New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3138572 = | 37 (0.750) | 4 (0.080) | 4/250 | NT | 9.4% | coding (711/1350 nt) | PP_2754 | OprD family outer membrane porin |
? | NC_002947 | 3138643 = | 41 (0.850) | coding (782/1350 nt) | PP_2754 | OprD family outer membrane porin |
GCCGGGCGTATCAAGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCT > NC_002947/3138498‑3138781 | gccggccagcgcctggccgctgtcacgggtgcggtaataattgaggccggtcttcaggctcagctcgctacccaGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTgg > 3:19556‑M1/75‑148 (MQ=255) gccggccagcgcctggccgctgtcacgggtgcggtaataattgaggccggtcttcaggctcagctcgctacccaGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTg > 7:97755‑M1/75‑147 (MQ=255) gCCGGGCGTATCAAGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTgg < 8:122876/148‑1 (MQ=255) tCAAGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCt < 2:261459/148‑1 (MQ=255) aaGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGa < 4:22955/148‑1 (MQ=255) aaGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGa < 3:90080/148‑1 (MQ=255) aGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGc > 4:151170/1‑149 (MQ=255) gtggtgTACCTGGGTGGCTATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGcc < 4:106622/148‑1 (MQ=255) ggtgTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGAGCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGACGAGCGGCCTc > 6:6946/1‑148 (MQ=255) ggtgTACCTGGGTGGCGATTACAGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTc > 8:225111/1‑148 (MQ=255) ggTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCTCCTGCTCAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTAc < 1:290377/147‑1 (MQ=255) tGGCGCTTACCGCTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCa < 8:13768/149‑1 (MQ=255) gATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCg < 5:264075/127‑1 (MQ=255) gATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCg > 6:264075/1‑127 (MQ=255) gATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCg > 5:271802/1‑149 (MQ=255) cGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTAc < 1:114114/135‑1 (MQ=255) cGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTAc > 2:114114/1‑135 (MQ=255) ggTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGc < 3:140139/149‑1 (MQ=255) aCGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAg < 5:24102/149‑1 (MQ=255) gACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGgc > 2:270566/1‑149 (MQ=255) gCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCt < 6:315479/99‑1 (MQ=255) gCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCt > 5:315479/1‑99 (MQ=255) ccTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTggccggc < 6:271802/149‑1 (MQ=255) ccagcggctgcacatggtcgacgctgaagaacgactggttccatacgtcgtcgaggcggctgctgtgcaggcgcTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTggccggc > 3:19556‑M2/75‑148 (MQ=255) cTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTggccggc > 6:75862/1‑148 (MQ=255) cagcggctgcacatggtcgacgctgaagaacgactggttccatacgtcgtcgaggcggctgctgtgcaggcgcTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTggccggc > 7:97755‑M2/74‑147 (MQ=255) cTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTGGCCGGCCAGATCGa > 8:214953/1‑149 (MQ=255) cTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCAGGCCGGCCAGATCg > 1:237265/1‑148 (MQ=255) agcagcCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTg > 4:200864/1‑129 (MQ=255) agcagcCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTg < 3:200864/129‑1 (MQ=255) cgccTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATg < 3:151170/149‑1 (MQ=255) gacgacGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGc < 5:75862/147‑1 (MQ=255) gacgacGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGt < 2:237265/149‑1 (MQ=255) aagaacgactggttccatacgtcgtcgaggcggctgctgtgcaggcgcTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGt < 4:19556‑M2/100‑1 (MQ=255) tATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTGGCCGGCCAGATc < 4:75422/122‑1 (MQ=255) tATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTGGCCGGCCAGATc > 3:75422/1‑122 (MQ=255) gTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCg > 4:4166/1‑149 (MQ=255) tcAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAg > 5:95891/1‑121 (MQ=255) tcAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAg < 6:95891/121‑1 (MQ=255) cAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTGGCCGGCCAGATCGa > 5:141681/1‑105 (MQ=255) cAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTGGCCGGCCAGATCGa < 6:141681/105‑1 (MQ=255) cGTCGGCCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAGGACCGGCCGCAATTATTACCGCACCCGGGACAGCGGCCAGGCGCTGGCGGGCCAGATCGACAAGGCCTCATGGAGCGTGCATGCCGGTGGGGCGGCGGgcgcgccgg > 8:151292/1‑144 (MQ=255) gcggctgctgtgcaggcgcTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATgg < 8:97755‑M2/130‑1 (MQ=255) ccATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTc > 3:67133/1‑148 (MQ=255) cATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCAt < 4:191312/141‑1 (MQ=255) cATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCAt > 3:191312/1‑141 (MQ=255) cATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTc > 5:256597/1‑147 (MQ=255) tgCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCt < 7:225111/148‑1 (MQ=255) | GCCGGGCGTATCAAGGGCGCCAACGATGTGGTGTACCTGGGTGGCGATTACCGGTTCAACGACCAGCTCACCTTGCGCCTGCACAGCAGCCGCCTCGACGACGTATGGAACCAGTCGTTCTTCAGCGTCGACCATGTGCAGCCGCTGGGTAGCGAGCTGAGCCTGAAGACCGGCCTCAATTATTACCGCACCCGTGACAGCGGCCAGGCGCTGGCCGGCCAGATCGACAACGACTCATGGAGCGTGCATGCCGGTCTGGCTGCCGGCGCTCATGGCTTCAAGCT > NC_002947/3138498‑3138781 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |