New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3305527 | 28 (0.660) | 3 (0.080) | 3/244 | NT | 9.3% | coding (644/1392 nt) | PP_2906 | sensor histidine kinase |
? | NC_002947 | = 3305565 | 32 (0.800) | coding (606/1392 nt) | PP_2906 | sensor histidine kinase |
CGGTACAGCTGGGCGCGCAGGCGGGTCAGCGGTGTGCGCAGGTCATGGGCAATGTTGTCGCACACGCCCTTGACCTCATGCATCAGCCGTTCGATACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGGCGACGATCAGTTCGGCCTGGGCCTGGATCGCCCGTATACGCTTGAGCGGCCTGCGCCGTAGCAGGTACCAACCGGCAAAACCCGGGATCAGGGTCAGCGAGATGCC > NC_002947/3305383‑3305672 | cGGTACAGCTGGGCGCGCAGGCGGGTCAGCGGTGTGCGCAGGTCATGGGCAATGTTGTCGCACACGCCCTTGACCTCATGCATCAGCCGTTCGATACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCgcggc < 1:133236/148‑1 (MQ=255) aGCTGGGCGCGCAGGCGGGTCAGCGGTGTGCGCAGGTCATGGGAAATGTTGTAGCACACGCCCTTGACCTCATGCATCAGCCGTTGGATACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGa > 1:187553/1‑149 (MQ=255) ggCGCGCAGGCGGGTCAGCGGTGTGCGCAGGTCATGGGCAATGTTGTCGCACACGCCCTTGACCTCATGCATCAGCCGTTCGATACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTg > 5:138283/1‑149 (MQ=255) aGCGGTGTGCGCAGGTCATGGGCAATGTTGTCGCACACGCCCTTGACCTCATGCATCAGCCGTTCGATACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAg > 2:74618/1‑149 (MQ=255) cAGGTCATGGTCAATGTTGTCGCACACGCCCTTGACCTCATGCATCAGCCGTTCGATACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCcggcgacctgacccaccgcctgccactgtcggcccgccgcga < 4:11660‑M1/149‑43 (MQ=255) aGGTCATGGGCAATGTTGTCGCACACGCCCTTGACCTCATGCATCAGCCGTTCGATACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGgcgac < 3:194290‑M2/149‑6 (MQ=255) ggTCATGGGCAATGTTGTCGCACACGCCCTTGACCTCATGCATCAGCCGTTCGATACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGgcgacg > 8:72542‑M2/1‑143 (MQ=255) aTGGGCAATGTTGTCGCACACGCCCTTGACCTCATGCATCAGCCGTTCGATACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGGCGACGATc < 5:64362/148‑1 (MQ=255) ggCAATGTTGTCGCACACGCCCTTGACCTCATGCATCAGCCGTTCGATACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGGCGACGATCAGtt > 2:124839/1‑149 (MQ=255) cAATGTTGTCGCACACGCCCTTGACCTCATGCATCAGCCGTTCGATACGGTCGAGCATGGCATTGACGTTCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGGCGACGATCAGTTCg > 5:105752/1‑149 (MQ=255) ttgtCGCACACGCCCTTGACCTCATGCATCAGCCGTTCGATACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGGCGACGATCAGTTCggcctg < 1:124839/149‑1 (MQ=255) gCACACGCCCTTGACCTCATGCATCAGCCGTTCGATACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCcggcgacctgacccaccgcctgccactgtcggcccgccgcgac > 7:143412‑M1/1‑86 (MQ=255) gCACACGCCCTTGACCTCATGCATCAGCCGTTCGATACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCcggcgacctgacccaccgcctgccactgtcggcccgccgcgac < 8:143412‑M1/129‑44 (MQ=255) cacaCGCCCTTGACCTCATGCATCAGCCGTTCGATACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGGCGACGATCAGTTCggcctgggcctg < 2:187553/149‑1 (MQ=255) cacaCGCCCTTGACCTCATGCATCAGCCGTTCGATACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGGCGACGATCAGTTCggcctgg > 3:207280/1‑144 (MQ=255) cacaCGCCCTTGACCTCATGCATCAGCCGTTCGATACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGGCGACGATCAGTTCggcctgg < 4:207280/144‑1 (MQ=255) gCCCTTGACCTCATGCATCAGCCTTTCGATACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCg < 6:149463/118‑1 (MQ=255) gCCCTTGACCTCATGCATCAGCCGTTCGATACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCg > 5:149463/1‑118 (MQ=255) cTCATGCATCAGCCGTTCGATACGGGCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGGCGACGAt < 4:205642/117‑1 (MQ=255) aTGCATCAGCCGTTCGATACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAg > 8:163858/1‑87 (MQ=255) aTGCATCAGCCGTTCGATACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAg < 7:163858/87‑1 (MQ=255) aTGCATCAGCCGTTCGATACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGGCGACGATCAGTTCGGCCTGGGCCTGGATCGCCCGTATACg < 1:74618/147‑1 (MQ=255) aTGCATCAGCCGTTCGATACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGGCGACGATCAGTTCGGCCTGGGCCTGGATCGCCCGTATACGCt > 5:234904/1‑149 (MQ=255) gCATCAGCCGTTCGATACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGgcga < 7:231878‑M2/108‑5 (MQ=255) gCATCAGCCGTTCGATACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGgcga > 8:231878‑M2/1‑104 (MQ=255) gCATCAGCCGTTCGATACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGGCGACGATCAGTTCGGCCTGGGCCTGGATCGCCCGTATACGCtt > 1:89122/1‑148 (MQ=255) ttCGATACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGGCGACGATCAGTTCGGCCTGGGCTTGGATCGCCCGTATACGCTTGAGCGGCCTgc < 1:164498/149‑1 (MQ=255) gATACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGGCGACGATCAGTTCGGCCTGGGCCTGGATCGCCCGTATACGCTTGAGCGGCCTgcgc < 4:251566/148‑1 (MQ=255) gATACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGGCGACGATCAGTTCGGCCTGGGCCTGGATCGCCCGTATACGCTTGAGCGGCCTgcgc < 4:247577/148‑1 (MQ=255) tACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGGCGACGATCAGTTCGGCCTGGGCCTGGATCGCCCGTATACGCTTGAGCGGCCTGCGCCGt < 6:138283/149‑1 (MQ=255) gTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGGCGACGATCAGTTCGGCCTGGGCCTGGATCGCCCGTATACGCTTGAGCGGCCTGCGCCGTa > 4:66079/1‑146 (MQ=255) gTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGGCGACGATCAGTTCGGCCTGGGCCTGGATCGCCCGTATACGCTTGAGCGGCCTGCGCCGTa < 3:66079/146‑1 (MQ=255) gagcgccgcAAGCATGTCCAGTGCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGGCGACGATCAGTTCGGCCTGGGCCTGGAGCGCCCGTATACGCTTGAGCGGCCTGCGCCGTAGCAGGTACCAACCGGCAAAAc < 2:180758/146‑1 (MQ=255) gATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGGCGACGATCAGTTCGGCCTGGGCCTGGATCGCCCGTATACGCTTGAGCGGCCTGCGCCGTAGCAGGTACCAACCGGCAAAAc < 2:89122/149‑1 (MQ=255) cgcAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGGCGACGATCAGTTCGGCCTGGGCCTGGATCGCCCGTATACGCTTGAGCGGc > 4:250742/1‑112 (MQ=255) aTGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGGCGACGATCAGTTCGGCCTGGGCCTGGATCGCCCGTATACGCTTGAGCGGCCTGCGCCGTAGCAGGTACCAACCGGCAAAACCCGGGATCAGGGt > 1:192230/1‑149 (MQ=255) cgtcgCcggcgacctgacccaccgcctgccactgtcggcccgccgcgacgaactggacatgcttgcggcgatcgtcaatgccatgctcgaccgtatcgaacggctgatgcatgaggtcaagggcgtgtgcgacaacattgcccatgacc > 8:72542‑M1/1‑6 (MQ=255) gtcgCcggcgacctgacccaccgcctgccactgtcggcccgccgcgacgaactggacatgcttgcggcgatcgtcaatgccatgctcgaccgtatcgaacggctgatgcatgaggtcaagggcgtgtgcgacaacattgcccatgacct < 3:194290‑M1/149‑145 (MQ=255) gtcgCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGgcgacgaactggacatgcttgcggcgatcgtcaatgccatgctcgaccgtatcgaacggctgatgcatgaggtcaagggcgtgtgc > 7:143412‑M2/1‑43 (MQ=255) gtcgCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGgcgacgaactggacatgcttgcggcgatcgtcaatgccatgctcgaccgtatcgaacggctgatgcatgaggtcaagggcgtgtgc < 8:143412‑M2/129‑87 (MQ=255) gtcgCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGGCGACGATCAGTTCGGCCTGGGCCTGGATCGCCCGTATACGCTTGAGCGGCCTGCGCCGTAGCAGGTACCAACCGGCAAAACCCGGGATCAGGGTCAGCGAGATGc < 2:192230/149‑1 (MQ=255) tcgCcggcgacctgacccaccgcctgccactgtcggcccgccgcgacgaactggacatgcttgcggcgatcgtcaatgccatgctcgaccgtatcgaacggctgatgc < 7:231878‑M1/108‑105 (MQ=255) tcgCcggcgacctgacccaccgcctgccactgtcggcccgccgcgacgaactggacatgcttgcggcgatcgtcaatgccatgctcgaccgtatcgaacggctgatgc > 8:231878‑M1/1‑4 (MQ=255) tcgCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGgcgacgaactggacatgcttgcggcgatcgtcaatgccatgctcgaccgtatcgaacggctgatgcatgaggtcaagggcgtgtgcgacaacattgaccatgacctg < 4:11660‑M2/149‑108 (MQ=255) | CGGTACAGCTGGGCGCGCAGGCGGGTCAGCGGTGTGCGCAGGTCATGGGCAATGTTGTCGCACACGCCCTTGACCTCATGCATCAGCCGTTCGATACGGTCGAGCATGGCATTGACGATCGCCGCAAGCATGTCCAGTTCGTCGCGGCGGGCCGACAGTGGCAGGCGGTGGGTCAGGTCGCCGGCGACGATCAGTTCGGCCTGGGCCTGGATCGCCCGTATACGCTTGAGCGGCCTGCGCCGTAGCAGGTACCAACCGGCAAAACCCGGGATCAGGGTCAGCGAGATGCC > NC_002947/3305383‑3305672 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |