New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 279658 | 42 (0.850) | 3 (0.060) | 3/246 | NT | 6.4% | coding (591/669 nt) | sctS | sulfur compound ABC transporter permease |
? | NC_002947 | = 279717 | 47 (0.990) | coding (532/669 nt) | sctS | sulfur compound ABC transporter permease |
AGGTCGATACCGTTGAGCACGGTCTGGCCCTTGAACCGCTTGGTCAGGCCTTTGACTTCAATCATGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGCTGGGCTTGGCGGAACAGCTCGGGCACCTGGATGGTCGCCGCCAGGGCGGTGTCCTTTACCAGCGAGATGAAGCTGTTGCCCAGCGGT > NC_002947/279513‑279805 | aGGTCGATACCGTTGATCACGGTCTGGCCCTTGAACCGCGTGGTCAGGCCTTTGACTTCAATCATGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTa < 5:255798/148‑1 (MQ=255) aGGTCGATACCGTTGAGCACGGTCTGGCCCTTGAACCGCTTGGTCAGGCCTTTGACTTCAATCATGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGAGCAAGGATGATGCACAGCACCCAG > 2:312055‑M1/1‑146 (MQ=255) aGCACGGTCTGGCCCTTGAACCGCTTGGTCAGGCCTTTGACTTCAATCATGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATgaccgcgaccgc < 5:132100/148‑1 (MQ=255) gCACGGTCTGGCCCTTGAACCGCTTGGTCAGGCCTTTGACTTCAATCATGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCa > 6:323969/1‑149 (MQ=255) gTCTGGCCCTTGAACCGCTTGGTCAGGCCTTTGACTTCAATCATGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGcc > 6:37307/1‑143 (MQ=255) gTCTGGCCCTTGAACCGCTTGGTCAGGCCTTTGACTTCAATCATGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGcc < 5:37307/143‑1 (MQ=255) gTCTGGCCCTTGAACCGCTTGGTCAGGCCTTTGACTTCAATCATGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTAc < 3:134678/149‑1 (MQ=255) gCCCTTGAACCGCTTGGTCAGGCCTTTGACTTCAATCATGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATg < 5:323969/147‑1 (MQ=255) cccTTGAACCGCTTGGTCAGGCCTTTGACTTCAATCATGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTg < 2:16818/149‑1 (MQ=255) cccTTGAACCGCTTGGTCAGGCCTTTGACTTCAATCATGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGGTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGt > 5:221999/1‑148 (MQ=255) ccTTGAACCGCTTGGTCAGGCCTTTGACTTCAATCATGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGctgattaccgcgcgcacgttcgaagtgttca > 1:307256‑M1/1‑118 (MQ=255) gAACCGCTTGGTCAGGCCTTTGACTTCAATCATGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAac < 4:171119/147‑1 (MQ=255) gCTTGGTCAGGCCTTTGACTTCAATCATGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCg > 6:56580/1‑148 (MQ=255) tCAGGCCTTTGACTTCAATCATGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTgc > 1:312414/1‑149 (MQ=255) ccTTTGACTTCAATCATGCTCAATGCTCCTGCGCATGCTGGTAGACCCGCG‑CTTCCAAGCGGTTCTGGAAGTGCTCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGcgcgcg < 5:213981/149‑1 (MQ=255) cTTTGACTTCAATCATGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCgg < 2:312414/149‑1 (MQ=255) gACTTCAATCATGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAAt > 8:108540/1‑149 (MQ=255) ttCAATCATGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCGACTTCCATGCGGTTATGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAAt > 1:61592/1‑147 (MQ=255) ttCAATCATGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGctgattaccgcgcgcacgttcgaagtgttcaccatgtacgtggcggtcgcggtcatcta > 7:99728‑M1/1‑90 (MQ=255) ttCAATCATGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGt > 5:221847/1‑119 (MQ=255) ttCAATCATGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGt < 6:221847/119‑1 (MQ=255) ttCAATCATGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAg > 2:57281/1‑149 (MQ=255) aaTCATGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAAc < 5:34471/129‑1 (MQ=255) aaTCATGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAAc > 6:34471/1‑129 (MQ=255) aaTCATGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGctg < 5:100685‑M2/149‑4 (MQ=255) aaTCATGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGct > 2:301313‑M2/1‑146 (MQ=255) aTCATGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGctgattaccgcgcgcacgttcgaagtgttcaccatgtacgtggcggtcgcggtcatctactgg < 2:307256‑M1/149‑64 (MQ=255) tCATGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGctggg > 5:56580‑M2/1‑144 (MQ=255) tGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGCTGGGCt < 4:124520/148‑1 (MQ=255) tGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGCTGGGCt > 3:124520/1‑148 (MQ=255) aaTGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGAACGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGCTGGGCTTGGCg > 1:260851/1‑148 (MQ=255) tCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGCTGGGCTTGGCGGAACAg > 6:181371/1‑149 (MQ=255) cTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGCTGGGCTTGGCGGAACAGCt > 5:67549/1‑149 (MQ=255) gTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGCTGGGCTTGGCGGAACAGCTCGGGCACCTGGa > 1:247623/1‑149 (MQ=255) cccGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGCTGGGCTTGGCGGAACAGCTCGGGCACCTGGATGGTc < 7:108540/149‑1 (MQ=255) ccGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGCTGGGCTTGGCGGAACAGCTCGGGCACCTGGATGGTcg > 6:231675/1‑149 (MQ=255) g‑cTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGCTGGGCTTGGCGGAACAGCTCGGGCACCTGGATGGTcgccgc > 2:32494/1‑149 (MQ=255) ttCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGCTGGGCTTGGCGGAACAGCTCGGGCACCTGGATGGTCGCCGCCAGGGCGGTGTc < 2:247623/149‑1 (MQ=255) tGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGCTGGGCTTGGCGGAACAGCTCGTGCACCTGGATGGTCGCCGCCAGGGCGGTGTCCtt > 3:210682/1‑149 (MQ=255) tGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGCTGGGCTTGGCGGAACAGCTCGGGCACCTGGATGGTCGCCGCCAGGGCGGTGTCCtt > 6:121461/1‑149 (MQ=255) tGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGCTGGGCTTGGCGGAACAGCTCGGGCACCTGGATGGTCGCCGCCAGGGCGGTGTCCtt > 6:126307/1‑149 (MQ=255) gAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGCTGGGCTTGGCGGAACAGCTCGGGCACCTGGATGGTCGCCGCCAGGGCGGTGTCCtt < 1:312055/147‑1 (MQ=255) gcAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGCTGGGCTTGGCGGAACAGCTCGGGCACCTGGATGGTCGCCGCCAGGGCGGTGTCCTTTACCAGCga < 2:260851/149‑1 (MQ=255) aaGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGCTGGGCTTGGCGGAACAGCTCGGGCACCTGGATGGTCGCCGCCAGGGCGGTGTCCTTTACCAGc > 8:183707/1‑145 (MQ=255) gATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGCTGGGCTTGGCGGAACAGCTCGGGCACCTGGATGGTCGCCGCCAGGGCGGTGTCCTTTACCAGCGAGATGa < 2:61592/149‑1 (MQ=255) ctgcACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGCTGGGCTTGGCGGAACAGCTCGGGCACCTGGATGGTCGCCGCCAGGGCGGTGTCCTTTACCAGCGAGATGAAGCt > 5:72353/1‑149 (MQ=255) tgcACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGCTGGGCTTGGCGGAACAGCTCGGGCACCTGGATGGTCGCCGCCAGGGCGGTGTCCTTTACCAGCGAGATGAAGCTg > 3:188758/1‑149 (MQ=255) cacaGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGCTGGGCTTGGCGGAACAGCTCGGGCACCTGGATGGTCGCCGCCAGGGCGGTGTCCTTTACCAGCGAGATGAAGCTGtt < 1:57281/149‑1 (MQ=255) caGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGCTGGGCTTGGCGGAACAGCTCGGGCACCTGGATGGTCGCCGCCAGGGCGGTGTCCTTTACCAGCGAGATGAAGCTGTTGc < 5:181371/149‑1 (MQ=255) aCCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGCTGGGCTTGGCGGAACAGCTCGGGCACCTGGATGGTCGCCGCCAGGGCGGTGTCCTTTACCAGCGAGATGAAGCTGTTGCCCAg > 6:53464/1‑149 (MQ=255) cccAGctgattaccgcgcgcacgttcgaagtgttcaccatgtacgtggcggtcgcggtcatctactgggtgctgtgcagcatccttgcgcacttccagaaccgcatggaagcgcgggtcaaccagcatgaccaggagcattgagcatga > 5:56580‑M1/1‑5 (MQ=255) ccAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGctgggtgctgtgcagcatccttgcgcacttccagaaccgcatggaagcgcgggtcaaccagcatgaccaggagcattgagcatgat < 2:307256‑M2/149‑87 (MQ=255) ccAGTAGATGACAGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGCTGGGCTTGGCGGAACAGCTCGGGCACCTGGATGGTCGCCGCCAGGGCGGTGTCCTTTACCAGCGAGATGAAGCTGTTGCCCAGCg > 7:24278/1‑149 (MQ=255) cAGctgattaccgcgcgcacgttcgaagtgttcaccatgtacgtggcggtcgcggtcatctactgggtgctgtgcagcatccttgcgcacttccagaaccgcatggaagcgcgggtcaaccagcatgaccaggagcattgagcatgatt < 5:100685‑M1/149‑147 (MQ=255) aGctgattaccgcgcgcacgttcgaagtgttcaccatgtacgtggcggtcgcggtcatctactgggtgctgtgcagcatccttgcgcacttccagaaccgcatggaagcgcgggtcaaccagcatgaccaggagcattgagcatgatt > 2:301313‑M1/1‑2 (MQ=255) aGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGCTGGGCTTGGCGGAACAGCTCGGGCACCTGGATGGTCGCCGCCAGGGCGGTGTCCTTTACCAGCGAGATGAAGATGTTGCCCAGAGGt > 8:43770/1‑149 (MQ=255) | AGGTCGATACCGTTGAGCACGGTCTGGCCCTTGAACCGCTTGGTCAGGCCTTTGACTTCAATCATGCTCAATGCTCCTGGTCATGCTGGTTGACCCGCG‑CTTCCATGCGGTTCTGGAAGTGCGCAAGGATGCTGCACAGCACCCAGTAGATGACCGCGACCGCCACGTACATGGTGAACACTTCGAACGTGCGCGCGGTAATCAGCTGGGCTTGGCGGAACAGCTCGGGCACCTGGATGGTCGCCGCCAGGGCGGTGTCCTTTACCAGCGAGATGAAGCTGTTGCCCAGCGGT > NC_002947/279513‑279805 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |