New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5792613 = | 44 (1.040) | 4 (0.100) | 4/240 | NT | 9.2% | coding (718/1419 nt) | gltD | glutamate synthase subunit beta |
? | NC_002947 | 5792679 = | 38 (0.970) | coding (652/1419 nt) | gltD | glutamate synthase subunit beta |
AGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTAC > NC_002947/5792531‑5792814 | ggtatccccgagttcaagctggaaaagaccgtgctcagcaaccgccgtgaagtgttcaccggcatgggcatcgagttccgccTGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAg > 1:232607‑M1/83‑149 (MQ=255) gtatccccgagttcaagctggaaaagaccgtgctcagcaaccgccgtgaagtgttcaccggcatgggcatcgagttccgccTGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAgg > 1:65666‑M1/82‑149 (MQ=255) gAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGc < 3:97398/149‑1 (MQ=255) gAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGc < 4:60917/149‑1 (MQ=255) gAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGc < 2:226009/149‑1 (MQ=255) cAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACt < 2:111378/149‑1 (MQ=255) tGCTTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCTGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGa < 2:63442/149‑1 (MQ=255) cATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGc < 4:123500/135‑1 (MQ=255) cATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGc > 3:123500/1‑135 (MQ=255) ccGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTg < 2:138220/149‑1 (MQ=255) ccGGCAGGGATTCCCCCGGTAAGCCGACCTTGATCTAGTTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGTCTAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCAACTCGGTTTTCAGGCGGAACTGGATGCCGATGCCGGTg < 4:210296/149‑1 (MQ=255) cGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGa < 5:28799/149‑1 (MQ=255) aCCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCAcggc > 8:246601/1‑149 (MQ=255) ggAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTg < 5:151793/149‑1 (MQ=255) cTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACgg < 3:206185/149‑1 (MQ=255) cTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACgg > 3:97259/1‑149 (MQ=255) tgtaggtgtaggTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCttt > 5:210705/1‑149 (MQ=255) ggtgtaggtACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAaca < 7:150776/116‑1 (MQ=255) ggtgtaggtACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAaca > 8:150776/1‑116 (MQ=255) taggtACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCtt > 3:217548/1‑149 (MQ=255) gtACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGa > 4:220339/1‑148 (MQ=255) aCCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACt > 4:262627/1‑149 (MQ=255) catgcccatgAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCgg < 7:246601/149‑1 (MQ=255) catgcccatgAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGGGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCgg < 6:257335/149‑1 (MQ=255) cctgaacaccgaggtgggcaaggatgtgaccatggaacagctgctcgccgagtacgacgcggtgttcaGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATAc > 1:65666‑M2/69‑149 (MQ=255) catgAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATAc < 3:262627/149‑1 (MQ=255) catgAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATAc < 4:217548/149‑1 (MQ=255) ctgaacaccgaggtgggcaaggatgtgaccatggaacagctgctcgccgagtacgacgcggtgttcaGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATAcc > 1:232607‑M2/68‑149 (MQ=255) CACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGaa > 1:193112‑M1/1‑147 (MQ=255) CACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGaa < 2:193112‑M1/147‑1 (MQ=255) ACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGt > 3:220339‑M1/1‑149 (MQ=255) cgtcgtACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCt > 8:1476/1‑123 (MQ=255) gtACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGc > 5:204949/1‑149 (MQ=255) aCTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCa > 7:89692/1‑149 (MQ=255) ggCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGa > 7:10860/1‑149 (MQ=255) gcagcTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCa < 4:97259/149‑1 (MQ=255) cagcTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCa < 8:89692/148‑1 (MQ=255) agcTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAgg < 6:112338/149‑1 (MQ=255) accatggaacagctgctcgccgagtacgacgcggtgttcaGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAgg < 2:65666‑M2/109‑1 (MQ=255) ttCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGttt < 6:204949/148‑1 (MQ=255) ccATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCgg < 1:171616/108‑1 (MQ=255) ccATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCgg > 2:171616/1‑108 (MQ=255) aTGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTc < 6:204895/149‑1 (MQ=255) aTGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTc > 5:204895/1‑149 (MQ=255) agctgctcgccgagtacgacgcggtgttcaGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCg < 2:232607‑M2/119‑1 (MQ=255) tCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTc < 7:225653/145‑1 (MQ=255) tCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTc > 8:225653/1‑145 (MQ=255) acaTCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAacac > 1:261753/1‑149 (MQ=255) cTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCg > 4:235085/1‑149 (MQ=255) gCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTcagca < 5:173600/110‑1 (MQ=255) gCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTcagca > 6:173600/1‑110 (MQ=255) cccACATCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGt > 7:74467/1‑149 (MQ=255) aCCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTAAGCCGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGCACCCACCCGGGGTTAc > 5:31967/1‑149 (MQ=255) caGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTg > 2:95304‑M2/3‑118 (MQ=255) caGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTg < 1:95304‑M2/116‑1 (MQ=255) | AGGAAGTCCAGTGCGTCATGCACGCCCGGCAGGTCTTCACCCGGGAAGCCGCCCTTCATGTAGGTGTAGGTACCCATGCCCATGAACACCGCGTCGTACTCGGCGAGCAGCTGTTCCATGGTCACATCCTTGCCCACCTCGGTGTTCAGGCGGAACTCGATGCCCATGCCGGTGAACACTTCACGGCGGTTGCTGAGCACGGTCTTTTCCAGCTTGAACTCGGGGATACCGAAGGTCAGCAGGCCACCGATCTCAGGGTTTTTGTCGAACACCACCGGGGTTAC > NC_002947/5792531‑5792814 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |