New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4394270 = | 40 (0.950) | 3 (0.070) | 3/246 | NT | 6.6% | coding (702/1488 nt) | PP_3869 | sheath protein |
? | NC_002947 | 4394363 = | 47 (1.170) | coding (609/1488 nt) | PP_3869 | sheath protein |
CCCAGCTCCAGCGGCCGCTGGTGTCGTCCATGAAGCCCTTCCAGGCATCCAGCGAGGTGGCATCGGCCCAAGGTGCGCAGATGAACTCGAACGGCTCATCGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGCCGGAC‑CAGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCACCCGTGGCTGCAGTCGC > NC_002947/4394215‑4394509 | cagcaacggcgagttgactcctgctggcctcaccgtgacggtaaccgccatgactGGTGGCATCGGCCCAAGGTGCGCAGATGAACTCGAACGGCTCATCGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGccacca > 5:113878‑M1/56‑149 (MQ=255) ccAGCTCCAGCGGCCGCTGGTGTCGTCCATGAAGCCCTTCCAGGCATCCAGCGAGGTGGCATCGGCCCAAGGTGCGCAGATGAACTCGAACGGCTCATCGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAg > 6:14258/1‑149 (MQ=255) gacaccAGCGGCCGCTGGTGTCGTCCATGAAGCCCTTCCAGGCATCCAGCGAGGTGGCATCGGCCCAAGGTGCGCAGATGAACTCGAACGGCTCATCGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGt > 5:11076/5‑148 (MQ=255) cGGCCGCTGGTGTCGTCCATGAAGCCCTTCCAGGCATCCAGCGAGGTGGCATCGGCCCAAGGTGCGCAGATGAACTCGAACGGCTCATCGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGt < 8:225200/149‑1 (MQ=255) gtgtCGTCCATGAAGCCCTTCCAGGCATCCAGCGAGGTGGCATCGGCCCAAGGTGCGCAGATGAACTCGAACGGCTCATCGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCAc < 5:233643/149‑1 (MQ=255) tgtCGTCCATGAAGCCCTTCCAGTCATCCAGCGAGGTGGCATCGGCCCAAGGTGCGCAGATGAACTCGAACGGCTCATTGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACg < 6:188165/149‑1 (MQ=255) gAAGCCCTTCCAGGCATCCAGCGAGGTGGCATCGGCCCAAGGTGCGCAGATGAACTCGAACGGCTCATCGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCcag > 8:83630/1‑149 (MQ=255) aGCCCTTCCAGGCATCCAGCGAGGTGGCATCGGCCCAAGGTGCGCAGATGAACTCGAACGGCTCATCGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCcag > 7:42818/1‑147 (MQ=255) ccTTCCAGGCATCCAGCGAGGTGGCATCGGCCCAAGGTGCGCAGATGAACTCGAACGGCTCATCGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGa < 6:202924/149‑1 (MQ=255) gCATCCAGCGAGGTGGCATCGGCCCAAGGTGCGCAGATGAACTCGAACGGCTCATCGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCCCCAGTCAGGGCGGTTACCGGAAGGGTCAGGCCAGCAGGAGACaaaac > 1:268720/1‑146 (MQ=255) aTCCAGCGAGGTGGCATCGGCCCAAGGTGCGCAGATGAACTCGAACGGCTCATCGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCcagcag < 6:58313/137‑1 (MQ=255) aTCCAGCGAGGTGGCATCGGCCCAAGGTGCGCAGATGAACTCGAACGGCTCATCGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCcagcag > 5:58313/1‑137 (MQ=255) aTCCAGCGAGGTGGCATCGGCCCAAGGTGCGCAGATGAACTCGAACGGCTCATCGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGc > 2:67520/1‑149 (MQ=255) tCCAGCGAGGTGGCATCGGCCCAAGGTGCGCAGATGAACTCGAACGGCTCATCGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGcc > 8:244754/1‑149 (MQ=255) ccAGCGAGGTGGCATCGGCCCAAGGTGCGCAGATGAACTCGAACGGCTCATCGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCcagcag > 2:54986/1‑135 (MQ=255) ccAGCGAGGTGGCATCGGCCCAAGGTGCGCAGATGAACTCGAACGGCTCATCGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCcagcag < 1:54986/135‑1 (MQ=255) tggtggcgtcggcaccccggacgtggccgaggccctggccgtgcttggcgatgagccgttcgagttcatctgcgcaccttgggccgatgccaccAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTtgctg > 5:113878‑M2/95‑149 (MQ=255) ggtggcgtcggcaccccggacgtggccgaggccctggccgtgcttggcgatgagccgttcgagttcatctgcgcaccttgggccgatgccaccAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTtgctgc > 8:209462‑M2/94‑149 (MQ=255) GTGGCATCGGCCCAAGGTGCGCAGATGAACTCGAACGGCTCATCGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCg < 3:50109‑M1/149‑1 (MQ=255) tCGGCCCAAGGTGCGCAGATGAACTCGAACGGCTCATCGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCt > 4:3528/1‑148 (MQ=255) cgcaccAAGGTGCGCAGATGAACTCGACGGGCTCATCGCCAAGCACGGCCAGCGCCTCGGCCCGGTCCGGGGAGCGGACGCCACCTGTCATGGCGGTTACCGTCACTTTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGa < 4:12157/145‑1 (MQ=255) gcaccccggacgtggccgaggccctggccgtgcttggcgatgagccgttcgagttcatctgcgcaccttgggccgatgccaccAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACg < 7:209462‑M2/66‑1 (MQ=255) cAAGGTGCGCAGATGAACTCGAACGGCTCATCGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGtt < 4:50109/149‑1 (MQ=255) aaGGTGCGCAGATGAACTCGAACGGCTCATCGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCgg < 1:175651/90‑1 (MQ=255) aaGGTGCGCAGATGAACTCGAACGGCTCATCGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCgg > 2:175651/1‑90 (MQ=255) aGATGAACTCGAACGGCTCATCGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGc > 4:23101/1‑149 (MQ=255) aaCTCGAACGGCTCATCGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGAt > 8:57006/1‑149 (MQ=255) tCGAACGGCTCATCGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTc > 3:218703/1‑149 (MQ=255) aaCGGCTCATCGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGtt < 5:216777/149‑1 (MQ=255) aTCGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCt > 8:142570/1‑147 (MQ=255) aTCGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTGa < 6:11076/149‑1 (MQ=255) tCGCCAAGCACGGCCAGGGCCGCGGCCACGTGCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATTGCGGTTACCGGCACGGTGTGGGCAGCAGGAGTCAACTCGCCTGTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTGa < 1:67520/149‑1 (MQ=255) cGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTGAgg > 2:28753/1‑149 (MQ=255) gCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGc > 2:93479/1‑149 (MQ=255) ccAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTggtccg > 8:76871/1‑144 (MQ=255) ccAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTggtccg > 2:217774/1‑144 (MQ=255) ccAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGcc > 8:142995/1‑149 (MQ=255) caaccccGGCCAGGGCCTCGGCCACGGGCGGGGGGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGTCCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGCCg < 2:268720/143‑1 (MQ=255) cAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGtt < 8:44693/115‑1 (MQ=255) cAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGtt > 7:44693/1‑115 (MQ=255) aaGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGCCgg < 7:244754/149‑1 (MQ=255) aCGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGCCGGAc > 7:56527/1‑147 (MQ=255) aCGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGCCGGAC‑Ca < 7:57006/149‑1 (MQ=255) cGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGCCGGAC‑CAg < 3:23101/149‑1 (MQ=255) ggCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGCCGGAC‑CAGc < 4:81802/149‑1 (MQ=255) ccAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGCCGGAC‑CAGCgg < 1:93479/149‑1 (MQ=255) ccAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGCCGGAC‑CAGCgg < 7:83630/149‑1 (MQ=255) gggCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCTACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTG‑GTCCGGCCTCAGCGGCaa < 1:217774/149‑2 (MQ=255) gggCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTG‑GTCCGGCCTCAGCGGCaa < 7:76871/149‑2 (MQ=255) ccTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGCCGGAC‑CAGCGGCAGGTc < 7:142995/149‑1 (MQ=255) ccACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGCCGGAC‑CAGCGGCAGGTCAGGGc > 3:94953/1‑148 (MQ=255) gTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGCCGGAC‑CAGCGGCAGGTCAGGGCCACtt < 1:28753/149‑1 (MQ=255) gTCCGGGGGGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTAAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGTATGTCGTTGCCGCTGAGGCCGGAC‑CAGCGGCAGGTCAGGGCCACtt < 3:3528/149‑1 (MQ=255) tGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGCCGGAC‑CAGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCACCCGTg > 7:50018/1‑149 (MQ=255) ccGACGCCACCTGTCATGGCGGTTACCGTCAGGGTGAGGCCAGCTGGTGTCAACTCGCC‑GTTGGTGCGACCCTGACGGTTCTGTTCCTGCTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGCCGGAC‑CAGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCACCCGTgg < 4:94953/148‑1 (MQ=255) gACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGCCGGAC‑CAGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCACCCGTGGCTg < 7:142570/149‑1 (MQ=255) caccAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGCCGGAC‑CAGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCACCCGTGGCTGCAGTc > 1:58917‑M2/5‑149 (MQ=255) ccAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGCCGGAC‑CAGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCACCCGTGGCTGCAGTCGc < 5:14258‑M2/147‑1 (MQ=255) cAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGCCGGAC‑CAGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCAc > 7:228379‑M2/2‑132 (MQ=255) cAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGCCGGAC‑CAGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCAc < 8:228379‑M2/131‑1 (MQ=255) | CCCAGCTCCAGCGGCCGCTGGTGTCGTCCATGAAGCCCTTCCAGGCATCCAGCGAGGTGGCATCGGCCCAAGGTGCGCAGATGAACTCGAACGGCTCATCGCCAAGCACGGCCAGGGCCTCGGCCACGTCCGGGGTGCCGACGCCACCAGTCATGGCGGTTACCGTCACGGTGAGGCCAGCAGGAGTCAACTCGCC‑GTTGCTGCGACCCTGACGGTTCAGTTCCAGCTGGATGTCGTTGCCGCTGAGGCCGGAC‑CAGCGGCAGGTCAGGGCCACTTCACCCGTGGCTGCAGTCGC > NC_002947/4394215‑4394509 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |