| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 4243539 | 53 (1.260) | 3 (0.080) | 3/244 | NT | 5.4% | coding (199/708 nt) | PP_3720 | NAD(P)H quinone oxidoreductase |
| ? | NC_002947 | = 4243563 | 55 (1.380) | coding (175/708 nt) | PP_3720 | NAD(P)H quinone oxidoreductase | |||||
CCAGAAGATCGGGAAGTTCAGCACCAGCAGATCGGCCCACAACAGCTTGTCCAGCTC‑CTGCTGGATATCTGCGGCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCTGATGACCTTGGGCACGGAAGGTTTCCACAGCCTGGTCACGCAGGGCTGCCGTGAACGATTGCGGTTCGGG > NC_002947/4243426‑4243704 | ccAGAAGATCGGGAAGTTCAGCACCATCATATCGGCCCACAACAGCTTGTCCAGCTC‑CTGCTGGATATCTGCGGCAATGGCACCGAGCTTGACGACCTGAAGCTGCTCCAGCTCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTa > 5:118418/1‑148 (MQ=255) cAGAAGATCGGGAAGTTCAGCACCAGCAGATCGGCCCACAACAGCTTGTCCAGCTC‑CTGCTGGATATCTGCGGCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTa > 3:225428/1‑147 (MQ=255) gaagaTCGGGAAGTTCAGCACCAGTAGATCGGCCCACAACAGCTTGTCCAGCTCGATGATGGATATCTGCGGCAATGGCACCGCGATTGACGCCATGACGCTGATCAAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTGATCGCGCTGGGTaaat > 1:70224/1‑148 (MQ=255) gaagaTCGGGAAGTTCAGCACCAGCAGATCGGCCCACAACAGCTTGTCCAGCTC‑CTGCTGGATATCTGCGGCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGt > 6:6291/1‑149 (MQ=255) gaagaTCGGGAAGTTCAGCACCAGCAGATACCCCCACAACAGCTTGTCCAGCTC‑CTGCTGCATATCTGCGGCAATGGCACCGAGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGACGTATTCGGGGTTCTCGCCCTGGGTAAAGt > 5:50864/1‑149 (MQ=255) gAAGTTCAGCACCAGCAGATCGGCCCACAACAGCTTGTCCAGCTC‑CTGCTGGATATCTGCGGCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCAc > 2:43699/1‑149 (MQ=255) aGTTCAGCACCAGCAGATCGGCCCACAACAGCTTGTCCAGCTC‑CTGCTGGATATCTGCGGCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTg < 6:261289/149‑1 (MQ=255) ttCAGCACCAGCAGATCGGCCCACAACAGCTTGTCCAGCTC‑CTGCTGGATATCTGCGGCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGc > 5:66220/1‑149 (MQ=255) tCAGCACCAGCAGATCGGCCCACAACAGCTTGTCCAGCTC‑CTGCTGGATATCTGCGGCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGc > 6:8616/1‑148 (MQ=255) cagcagATCGGCCCACAACAGCTTGTCCAGCTC‑CTGCTGGATATCTGCGGCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGt > 2:136092/1‑149 (MQ=255) ccACAACAGCTTGTCCAGCTC‑CTGCTGGATATCTGCGGCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATg‑g > 8:55796/1‑149 (MQ=255) acaacaGCTTGTCCAGCTC‑CTGCTGGATATCTGCGGCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCg < 7:50881/149‑1 (MQ=255) aGCTTGTCCAGCTC‑CTGCTGGATATCTGCGGCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACaa < 2:70224/149‑1 (MQ=255) cTTGTCCAGCTC‑CTGCTGGATATCTGCGGCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGt > 6:76363/1‑149 (MQ=255) gTCCAGCTC‑CTGCTGGATATCTGCGGCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCa < 4:215807/148‑1 (MQ=255) cAGCTC‑CTGCTGGATATCTGCGGCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGa > 3:134827/1‑149 (MQ=255) gCTC‑CTGCTGGATATCTGCGGCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGAcc > 2:215863/1‑149 (MQ=255) tgctgGATATCTGCGGCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCAc > 7:181542/1‑149 (MQ=255) ctgGATATCTGCGGCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCAc < 5:76363/147‑1 (MQ=255) ctgGATATCTGCGGCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCt < 5:8616/149‑1 (MQ=255) ctgGATATCTGCGGCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCt < 1:43699/149‑1 (MQ=255) ctgGAGATCTGCGGCAATGGCCCCGCGCTTGACGCCCAGACGCTGCTCCAGCGCAGACAGGAGGTCATCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAGGTCATAGGCACTGGCCACAGGGTTCCAGCCCAGT‑GCGTACAAGTCCCTGCCCTGCAGCt > 6:66345/1‑149 (MQ=255) tgGATATCTGCGGCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCtg > 1:124300/1‑149 (MQ=255) gATATCTGCGGCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCtga < 8:140224/148‑1 (MQ=255) gATATCTGCGGCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCtga < 2:124300/148‑1 (MQ=255) gATATCTGCGGCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCtg < 8:181542/147‑1 (MQ=255) cTGCGGCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCTGATGACCt > 8:207569/1‑149 (MQ=255) tGCGGCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTT‑CAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCTGATGACCTTg > 2:80943/1‑149 (MQ=255) tGCGGCAATGGCACCGCGCTTGACGCACTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGACGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCAGCACCTGATGACCtt > 2:253205/1‑149 (MQ=255) gCGGCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGAACTCGTCGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCAATGGCCACCGGGTTCCAGACCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCTGATGACCTTg > 7:113951/1‑149 (MQ=255) gCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCgcgct > 8:154943‑M2/1‑65 (MQ=255) gCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCgcgct < 7:154943‑M2/70‑6 (MQ=255) gCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCTGATGACCTTggg > 5:269285/1‑148 (MQ=255) cgcgCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCTGATGACCTTGGGCACGGAAGGtt > 1:107380/1‑149 (MQ=255) gcTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACATGCACCTGATGACCTTGGGCACGGAAGGTTTc > 4:153088/1‑148 (MQ=255) gACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGt > 7:218067/1‑104 (MQ=255) gACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGt < 8:218067/104‑1 (MQ=255) gACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCTGATGACCTTGGGCACGGAAGGTTTCcaca < 2:39917/148‑1 (MQ=255) gACGCCCTGACGCTGCTCCAGCCCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTAACTGACCTGCACCTGATGACCTTGGGCACGGAAGGTTTCCACAg > 7:18355/1‑149 (MQ=255) cTGACTCTTCTCCAGCGCATTCACGATGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCTGATGAACTTGGGCACGGAAGGTTTCCACAGCCTGGt < 6:118418/149‑1 (MQ=255) cTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCTGATGACCTTGGGCACGGAATGTTTCCACAGCCTGGt < 8:173685/149‑1 (MQ=255) gACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCTGATGACCTTGGGCACGGAAGGTTTCCACAGCCTGGTCa > 8:107231/1‑149 (MQ=255) aCGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCTGATGACCTTGGGCACGGAAGGTTTCCACAGCCTGGTCAc < 5:6291/149‑1 (MQ=255) aCGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTT‑CAGCCCATGTTCGTACAAGTCACTGACCTGCACCTGATGACCTTGGGCACGGAAGGTTTCCACAGCCTGGTCa < 1:80943/148‑1 (MQ=255) gctgctCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCTGATGACCTTGGGCACGGAAGGTTTCCACAGCCTGGTCACg > 6:251139/1‑148 (MQ=255) gctgctCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCTGATGACCTTGGGCACGGAAGGTTTCCACAGCCTGGTCACGc < 4:134827/149‑1 (MQ=255) tgctCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCAt > 1:230354/1‑52 (MQ=255) tgctCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCAt < 2:230354/52‑1 (MQ=255) ctCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCTGATGACCTTGGGCACGGAAGGTTTCCACAGCCTGGTCACGCAgg < 7:107231/148‑1 (MQ=255) tCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCgcgctggagcagcgtcagggcgtcaagcgcggtgccattgccgcagatatccagcaggagctggactagctgttgtgggccgatctgctggtgctgaacttcacgatcttctggtt < 5:168263‑M2/148‑117 (MQ=255) cAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCgcgctggagcagcgtcagggcgtcaagcgcggtgccattgccgcagatatccagcaggagctggacaagctgttgtgg < 2:168085‑M2/108‑79 (MQ=255) cAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCgcgctggagcagcgtcagggcgtcaagcgcggtgccattgccgcagatatccagcaggagctggacaagctgttgtgg > 1:168085‑M2/1‑30 (MQ=255) gcgcATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCTGATGACCTTGGGCACGGAAGGTTTCCACAGCCTGGTCACGCAGGGCTGcc < 5:20170/149‑1 (MQ=255) gcgcATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCTGATGACCTTGGGCACGGAAGGTTTCCACAGCCTGGTCACGCAGGGCTGcc < 4:225428/149‑1 (MQ=255) gcATACACGAGGTACTCGTGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCTGATGACCTTGGGCACGGAAGGTTTCCACAGCCTGGTc < 8:96083/134‑1 (MQ=255) gcATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCTGATGACCTTGGGCACGGAAGGTTTCCACAGCCTGGTc > 7:96083/1‑134 (MQ=255) aTACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCTGATGACCTTGGGCACGGAAGGTTTCCACAGCCTGGTCACGCAGGGCTGCCGTg > 3:256916/1‑148 (MQ=255) ttcacGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGGTGGGTTAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTGCAGCCCATG‑GAGTACAAGTCACTGACCTGCACCTGATGACCTTGGGCACGGAAGGTTTCCACAGCCTGGTCACGCAGGGCTGCCGTGaa < 5:66345/147‑1 (MQ=255) acGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCTGATGACCTTGGGCACGGAAGGTTTCCACAGCCTGGTCACGCAg < 3:210410/134‑1 (MQ=255) acGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCTGATGACCTTGGGCACGGAAGGTTTCCACAGCCTGGTCACGCAg > 4:210410/1‑134 (MQ=255) ggTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCTGATGACCTTGGGCACGGAAGGTTTCCACAGCCTGGTCACGCAGGGCTGCCGTGAACGATTGc < 6:66220/149‑1 (MQ=255) ggggTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCTGATGACCTTGGGCACGGAAGGTTTCCACAGCCTGGTCACGCAGGGCTGCCGTGAACGATTGCGGTTCgg > 2:49945/1‑149 (MQ=255) gggTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCTGATGACCTTGGGCACGGAAGGTTTCCACAGCCTGGTCACGCAGGGCTACCGTGAACGATTGCGGTTCggg < 7:169576/149‑1 (MQ=255) | CCAGAAGATCGGGAAGTTCAGCACCAGCAGATCGGCCCACAACAGCTTGTCCAGCTC‑CTGCTGGATATCTGCGGCAATGGCACCGCGCTTGACGCCCTGACGCTGCTCCAGCGCATACACGAGGTACTCGGGGTTCTCGCGCTGGGTAAAGTCATCGGCACTGGCCACCGGGTTCCAGCCCATG‑GCGTACAAGTCACTGACCTGCACCTGATGACCTTGGGCACGGAAGGTTTCCACAGCCTGGTCACGCAGGGCTGCCGTGAACGATTGCGGTTCGGG > NC_002947/4243426‑4243704 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |