New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1736968 = | 50 (1.010) | 3 (0.060) | 3/242 | NT | 6.2% | coding (672/1035 nt) | dapD | 2,3,4,5‑tetrahydropyridine‑2,6‑dicarboxylate N‑succinyltransferase |
? | NC_002947 | 1737010 = | 43 (0.920) | coding (630/1035 nt) | dapD | 2,3,4,5‑tetrahydropyridine‑2,6‑dicarboxylate N‑succinyltransferase |
CCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACGCCGGCCGGGACCACGTAGTCGGTCATTTTCGGGAACTTGTCCACCGAGAACACTTCCAG > NC_002947/1736870‑1737156 | ccGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGAc < 6:226328/149‑1 (MQ=255) cGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGAc > 7:81769/1‑148 (MQ=255) cGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACg < 1:255388/149‑1 (MQ=255) ccggccggcgtgcgtatcgccgacaccgcccgtgtgcgcctgggcgcctacattggcgaaggcaccaccatcatgcacgaaggcttcgtcaactttAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAg > 4:32293‑M1/97‑142 (MQ=255) ccggccggcgtgcgtatcgccgacaccgcccgtgtgcgcctgggcgcctacattggcgaaggcaccaccatcatgcacgaaggcttcgtcaactttAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAg < 3:32293‑M1/46‑1 (MQ=255) cGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGc < 8:3411/149‑1 (MQ=255) cGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGc < 8:81769/149‑1 (MQ=255) gATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGaa > 8:275377/1‑138 (MQ=255) gATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGaa < 7:275377/138‑1 (MQ=255) tGTTGCCGCCAGCGGACAGGGTGCCCATGGTCGATCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTTCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCat < 5:292246/148‑1 (MQ=255) gccACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCCAGAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGAtggtg > 1:228657/1‑149 (MQ=255) cAGGGTGCCCTTGGTCGTGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GTGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCg < 2:228657/148‑1 (MQ=255) aGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGACGAGGAATACGCCAGCGGATACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTATAGTTGACGCACCCTTAGTGCATGATGGGGGTGCCTTCGc > 8:136192/1‑148 (MQ=255) ggTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCaa > 5:203444/1‑149 (MQ=255) ggTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCaa > 7:186869/1‑149 (MQ=255) cccATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGt < 3:198566/148‑1 (MQ=255) ccATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAg > 3:265844/1‑149 (MQ=255) ccATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAg < 8:186869/149‑1 (MQ=255) ggTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGgcgc > 5:119044/1‑149 (MQ=255) gAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GATCCCTTGACGACGAATACGCCAGCTGAAACGCGGTCTTCGATCATGCCCGTGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCTTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCa < 4:265844/148‑1 (MQ=255) gcagcCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGgc > 6:290125/1‑149 (MQ=255) gcagcCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCGTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGgc < 3:14441/149‑1 (MQ=255) gccgccgccCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGca < 4:97026/149‑1 (MQ=255) cccAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGc < 4:258120/149‑1 (MQ=255) ccAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCg > 5:144886/1‑149 (MQ=255) tCC‑GACCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGTCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTc < 8:79440/149‑1 (MQ=255) ccTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGt > 3:154020/1‑87 (MQ=255) ccTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGt < 4:154020/87‑1 (MQ=255) ttGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATacg > 2:143327/1‑149 (MQ=255) acgaATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACgcc > 8:122555/1‑149 (MQ=255) cgaATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACgccg < 6:203444/149‑1 (MQ=255) gCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACATGGGCGGTGTCGGCGATACGCACGCCGGCCGGGa > 3:223146/1‑149 (MQ=255) ctttaacgcgggcaccgaaggcccgggcatgatcgaaggccgcgttAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACGccggccgg < 3:32293‑M2/96‑1 (MQ=255) ctttaacgcgggcaccgaaggcccgggcatgatcgaaggccgcgttAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACGccggccgg > 4:32293‑M2/47‑142 (MQ=255) ggAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCgg > 1:139018/1‑122 (MQ=255) ggAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCgg < 2:139018/122‑1 (MQ=255) AACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACGCCGGCCGGGACCACGTAGt > 1:143327‑M1/1‑149 (MQ=255) acgcgggcaccgaaggcccgggcatgatcgaaggccgcgttAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACGCCGGCCGGGACCACGTAGTc > 6:104387‑M2/42‑149 (MQ=255) CGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTATGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACGCCGGCCGGGACCACGTAGTCg > 7:150042‑M1/1‑149 (MQ=255) cTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACGCCGGCCGGGACCACGTAGTCGGTCAtt > 3:86198/1‑149 (MQ=255) ttCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGc > 5:323481/1‑102 (MQ=255) ttCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGc < 6:323481/102‑1 (MQ=255) ttCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGAt > 5:240330/1‑114 (MQ=255) ttCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGAt < 6:240330/114‑1 (MQ=255) gATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATggtggt > 1:88220/1‑63 (MQ=255) gATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATggtggt < 2:88220/63‑1 (MQ=255) aTCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACGCCGGCCGGGACCACGTAGTCGGTCATTTTCgg < 7:122555/149‑1 (MQ=255) tCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACGCCGGCCGGGACCACGTAGTCGGTCATTTTCgg > 8:243374/1‑148 (MQ=255) cTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACATGGGCGGTGTCGGCGATACGCACGCCGGCCGGGACCACGTAGTCGGTCATTTTCGGGAACTTGTCCAcc < 4:223146/149‑1 (MQ=255) ttCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACGCCGGCCGGGACCACGTAGTCGGTCATTTTCGGGAACTTGTCCAcc > 3:21187/1‑148 (MQ=255) ggTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACGCCGGCCGGGACCACGTAGTCGGTCATTTTCGGGAACTTGTCCACCgag < 5:316807/148‑1 (MQ=255) ggTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACGCCGGCCGGGACCACGTAGTCGGTCATTTTCGGGAACTTGTCCACCgag > 6:316807/1‑148 (MQ=255) ggTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACGCCGGCCGGGACCACGTAGTCGGTCATTTTCGGGAACTTGTCCACCgag < 5:135380/148‑1 (MQ=255) ggTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACGCCGGCCGGGACCACGTAGTCGGTCATTTTCGGGAACTTGTCCACCgag > 6:135380/1‑148 (MQ=255) aaggccgcgttAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACGCCGGCCGGGACCACGTAGTCGGTCATTTTCGGGAACTTGTCCACCGAGaa < 5:104387‑M2/138‑1 (MQ=255) cccGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACGCCGGCCGGGACCACGTAGTCGGTCATTTTCGGGAACTTGTc > 4:219136/1‑137 (MQ=255) cccGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACGCCGGCCGGGACCACGTAGTCGGTCATTTTCGGGAACTTGTc < 3:219136/137‑1 (MQ=255) cgcgttAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACGCCGGCCGGGACCACGTAGTCGGTCATTTTCGGGAACTTGTCCACCGAGAACACtt > 7:154404‑M2/7‑149 (MQ=255) cgcgttAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACGCCGGCCGGGACCACGTAGTCGGTCATTTTCGGGAACTTGTCCACCGAGAACACtt > 1:75485‑M2/7‑149 (MQ=255) ttAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACGCCGGCCGGGACCACGTAGTCGGTCATTTTCGGGAACTTGTCCAcc < 4:170804‑M2/133‑1 (MQ=255) ttAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACGCCGGCCGGGACCACGTAGTCGGTCATTTTCGGGAACTTGTCCAcc > 3:170804‑M2/3‑135 (MQ=255) tAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACGCCGGCCGGGACCACGTAGTCGGTCATTTTCGGGAACTTGTCCACCGAGAACACTTCCAg > 1:297983‑M2/2‑148 (MQ=255) | CCGACTTTGATGACGATGTTGCCGCCACCGGACAGGGTGCCCATGGTCGAGCAGCCGCCGCCCAGGTCC‑GAGCCCTTGCCGACGAATACGCCAGCGGAAACGCGGCCTTCGATCATGCCCGGGCCTTCGGTGCCCGCGTTAAAGTTGACGAAGCCTTCGTGCATGATGGTGGTGCCTTCGCCAATGTAGGCGCCCAGGCGCACACGGGCGGTGTCGGCGATACGCACGCCGGCCGGGACCACGTAGTCGGTCATTTTCGGGAACTTGTCCACCGAGAACACTTCCAG > NC_002947/1736870‑1737156 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |