| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 1736968 = | 50 (1.010) | 3 (0.060) | 3/242 | NT | 6.2% | coding (672/1035 nt) | dapD | 2,3,4,5‑tetrahydropyridine‑2,6‑dicarboxylate N‑succinyltransferase |
| ? | NC_002947 | 1737010 = | 43 (0.920) | coding (630/1035 nt) | dapD | 2,3,4,5‑tetrahydropyridine‑2,6‑dicarboxylate N‑succinyltransferase | |||||
CCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGCAGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACGCCGGCCGGGACCACGTAGT > NC_002947/1736822‑1737116 | ctggaagtgttctcggtggacaagttcccgaaaatgaccgactacgtggtcccggccggcgtgcgtatcgccgacaccgcccgtgtgcgcctgggcgcctacattggcgaaggcaccaccatcatgcacgaaggcttcgtcaacttta > 1:297983‑M1/148‑148 (MQ=255) aaCGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGCAGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAAcgcg < 4:119520/149‑1 (MQ=255) aagtgttctcggtggacaagttcccgaaaatgaccgactacgtggtcccggccggcgtgcgtatcgccgacaccgcccgtgtgcgcctgggcgcctacattggcgaaggcaccaccatcatgcacgaaggcttcgtcaactttAAcgcg > 7:154404‑M1/144‑149 (MQ=255) aagtgttctcggtggacaagttcccgaaaatgaccgactacgtggtcccggccggcgtgcgtatcgccgacaccgcccgtgtgcgcctgggcgcctacattggcgaaggcaccaccatcatgcacgaaggcttcgtcaactttAAcgcg > 1:75485‑M1/144‑149 (MQ=255) aCGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGCAGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCgg < 7:57591/149‑1 (MQ=255) ttctcggtggacaagttcccgaaaatgaccgactacgtggtcccggccggcgtgcgtatcgccgacaccgcccgtgtgcgcctgggcgcctacattggcgaaggcaccaccatcatgcacgaaggcttcgtcaactttAACGCGGCCtt < 5:104387‑M1/11‑1 (MQ=255) cgataccgGCGTTGGCGCCGATCAGGCAGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GCGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGAt > 7:79440/1‑148 (MQ=255) ggtggacaagttcccgaaaatgaccgactacgtggtcccggccggcgtgcgtatcgccgacaccgcccgtgtgcgcctgggcgcctacattggcgaaggcaccaccatcatgcacgaaggcttcgtcaactttaa < 4:170804‑M1/2‑1 (MQ=255) ggtggacaagttcccgaaaatgaccgactacgtggtcccggccggcgtgcgtatcgccgacaccgcccgtgtgcgcctgggcgcctacattggcgaaggcaccaccatcatgcacgaaggcttcgtcaactttaa > 3:170804‑M1/134‑135 (MQ=255) taccgGCGTTGGCGCCGATCAGGCAGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATg < 6:282228/149‑1 (MQ=255) ccgGCGTTGGCGCCGATCAGGCAGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGc < 2:288459/148‑1 (MQ=255) gCGTTGGCGCCGATCAGGCAGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCgg < 2:57689/149‑1 (MQ=255) gTTGGCGCCGATCAGGCAGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGc < 4:1847/149‑1 (MQ=255) gcgcCGATCAGGCAGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTc > 2:255388/1‑149 (MQ=255) gcCGATCAGGCAGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAAcgcg > 4:182118/1‑123 (MQ=255) gcCGATCAGGCAGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAAcgcg < 3:182118/123‑1 (MQ=255) ggCAGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCg < 2:57805/140‑1 (MQ=255) ggCAGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCg > 1:57805/1‑140 (MQ=255) ggCAGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCcgcg > 3:258120/1‑149 (MQ=255) gactacgtggtcccggccggcgtgcgtatcgccgacaccgcccgtgtgcgcctgggcgcctacattggcgaaggcaccaccatcatgcacgaaggcttcgtcaactttAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGt > 6:104387‑M1/109‑149 (MQ=255) ccGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGAc < 6:226328/149‑1 (MQ=255) cGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGAc > 7:81769/1‑148 (MQ=255) cGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACg < 1:255388/149‑1 (MQ=255) gACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGcc < 7:258765/105‑1 (MQ=255) gACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGcc > 8:258765/1‑105 (MQ=255) ccggccggcgtgcgtatcgccgacaccgcccgtgtgcgcctgggcgcctacattggcgaaggcaccaccatcatgcacgaaggcttcgtcaactttAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAg > 4:32293‑M1/97‑142 (MQ=255) ccggccggcgtgcgtatcgccgacaccgcccgtgtgcgcctgggcgcctacattggcgaaggcaccaccatcatgcacgaaggcttcgtcaactttAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAg < 3:32293‑M1/46‑1 (MQ=255) tttGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGACCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGtt > 7:198634/1‑135 (MQ=255) gaCGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGAt < 6:116294/102‑1 (MQ=255) gaCGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGAt > 5:116294/1‑102 (MQ=255) cGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGc < 8:3411/149‑1 (MQ=255) cGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGc < 8:81769/149‑1 (MQ=255) gATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGaa < 7:275377/138‑1 (MQ=255) gATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGaa > 8:275377/1‑138 (MQ=255) tGTTGCCGCCAGCGGACAGGGTGCCCATGGTCGATCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTTCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCat < 5:292246/148‑1 (MQ=255) tGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGAt < 4:56263/97‑1 (MQ=255) tGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGAt > 3:56263/1‑97 (MQ=255) gccACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCCAGAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGAtggtg > 1:228657/1‑149 (MQ=255) cAGGGTGCCCTTGGTCGTGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GTGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCg < 2:228657/148‑1 (MQ=255) aGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGACGAGGAATACGCCAGCGGATACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTATAGTTGACGCACCCTTAGTGCATGATGGGGGTGCCTTCGc > 8:136192/1‑148 (MQ=255) ggTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCaa > 5:203444/1‑149 (MQ=255) ggTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCaa > 7:186869/1‑149 (MQ=255) cccATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGt < 3:198566/148‑1 (MQ=255) ccATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAg < 8:186869/149‑1 (MQ=255) ccATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAg > 3:265844/1‑149 (MQ=255) ggTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGgcgc > 5:119044/1‑149 (MQ=255) gAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GATCCCTTGACGACGAATACGCCAGCTGAAACGCGGTCTTCGATCATGCCCGTGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCTTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCa < 4:265844/148‑1 (MQ=255) gcagcCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGgc > 6:290125/1‑149 (MQ=255) gcagcCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCGTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGgc < 3:14441/149‑1 (MQ=255) gccgccgccCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGca < 4:97026/149‑1 (MQ=255) cccAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGc < 4:258120/149‑1 (MQ=255) ccAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCg > 5:144886/1‑149 (MQ=255) tCC‑GACCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGTCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTc < 8:79440/149‑1 (MQ=255) ccTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGt > 3:154020/1‑87 (MQ=255) ccTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGt < 4:154020/87‑1 (MQ=255) ttGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATacg > 2:143327/1‑149 (MQ=255) acgaATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACgcc > 8:122555/1‑149 (MQ=255) cgaATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACgccg < 6:203444/149‑1 (MQ=255) gCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACATGGGCGGTGTCGGCGATACGCACGCCGGCCGGGa > 3:223146/1‑149 (MQ=255) ggAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCgg < 2:139018/122‑1 (MQ=255) ggAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCgg > 1:139018/1‑122 (MQ=255) AACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACGCCGGCCGGGACCACGTAGt > 1:143327‑M1/1‑149 (MQ=255) | CCCAACGGAATACCGATACCGGCGTTGGCGCCGATCAGGCAGCCCTCGCCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACGCCGGCCGGGACCACGTAGT > NC_002947/1736822‑1737116 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |