New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4455885 = | 30 (0.710) | 4 (0.100) | 4/252 | NT | 10.3% | coding (1100/2178 nt) | PP_3950 | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
? | NC_002947 | 4455936 = | 40 (0.970) | coding (1049/2178 nt) | PP_3950 | methyl‑accepting chemotaxis transducer |
CTTGGGCCCGAGCACGCCAAACAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGTCGGGCGAGCCCGGCAACTGGAAGGTAACGCCCTTGCCCACCACTGGCACATGACG > NC_002947/4455809‑4456084 | cgtGGGCCCGAGCACGCCAAACACCAAGCTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGCTCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTtca < 8:125945/147‑1 (MQ=255) cccGAGCACGCCAAACAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAAc < 1:29915/148‑1 (MQ=255) cccGAGCACGCCAAACAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAAc > 2:29915/1‑148 (MQ=255) aGCACGCCAAACAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTa < 8:36924/149‑1 (MQ=255) gCCAAACAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCt > 4:219957/1‑147 (MQ=255) cAAACAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGc > 8:93864/1‑149 (MQ=255) cAAACAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGc > 2:58163/1‑149 (MQ=255) aaaCAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGc > 8:24221/1‑148 (MQ=255) caacaaGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAAc > 7:38216/1‑149 (MQ=255) caacaaGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAAc < 3:244575/149‑1 (MQ=255) aacaaGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGa > 6:37419/1‑109 (MQ=255) aacaaGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGa < 5:37419/109‑1 (MQ=255) gcgcCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCATCCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTa < 2:260631/149‑1 (MQ=255) cAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGAcct > 7:30237/1‑149 (MQ=255) aTGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACctcctc < 6:145993/149‑1 (MQ=255) aaGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCACGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTc > 7:205034/1‑149 (MQ=255) gCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGc > 1:131719/1‑149 (MQ=255) cTCGATAACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCAGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTACGCCt > 6:135504/1‑149 (MQ=255) tCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTc > 7:94226/1‑149 (MQ=255) aTCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGca < 3:219957/149‑1 (MQ=255) aCGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGcaca < 7:24221/148‑1 (MQ=255) ttGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGt > 5:167945/1‑149 (MQ=255) gCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGTCg > 5:201123/1‑149 (MQ=255) ggcggggctgttcggctgcaattacctggtgcagcactatgcaggcctgccATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGTCggg > 4:184201‑M2/52‑149 (MQ=255) GGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGTCggg < 8:23001‑M1/149‑1 (MQ=255) GCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGTCGGGc > 8:205034‑M1/1‑149 (MQ=255) aGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGTCGGGCGa < 7:5458/149‑1 (MQ=255) gCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTtc < 8:70983/67‑1 (MQ=255) gCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTtc > 7:70983/1‑67 (MQ=255) tGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATTATGCCCCAGCGGTCGGGCGAGCCCg < 8:38216/149‑1 (MQ=255) gttcggctgcaattacctggtgcagcactatgcaggcctgccATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGTCggg > 7:66105‑M2/43‑140 (MQ=255) gttcggctgcaattacctggtgcagcactatgcaggcctgccATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGTCggg < 8:66105‑M2/98‑1 (MQ=255) cATAGTGCTGCCCCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGTCGGGCGAGCCCg < 8:94226/147‑1 (MQ=255) cATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGTCGGGCGAGCCCg < 4:118529/147‑1 (MQ=255) cATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGTCGGGCGAGCCCGGc < 7:93864/149‑1 (MQ=255) gTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGTCGGGCGAGCCCGGCAAc < 5:135504/148‑1 (MQ=255) gTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGTCGGGCGAGCCCGGCAACt < 2:131719/149‑1 (MQ=255) gctgcACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGAcctc > 3:63396/1‑94 (MQ=255) gctgcACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGAcctc < 4:63396/94‑1 (MQ=255) caattacctggtgcagcactatgcaggcctgccATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGTCGGGCGAGCCCGGCAACTGGaa < 3:184201‑M2/116‑1 (MQ=255) cACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGTCGGGCGAGCCCGGCAACTGGAAgg < 6:167945/149‑1 (MQ=255) cAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGAACGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGTCGGGCGAGCCCGGCAACTGGAAGGTaa > 2:245892/1‑149 (MQ=255) ggTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGGCGGGCGAGCCCGGCAACTGGAAGGTAACg < 1:58163/149‑1 (MQ=255) gTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGCACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGTCGGGCGAGCCCGGCAACTGGAAGGTAACGc > 4:29857/1‑149 (MQ=255) gTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGTCGGGCGAGCCCGGCAACTGGAAGGTAACGc > 4:90647/1‑149 (MQ=255) ccGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGTCGGGCGAGCCCGGCAACTGGAAGGTAACGCCCTTGCccac > 2:189236/1‑149 (MQ=255) aaCAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGc < 5:139220/88‑1 (MQ=255) aaCAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGc > 6:139220/1‑88 (MQ=255) cccGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGTCGGGCGAGCCCGGCa < 5:155850/115‑1 (MQ=255) cccGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGTCGGGCGAGCCCGGCa > 6:155850/1‑115 (MQ=255) ccATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGTCGGGCGAGCCCGGCAACTGGAAGGTAACGCCCTTGCCCACCACTGGCACATGa < 1:189236‑M2/147‑1 (MQ=255) aTGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGTCGGGCGAGCCCGGCAACTGGAAGGTAACGCCCTTGCCCACCACTGGCACATGACg < 6:201123/149‑1 (MQ=255) | CTTGGGCCCGAGCACGCCAAACAACAAGGTGGCGCCCAGCATGCTCAAGGCCTCGATCACGTCAGTCAGTCCTTGCGGCAGGCCTGCATAGTGCTGCACCAGGTAATTGCAGCCGAACAGCCCCGCCATGATCGCCACATAGGGTTTCATCAACCCGTAGCTCAGCGAACGCCGGCGGTAGACCTCCTCCAGGTCCGCCTCGCACATCATGCCCCAGCGGTCGGGCGAGCCCGGCAACTGGAAGGTAACGCCCTTGCCCACCACTGGCACATGACG > NC_002947/4455809‑4456084 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |