New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3138572 = | 37 (0.750) | 4 (0.080) | 4/250 | NT | 9.4% | coding (711/1350 nt) | PP_2754 | OprD family outer membrane porin |
? | NC_002947 | 3138643 = | 41 (0.850) | coding (782/1350 nt) | PP_2754 | OprD family outer membrane porin |
AGGGCGGCAAGCTGGAGTCGAGCAGTGACCGCAACGCCAGCAACCACCGTGGTGATCTCGGCACCGTCTATGCCGGGCGTATCAAGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTGGCCGGC > NC_002947/3138427‑3138716 | aGGGCGGCAAGCTGGAGTCGAGCAGTGACCGCAACGCCAGCAACCACCGTGGTGATCTCGGCACCGTCTATGCCGGGCGTATCAAGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTgcgc < 6:76910/149‑1 (MQ=255) gcggcAAGCTGGAGTCGAGCAGTGACCGCAACGCCAGCAACCACCGTGGTGATCTCGGCACCGTCTATGCCGGGCGTATCAAGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTg < 1:154743/149‑1 (MQ=255) cggcAAGCTGGAGTCGAGCAGTGACCGCAACGCCAGCAACCACCGTGGTGATCTCGGCACCGTCTATGCCGGGCGTATCAAGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTg > 4:90080/1‑148 (MQ=255) aGCTGGAGTCGAGCAGTGACCGCAACGCCAGCAACCACCGTGGTGATCTCGGCACAGTCTATGCCGTGCGTATAAAGGGCGCCAACGATGTGGTCTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCAcag > 2:259919/1‑148 (MQ=255) ccatgagcgccggcagccagaccggcatgcacgctccatgagtcgttgtcgatctggccggccagcgcctggccgctgtcacgggtgcggtaataattgaggccggtcttcaggctcagctcgctacccaGCGCCTGCACAGCAgccgc < 8:97755‑M1/19‑1 (MQ=255) aGTGACCGCAACGCCAGCAACCACCGTGGTGATCTCGGCACCGTCTATGCCGGGCGTATCAAGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTcgacga > 7:19974/1‑149 (MQ=255) tGACCGCAACGCCAGCAACCACCGTGGTGATCTCGGCACCGTCTATGCCGGGCGTATCAAGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGacgacg < 5:295682/149‑1 (MQ=255) cGCAACGCCAGCAACCACCGTGGTGATCTCGGCACCGTCTATGCCGGGCGTATCAAGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATg < 8:19974/149‑1 (MQ=255) gCAACGCCAGCAACCACCGTGGTGATCTCGGCACCGTCTATGCCGGGCGTATCAAGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATg > 7:122876/1‑148 (MQ=255) aGCAACCACCGTGGTGATCTCGGCACCGTCTATGCCGGGCGTATCAAGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTc < 1:156560/149‑1 (MQ=255) acgctccatgagtcgttgtcgatctggccggccagcgcctggccgctgtcacgggtgcggtaataattgaggccggtcttcaggctcagctcgctacccaGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGttctt < 4:19556‑M1/48‑1 (MQ=255) accGTGGTGATCTCGGCACCGTCTATGCCGGGCGTATCAAGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGttcttc < 7:247367/149‑1 (MQ=255) gtggtgATCTCGTCACCGTCTATGCCGGGCGTATCAAGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGTCGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGc < 4:224622/149‑1 (MQ=255) ggtgATCTCGGCACCGTCTATGCCGGGCGTATCAAGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGATCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGt > 1:261459/1‑149 (MQ=255) gtgATCTCGGCACCGTCTATGCCGGGCGTATCAAGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTc > 8:264516/1‑149 (MQ=255) gATCTCGTCACCGTCTATGCCGGGCGTATCAAGGGCGCCAACGTTGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTg < 7:68086/93‑1 (MQ=255) cGGCACCGTCTATGCCGGGCGTATCAAGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAg < 1:76216/127‑1 (MQ=255) cGGCACCGTCTATGCCGGGCGTATCAAGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAg > 2:76216/1‑127 (MQ=255) ggCACCGTCTATGCCGGGCGTATCAAGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCAt < 7:264516/147‑1 (MQ=255) gccggccagcgcctggccgctgtcacgggtgcggtaataattgaggccggtcttcaggctcagctcgctacccaGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTgg > 3:19556‑M1/75‑148 (MQ=255) gccggccagcgcctggccgctgtcacgggtgcggtaataattgaggccggtcttcaggctcagctcgctacccaGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTg > 7:97755‑M1/75‑147 (MQ=255) gCCGGGCGTATCAAGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTgg < 8:122876/148‑1 (MQ=255) tCAAGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCt < 2:261459/148‑1 (MQ=255) aaGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCAtg < 5:238441/124‑1 (MQ=255) aaGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGa < 3:90080/148‑1 (MQ=255) aaGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGa < 4:22955/148‑1 (MQ=255) aGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGc > 4:151170/1‑149 (MQ=255) cAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCgacgac > 2:105031/1‑82 (MQ=255) gtggtgTACCTGGGTGGCTATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGcc < 4:106622/148‑1 (MQ=255) ggtgTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGAGCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGACGAGCGGCCTc > 6:6946/1‑148 (MQ=255) ggtgTACCTGGGTGGCGATTACAGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTc > 8:225111/1‑148 (MQ=255) ggTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCTCCTGCTCAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTAc < 1:290377/147‑1 (MQ=255) tGGCGCTTACCGCTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCa < 8:13768/149‑1 (MQ=255) gATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCg > 6:264075/1‑127 (MQ=255) gATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCg < 5:264075/127‑1 (MQ=255) gATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCg > 5:271802/1‑149 (MQ=255) cGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTAc < 1:114114/135‑1 (MQ=255) cGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTAc > 2:114114/1‑135 (MQ=255) ggTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGc < 3:140139/149‑1 (MQ=255) aCGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAg < 5:24102/149‑1 (MQ=255) gACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGgc > 2:270566/1‑149 (MQ=255) gCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCt > 5:315479/1‑99 (MQ=255) gCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCt < 6:315479/99‑1 (MQ=255) ccTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTggccggc < 6:271802/149‑1 (MQ=255) cTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTggccggc > 6:75862/1‑148 (MQ=255) | AGGGCGGCAAGCTGGAGTCGAGCAGTGACCGCAACGCCAGCAACCACCGTGGTGATCTCGGCACCGTCTATGCCGGGCGTATCAAGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTGGCCGGC > NC_002947/3138427‑3138716 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |