New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2104095 = | 42 (0.990) | 3 (0.070) | 3/246 | NT | 7.5% | coding (789/1515 nt) | PP_1879 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | 2104134 = | 34 (0.840) | coding (750/1515 nt) | PP_1879 | hypothetical protein |
GAATGCGTTGCCAGGTTCCAGCGTGCTTTGGTAATCGCTGCCCTTCGCCTCCTTGATGCGTGGCGGTGGCAATTCGCGTGGTGCCAGGGAAAGGTCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGAAAGCGCCCGGGAAGGTCAGCTCGAGCGGTTTGCTGGTGCCTAGCGGGCCCAGTGTTTCGATGTGCTCCTGGGTCAGTGTCATCATGTCGACCATTTCCT > NC_002947/2103987‑2104282 | gaaacactgggcccgctagacaccagcaaaccgctcgagctgaccttcccgggcgctttcattcgccagtccggcaacggcacgcgttacgtgcgttatgaagtgcagGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCt < 5:200916‑M1/41‑1 (MQ=255) gaaacactgggcccgctagacaccagcaaaccgctcgagctgaccttcccgggcgctttcattcgccagtccggcaacggcacgcgttacgtgcgttatgaagtgcagGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCt > 6:200916‑M1/109‑149 (MQ=255) aaTGCGTTGCCAGGTTCCAGCGTGCTTTGGTAATCGCTGCCCTTCGCCTCCTTGATGCGTGGCGGTGGCAATTCGCGTGGTGCCAGGGAAAGGTCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTg > 2:74328/1‑149 (MQ=255) acactgggcccgctaggcaccagcaaaccgctcgagctgaccttcccgggcgctttcattcgccagtccggcaacggcacgcgttacgtgcgttatgaagtgcagGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCa > 4:213613‑M1/106‑149 (MQ=255) cAGGTTCCAGCGTGCTTTGGTAATCGCTGCCCTTCGCCTCCTTGATGCGTGGCGGTGGCAATTCGCGTGGTGCCAGGGAAAGGTCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATaa > 3:40300/1‑149 (MQ=255) cAGGTTCCAGCGTGCTTTGGTAATCGCTGCCCTTCGCCTCCTTGATGCGTGGCGGTGGCAATTCGCGTGGTGCCAGGGAAAGGTCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATaa > 5:276387/1‑149 (MQ=255) gTTCCAGCGTGCTTTGGTAATCGATGCCCTTCGCCTCCTTGATGCGTGGCGGTGGCAATTCGCGTGGTGCCAGGGAAAGGTCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACg > 4:166249/1‑148 (MQ=255) aGCGTGCTTTGGTAATCGCTGCCCTTCGCCTCCTTGATGCGTGGCGGTGGCAATTCGCGTGGTGCCAGGGAAAGGTCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGt > 1:169464/1‑148 (MQ=255) gCGTGCTTTGGTAATCGCTGCCCTTCGCCTCCTTGATGCGTGGCGGTGGCAATTCGCGTGGTGCCAGGGAAAGGTCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTaa > 6:123244/1‑149 (MQ=255) tttGGTAATCGCTGCCCTTCGCCTCCTTGATGCGTGGCGGTGGCAATTCGCGTGGTGCCAGGGAAAGGTCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTg > 8:112145/1‑149 (MQ=255) ttGGTAATCGCTGCCCTTCGCCTCCTTGATGCGTGGCGGTGGCAATTCGCGTGGTGCCAGGGAAAGGTCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGc > 3:78779/1‑149 (MQ=255) aTCGCTGCCCTTCGCCTCCTTGATGCGTGGCGGTGGCAATTCGCGTGGTGCCAGGGAAAGGTCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCTAGGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTg < 1:74328/149‑1 (MQ=255) gCCCTTCGCCTCCTTGATGCGTGGCGGTGGCAATTCGCGTGGTGCCAGGGAAAGGTCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACt > 2:118613/1‑149 (MQ=255) cccTTCGCCTCCTTGATGCGTGGCGGTGGCAATTCGCGTGGTGCCAGGGAAAGGTCGGACTCCAACGCGACGGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGAc < 2:169464/147‑1 (MQ=255) ttCGCCTCCTTGATGCGTGGCGGTGGCAATTCGCGTGGTGCCAGGGAAAGGTCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGc > 8:108997/1‑148 (MQ=255) ctcctTGATGCGTGGCGGTGGCAATTCGCGTGGTGCCAGGGAAAGGTCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGa < 3:166249/149‑1 (MQ=255) ctTGATGCGTGGCGGTGGCAATTCGCGTGGTGCCAGGGAAAGGTCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGaaa < 7:71683/148‑1 (MQ=255) ctTGATGCGTGGCGGTGGCAATTCGCGTGGTGCCAGGGAAAGGTCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGaaa < 5:123244/148‑1 (MQ=255) gATGCGTGGCGGTGGCAATTCGCGTGGTGCCAGGGAAAGGTCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGAAAgc < 4:40300/147‑1 (MQ=255) gATGCGTGGCGGTGGCAATTCGCGTGGTGCCAGGGAAAGGTCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGAAAgc < 6:276387/147‑1 (MQ=255) gATGCGTGGCGATGGCAATTCGCGTGGTGCCAGGGAAAGGTCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGAAAgcgc > 5:103073/1‑149 (MQ=255) gCAATTCGCGTGGTGCCAGGGAAAGGTCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGAAAGCGCCCGGGAAGGTCAGc > 7:157127/1‑149 (MQ=255) cAATTCGCGTGGTGCCAGGGAAAGGTCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGAAAGCGCCCGGGAAGGTCAGCt > 7:28512/1‑149 (MQ=255) aaTTCGCGTGGTGCCAGGGAAAGGTCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGAAAGCGCCCGGGAAGGTCAGCTc < 8:157127/149‑1 (MQ=255) cgcgTGGTGCCAGGGAAAGGTCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGAAAGCGCCCGGGAAGGTCAGCTCGAg < 7:112145/148‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCCAGGGAAAGGTCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGAAAGCGCCCGGGAAGGTCAGCTCGAGCg < 4:78779/149‑1 (MQ=255) gcgTGGTGCCAGGGAAAGGTCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGAAAGCGCCCGGGAAGGTCAGCTCGAGCg > 3:129362/1‑149 (MQ=255) gtggtgCCAGGGAAAGGTCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGAAAGCGCCCGGGAAGGTCAGCTCGAGCGGt < 1:118613/149‑1 (MQ=255) aGGGAAAGGTCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGAAAGCGCCCGGGAAGGTCAGCTCGAGCGGTTTGCTGGt < 8:28512/149‑1 (MQ=255) aGGTCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGAAAGCGCCCGGGAAGGTCAGCTCGAGCGGTTTGCTGGTGCCTAg < 4:129362/149‑1 (MQ=255) tCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGAAAGCGCCCGGGAAGGt < 1:14974/119‑1 (MQ=255) tCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGAAAGCGCCCGGGAAGGt > 2:14974/1‑119 (MQ=255) tCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGAAAGCGCCCGGGAAGGTCAGCTCGAGCGGTTTGCTGGTGCCTAGCgg < 6:103073/149‑1 (MQ=255) ggACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGAAAGCGCCCGGGAAGGTCAGCTCGAGCGGTTTGCTGGTGCCTAGCGGGc > 3:37271/1‑149 (MQ=255) ccAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGAAAGCGCCCGGGAAGGTCAGCTCGAGCGGTTTGCTGGTGCCTAGCGGGCCCAgt > 3:217638/1‑149 (MQ=255) cAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGAAAGCGCCCGGGAAGGTCAGCTCGAGCGGTTTGCTGGTGCCTAGCGGGCCCAgt < 7:108997/148‑1 (MQ=255) tgcaggaccgcgctggcacacagccccagcgtgcgctagcggtcCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGAAAGCGCCCGGGAAGGTCAGCTCGAGCGGTTTGCTGGTGCCTAGCGGGCCCAgtgt > 4:213613‑M2/45‑149 (MQ=255) aggaccgcgctggcacacagccccagcgtgcgctagcggtcCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGAAAGCGCCCGGGAAGGTCAGCTCGAGCGGTTTGCTGGTGTCTAGCGGGCCCAGTGTTTc < 5:200916‑M2/108‑1 (MQ=255) aggaccgcgctggcacacagccccagcgtgcgctagcggtcCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGAAAGCGCCCGGGAAGGTCAGCTCGAGCGGTTTGCTGGTGTCTAGCGGGCCCAGTGTTTc > 6:200916‑M2/42‑149 (MQ=255) cgcACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGAAAGCGCCCGGGAAGGTCAGCTCGAGCGGTTTGCTGGTGCCTAGCGGGCCCAGTGTTTCGATGTGCTCCt < 4:37271/149‑1 (MQ=255) gCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGAAAGCGCCCGGGAAGGTCAGCTCGAGCGGTTTGCTGGTGCCTAGCGGGCCCAGTGTTTCGATGTGCTCCTGGGt > 2:261028/1‑148 (MQ=255) ccAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGAAAGCGCCCGGGAAGGTCAGCTCGAGCGGTTTGCTGGTGCCTAGCGGGCCCAGTGTTTCGATGTGCTCCTGGGTCAGTGTCATCATGTc > 7:206489/1‑149 (MQ=255) tcCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGAAAGCGCCCGGGAAGGTCAGCTCGAGCGGTTTGCTGGTGCCTAGCGGGCCCAGTGTTTCGATGTGCTCCTGGGTCAGTGTCATCATGTCGACCATTTc > 3:112899‑M2/3‑149 (MQ=255) tcCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGAAAGCGCCCGGGAAGGTCAGCTCGAGCGGTTTGCTGGTGCCTAGCGGGCCCAGTGTTTCGATGTGCTCCTGGGTCAGTGTCATCATGTCGACCATTTc < 1:261028‑M2/147‑1 (MQ=255) cTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGAAAGCGCCCGGGAAGGTCAGCTCGCGCGCTTTGCTGCTGCCTAGCGGGCCCAGTGTTTCTATGTGCTCCTGGGTCAGTGTCATCATGACGACCATTTCCt > 2:93334/1‑149 (MQ=255) | GAATGCGTTGCCAGGTTCCAGCGTGCTTTGGTAATCGCTGCCCTTCGCCTCCTTGATGCGTGGCGGTGGCAATTCGCGTGGTGCCAGGGAAAGGTCGGACTCCAACGCGACCGCTAGCGCACGCT‑GGGGCTGTGTGCCAGCGCGGTCCTGCACTTCATAACGCACGTAACGCGTGCCGTTGCCGGACTGGCGAATGAAAGCGCCCGGGAAGGTCAGCTCGAGCGGTTTGCTGGTGCCTAGCGGGCCCAGTGTTTCGATGTGCTCCTGGGTCAGTGTCATCATGTCGACCATTTCCT > NC_002947/2103987‑2104282 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |