New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3307249 | 28 (0.660) | 5 (0.130) | 4/240 | NT | 16.4% | coding (350/696 nt) | csiR | DNA‑binding transcriptional repressor |
? | NC_002947 | = 3307303 | 25 (0.640) | coding (296/696 nt) | csiR | DNA‑binding transcriptional repressor |
CTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGCCTCCCAGGCGTCATCGCCGCGCTCGATGGCCAAGGCAATGATCATCGCTTCCAGGTTGGCGCGGGCGTCGTAGATGTCGTTCATCTCATCCAGCGACATGGGCGCTACCCGGTAGCCTTT > NC_002947/3307104‑3307397 | cTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATg > 5:76356/1‑149 (MQ=255) ggCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGt < 8:38698/147‑1 (MQ=255) ggCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGTAt < 5:191990/149‑1 (MQ=255) aaCAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGTATGCGAGTGGGc < 7:80214/149‑1 (MQ=255) gtgcCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGcc < 5:58126/149‑1 (MQ=255) tGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGTATGCGAGTCGGCCAGCACCGATGCCTcc > 5:73947/1‑147 (MQ=255) cagGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCTTTTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGCCTCCCAGGCGt < 8:109721/149‑1 (MQ=255) cagGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGt > 8:44463/1‑114 (MQ=255) cagGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGt < 7:44463/114‑1 (MQ=255) gTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGCCTCCCAGGCGTCAt > 4:206615/1‑149 (MQ=255) ttGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAtcgagcgcggcgatgacgcctgggaggcatcggtgctggcccactc > 4:198561‑M1/1‑103 (MQ=255) ggAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCTCCACCTTGGCCAATGTATGCGa > 6:251358/1‑111 (MQ=255) ggAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCTCCACCTTGGCCAATGTATGCGa < 5:251358/111‑1 (MQ=255) ggAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGCCTCCCAGGCGTCATcgcc < 3:206615/147‑1 (MQ=255) agacGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGCCTCCCAGGCGTCATCGCCgcgc < 4:211278/146‑1 (MQ=255) cGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAtcgagcgcggcgatgacgcctgggaggcatcggtgctggcccactcgcatacattggcc > 3:194335‑M1/1‑89 (MQ=255) cGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGCCTccc > 4:168371/1‑122 (MQ=255) cGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGCCTccc < 3:168371/122‑1 (MQ=255) ggCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAtcgagcgcggcgatgacgcctgggaggcatcggtgctggcccactcgcatacattggccaagg < 4:194335‑M1/149‑64 (MQ=255) ggCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGCCTCCCAGGCGTCATCGCCGCGCTCGAtggccaagg > 3:170705‑M2/1‑140 (MQ=255) gCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAtcgagcgcggcgatgacgcctgggaggcatcggtgctggcccactcgcatacattggccaaggt < 1:62654‑M1/149‑65 (MQ=255) gCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAtcgagcgcggcgatgacgcctgggaggcatcggtgctggcccactcgcatacattggccaaggt < 3:198561‑M1/149‑65 (MQ=255) aGTATGGAACGCCTTGTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGCCTCCCAGGCGTCATCGCCGCGCTCGATGGCCAAGGCAATGatca > 3:148548/1‑149 (MQ=255) gAACGCCTTGTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGCCTCCCAGGCGTCATCGCCGCGCTCGATGGCCAAGGCAATGATCATCGCtt > 5:250384/1‑149 (MQ=255) aaCGCCTTGTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCAc < 1:230772/92‑1 (MQ=255) aaCGCCTTGTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCAc > 2:230772/1‑92 (MQ=255) aCGCCTTGTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGCCTCCCAGGCGTCATCGCCGCGCTCGATGGCCAAGGCAATGATCATCGCTTc > 7:188117/1‑148 (MQ=255) cGCCTTGTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGCCTCCCAGGCGTCATCGCCGCGCTCGATGGCCAAGGCAATGATCATCGCTTCCa < 8:74620/149‑1 (MQ=255) ccGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGCCTCCCAGGCGTCATCGCCGCGCTCGATGGCCAAGGCAATGATCATCGCTTCCAGGTTGgcgc < 6:76356/149‑1 (MQ=255) cGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGCCTCCCAGGCGTCATcgcc > 1:83219/1‑104 (MQ=255) cGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGCCTCCCAGGCGTCATcgcc < 2:83219/104‑1 (MQ=255) cTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGCCTCCCAGGCGTCATCGCCGCGCTCGATGGCCAAGGCAATGATCATCGCTTCCAGGTTGGCGCggg > 5:242020/1‑149 (MQ=255) ccACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGCCTCCCAGGCGTCATCGCCGCGCTCGATGGCCAAGGCAATGATCATCGCTTCCAGGTTGGCGCGGGcgtcg > 7:30344/1‑148 (MQ=255) acacaTCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGCCTCCCAGGCGTCATCGCCTCGCTCGATGGCCAAGGCAATGATCATCGCTTCCAGGTTGGCGCGGGcgtcg > 3:189953/1‑146 (MQ=255) aTCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGCCTCCCAGGCGTCATCGCCGCGCTCGATGGCCAAGGCAATGATCATCGCTTCCAGGTTGGCGCGGGCGTCGTAGATGt > 5:39847/1‑149 (MQ=255) ccGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGCCTCCCAGGCGTCATCGCCGCGCTCGATGGCCAAGGCAATGATCATCGCTTCCAGGTTGGCGCGGGCGTCGTAGATGTCGTtca < 6:250384/149‑1 (MQ=255) tCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGCCTCCCAGGCGTCATCGCCGCGCTCGATGGCCAAGGCAATGATCATCGCTTCCAGGTTGGCGCGGGCGTCGTAGATGTCGTtcatctcatc > 2:36924/1‑149 (MQ=255) accTTGGCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGCCTCCCAGGCGTCATCGCCGCGCTCGAtggccaaggtggtggaagtaaaaacccgcgagcagcggctggatgtgtgggacgagcggcacaaggcgttccatactgccattgc < 1:62654‑M2/149‑86 (MQ=255) accTTGGCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGCCTCCCAGGCGTCATCGCCGCGCTCGAtggccaaggtggtggaagtaaaaacccgcgagcagcggctggatgtgtgggacgagcggcacaaggcgttccatactgccattgc < 3:198561‑M2/149‑86 (MQ=255) ccTTGGCCAtcgagcgcggcgatgacgcctgggaggcatcggtgctggcccactcgcatacattggccaaggtggtggaagtaaaaacccgcgagcagcggctggatgtgtgggacgagcggcacaaggcgttccatactgccattgcc > 3:170705‑M1/1‑9 (MQ=255) ccTTGGCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGCCTCCCAGGCGTCATCGCCGCGCTCGAtggccaaggtggtggaagtaaaaacccgcgagcagcggctggatgtgtgggacgagcggcacaaggcgttccatactgccattgcc < 4:194335‑M2/149‑87 (MQ=255) ttGGCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGCCTCCCAGGCGTCATCGCCGCGCTCGATGGCCAAGGCAATGATCATCGCTTCCAGGTTGGCGCGGGCGTCGTAGATGTCGTTCATCTCATCCAGCGACATGGGCGCTACCCgg > 4:256407/1‑147 (MQ=255) ggCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGCCTCCCAGGCGTCATCGCCGCGCTCGAtggccaaggtggtggaagtaaaaacccgcgagcagcggctggatgtgtgggacgagcggcacaaggcgttccatactgccattgcctcg > 3:194335‑M2/1‑59 (MQ=255) aaTGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGCCTCCCAGGCGTCATCGCCGCGCTCGATGGCCAAGGCAATGATCATCGCTTCCAGGTTGGCGCGGGCGTCGTAGATGTCGTTCATCTCATCCAGCGACATGGGCGCTACCCGGTAGCCttt > 3:118067/1‑149 (MQ=255) aaTGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGCCTCCCAGGCGTCATCGCCGCGCTCGATGGCCAAGGCAATGATCATCGCTTCCAGGTTGGCGCGGGCGTCGTAGATGTCGTTCATCTCATCCAGCGACATGGGCGCTACCCGGTAGCCttt > 3:122189/1‑149 (MQ=255) | CTCGGCCTGGTCGAACAGGTAGGTGCGTGCCTGCAGCAGGTGCTTGGAGCCGCAGCCCGAGGCAATGGCAGTATGGAACGCCTTGTGCCGCTCGTCCCACACATCCAGCCGCTGCTCGCGGGTTTTTACTTCCACCACCTTGGCCAATGTATGCGAGTGGGCCAGCACCGATGCCTCCCAGGCGTCATCGCCGCGCTCGATGGCCAAGGCAATGATCATCGCTTCCAGGTTGGCGCGGGCGTCGTAGATGTCGTTCATCTCATCCAGCGACATGGGCGCTACCCGGTAGCCTTT > NC_002947/3307104‑3307397 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |