New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1452064 = | 29 (0.590) | 3 (0.060) | 3/240 | NT | 10.3% | coding (226/1542 nt) | PP_1271 | putative Multidrug efflux MFS transporter |
? | NC_002947 | 1452131 = | 25 (0.540) | coding (293/1542 nt) | PP_1271 | putative Multidrug efflux MFS transporter |
GGTGGTGGTCGGGCTGTTCGGTGTGTTGCTGGCTGTGCTGTGCGCCGGCCTCAACGAGTCGGTAACCAAGATTTCCCTGGCCGATATCCGCGGCGCCATGGGCATCGGTGCCGACGAAGGTGCCTGGTTGCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATGGCCTTTGCGCCGTGGCTGGCCACGACCTTCTCGCTGCGGCGCTTCACCATGAGCGCAGTGGGTCTGTTCGCCGTGCTTGGCCTGCTGCAGCCGTTCGCCCCCAACCTGCACAGCCTGATGTT > NC_002947/1451922‑1452209 | agggccacgctcatcagcatcggcggcaaggcgccagcggcaaagccctgcagtacgcgcagcaacatcaggctgtgcaggttgggggcgaacggctgcagcaggccaagcacggcgaacagacccactgcgctcatggtgaAGcgccg < 8:284620‑M1/7‑1 (MQ=255) gggCTGTTCGGTGTGTTGCTGGCTGTGCTGTGCGCCGGCCTCAACGAGTCGGTAACCAAGATTTCCCTGGCCGATATCCGCGGCGCCATGGGCATCGGTGCCGACGAAGGTGCCTGGTTGCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGtctc > 1:273775/1‑149 (MQ=255) tGTTCGGTGTGTTGCTGGCTGTGCTGTGCGCCGGCCTCAACGAGTCGGTAACCAAGATTTCCCTGGCCGATATCCGCGGCGCCATGGGCATCGGTGCCGACGAAGGTGCCTGGTTGCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGTCTCGGc > 4:122700/1‑148 (MQ=255) ttCGGTGTGTTGCTGGCTGTGCTGTGCGCCGGACTCAACGAGTCGGTAACCAAGATTTCCCTGGCCGATATCCGCGGCGCCATGGGCATCGGTGCCGACGAAGGTGCCTGGTTGCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCAt > 6:37064/1‑149 (MQ=255) cGGTGTGTTGCTGGCTGTGCTGTGCGCCGGCCTCAACGAGTCGGTAACCAAGATTTCCCTGGCCGATATCCGCGGCGCCATGGGCATCGGTGCCGACGAAGGTGCCTGGTTGCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATg < 2:273775/148‑1 (MQ=255) ggTGTGTTGCTGGCTGTGCTGTGCGCCGGCCTCAACGAGTCGGTAACCAAGATTTCCCTGGCCGATATCCGCGGCGCCATGGGCATCGGTGCCGACGAAGGTGCCTGGTTGCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATGGc > 3:248563/1‑149 (MQ=255) gccagcggcaaagccctgcagtacgcgcagcaacatcaggctatgcaggttgggggcgaacggctgcagcaggccaagcacggcgaacagacccactgcgctcatggtgaAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATGGCCTTTGCGCCGtgg < 2:11753‑M1/39‑1 (MQ=255) tgctgtgcGCCGGCCTCAACGAGTCGGTAACCAAGATTTCCCTGGCCGATATCCGCGGCGCCATGGGCATCGGTGCCGACGAAGGTGCCTGGTTGCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATGGCCTTTGCGCCGtggctg < 4:248563/149‑1 (MQ=255) tgctgtgcGCCGGCCTCAACGAGTCGGTAACCAAGATTTCCCTGGCCGATATCCGCGGCGCCATGGGCATCGGTGCCGACGAAGGTGCCTGGTTGCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATGGCCTTTGCGCCGtggct < 3:122700/148‑1 (MQ=255) tgtgcGCCGGCCTCAACGAGTCGGTAACCAAGATTTCCCTGGCCGATATCCGCGGCGCCATGGGCATCGGTGCCGACGAAGGTGCCTGGTTGCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATGGCCttt < 6:169392/134‑1 (MQ=255) tgtgcGCCGGCCTCAACGAGTCGGTAACCAAGATTTCCCTGGCCGATATCCGCGGCGCCATGGGCATCGGTGCCGACGAAGGTGCCTGGTTGCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATGGCCttt > 5:169392/1‑134 (MQ=255) gtgcGCCGGCCTCAACGAGTCGGTAACCAAGATTTCCCTGGCCGATATCCGCGGCGCCATGGGCATCGGTGCCGACGAAGGTGCCTGGTTGCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATGGCCTTTGCGCCGTGGCTGGCCa > 6:151478/1‑149 (MQ=255) gtgcGCCGGCCTCAACGAGTCGGTAACCAAGATTTCCCTGGCCGATATCCGCGGCGCCATGGGCATCGGTGCCGACGAAGGTGCCTGGTTGCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATGGCCTTTGCGCCGTGGCTGGCCa > 6:172981/1‑149 (MQ=255) cTCAACGAGTCGGTAACCAAGATTTCCCTGGCCGATATCCGCGGCGCCATGGGCATCGGTGCCGACGAAGGTGCCTGGTTGCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATGGCCTTTGCGCCGTGGCTGGCCACGACCTtctc > 3:209237/1‑149 (MQ=255) tCAACGAGTCGGTAACCAAGATTTCCCTGGCCGATATCCGCGGCGCCATGGGCATCGGTGCCGACGAAGGTGCCTGGTTGCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGTCTCGGc < 8:127665/112‑1 (MQ=255) tCAACGAGTCGGTAACCAAGATTTCCCTGGCCGATATCCGCGGCGCCATGGGCATCGGTGCCGACGAAGGTGCCTGGTTGCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGTCTCGGc > 7:127665/1‑112 (MQ=255) aaCGAGTCGGTAACCAAGATTTCCCTGGCCGATATCCGCGGCGCCATGGGCATCGGTGCCGACGAAGGTGCCTGGTTGCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATGGCCTTTGCGCCGTGGCTGGCCACGACCTTCTCGCt > 7:182684/1‑149 (MQ=255) gTCGGTAACCAAGATTTCCCTGGCCGATATCCGCGGCGCCATGGGCATCGGTGCCGACGAAGGTGCCTGGTTGCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATGGCCTTTGCGCCGTGGCTGGCCACGACCTTCTCGCTgcggc < 5:151478/149‑1 (MQ=255) cagcaacatcaggctgtgcaggttgggggcgaacggctgcagcaggccaagcacggcgaacagacccactgcgctcatggtgaAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATGGCCTTTGCGCCGTGGCTGGCCACGACCTTCTCGCTGCGgcgc > 5:264712‑M1/84‑149 (MQ=255) gTAACCAAGATTTCCCTGGCCGATATCCGCGGCGCCATGGGCATCGGTGCCGACGAAGGTGCCTGGTTGCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATGGCCTTTGCGCCGTGGCTGGCCACGACCTTCTCGCTGCGGCGCtt > 3:128386/1‑149 (MQ=255) aacatcaggctatgcaggttgggggcgaacggctgcagcaggccaagcacggcgaacagacccactgcgctcatggtgaAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATGGCCTTTGCGCCGTGGCTGGCCACGACCTTCTCGCTGCGGCGCTTCa > 1:11753‑M1/80‑149 (MQ=255) cAAGATTTCCCTGGCCGATATCCGCGGCGCCATGGGCATCGGTGCCGACGAAGGTGCCTGGTTGCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATGGCCTTTGCGCCGTGGCTGGCCACGACCTTCTCGCTGCGGCGCTTCACCa > 7:199801/1‑149 (MQ=255) gATTTCCCTGGCCGATATCCGCGGCGCCATGGGCATCGGTGCCGACGAAGGTGCCTGGTTGCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATGGCCTTTGCGCCGTGGCTGGCCACGACCTTCTCGCTGCGGCGCTTCACCATGa < 5:172981/149‑1 (MQ=255) tCCCTGGCCGATATCCGCGGCGCCAGGGGCAGCGGTGCCGACGCAGGTGCCTGGTGGCGGGCGGTATCCAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATGGCCTGTGCGCCGTGGCTGGCCACGACCTTCTCGCTGCGGCGCTTCACCATgcgc < 5:37064/147‑1 (MQ=255) gCCGATATCCGCGGCGCCATGGGCATCGGTGCCGACGAAGGTGCCTGGTTGCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATGGCCTTTGCGCCGTGGCTGGCCACGACCTTCTCGCTGCGGCGCTTCACCATGAGCGCAGTg < 8:182684/147‑1 (MQ=255) tCGGTGCCGACGAAGGTGCCTGGTTGCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATGGCCTTTGCGCCGTGGCTGGCCACGACCTTCTCGCTGCGGCGCTTCACCATGAGCGCAGTGGGTCTGTTCGCCGTGCTTGGCctgctg > 5:132627/1‑149 (MQ=255) tCGGTGCCGACGAAGGTGCCTGGTTGCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATGGCCTTTGCGCCGTGGCTGGCCACGACCTTCTCGCTGCGGCGCTTCACCATGAGCGCAGTGGGTCTGTTCGCCGTGCTTGGCctgctg < 8:199801/149‑1 (MQ=255) cgacgaAGGTGCCTGGTTGCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATGGCCTTTGCGCCGTGGCTGGCCACGACCTTCTCGCTGCGGCGCTTCACCATGAGCGCAGTGGGTCTGTTCGCCGTGCTTGGCCTGCTGCAGCCGt < 1:138740/149‑1 (MQ=255) cgacgaAGGTGCCTGGTTGCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATGGCCTTTGCGCCGTGGCTGGCCACGACCTTCTCGCTGCGGCGCTTCACCATGAGCGCAGTGGGTCTGTTCGCCGTGCTTGGCCTGCTGCAGCCGt > 2:138740/1‑149 (MQ=255) gacgaAGGTGCCTGGTTGCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATGGCCTTTGCGCCGTGGCTGGCCACGACCTTCTCGCTGCGGCGCTTCACCATGAGCGCAGTgg > 4:183582/1‑115 (MQ=255) gacgaAGGTGCCTGGTTGCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATGGCCTTTGCGCCGTGGCTGGCCACGACCTTCTCGCTGCGGCGCTTCACCATGAGCGCAGTgg < 3:183582/115‑1 (MQ=255) acgaAGGTGCCTGGTTGCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATGGCCTTTGCGCCGTGGCTGGCCACGACCTTCTCGCTGCGGCGCTTCACCATGAGCGCAGTGGGTCTGTTCGCCGTGCTTGGCCTGCTGCAGCCGTTc < 4:128386/149‑1 (MQ=255) gCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATGGCCTTTGCGCCGTGGCTGGCCACGACCTTCTCGCTGCGGCGCTTCACCATGAGCGCAGTGGGTCTGTTCGCCGTGCTTGGCCTGCTGCAGCCGTTCGCCCCCAACCTGcac < 4:209237/148‑1 (MQ=255) taCAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATGGCCTTTGCGCCGTGGCTGGCCACGACCTTCTCGCTGCGGCGCTTCACCATGAGCGCAGTGGGTCTGTTCGCCGTGCTTGGCCTGCTGCAGCCGTTCGCCCCCAACCTGCACAGCCTGATGtt > 8:71124/1‑149 (MQ=255) | GGTGGTGGTCGGGCTGTTCGGTGTGTTGCTGGCTGTGCTGTGCGCCGGCCTCAACGAGTCGGTAACCAAGATTTCCCTGGCCGATATCCGCGGCGCCATGGGCATCGGTGCCGACGAAGGTGCCTGGTTGCTGGCGGTATACAGCGCCGCTTCGGTCTCGGCCATGGCCTTTGCGCCGTGGCTGGCCACGACCTTCTCGCTGCGGCGCTTCACCATGAGCGCAGTGGGTCTGTTCGCCGTGCTTGGCCTGCTGCAGCCGTTCGCCCCCAACCTGCACAGCCTGATGTT > NC_002947/1451922‑1452209 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |