New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4520698 | 51 (1.210) | 3 (0.070) | 3/246 | NT | 6.1% | coding (1040/1257 nt) | icd | NADP(+)‑specific isocitrate dehydrogenase |
? | NC_002947 | = 4520766 | 44 (1.090) | coding (972/1257 nt) | icd | NADP(+)‑specific isocitrate dehydrogenase |
CCACCCCATGTGGCGCAGCATCATCTCTGCCGAGAGGATCACCGAGCCCGGGTTGACCTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCG‑ATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATCTGCTGCAGCATGGCGTCGGCGATGGCGTCCTTGACGATGACCTCGC > NC_002947/4520625‑4520914 | ccACCCCATGTGGCGCAGCATCATCTCTGCCGAGAGGATCACCGAGCCCGGGTTGACCTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGa > 1:166652/1‑149 (MQ=255) aCCCCATGTGGCGCAGCATCATCTCTGCCGAGAGGATCACCGAGCCCGGGTTGACCTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATa > 5:172759/1‑149 (MQ=255) cccATGTGGCGCAGCATCATCTCTGCCGAGAGGATCACCGAGCCCGGGTTGACCTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATAcc > 7:208323/1‑149 (MQ=255) aTGTGGCGCAGTATCATCTCTGCCGAGAGGATCACCGAGCCCGGGTTGACCTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGcc > 8:72859/1‑149 (MQ=255) gcgcAGCATCATCTCTGCCGAGAGGATCACCGAGCCCGGGTTGACCTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACtt < 1:159958/149‑1 (MQ=255) agcaTCATCTCTGCCGAGAGGATCACCGAGCCCGGGTTGACCTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGc < 2:166652/149‑1 (MQ=255) tcatcTCTGCCGAGAGGATCACCGAGCCCGGGTTGACCTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGc > 8:100302/1‑148 (MQ=255) ccGAGAGGATCACCGAGCCCGGGTTGACCTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGGCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCg > 5:247630/1‑149 (MQ=255) aTCACCGAGCCCGGGTTGACCTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAg < 8:113274/134‑1 (MQ=255) aTCACCGAGCCCGGGTTGACCTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAg > 7:113274/1‑134 (MQ=255) cACCGAGCCCGGGTTGACCTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCAt < 7:185677/137‑1 (MQ=255) cACCGAGCCCGGGTTGACCTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCAt > 8:185677/1‑137 (MQ=255) cACCGAGCCCGGGTTGACCTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGt > 4:114706/1‑149 (MQ=255) cGAGCCCGGGTTGACCTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCAc > 4:219894/1‑149 (MQ=255) gAGCCCGGGTTGACCTTGTCCTGCCCTGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGCGGCCTCTAACATGGCCAGGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGGCAGGGCATCGGACAGGTAGTCAcc < 3:41199/149‑1 (MQ=255) ccGGGTTGACCTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCgtt > 2:199320/1‑148 (MQ=255) cGGGTTGACCTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCgttga < 1:15547/149‑1 (MQ=255) gggTTGACCTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACGTGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCgttgag < 4:14556/149‑1 (MQ=255) gggTTGACCTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCgttgag < 6:172759/149‑1 (MQ=255) ccTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGttgaggttgagg < 7:100302/149‑1 (MQ=255) tGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGAACACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTg > 1:67396/1‑149 (MQ=255) tGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAatgccgggcaggacaaggtcaacccgggctcggtgatcctctcggcagagatgctgctgcgccacatgggg < 4:68614‑M2/149‑72 (MQ=255) cccGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAatgccgggcaggacaaggtcaacccgggctcggtgatcctctcggcagagatgatgctgcgccacatggggtg < 5:39314‑M2/149‑74 (MQ=255) cccGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAatgc < 1:65446‑M2/80‑5 (MQ=255) cccGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAatgc > 2:65446‑M2/1‑76 (MQ=255) cccGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCG‑ATc < 2:200584/148‑1 (MQ=255) cccGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCG‑ATCa > 8:93128/1‑149 (MQ=255) tACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAatgccgggcaggacaaggtcaacccgggctcggtgatcctctcggcagagatgatgctgcgccacatggggtggaccgag > 6:39314‑M2/1‑69 (MQ=255) gcgcAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCG‑ATCACGTCGTACTCGGcc > 3:121107/1‑149 (MQ=255) ccGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCG‑ATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTa < 4:121107/148‑1 (MQ=255) ccGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCG‑ATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAg > 6:20529/1‑149 (MQ=255) tGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACa < 4:126895/91‑1 (MQ=255) tGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACa > 3:126895/1‑91 (MQ=255) cTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCG‑ATCACGTCGTACTCg > 3:13782/1‑127 (MQ=255) cTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCG‑ATCACGTCGTACTCg < 4:13782/127‑1 (MQ=255) cTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCG‑ATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATctgct > 2:29178/1‑149 (MQ=255) cGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCG‑ATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATctgctg > 5:268706/1‑148 (MQ=255) gAAGATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGTGGAAATGCCGATACCGGCCACTTCTGCTGCCAGTGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCG‑ATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATCTGCTgca < 6:268706/149‑1 (MQ=255) tGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCG‑ATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATCTGCTGCAGCATg > 8:54590/1‑149 (MQ=255) cACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCG‑ATCACGTCGTACTCGGCCg > 5:57538/1‑119 (MQ=255) cACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCG‑ATCACGTCGTACTCGGCCg < 6:57538/119‑1 (MQ=255) aCGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCGTATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATCTGCTGCAGCATGGCGt < 1:199320/149‑1 (MQ=255) tgtCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCG‑ATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATCTGCTGCAGCATGGCGTCGGCg < 5:13451/149‑1 (MQ=255) gtCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCG‑ATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATctg > 8:103839/1‑129 (MQ=255) gtCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCG‑ATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATctg < 7:103839/129‑1 (MQ=255) tCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCG‑ATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATCTGCTGCAGCATGGCGTCGGCGAt < 3:114706/149‑1 (MQ=255) ggACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCG‑ATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATCTGCTGCAGCATGGCGTCGGCGATgg > 6:15354/1‑149 (MQ=255) tgccgcACGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCAGCGTTGAGGTTGAGGGTGGCG‑ATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATCTGCTGCAGCATGGCGTCGGCGATGGCGTCCtt > 1:78100/4‑148 (MQ=255) gcgcCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCG‑ATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATCTGCTGCAGCATGGCGTCGGCGATGGCGTCCTTGa < 7:93128/148‑1 (MQ=255) cccGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCG‑ATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATCTGCTGCAGCATGGCGTCGGCGATGGCGTCCTTGACGAt < 2:67396/149‑1 (MQ=255) ccGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCG‑ATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATCTGCTGCAGCATGGCGTCGGCGATGGCGTCCTTGACGAt > 7:83363/1‑148 (MQ=255) ccGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCG‑ATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATCTGCTGCAGCATGGCGTCGGCGATGGCGTCCTTGACGATg < 1:29178/149‑1 (MQ=255) gCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCG‑ATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATCTGCTGCAGCATGGCGTCGGCTATGGCGTCCTTGACGATGACCTc < 2:118272/149‑1 (MQ=255) aaTGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCG‑ATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATCTGCTGCAGCATGGCGTCGGCGATGGCGTCCTTGACGATGACCTcgc < 3:219894/149‑1 (MQ=255) | CCACCCCATGTGGCGCAGCATCATCTCTGCCGAGAGGATCACCGAGCCCGGGTTGACCTTGTCCTGCCCGGCATACTTGGGCGCAGTGCCGTGAGTGGCCTCGAACATGGCCACGGTGTCGGACAGGTTGGCGCCCGGGGCAATGCCGATACCGCCCACTTCTGCGGCCAGGGCATCGGACAGGTAGTCACCGTTGAGGTTGAGGGTGGCG‑ATCACGTCGTACTCGGCCGGGCGTAGCAGGATCTGCTGCAGCATGGCGTCGGCGATGGCGTCCTTGACGATGACCTCGC > NC_002947/4520625‑4520914 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |