New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5244969 | 31 (0.630) | 4 (0.080) | 4/248 | NT | 12.5% | coding (376/834 nt) | hmgR | Hmg transcriptional repressor |
? | NC_002947 | = 5245017 | 26 (0.540) | coding (424/834 nt) | hmgR | Hmg transcriptional repressor |
CGCGAGGCATTGCGGGTGGGGCTGGCGGCGCTGGGCAGCATCGATGTGCTGAAGGTGGCGGCGATGCCGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGC > NC_002947/5244822‑5245116 | cgcgAGGCATTGCGGGTGGGGCTGGCGGCGCTGGGCAGCATCGATGTGCTGAAGGTGGCGGCGATGCCGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGTGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCAt < 6:196713/149‑1 (MQ=255) ggCATTGCGGGTGGGGCTGGCGGCGCTGGGCAGCATCGATGTGCTGAAGGTGGCGGCGATGCCGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAAc < 2:95771/149‑1 (MQ=255) gCATTGCGGGTGGGGCTGGCGGCGCTGGGCAGCATCGATGTGCTGAAGGTGGCGGCGATGCCGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAAcc < 7:83083/149‑1 (MQ=255) aTTGCGGGTGGGGCTGGCGGCGCTGGGCAGCATCGATGTGCTGAAGGTGGCGGCGATGCCGTTGTCGCAGTTGCGAGATGACCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTg < 2:156243/149‑1 (MQ=255) ggcgCTGGGCAGCATCGATGTGCTGAAGGTGGCGGCGATGCCGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGCCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCg < 1:82594/149‑1 (MQ=255) tGGGCAGCATCGATGTGCTGAAGGTGGCGGCGATGCCGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCgtggtg > 3:11830/1‑149 (MQ=255) ggCAGCATCGATGTGCTGAAGGTGGCGGCGATGCCGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGAc > 3:44928/1‑149 (MQ=255) gcagcaTCGATGTGCTGAAGGTGGCGGCGATGCCGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGAcc < 8:25823/149‑1 (MQ=255) cagcaTCGATGTGCTGAAGGTGGCGGCGATGCCGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGAccc < 1:307520/149‑1 (MQ=255) agcaTCGATGTGCTGAAGGTGGCGGCGATGCCGTTGTCGAAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATAGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGAcc > 4:207063/1‑147 (MQ=255) aTCGATGTGCTGAAGGTGGCGGCGATGCCGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCAccgaaccgatctgggtcaccacggtgaccgcgcgcacgg > 1:170461‑M1/1‑109 (MQ=255) aTCGATGTGCTGAAGGTGGCGGCGATGCCGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGAcc > 1:211023/1‑144 (MQ=255) cGATGTGCTGAAGGTGGCGGCGATGCCGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGAccc > 8:191091/1‑143 (MQ=255) cGATGTGCTGAAGGTGGCGGCGATGCCGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGAccc < 7:191091/143‑1 (MQ=255) tgtgCTGAAGGTGGCGGCGATGCCGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGAtcggtt < 5:173323/149‑1 (MQ=255) tGAAGGTGGCGGCGATGCCGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGtg < 2:300557‑M2/149‑3 (MQ=255) aGGTGGCGGCGATGCCGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCAccgaaccgatctgggtcaccacggtgaccgcgcgcacggcaggttcgatgctt < 2:170461‑M1/149‑54 (MQ=255) gTGGCGGCGATGCCGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGcc < 4:11830/149‑1 (MQ=255) gcggcgATGCCGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGAt > 8:294711/1‑131 (MQ=255) gcggcgATGCCGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGAt < 7:294711/131‑1 (MQ=255) gATGCCGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCa < 1:300557/149‑1 (MQ=255) gCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCAcc < 1:149013/148‑1 (MQ=255) gTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGTGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGc < 2:211023/149‑1 (MQ=255) gCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTg < 4:44928/148‑1 (MQ=255) tGAGCTCAACGAATGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTcg < 3:207063/149‑1 (MQ=255) gCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTcgccg > 1:281885/1‑149 (MQ=255) aaCGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTa > 7:24877/1‑149 (MQ=255) gAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCt < 2:24101/149‑1 (MQ=255) ctTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCcgag < 2:281885/148‑1 (MQ=255) aTCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCAccgaaccgatctgggtcaccacggtgaccgcgcgcacggcaggtt > 6:55097‑M1/1‑40 (MQ=255) aTCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCAccgaaccgatctgggtcaccacggtgaccgcgcgcacggcaggtt < 5:55097‑M1/85‑46 (MQ=255) aTCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCcgagcgag > 4:240975/1‑148 (MQ=255) gCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAAc > 3:257939/1‑149 (MQ=255) cGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAAcc > 5:95871/1‑148 (MQ=255) ggggCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAg < 8:24877/149‑1 (MQ=255) cACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAAc < 6:95871/149‑1 (MQ=255) tAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCt > 4:42590/1‑149 (MQ=255) aaGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGtgcttaccaccgtggccccctggttgccccacacggcgatgaagcagctttcgttgagctcatctcgcaactgcgacaacggcatcgccgccacct < 2:170461‑M2/149‑97 (MQ=255) cAccgaaccgatctgggtcaccacggtgaccgcgcgcacggcaggttcgatgcttaccaccgtggccccctggttgccccacacggcgatgaagcagctttcgttgagctcatctcgcaactgcgacaacggcatcgccgccaccttca < 2:300557‑M1/149‑148 (MQ=255) | CGCGAGGCATTGCGGGTGGGGCTGGCGGCGCTGGGCAGCATCGATGTGCTGAAGGTGGCGGCGATGCCGTTGTCGCAGTTGCGAGATGAGCTCAACGAAAGCTGCTTCATCGCCGTGTGGGGCAACCAGGGGGCCACGGTGGTAAGCATCGAACCTGCCGTGCGCGCGGTCACCGTGGTGACCCAGATCGGTTCGGTGCTGCCGTTGCTCAGTTCGTCCACCGGGCTGGTATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGC > NC_002947/5244822‑5245116 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |