New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3608915 = | 42 (0.850) | 4 (0.080) | 4/248 | NT | 8.4% | coding (202/2265 nt) | PP_3182 | GGDEF domain‑containing protein |
? | NC_002947 | 3608979 = | 47 (0.980) | coding (138/2265 nt) | PP_3182 | GGDEF domain‑containing protein |
GCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTCGGAGGTTTTCGCCCACGATGCTGGCCAGGTTCAGGTGCTCGATGGCCTTGGCCGACAGTGCATTCTGTCGGGCG > NC_002947/3608769‑3609057 | cttatcctgatgctctgtgcagcgaccctggcctttctctgggggctgcacgtcacccagaaagccgccgcccgacagaatgcactgtcggccaaggccatcgagcacctgaacctggccagcatcgtgggcgaaaacctccgacagc > 5:43413‑M1/148‑148 (MQ=255) ttatcctgatgctctgtgcagcgaccctggcctttctctgggggctgcacgtcacccagaaagccgccgcccgacagaatgcactgtcggccaaggccatcgagcacctgaacctggccagcatcgtgggcgaaaacctccgacagCtt < 1:269915‑M1/3‑1 (MQ=255) cGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTg < 3:293258/149‑1 (MQ=255) gATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTgg < 3:183540/149‑1 (MQ=255) atcctgatgctctgtgcagcgaccctggcctttctctgggggctgcacgtcacccagaaagccgccgcccgacagaatgcactgtcggccaaggccatcgagcacctgaacctggccagcatcgtgggcgaaaacctccgacagCTTg > 1:307902‑M1/145‑148 (MQ=255) aaTGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGgcgc < 2:302129/148‑1 (MQ=255) tgCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCgcgc < 3:156992/149‑1 (MQ=255) gCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCt > 7:125857/1‑149 (MQ=255) cTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGGCCTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTc < 1:4135/149‑1 (MQ=255) cAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGT‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCAt < 1:184585/147‑1 (MQ=255) ttGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATgtcgt > 5:7521/1‑149 (MQ=255) gcAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGATGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTgg > 8:6757/1‑149 (MQ=255) aaCCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGt > 6:166557/1‑149 (MQ=255) ccAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTca > 4:308908/1‑149 (MQ=255) cGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCGGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCa > 8:113551/1‑149 (MQ=255) aaCTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGc < 2:168519/149‑1 (MQ=255) tCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGAc < 1:296629/149‑1 (MQ=255) gTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGACTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTATCATGTCGTCCTGGGTCACAAGACCCACCGCCTGCGCGCGGTCGACAAg > 8:22696/1‑149 (MQ=255) ctggcCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTc < 4:1534/148‑1 (MQ=255) ctggcCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTc > 3:1534/1‑148 (MQ=255) ctggcCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTCg > 4:139905/1‑149 (MQ=255) ctggcCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTCg > 8:169300/1‑149 (MQ=255) gcCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTCGGa < 3:308908/148‑1 (MQ=255) cTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTCGGAGGttt > 2:278471/1‑149 (MQ=255) cTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTCGGAGGttt > 2:113106/1‑149 (MQ=255) acagaatgcactgtcggccaaggccatcgagcacctgaacctggccagcatcgtgggcgaaaacctccgacagCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGt < 8:284934‑M1/68‑1 (MQ=255) acagaatgcactgtcggccaaggccatcgagcacctgaacctggccagcatcgtgggcgaaaacctccgacagCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGt > 7:284934‑M1/74‑141 (MQ=255) tgtcggccaaggccatcgagcacctgaacctggccagcatcgtgggcgaaaacctccgacagCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAg > 3:86946‑M1/63‑126 (MQ=255) tgtcggccaaggccatcgagcacctgaacctggcaagcatcgtgggcgaaaacctccgacagCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAg < 4:86946‑M1/64‑1 (MQ=255) gtcggtcgTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTCGGAGGTTTTCGCCCACGATGCTg > 6:172989/1‑149 (MQ=255) aGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTCGGAGGTTTTCGCCCACGATGCTGGCCAGGTTCAg < 7:113551/149‑1 (MQ=255) gCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTCGGAGGTTTTCGCCCACGATGCTGGCCAGGTTCAg > 1:144377/1‑147 (MQ=255) gCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTCGGAGGTTTTCGCCCACGATGCTGGCCAGGTTCAg < 2:144377/147‑1 (MQ=255) tCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTCGGAGGTTTTCGCCCACGATGCTGGCCAGGTTCAGGTGc > 2:208763/1‑149 (MQ=255) aaGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTCGGAGGTTTTCGCCCACGATGCTGGCCAGGTTCAGGTGCt < 7:169300/148‑1 (MQ=255) aGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTCGGAGGTTTTCGCCCACGATGCTGGCCAGGTTCAGGTGCTCg < 5:166557/149‑1 (MQ=255) ttGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTCGGAGGTTTTCGCCCACGATGCTGGCCAGGTTCAGGTGCTCGATGGc > 4:50447/1‑149 (MQ=255) caGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTCGGAGGTTTTCGCCCACGATGCTGGCCAGGTTCAGGTGCTCGATGGCCTTGGcc < 1:17723/149‑1 (MQ=255) gggTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTCGGAGGTTTTCGCCCACGATGCTGGCCAGGTTCAGGTGCTCGATGGCCTTGGCCGa > 6:236389/1‑149 (MQ=255) gTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTCGGAGGTTTTCGCCCACGATGCTGGCCAGGTTCAGGTGCTCGATGGCCTTGGCCGACa < 7:22696/149‑1 (MQ=255) tCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTTGGCGCGGTCGACAAGCTGTCGGAGGTTTTCGCCCACGATGCTGGCCAGGTTCAGGTGCTCGATGGCCTTGGCCGACAg < 7:6757/149‑1 (MQ=255) ctgcCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTCGGAGGTTTTCGCCCACGATGCTGGCCAGGTTCAGGTGCTCGATGGCCTTGGCCGACAGt < 3:139905/146‑1 (MQ=255) ctgcCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTCGGAGGTTTTCGCCCACGATGCTGGCCAGGTTCAGGTGCTCGATGGCCTTGGCCGACAGTg < 5:172989/147‑1 (MQ=255) gcCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTCGGAGGTTTTCGCCCACGATGCTGGCCAGGTTCAGGTGCTCGATg > 4:389/1‑129 (MQ=255) gcCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTCGGAGGTTTTCGCCCACGATGCTGGCCAGGTTCAGGTGCTCGATg < 3:389/129‑1 (MQ=255) ccAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTCGGAGGTTTTCGCCCACGATGCTGGCCAGGTTCAGGTGCTCGATGGCCTTGGCCGACAGTGCAtt < 2:175547/148‑1 (MQ=255) gggtGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTGCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTCGGAGGTTTTCGCCCACGATGCTGGCCAGGTTCAGGTGGTCGATGGCCTTGGCCGACAGTGCATTCTGt < 6:7521/146‑1 (MQ=255) g‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTCGGAGGTTTTCGCCCACGATGCTGGCCAGGTTCAGGTGCTCGATGGCCTTGGCCGACAGTGCATTCTGTc > 1:205009/1‑149 (MQ=255) cTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTCGGAGGTTTTCGCCCACGATGCTGGCCAGGTTCAGGTGCTCGATGGCCTTGGCCGACAGTGCATTCTGTCg > 7:69470/1‑149 (MQ=255) gAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTCGGAGGTTTTCGCCCACGATGCTGGCCAGGTTCAGGTGCTCGATGGCCTTGGCCGACAGTGCATTCTGTCggg > 2:262126/1‑149 (MQ=255) ggTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTCGGAGGTTTTCGCCCACGATGCTGGCCAGGTTCAGGTGCTCGATGGCCTTGGCCGACAGTGCATTCTGTCGggcg > 6:41374/1‑149 (MQ=255) | GCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGG‑CTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACCGCCTGGGCGCGGTCGACAAGCTGTCGGAGGTTTTCGCCCACGATGCTGGCCAGGTTCAGGTGCTCGATGGCCTTGGCCGACAGTGCATTCTGTCGGGCG > NC_002947/3608769‑3609057 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |