New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5792613 = | 44 (1.040) | 4 (0.100) | 4/240 | NT | 9.2% | coding (718/1419 nt) | gltD | glutamate synthase subunit beta |
? | NC_002947 | 5792679 = | 38 (0.970) | coding (652/1419 nt) | gltD | glutamate synthase subunit beta |
CCCTGCATGTCGACGAAGTCTTCCGGCGACTTCTCGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATAC > NC_002947/5792465‑5792759 | cccTGCATGTCGACGAAGTCTTCCGGCGACTTCTCGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTAcccatgcccat < 2:26916/149‑1 (MQ=255) cccTGCATGTCGACGAAGTCTTCCGGCGACTTCTCGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTAcccatgcccat < 5:163391/149‑1 (MQ=255) cccTGCATGTCGACGAAGTCTTCCGGCGACTTCTCGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTAcccatgcccat < 5:92570/149‑1 (MQ=255) cccTGCATGTCGACGAAGTCTTCCGGCGACTTCTCGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTAcccatgcccat < 7:90376/149‑1 (MQ=255) ccTGCATGTCGACGAAGTCTTCCGGCGACTTCTCGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTAcccatgcccat > 6:28799/1‑148 (MQ=255) cATGTCGACGAAGTCTTCCGGCGACTTCTCGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAaca > 3:143816/1‑149 (MQ=255) gTCGACGAAGTCTTCCGGCGACTTCTCGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACcg > 5:257335/1‑149 (MQ=255) gacgaAGTCTTCCGGCGACTTCTCGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGcgt > 1:111378/1‑149 (MQ=255) gacgaAGTCTTCCGGCGACTTCTCGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGcgt > 3:60917/1‑149 (MQ=255) gaAGTCTTCCGGCGACTTCTCGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGAGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCAATGAACACCGcttcg > 7:52558/1‑148 (MQ=255) tCCGGCGACTTCTCGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGc > 5:112338/1‑149 (MQ=255) ccGGCGACTTCTCGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGc > 6:151793/1‑148 (MQ=255) gCGACTTCTCGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGag > 4:206185/1‑148 (MQ=255) gACTTCTCGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGagcag < 6:184930/149‑1 (MQ=255) cgacaaaaaccctgagatcggtggcctgctgaccttcggtatccccgagttcaagctggaaaagaccgtgctcagcaaccgccgtgaagtgttcaccggcatgggcatcgagttccgccTGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCt < 2:232607‑M1/30‑1 (MQ=255) tctcGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGcgtc < 4:226423/130‑1 (MQ=255) tctcGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGcgtc > 3:226423/1‑130 (MQ=255) caaaaaccctgagatcggtggcctgctgaccttcggtatccccgagttcaagctggaaaagaccgtgctcagcaaccgccgtgaagtgttcaccggcatgggcatcgagttccgccTg < 1:95304‑M1/2‑1 (MQ=255) caaaaaccctgagatcggtggcctgctgaccttcggtatccccgagttcaagctggaaaagaccgtgctcagcaaccgccgtgaagtgttcaccggcatgggcatcgagttccgccTg > 2:95304‑M1/117‑118 (MQ=255) gAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCa > 1:138220/1‑149 (MQ=255) gAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCa < 1:174314/149‑1 (MQ=255) cctgagatcggtggcctgctgaccttcggtatccccgagttcaagctggaaaagaccgtgctcagcaaccgccgtgaagtgttcaccggcatgggcatcgagttccgccTGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGt < 2:65666‑M1/40‑1 (MQ=255) ttGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGCGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGcc < 5:59474/149‑1 (MQ=255) tctaTCAGGAAGTCCAGTTGGTCATGCAGGCCCGGCAGGTCATCACCGGGGTAGCCGCCCTTCTTGTATGTGTAGGTAACCTTGCGGATGATCTGCGCGTGGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCTGATCCTTGCCCACCTCGgt < 8:52558/146‑1 (MQ=255) gCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCg > 8:134460/1‑147 (MQ=255) gCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCg < 7:134460/147‑1 (MQ=255) gCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGgt < 4:143816/149‑1 (MQ=255) gATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATc < 5:100747/132‑1 (MQ=255) gATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATc > 6:100747/1‑132 (MQ=255) gATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGgtgt > 8:25411/1‑149 (MQ=255) ggtatccccgagttcaagctggaaaagaccgtgctcagcaaccgccgtgaagtgttcaccggcatgggcatcgagttccgccTGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAg > 1:232607‑M1/83‑149 (MQ=255) gtatccccgagttcaagctggaaaagaccgtgctcagcaaccgccgtgaagtgttcaccggcatgggcatcgagttccgccTGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAgg > 1:65666‑M1/82‑149 (MQ=255) gAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGc < 3:97398/149‑1 (MQ=255) gAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGc < 4:60917/149‑1 (MQ=255) gAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGc < 2:226009/149‑1 (MQ=255) ccAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTc < 8:132984/116‑1 (MQ=255) cAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACt < 2:111378/149‑1 (MQ=255) tGCTTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCTGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGa < 2:63442/149‑1 (MQ=255) cATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGc > 3:123500/1‑135 (MQ=255) cATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGc < 4:123500/135‑1 (MQ=255) ccGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTg < 2:138220/149‑1 (MQ=255) ccGGCAGGGATTCCCCCGGTAAGCCGACCTTGATCTAGTTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGTCTAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCAACTCGGTTTTCAGGCGGAACTGGATGCCGATGCCGGTg < 4:210296/149‑1 (MQ=255) cGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGa < 5:28799/149‑1 (MQ=255) aCCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCAcggc > 8:246601/1‑149 (MQ=255) ggAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTg < 5:151793/149‑1 (MQ=255) cTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACgg > 3:97259/1‑149 (MQ=255) cTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACgg < 3:206185/149‑1 (MQ=255) tgtaggtgtaggTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCttt > 5:210705/1‑149 (MQ=255) ggtgtaggtACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAaca < 7:150776/116‑1 (MQ=255) ggtgtaggtACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAaca > 8:150776/1‑116 (MQ=255) taggtACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCtt > 3:217548/1‑149 (MQ=255) gtACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGa > 4:220339/1‑148 (MQ=255) aCCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACt > 4:262627/1‑149 (MQ=255) catgcccatgAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCgg < 7:246601/149‑1 (MQ=255) catgcccatgAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGGGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCgg < 6:257335/149‑1 (MQ=255) catgAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATAc < 3:262627/149‑1 (MQ=255) catgAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATAc < 4:217548/149‑1 (MQ=255) | CCCTGCATGTCGACGAAGTCTTCCGGCGACTTCTCGAAGCCCAGGTTGCGGTTGACGTTGGCGATCAGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATAC > NC_002947/5792465‑5792759 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |