930‑M1/50‑1 (MQ=255) aaagggaatatcgaatgcagcagtggtgaggcgctggcgcagctggccaggctgggcgccggcgtggcgcgtatCGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGa > 8:191930‑M1/75‑124 (MQ=255) gCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCa < 6:145166/141‑1 (MQ=255) gCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCa > 5:145166/1‑141 (MQ=255) gccgACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAgcg > 4:231543/1‑149 (MQ=255) ccGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTcacca < 4:234906/146‑1 (MQ=255) ccGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTcacca > 3:234906/1‑146 (MQ=255) cGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCActgc > 4:58526/1‑149 (MQ=255) gCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCActgct < 2:232135/149‑1 (MQ=255) cATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCActgctg < 3:89171/149‑1 (MQ=255) cACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCCCTGCTGCATTCGATATTCCCttt > 8:200838/1‑148 (MQ=255) ccGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCAcc > 3:817/1‑149 (MQ=255) gggTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCACCtt > 1:64164/1‑149 (MQ=255) gTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCACCTTCAGt < 3:231543/148‑1 (MQ=255) tAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCa < 3:263561/139‑1 (MQ=255) tAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCa > 4:263561/1‑139 (MQ=255) tAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGGTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCACCTTCAGTg < 7:118693/148‑1 (MQ=255) aGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCACCTTCAGTgag > 3:101898/1‑148 (MQ=255) ccTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCACCTTCAGTGAGAAt > 6:180494/1‑149 (MQ=255) aGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCACCTTCAGTGAGAATGTATg > 1:138142/1‑149 (MQ=255) tatcggcacctttaccgtggccgatgacctggccaacgggcaactggtgccgATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCACCTTCAGTGAGAATGTATGcc > 1:116773‑M2/53‑149 (MQ=255) tcggcacctttaccgtggccgatgacctggccaacgggcaactggtgccgATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCttt < 7:191930‑M2/74‑1 (MQ=255) tcggcacctttaccgtggccgatgacctggccaacgggcaactggtgccgATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCttt > 8:191930‑M2/51‑124 (MQ=255) CAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCACCTTCAGTGAGAATGTATGCCCGTCGCGGt > 5:180494‑M1/1‑149 (MQ=255) cccGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCACCTTCAGTGAGAATGTATGCCCGTCGCGGTGAAAc < 4:111836/148‑1 (MQ=255) gCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCACCTTCAGTGAGAATGTATGCCCGTCGCGGTGAAACGGCCAGTc < 2:64164/149‑1 (MQ=255) ccAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACG‑CGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCACCTTCAGTGAGAATGTATGCCCGTCGCGGTGAAACGGCCAGTCAg > 4:7889/1‑149 (MQ=255) cACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCACCTTCAGTGAGAAt > 2:25658/1‑106 (MQ=255) cACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCACCTTCAGTGAGAAt < 1:25658/106‑1 (MQ=255) gtgccgATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCACCTTCAGTGAGAATGTATGCCCGTCGCGGTGAAACGGCCAGTCAGGCATCGCGCGGCGGAAGTTGaa < 8:118058‑M2/143‑1 (MQ=255) tgccgATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCACCTTCAGTGAGAATGTATGCCCGTCGCGGTGAAACGGCCAGTCAGGCATCGCGCGGCGGAAGTTGAAg > 7:32727‑M2/6‑149 (MQ=255) gATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCACCTTCAGTGAGAATGTATGCCCGTCGCGGTGAAACGGCCAGTCAGGCATCGCGCGGCGGAAGTTGAAgcg > 1:83223‑M2/2‑147 (MQ=255) | AATCCACAAACACCCGCACCCGTGCCGGCATCGCCGGGCCGCCGACGAACACCGCATGAATCGGTTCCCGATCACCCGGGTTGTAAGCCTCCAGCAACGGCACCAGTTGCCCGTTGGCCAGGTCATCGGCCACGGTAAAGGTGCCGATACGCGCCACGCCGGCGCCCAGCCTGGCCAGCTGCGCCAGCGCCTCACCACTGCTGCATTCGATATTCCCTTTCACCTTCAGTGAGAATGTATGCCCGTCGCGGTGAAACGGCCAGTCAGGCATCGCGCGGCGGAAGTTGAAGCG > NC_002947/2879197‑2879488 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |