New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4455885 = | 30 (0.710) | 4 (0.100) | 4/252 | NT | 10.3% | coding (1100/2178 nt) | PP_3950 | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
? | NC_002947 | 4455936 = | 40 (0.970) | coding (1049/2178 nt) | PP_3950 | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
CGCAGGTTGCCTTCACCCTCGGCGATGGTGCATAGCACACTGCTCATACCATTCAACCTCGCGGCCAGGCGCTTGGGCCCGAGCACGCCAAACAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGTCGGG > NC_002947/4455738‑4456033 | tcatgtgccagtggtgggcaagggcgttaccttccagttgccgggctcgcccgaccgctggggcatgatgtgcgaggcggacctggaggaggtctaccgccggcgttcgctgagctacgggttgatgaaaccctatgtggcgatcatgg < 1:189236‑M1/2‑1 (MQ=255) gcAGGTTGCCTTCACCCTCGGCGATGGTGCATAGCACACTGCTCATACCATTCAACCTCGCGGCCAGGCGCTTGGGCCCGAGCACGCCAAACAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCgg > 5:145993/1‑148 (MQ=255) aGGTTGCCTTCACCCTCGGCGATGGTGCATAGCACACTGCTCATACCATTCAACCTCGCGGCCAGGCGCTTGGGCCCGAGCACGCCAAACAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAg < 2:163767/149‑1 (MQ=255) aGGTTGCCTTCACCCTCGGCGATGGTGCATAGCACACTGCTCATACCATTCAACCTCGCGGCCAGGCGCTTGGGCCCGAGCACGCCAAACAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAg < 2:159775/149‑1 (MQ=255) gCCTTCACCCTCGGCGATGGTGCATAGCACACTGCTCATACCATTCAACCTCGCGGCCAGGCGCTTGGGCCCGAGCACGCCAAACAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCt < 6:224928/148‑1 (MQ=255) ccTTCACCCTCGGCGATGGTGCATAGCACACTGCTCATACCATTCAACCTCGCGGCCAGGCGCTTGGGCCCGAGCACGCCAAACAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTg < 7:251024/148‑1 (MQ=255) cTTCACCCTCGGCGATGGTGCATAGCACACTGCTCATACCATTCAACCTCGCGGCCAGGCGCTTGGGCCCGAGCACGCCAAACAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCa > 3:118529/1‑149 (MQ=255) ttccagttgccgggctcgcccgaccgctggggcatgatgtgcgaggcggacctggaggaggtctaccgccggcgttcgctgagctacgggttgatgaaaccctatgtggcgatcatGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTg < 3:184201‑M1/33‑1 (MQ=255) gCACACTGCTCATACCATTCAACCTCGCGGCCAGGCGCTTGGGCCCGAGCACGCCAAACAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCa < 7:91717/148‑1 (MQ=255) aTACCATTCAACCTCGCGGCCAGGCGCTTGGGCCCGAGCACGCCAAACAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAg < 2:235428/128‑1 (MQ=255) aTACCATTCAACCTCGCGGCCAGGCGCTTGGGCCCGAGCACGCCAAACAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAg > 1:235428/1‑128 (MQ=255) aTACCATTCAACCTCGCGGCCAGGCGCTTGGGCCCGAGCACGCCAAACAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGccc > 1:260631/1‑149 (MQ=255) cccgaccgctggggcatgatgtgcgaggcggacctggaggaggtctaccgccggcgttcgctgagctacgggttgatgaaaccctatgtggcgatcatGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAAc < 8:66105‑M1/42‑1 (MQ=255) cccgaccgctggggcatgatgtgcgaggcggacctggaggaggtctaccgccggcgttcgctgagctacgggttgatgaaaccctatgtggcgatcatGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAAc > 7:66105‑M1/99‑140 (MQ=255) cccgaccgctggggcatgatgtgcgaggcggacctggaggaggtctaccgccggcgttcgctgagctacgggttgatgaaaccctatgtggcgatcatGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGcc > 4:184201‑M1/99‑149 (MQ=255) aCCTCGCGGCCAGGCGCTTGGGCCCGAGCACGCCAAACAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCa > 8:115856/1‑104 (MQ=255) aCCTCGCGGCCAGGCGCTTGGGCCCGAGCACGCCAAACAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCa < 7:115856/104‑1 (MQ=255) cgtGGGCCCGAGCACGCCAAACACCAAGCTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGCTCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTtca < 8:125945/147‑1 (MQ=255) cccGAGCACGCCAAACAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAAc < 1:29915/148‑1 (MQ=255) cccGAGCACGCCAAACAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAAc > 2:29915/1‑148 (MQ=255) aGCACGCCAAACAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTa < 8:36924/149‑1 (MQ=255) gCCAAACAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCt > 4:219957/1‑147 (MQ=255) cAAACAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGc > 8:93864/1‑149 (MQ=255) cAAACAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGc > 2:58163/1‑149 (MQ=255) aaaCAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGc > 8:24221/1‑148 (MQ=255) caacaaGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAAc > 7:38216/1‑149 (MQ=255) caacaaGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAAc < 3:244575/149‑1 (MQ=255) aacaaGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGa > 6:37419/1‑109 (MQ=255) aacaaGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGa < 5:37419/109‑1 (MQ=255) gcgcCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCATCCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTa < 2:260631/149‑1 (MQ=255) cAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGAcct > 7:30237/1‑149 (MQ=255) aTGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACctcctc < 6:145993/149‑1 (MQ=255) aaGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCACGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTc > 7:205034/1‑149 (MQ=255) gCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGc > 1:131719/1‑149 (MQ=255) cTCGATAACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCAGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTACGCCt > 6:135504/1‑149 (MQ=255) tCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTc > 7:94226/1‑149 (MQ=255) aTCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGca < 3:219957/149‑1 (MQ=255) aCGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGcaca < 7:24221/148‑1 (MQ=255) ttGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGt > 5:167945/1‑149 (MQ=255) gCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGTCg > 5:201123/1‑149 (MQ=255) GGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGTCggg < 8:23001‑M1/149‑1 (MQ=255) | CGCAGGTTGCCTTCACCCTCGGCGATGGTGCATAGCACACTGCTCATACCATTCAACCTCGCGGCCAGGCGCTTGGGCCCGAGCACGCCAAACAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGTCGGG > NC_002947/4455738‑4456033 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |