New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 111497 | 52 (1.230) | 4 (0.100) | 4/248 | NT | 7.5% | coding (1517/1590 nt) | ctaD | cytochrome c oxidase subunit 1 |
? | NC_002947 | = 111528 | 49 (1.210) | coding (1548/1590 nt) | ctaD | cytochrome c oxidase subunit 1 |
ACATGGTGTCGTCGATCGGCGCGTTCATGTTCGGCGCCACGCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAAGTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACGGTGGTGATGTTCGCCTTCGGCTTCGCGCTGGTGCCGATCTACGA > NC_002947/111380‑111674 | aCATGGTGTCGTCGATCGGCGCGTTCATGTTCGGCGCCACGCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAAGTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCt > 1:134371/1‑149 (MQ=255) tGGTGTCGTCGATCGGCGCGTTCATGTTCGGCGCCACGCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAAGTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCTGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTgcg > 8:141780‑M2/1‑146 (MQ=255) tgtCGTCGATCGGCGCGTTCATGTTCGGCGCCACGCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAAGTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGccc < 2:18077/149‑1 (MQ=255) cgtcgATCGGCGCGTTCATGTTCGGCGCCACGCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAAGTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTAc < 1:150161/149‑1 (MQ=255) cgATCGGCGCGTTCATGTTCGGCGCCACGCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAAGTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCATACcac < 7:215152/149‑1 (MQ=255) tCGGCGCGTTCATGTTCGGCGCCACGCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAAGTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACAcc < 2:142263/149‑1 (MQ=255) ttCGGCGCCACGCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAAGTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACAccccc > 5:76877/1‑149 (MQ=255) cGCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAAGTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGaaa < 3:29840/149‑1 (MQ=255) gCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAAGTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGaaa > 8:195356/1‑148 (MQ=255) gCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAAGTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAAt < 3:215164/149‑1 (MQ=255) gaGATCTTTTTCGTTTTCATTGTCATCAAGTGCATCCTCGGTGGTGCGTCGGTACGTGCTTAACCCTTGGANGTCGCCGTGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCGCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATa < 1:86187/148‑1 (MQ=255) cAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAAGTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATa < 7:195356/149‑1 (MQ=255) cAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAAGTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATa < 2:198246/149‑1 (MQ=255) ttcttcCTGTTCATTGTCATCAAGTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAAcc > 2:146263/1‑149 (MQ=255) ccTGTTCATTGTCATCAAGTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGcc < 2:134371/148‑1 (MQ=255) tGTTCATTGTCATCAAGTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCAt > 2:137170/1‑148 (MQ=255) tcaAGTGCATCCGCTGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCg < 2:166668/149‑1 (MQ=255) tcaAGTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGccc > 1:220168/1‑89 (MQ=255) tcaAGTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGccc < 2:220168/89‑1 (MQ=255) tcaAGTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCg > 6:237351/1‑149 (MQ=255) tcaAGTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCg > 6:241605/1‑149 (MQ=255) aaGTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCgg < 1:137170/148‑1 (MQ=255) aaGTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCgg < 2:73135/148‑1 (MQ=255) cATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAAc > 1:138385/1‑149 (MQ=255) tCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGc > 2:268310/1‑149 (MQ=255) cgcgGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCt < 1:268310/149‑1 (MQ=255) cgGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTgg < 5:241605/149‑1 (MQ=255) cgGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTgg < 5:237351/149‑1 (MQ=255) cgcgcCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAAcgc > 5:208105/1‑149 (MQ=255) cgcCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACgcgc > 7:91327/1‑149 (MQ=255) cgcCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACgcgc > 1:236848/1‑149 (MQ=255) cACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTg < 1:146263/149‑1 (MQ=255) cGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACAccccc < 4:92137/82‑1 (MQ=255) cAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGa < 6:76877/149‑1 (MQ=255) cccTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTc > 1:14260/1‑110 (MQ=255) cccTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTc < 2:14260/110‑1 (MQ=255) ccTGGGATGGCGCCGAGGGCCTGTAGTGGTCGATACCCTCGCCTgcgccatcccagggtttggccggtgccggcgcgccaccgcggatgcactggatgacaatgaacaggaagaagatctgcgaggcgccgaacatgaacgcgccgat < 7:169045‑M2/148‑105 (MQ=255) gATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACGGTGGTGAt < 2:236848/149‑1 (MQ=255) gATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACGGTGGTGAt > 1:261605/1‑149 (MQ=255) aTGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTgtgccatcccagggtttggccggtgccggcgcgccaccgcggatgcacttgatgacaatgaacaggaagaagatctgcgtggcgccgaacatgaacgcgccgatcgacga < 2:210779‑M2/148‑111 (MQ=255) cgcCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTgcgccatcccagggtttggccggtgccggcgcgccaccgcggatgcacttgatgacaatgaacaggaagaagatctgcgtggcgccgaacatgaacgcgccgatcgacgacacca < 7:162491‑M2/149‑116 (MQ=255) cgcCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCTGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACGGTGGTGATGTTCg > 7:199153/1‑149 (MQ=255) gcCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACGGTGGTGATGTTCGc > 1:13045/1‑149 (MQ=255) gcgtggggCTTGAGTGGTCGTTACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGAGACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACGGTGTTGATGTTCGcc < 2:261605/145‑1 (MQ=255) gAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACGGTGGTGATGTTCGCCtt > 3:32956/1‑149 (MQ=255) gggCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTgtgccatcccagggtttggccggtgccggcgcgccaccgcggatgcacttgatgacaatgaacaggaagaagatctgcgtggcgccgaacatgaacgcgccgatcgacgacaccatgttga > 1:210779‑M2/1‑28 (MQ=255) gggCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACGGTGGTGATGTTCGCCTTCg < 6:208105/149‑1 (MQ=255) ggCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACGGTGGTGATGTTCGCCTTCgg < 4:32956/149‑1 (MQ=255) cTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCt > 2:166990/1‑113 (MQ=255) cTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCt < 1:166990/113‑1 (MQ=255) cTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACGGTGGTGATGTTCGCCTTCGGCtt > 5:164153/1‑149 (MQ=255) gAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACGGTGGTGATGTTCGCCTTCGGCTTcgc > 2:5007/1‑149 (MQ=255) gTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACGGTGGTGATGTTCGCCTTCGGCTTCGCGCTgg > 1:116133/1‑149 (MQ=255) tCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGCAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTCACCGTGGAGATGTTCGCCTTCGGCTTCGCGCTGGt > 5:265705/1‑149 (MQ=255) gATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACGGTGGTGATGTTCGCCTTCGGCTTCGCGCTGGTGc > 6:141503/1‑149 (MQ=255) ccTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCa < 1:154966/60‑1 (MQ=255) ccTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCa > 2:154966/1‑60 (MQ=255) ccTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACGGTGGTGATGTTCGCCTTCGGc > 8:103442/1‑131 (MQ=255) atCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCACCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACTGACTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGATGAAGGTGGTGATGTTCGCCTTCGGCTTCGCGCTGGTGCCGATc > 4:82064/2‑148 (MQ=255) ccTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACGGTGGTGATGTTCGCCTTCGGCTTCGCGCTGGTGCCGATCTacga > 6:125487/1‑149 (MQ=255) | ACATGGTGTCGTCGATCGGCGCGTTCATGTTCGGCGCCACGCAGATCTTCTTCCTGTTCATTGTCATCAAGTGCATCCGCGGTGGCGCGCCGGCACCGGCCAAACCCTGGGATGGCGCCGAGGGCCTTGAGTGGTCGATACCCTCGCCTGCGCCCTACCACACCTTCCAGACACCCCCGGAAGTGAAATAGGAACCCGCCATGAACGGCCTGTCGGTGAAACGCCTGGTAACGCGCCTGTTGATGCTGACGGTGGTGATGTTCGCCTTCGGCTTCGCGCTGGTGCCGATCTACGA > NC_002947/111380‑111674 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |