New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2593638 | 30 (0.610) | 3 (0.060) | 3/240 | NT | 9.7% | coding (136/411 nt) | PP_5509 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 2593675 | 28 (0.610) | coding (173/411 nt) | PP_5509 | hypothetical protein |
CTGGACTGAACCATGCGCAAGTTGATCTTCGCGGCCCTGGCCGTCCTTTCCCTGGCCGCCTGTGAGCGCCACTCCTGCTACAGCCCAGCCGTTGTGCAGGCCCCAGTAGTCGAAGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAGGACAACTCCAACGCCATGCTCACCGGCATGATGATGGGTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGA > NC_002947/2593491‑2593785 | cTGGACTGAACCATGCGCAAGTTGATCTTCGCGGCCCTGGCCGTCCTTTCCCTGGCCGCCTGTGAGCGCCACTCCTGCTAGAGCCCAGCCGTTGTGCAGGCCCCAGTAGTCGAAGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCa < 5:199185/149‑1 (MQ=255) aaCCATGCGCAAGTTGATCTTCGCGGCCCTGGCCGTCCTTTCCCTGGCCGCCTGTGAGCGCCACTCCTGCTACAGCCCAGCCGTTGTGCAGGCCCCAGTAGTCGAAGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGccc > 6:23209/1‑149 (MQ=255) aaCCATGCGCAAGTTGATCTTCGCGGCCCTGGCCGTCCTTTCCCTGGCCGCCTGTGAGCGCCACTCCTGCTACAGCCCAGCCGTTGAGCAGGCCCCAGTAGTCGATGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGc < 5:58257/147‑1 (MQ=255) cAAGTTGATCTTCGCGGCCCTGGCCGTCCTTTCCCTGGCCGCCTGTGAGCGCCACTCCTGCTACAGCCCAGCCGTTGTGCAGGCCCCAGTAGTCGAAGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGc < 5:308850/149‑1 (MQ=255) aGTTGATCTTCGCGGCCCTGGCCGTCCTTTCCCTGGCCGCCTGTGAGCGCCACTCCTGCTACAGCCCAGCCGTTGTGCAGGCCCCAGTAGTCGAAGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCaa < 5:112100/149‑1 (MQ=255) ttGATCTTCGCGGCCCTGGCCGTCCTTTCCCTGGCCGCCTGTGAGCGCCACTCCTGCTACAGCCCAGCCGTTGTGCAGGCCCCAGTAGTCGAAGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGc > 6:230837/1‑145 (MQ=255) ttGATCTTCGCGGCCCTGGCCGTCCTTTCCCTGGCCGCCTGTGAGCGCCACTCCTGCTACAGCCCAGCCGTTGTGCAGGCCCCAGTAGTCGAAGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGc < 5:230837/145‑1 (MQ=255) ttGATCTTCGCGGCCCTGGCCGTCCTTTCCCTGGCCGCCTGTGAGCGCCACTCCTGCTACAGCCCAGCCGTTGTGCAGGCCCCAGTAGTCGAAGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAgc > 1:94996/1‑149 (MQ=255) gATCTTCGCGGCCCTGGCCGTCCTTTCCCTGGCCGCCTGTGAGCGCCACTCCTGCTACAGCCCAGCCGTTGTGCAGGCCCCAGTAGTCGAAGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAgcg < 5:23209/148‑1 (MQ=255) ggCCGTCCTTTCCCTGGCCGCCTGTGAGCGCCACTCCTGCTACAGCCCAGCCGTTGTGCAGGCCCCAGTAGTCGAAGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCtggaccactggcgccgcttgcacgatcggggcagcctg > 2:24457‑M1/1‑110 (MQ=255) ccTTTCCCTGGCCGCCTGTGAGCGCCACTCCTGCTACAGCCCAGCCGTTGTGCAGGCCCCAGTAGTCGAAGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAggacaact < 1:177494‑M2/149‑9 (MQ=255) cTTTCCCTGGCCGCCTGTGAGCGCCACTCCTGCTACAGCCCAGCCGTTGTGCAGGCCCCAGTAGTCGAAGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCtggaccactggcgccgcttgcacgatcggggcagcctggacaactg < 4:93638‑M1/149‑47 (MQ=255) cTTTCCCTGGCCGACTGTGAGCGCCACTCCTGCTACAGCCCAGCCGTTGTGCAGGCCCCAGTAGTCTAAGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAggacaact > 7:147592‑M2/1‑140 (MQ=255) cccTGGCCGCCTGTGAGCGCCACTCCTGCTACAGCCCAGCCGTTGTGCAGGCCCCAGTAGTCGAAGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCtggaccactggcgccgcttgcacgatcggggcagcctggacaactggag < 1:24457‑M1/148‑50 (MQ=255) gccgcgTGTGAGCGCCACTCCTGCTACAGCCCAGCCGTTGTGCAGGCCCCAGTAGTCGAAGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAGGACAACTCCAACGCCAt > 2:206942/1‑149 (MQ=255) ccgccTGTGAGCGCCACTCCTGCTACAGCCCAGCCGTTGTGCAGGCCCCAGTAGTCGAAGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAGGACAACTCCAACGCCATg < 2:94996/149‑1 (MQ=255) tgtgAGCGCCACTCCTGCTACAGCCCAGCCGTTGTGCAGGCCCCAGTAGTCGAAGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAGGACAACTCCAACGCCATGCTCAc > 5:38001/1‑149 (MQ=255) gcCACTCCTGCTACCGCCCAGCCGTTGGGCAGGCCCCAGTAGTCGAAGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGCCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAGGTCAACTCCAACGCCATGCTCACCGGCatg < 4:74554/149‑1 (MQ=255) ccACTCCTGCTACAGCCCAGCCGTTGTGCAGGCCCCAGTAGTCGAAGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAGGACAACTCCCACGCCCTGCTCCCCGGCatg > 4:153211/1‑148 (MQ=255) ccACTCCTGCTACAGCCCAGCCGTTGTGCAGGCCCCAGTAGTCGAAGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAGGACAACTCCAACGCCATGCTCACCGGCatga < 2:177494/149‑1 (MQ=255) cTCCTGCTACAGCCCAGCCGTTGTGCAGGCCCCAGTAGTCGAAGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAGGACAACTCCAACGCCATGCTCACCGGCatgatga < 3:153211/149‑1 (MQ=255) cccagccGTTGTGCAGGCCCCAGTAGTCGAAGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAggacaa > 7:129323‑M2/1‑102 (MQ=255) cccagccGTTGTGCAGGCCCCAGTAGTCGAAGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAggacaa < 8:129323‑M2/108‑7 (MQ=255) ccagccGTTGTGCAGGCCCCAGTAGTCGAAGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAGGACAACTCCAACGCCATGCTCACCGGCATGATGATGGGTCACAtttt > 2:242013/1‑149 (MQ=255) cagccGTTGTGCAGGCCCCAGTAGTAGAAGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAGGACAACTCCAACGCCATGCTCACCGGCATGATGATGGGTCACATTTTg > 1:56469/1‑149 (MQ=255) gAAGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAGGACAACTCCAACGCCATGCTCACCGGCat < 2:285847/104‑1 (MQ=255) gAAGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAGGACAACTCCAACGCCATGCTCACCGGCat > 1:285847/1‑104 (MQ=255) gAAGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAGGACAACTCCAACGCCATGCTCACCGGCATGATGATGGGTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCgg < 1:206942/148‑1 (MQ=255) ggCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAGGACAACTCCAACGCCATGCTCACCGGCATGATGATGGGTCACAtttt > 6:305767/1‑114 (MQ=255) ggCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAGGACAACTCCAACGCCATGCTCACCGGCATGATGATGGGTCACAtttt < 5:305767/114‑1 (MQ=255) gCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAGGACAACTCCAACGCCATGCTCACCGGCATGATGATGGGTCACATTTTGGGCAGAGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATa > 5:11654/1‑148 (MQ=255) cccAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAGGACAACTCCAACGCCATGCTCACCGGCATGATGATGGGTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAaca > 1:191657/1‑149 (MQ=255) aGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAGGACAACTCCAACGCCATGCTCACCGGCATGATGATGGGTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTc > 4:128066/1‑139 (MQ=255) aGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAGGACAACTCCAACGCCATGCTCACCGGCATGATGATGGGTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTc < 3:128066/139‑1 (MQ=255) gCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAGGACAACTCCAACGCCATGCTCACCGGCATGATGATGGGTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGt > 5:155149/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAGGACAACTCCAACGCCATGCTCACCGGCATGATGATGGGTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGt < 6:38001/148‑1 (MQ=255) cTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAggacaactggagcggcaaccactggggccggagcttcgactactggggcctgcacaacggctgggctgtagcaggagtggcgctcacaggcggccaggg < 1:24457‑M2/148‑100 (MQ=255) cAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAggacaactggagcggcaaccactggggccggagcttcgactactggggcctgcacaacggctgggctgtagcaggagtggcgctcacaggcggccagggaaag < 4:93638‑M2/149‑104 (MQ=255) cAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAGGACAACTCCAACGCCATGCTCCCCGGCATGATGATGGGTCACATTTTGGGCa > 7:243853/1‑99 (MQ=255) cAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAGGACAACTCCAACGCCATGCTCACCGGCATGATGATGGGTCACATTTTGGGCa < 8:243853/99‑1 (MQ=255) aGTTGTCCtggaccactggcgccgcttgcacgatcggggcagcctggacaactggagcggcaaccactggggccggagcttcgactactggggcctgcacaacggctgggctgtagcaggagtggcgctcacaggcggccagggaaagg < 1:177494‑M1/149‑142 (MQ=255) aGTTGTCCtggaccactggcgccgcttgcacgatcggggcagcctggacaactggagcggcaaccactggggccggagcttagactactggggcctgcacaacggctgggctgtagcaggagtggcgctcacagtcggccagggaaag > 7:147592‑M1/1‑8 (MQ=255) ttGTCCtggaccactggcgccgcttgcacgatcggggcagcctggacaactggagcggcaaccactggggccggagcttcgactactggggcctgcacaacggctggg > 7:129323‑M1/1‑6 (MQ=255) ttGTCCtggaccactggcgccgcttgcacgatcggggcagcctggacaactggagcggcaaccactggggccggagcttcgactactggggcctgcacaacggctggg < 8:129323‑M1/108‑103 (MQ=255) tCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAGGACAACTCCAACGCCATGCTCACCGGCATGATGATGGGTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGCCTGTCGCTAACACCACCATCGTGAACAACACCACg > 8:258607/1‑149 (MQ=255) cAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAggacaactggagcggcaaccactggggccggagcttcgactactggggcctgcacaacggctgggctgtagcaggagtggcgctcacaggcggccagggaaaggacggcc > 2:24457‑M2/1‑38 (MQ=255) | CTGGACTGAACCATGCGCAAGTTGATCTTCGCGGCCCTGGCCGTCCTTTCCCTGGCCGCCTGTGAGCGCCACTCCTGCTACAGCCCAGCCGTTGTGCAGGCCCCAGTAGTCGAAGCTCCGGCCCCAGTGGTTGCCGCTCCAGTTGTCCAGGCTGCCCCGATCGTGCAAGCGGCGCCAGTGGTCCAGGACAACTCCAACGCCATGCTCACCGGCATGATGATGGGTCACATTTTGGGCAGTGCTTCGGCATCGGCCCCGGCTGTCCATAACACCACCATCGTGAACAACACCACGA > NC_002947/2593491‑2593785 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |