New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3279267 = | 37 (1.150) | 3 (0.110) +GTCGTATCAAAGGGTTGATAG |
3/248 | 4.1 | 11.7% | coding (17/183 nt) | PP_2878 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | 5756593 = | 16 (0.500) | intergenic (+270/‑418) | glnG/PP_5050 | two‑component system DNA‑binding response regulator GlnL/GlnG/transposase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
CTGATGCTGTTCCACCAGATACAGCTGATGGTGTGTGCTGTGCTGGCGCAGCGTTATGCCAGCCGTGAGCAGGCGGTGGAGGCTTCGGCGGTGTCTTGAGCGCCTTTACGTTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTATCAAAGGGTTGATAGCCGCGAAGAGGCCGGGCCTTCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCATCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTT > NC_002947/3279130‑3279414 | cTGATGCTGTTCCACCAGATACAGCTGATGGTGTGTGCTGTGCTGGCGCAGCGTTATGCCAGCCGTGAGCAGGCGGTGGAGGCTTCGGCGGTGTCTTGAGCGCCTTTACGTTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCt < 3:101223/148‑1 (MQ=255) tGTTCCACCAGATACAGCTGATGGTGTGTGCTGTGCTGGCGCAGCGTTATGCCAGCCGTGAGCAGGCGGTGGAGGCTTCGGCGGTGTCTTGAGCGCCTTTACGTTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGc < 4:1928/148‑1 (MQ=255) gATACAGCTGATGGTGGGTGCTGTGCTGGCGCAGCGGTATGCCAGCCGTGAGCAGGCGGTGGAGGCTTCGGCGGGGTCTTGAGCGCCTTTACGGTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGa < 6:43747/148‑1 (MQ=255) tGGTGTGTGCTGTGCTGGCGCAGCGGTATGCCAGCCGTGAGCAGGCGGTGGAGGCTTCGGCGGTGTCTTGAGCGCCTTTACGTTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTc < 8:54067/148‑1 (MQ=255) gtgtgCTGTGCTGGCGCAGCGTTATGCCAGCCGTGAGCAGGCGGTGGAGGCTTCGGCGGTGTCTTGAGCGCCTTTACGTTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCg > 4:25993/1‑145 (MQ=255) tgtgctgtgcTGGCGCAGCGTTATGCCAGCCGTGAGCAGGCGGTGGAGGCTTCGGCGGTGTCTTGAGCGCCTTTACGTTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGt < 3:25993/145‑1 (MQ=255) tgtgctgtgcTGGCGCAGCGTTATGCCAGCCGTGAGCAGGCGGTGGAGGCTTCGGCGGTGTCTTGAGCGCCTTTACGTTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTAt > 5:129888/1‑147 (MQ=255) tgctgtgctgGCGCAGCGTTATGCCAGCCGTGAGCAGGCGGTGGAGGCTTCGGCGGTGTCTTGAGCGCCTTTACGTTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTATc > 3:132654/1‑146 (MQ=255) gctgtgctgGCGCAGCGTTATGCCAGCCGTGAGCAGGCGGTGGAGGCTTCGGCGGTGTCTTGAGCGCCTTTACGTTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTATCaaa < 3:99299/148‑1 (MQ=255) tgGCGCAGCGTTATGCCAGCCGTGAGCAGGCGGTGGAGGCTTCGGCGGTGTCTTGAGCGCCTTTACGTTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTATCAAAGGGTTg > 4:141053/1‑147 (MQ=255) ggCGCAGCGTTATGCCAGCCGTGAGCAGGCGGTGGAGGCTTCGGCGGTGTCTTGAGCGCCTTTACGTTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTATCAAAGGGTTg > 2:61762/1‑146 (MQ=255) aGCGTTATGCCAGCCGTGAGCAGGCGGTGGAGGCTTCGGCGGTGTCTTGAGCGCCTTTACGTTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTATCAAAGGGTTGATAGCcg > 6:167543/1‑148 (MQ=255) gTTATGCCAGCCGTGAGCAGGCGGTGGAGGCTTCGGCGGTGTCTTGAGCGCCTTTACGTTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTATCAAAGGGTTGATAGCcgc > 3:75990/1‑146 (MQ=255) tGCCCGCCGTGAGCAGGCGGTGGAGGCTTCGGCGGGGTCTTGAGCGCCTTTACGTTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGGCGTATCAAAGGGGTGATAGCCGCGAaga < 8:84636/147‑1 (MQ=255) ccAGCCGTGAGCAGGCGGTGGAGGCTTCGGCGGTGTCTTGAGCGCCTTTACGTTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTATCAAAGGGTTGATAGCCGCGAAGAGGc > 1:74950/1‑148 (MQ=255) cAGCCGTGAGCAGGCGGTGGAGGCTTCGGCGGTGTCTTGAGCGCCTTTACGTTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTATCAAAGGGTTGATAGCCGCGAAGAGGcc > 2:113419/1‑148 (MQ=255) cAGCCGTGAGCAGGCGGTGGAGGCTTCGGCGGTGTCTTGAGCGCCTTTACGTTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTATCAAAGGGTTGATAGCCGCGAAGAGGcc < 6:129888/148‑1 (MQ=255) aGCCGTGAGCAGGCGGTGGAGGCTTCGGCGGTGTCTTGAGCGCCTTTACGTTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTATCAAAGGGTTGATAGCCGCGAAGAGGCCg > 5:169607/1‑148 (MQ=255) ggaGGCGGTGGAGGCTGCGGCGGTGTCGTGTGCGCCTTTACGTTCCCTTGTAGTGGCTGTGTTGGCGGTCTAGGTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGATAAGCTTGGTCGTATCAAAGGGTTGATAGCCGCGAAGAGCCCGGGGCTTCt < 4:136207/146‑1 (MQ=255) gCAGGCGGTGGAGGCTTCGGCGGTGTCTTGAGCGCCTTTACGGTCCCATGTAGATGCTGGGGTGGCGGGCAAGCTTTTCTGCGGGGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTAGCAAAGGGTTGATAGCCGCGAAGAGGCCGGGCCTTCt < 4:136206/148‑1 (MQ=255) ggTGGAGGCTTCGGCGGTGTCTTGAGCGCCTTTACGTTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTATCAAAGGGTTGATAGCCGCGAAGAGGCCGGGCCTTCTGGCCaa > 8:1789/1‑148 (MQ=255) ggTGGAGGCTTCGGCGGTGTCTTGAGCGCCTTTACGTTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTATCAAAGGGTTGATAGCCGCGAAGAGGCCGGGCCTTCTGGCCaa < 5:9958/148‑1 (MQ=255) ggAGGCTTCGGCGGTGGCTTGAGCGCCTTTACTGTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTATCAAAGGGTTGATAGCCGCGAAGAGGCCGGGCCTTCTGGCCAAtct < 7:150240/148‑1 (MQ=255) gCTTCGGCGGTGGCTTGAGCGCCTTTACGTTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTATCAAAGGGTTGATAGCCGCGAAGAGGCCGGGCCTTCTGGCCAATCTCCAc < 8:38164/148‑1 (MQ=255) gtgtCTTGAGCGCCTTTACGTTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTATCAAAGGGTTGATAGCCGCGAAGAGGCCGGGCCTTCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTc < 5:146572/148‑1 (MQ=255) ttGAGCGCCTTTACGTTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTATCAAAGGGTTGATAGCCGCGAAGAGGCCGGGCCTTCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCATCGt > 7:113024/1‑148 (MQ=255) aGCGCCTTTACGTTCCCATGTAGATGGTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGGGGTTCTGAGAGCTGTAAAGCTTGGTCGTATCAAAGGGTTGATAGCCGCAATTAGGCCTGGCCTTCTGTCCAATCTCCACCCGTCGTTCATCGTTg < 7:84826/147‑1 (MQ=255) aGCGCCTTTACGTTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTATCAAAGGGTTGATAGCCGCAAAGAGGCCGGGCCTTCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCATCGTTg < 7:84825/147‑1 (MQ=255) aGCGCCTTTACGTTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGGCGTATCAAAGGGTTGATAGCCGCGAAGAGGCCGGGCCTTCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCATCGtt < 1:150993/146‑1 (MQ=255) aGCGCCTTTACGTTCCCATGTAGATGCTGGGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTATCAAAGGGTTGATAGCCGCGAAGAGGCCGGGCCTTCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCATCGtt < 1:148498/146‑1 (MQ=255) gcgcCTTTACGTTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTATCAAAGGGTTGATAGCCGCGAAGAGGCCGGGCCTTCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCATCGTTgcc > 3:26433/1‑148 (MQ=255) tACGTTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTATCAAAGGGTTGATAGCCGCGAAGAGGCCGGGCCTTCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCATCGTTGCCGCCGCCa > 5:44157/1‑148 (MQ=255) ccATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTATCAAAGGGTTGATAGCCGCGAAGAGGCCGGGCCTTCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCAt > 3:129996/1‑127 (MQ=255) cATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTATCAAAGGGTTGATAGCCGCGAAGAGGCCGGGCCTTCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCATc < 4:129996/127‑1 (MQ=255) gtgtTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTATCAAAGGGGTGCTAGCCGCGAAGAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCCCCCGTCGTTCCTCGTTGCCGCCGCCCCCGTATTCGCGGGTaccccc > 6:77604/1‑143 (MQ=37) ggTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTATCAAAGGGTTGATAGCCGCGAAGAGGCCGGGCCTTCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCATCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAc > 1:132964/1‑148 (MQ=255) tCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTATCAAAGGGTTGATAGCCGCGAAGAGGCCGGGCCTTCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCATCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCt > 1:112730/1‑148 (MQ=255) cAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTATCAAAGGGTTGATAGCCGCGAAGAGGCCGGGCCTTCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCATCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCtt > 4:122295/1‑148 (MQ=255) | CTGATGCTGTTCCACCAGATACAGCTGATGGTGTGTGCTGTGCTGGCGCAGCGTTATGCCAGCCGTGAGCAGGCGGTGGAGGCTTCGGCGGTGTCTTGAGCGCCTTTACGTTCCCATGTAGATGCTGTGTTGGCGGTCAAGCTTTTCTGCGGTGCTGAGAGCTGAAAAGCTTGGTCGTATCAAAGGGTTGATAGCCGCGAAGAGGCCGGGCCTTCTGGCCAATCTCCACCCGTCGTTCATCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTT > NC_002947/3279130‑3279414 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |